Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00368242

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6055

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART17-5p:  MIMAT0003715          PAICS:  NM_001392012     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART17-5p	PAICS
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003715	10606
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ADE2//ADE2H1//AIRC//PAIS

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PAICS	chr4:57311659(+) A-I      intronic chr4:57311665(+) A-I      intronic chr4:57323880(+) A-I      intronic chr4:57323920(+) A-I      intronic chr4:57305560(+) A-I      intronic chr4:57305577(+) A-I      intronic chr4:57305583(+) A-I      intronic chr4:57305586(+) A-I      intronic chr4:57311500(+) A-I      intronic chr4:57311597(+) A-I      intronic chr4:57311600(+) A-I      intronic chr4:57309597(+) A-I      intronic chr4:57309637(+) A-I      intronic chr4:57326941(+) A-I      3'UTR chr4:57326922(+) A-I      3'UTR chr4:57327046(+) A-I      3'UTR chr4:57327107(+) A-I      3'UTR chr4:57327124(+) A-I      3'UTR chr4:57326912(+) A-I      3'UTR chr4:57326198(+) A-I      3'UTR chr4:57326173(+) A-I      3'UTR chr4:57327148(+) A-I      3'UTR chr4:57326953(+) A-I      3'UTR chr4:57325982(+) A-I      3'UTR chr4:57325983(+) A-I      3'UTR chr4:57326002(+) A-I      3'UTR chr4:57326015(+) A-I      3'UTR chr4:57326017(+) A-I      3'UTR chr4:57326027(+) A-I      3'UTR chr4:57326100(+) A-I      3'UTR chr4:57326336(+) A-I      3'UTR chr4:57326090(+) A-I      3'UTR chr4:57326188(+) A-I      3'UTR chr4:57327006(+) A-I      3'UTR chr4:57327039(+) A-I      3'UTR chr4:57326863(+) A-I      3'UTR chr4:57326080(+) A-I      3'UTR chr4:57327150(+) A-I      3'UTR chr4:57326375(+) A-I      3'UTR chr4:57311486(+) A-I      intronic chr4:57311606(+) A-I      intronic chr4:57309528(+) A-I      intronic chr4:57309537(+) A-I      intronic chr4:57309448(+) A-I      intronic chr4:57321203(+) A-I      intronic chr4:57309447(+) A-I      intronic chr4:57305879(+) A-I      intronic chr4:57309501(+) A-I      intronic chr4:57326879(+) A-I      3'UTR chr4:57327102(+) A-I      3'UTR chr4:57326292(+) A-I      3'UTR chr4:57327082(+) A-I      3'UTR chr4:57326972(+) A-I      3'UTR chr4:57327116(+) A-I      3'UTR chr4:57326936(+) A-I      3'UTR chr4:57327016(+) A-I      3'UTR chr4:57327125(+) A-I      3'UTR chr4:57326186(+) A-I      3'UTR chr4:57326313(+) A-I      3'UTR chr4:57326978(+) A-I      3'UTR chr4:57326321(+) A-I      3'UTR chr4:57327108(+) A-I      3'UTR chr4:57327026(+) A-I      3'UTR chr4:57326327(+) A-I      3'UTR chr4:57327137(+) A-I      3'UTR chr4:57326126(+) A-I      3'UTR chr4:57327153(+) A-I      3'UTR chr4:57326300(+) A-I      3'UTR chr4:57326950(+) A-I      3'UTR chr4:57327010(+) A-I      3'UTR chr4:57326865(+) A-I      3'UTR chr4:57326262(+) A-I      3'UTR chr4:57326258(+) A-I      3'UTR chr4:57327017(+) A-I      3'UTR chr4:57327048(+) A-I      3'UTR chr4:57326909(+) A-I      3'UTR chr4:57326227(+) A-I      3'UTR chr4:57326107(+) A-I      3'UTR chr4:57326873(+) A-I      3'UTR chr4:57327057(+) A-I      3'UTR chr4:57327152(+) A-I      3'UTR chr4:57326314(+) A-I      3'UTR chr4:57327022(+) A-I      3'UTR chr4:57327049(+) A-I      3'UTR chr4:57326990(+) A-I      3'UTR chr4:57326975(+) A-I      3'UTR chr4:57327058(+) A-I      3'UTR chr4:57326273(+) A-I      3'UTR chr4:57326121(+) A-I      3'UTR chr4:57326159(+) A-I      3'UTR chr4:57326288(+) A-I      3'UTR chr4:57326917(+) A-I      3'UTR chr4:57326951(+) A-I      3'UTR chr4:57309615(+) A-I      intronic chr4:57311592(+) A-I      intronic chr4:57309544(+) A-I      intronic chr4:57311593(+) A-I      intronic chr4:57318551(+) A-I      intronic chr4:57311502(+) A-I      intronic chr4:57303016(+) A-I      intronic chr4:57304700(+) A-I      intronic chr4:57305472(+) A-I      intronic chr4:57311517(+) A-I      intronic chr4:57316021(+) A-I      intronic chr4:57321213(+) A-I      intronic chr4:57309616(+) A-I      intronic chr4:57309534(+) A-I      intronic chr4:57311591(+) A-I      intronic chr4:57316022(+) A-I      intronic chr4:57309519(+) A-I      intronic chr4:57309487(+) A-I      intronic chr4:57311588(+) A-I      intronic chr4:57309465(+) A-I      intronic chr4:57311674(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	PAICS	chr4:57326082(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //21960545   //22327324 chr4:57326126(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //21960545   //22327324 chr4:57326950(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr4:57327058(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //15258596 chr4:57327078(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //15258596 chr4:57327082(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22327324 chr4:57327087(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //15258596 chr4:57327234(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr4:57326131(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr4:57326156(+) A-I intron -    22327324 chr4:57326159(+) A-I intron -    22327324 chr4:57326313(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr4:57326329(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr4:57326333(+) A-I intron -    22327324 chr4:57326879(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr4:57327097(+) A-I intron -    22327324 chr4:57326262(+) A-I intron -    21960545 chr4:57326291(+) A-I intron -    21960545 chr4:57326315(+) A-I intron -    21960545 chr4:57327017(+) A-I intron -    21960545 chr4:57326082(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr4:57326291(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr4:57327087(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr4:57327528(+) C-A intron -    21725310 chr4:57305472(+) A-G intron -    22484847 chr4:57306050(+) T-C intron -    22484847 chr4:57309448(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309465(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309519(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309534(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309537(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309616(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309628(+) A-G intron -    22484847 chr4:57309636(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311486(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311502(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311588(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311591(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311593(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311594(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311595(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311599(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311610(+) A-G intron -    22484847 chr4:57311674(+) A-G intron -    22484847 chr4:57318551(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326077(+) G-T intron -    22484847 chr4:57326078(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326112(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326121(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326131(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326155(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326156(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326159(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326186(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326227(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326250(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326262(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326273(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326275(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326292(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326313(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326314(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326315(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326321(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326327(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326329(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326333(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326865(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326873(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326875(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326879(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326917(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326960(+) A-G intron -    22484847 chr4:57326966(+) G-A intron -    22484847 chr4:57327017(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327022(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327048(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327049(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327057(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327058(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327078(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327082(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327092(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327097(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327108(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327116(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327125(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327137(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327139(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327152(+) A-G intron -    22484847 chr4:57327153(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PAICS	chr4:57302014-57302015(+) m6A 5'UTR       24981863 chr4:57307834-57307835(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24284625//24981863 chr4:57307863-57307864(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863 chr4:57307888-57307889(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863 chr4:57307921-57307922(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863 chr4:57314946-57314947(+) m6A CDS//exon       27773535 chr4:57314981-57314982(+) m6A CDS//exon       27773535 chr4:57316794-57316795(+) m6A CDS//exon       27773535 chr4:57316839-57316840(+) m6A CDS//exon       27773535 chr4:57316872-57316873(+) m6A exon//intron       27773535 chr4:57316887-57316888(+) m6A exon//intron       27773535 chr4:57325628-57325629(+) m6A CDS       27773535 chr4:57325648-57325649(+) m6A CDS       27773535 chr4:57325736-57325737(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr4:57325802-57325803(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr4:57325855-57325856(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr4:57325889-57325890(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr4:57326017-57326018(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:57326052-57326053(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:57326079-57326080(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:57326191-57326192(+) m6A 3'UTR       - chr4:57326640-57326641(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57327455-57327456(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57327501-57327502(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57327513-57327514(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57328480-57328481(+) Gm 3'UTR       - chr4:57330131-57330132(+) m6A 3'UTR       - chr4:57330154-57330155(+) m6A 3'UTR       - chr4:57330163-57330164(+) m6A 3'UTR       - chr4:57330215-57330216(+) m6A 3'UTR       - chr4:57330221-57330222(+) m6A 3'UTR       - chr4:57330565-57330566(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57330582-57330583(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57330608-57330609(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57330667-57330668(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:57330682-57330683(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	PAICS	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART17-5p
Interactor2: PAICS

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PARalyzer//PITA//Targetscan
Support Database	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-1 cells	Interactor2 expression	None
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6A BC-1 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.