Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
---|---|---|
Symbol | ebv-miR-BART13-3p | CAPRIN2 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0003424 | 65981 |
Organism | Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | C1QDC1//EEG-1//EEG1//RNG140 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RADAR | CAPRIN2 |
|
Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID |
---|---|---|---|---|---|---|
DARNED | CAPRIN2 |
Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RMBase | CAPRIN2 |
|
Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID |
---|---|---|---|---|
RNALocate | CAPRIN2 |
Interactor1: ebv-miR-BART13-3p | Interactor2: CAPRIN2 |
---|
Strong-Evidence | Luciferase reporter assay//Western blot | |
---|---|---|
Weak-Evidence | HITS-CLIP//PAR-CLIP | |
Prediction-Evidence | cRep//miRanda//PITA//Rep//Targetscan | |
Support Database | RepTar//ViRBase//VmiReg |
[1]PMID | 22473208 | Target region | 3'UTR |
---|---|---|---|
Source | RepTar//ViRBase//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BJAB cells | Interactor2 expression | None |
Description | Sequencing tags overlap a binding site for miR-17 family miRNAs and two BART13-3p sites in the CAPRIN2 3'UTR (Figure 5A). Repression via these sites was confirmed in luciferase assays (Figure 5B-D) and western blot analyses (Figure 5E and F). |
[2]PMID | 23170179 | Target region | 3'UTR |
---|---|---|---|
Source | RepTar//ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BJAB cells | Interactor2 expression | None |
Description | Further, HITS-CLIP and PAR-CLIP studies have identified numerous proteins involved in Wnt signaling (CAPRIN2, CTNND1, DAZAP2, CSNK1A1) as targets of KSHV and EBV-encoded miRNAs [20,21,22]. |