Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00324145

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART8-3p:  MIMAT0003418          RAP1GDS1:  NM_001100426     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART8-3p	RAP1GDS1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003418	5910
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	GDS1//SmgGDS

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RAP1GDS1	chr4:99355876(+) A-I      intronic chr4:99289224(+) A-I      intronic chr4:99289431(+) A-I      intronic chr4:99290271(+) A-I      intronic chr4:99290300(+) A-I      intronic chr4:99289216(+) A-I      intronic chr4:99289242(+) A-I      intronic chr4:99289243(+) A-I      intronic chr4:99289251(+) A-I      intronic chr4:99290250(+) A-I      intronic chr4:99290253(+) A-I      intronic chr4:99290254(+) A-I      intronic chr4:99290268(+) A-I      intronic chr4:99290305(+) A-I      intronic chr4:99290306(+) A-I      intronic chr4:99290320(+) A-I      intronic chr4:99290328(+) A-I      intronic chr4:99290335(+) A-I      intronic chr4:99290258(+) A-I      intronic chr4:99221625(+) A-I      intronic chr4:99221651(+) A-I      intronic chr4:99221652(+) A-I      intronic chr4:99221668(+) A-I      intronic chr4:99232905(+) A-I      intronic chr4:99234018(+) A-I      intronic chr4:99240756(+) A-I      intronic chr4:99240772(+) A-I      intronic chr4:99240773(+) A-I      intronic chr4:99267776(+) A-I      intronic chr4:99267871(+) A-I      intronic chr4:99267897(+) A-I      intronic chr4:99267902(+) A-I      intronic chr4:99271874(+) A-I      intronic chr4:99309853(+) A-I      intronic chr4:99320654(+) A-I      intronic chr4:99320680(+) A-I      intronic chr4:99320683(+) A-I      intronic chr4:99320707(+) A-I      intronic chr4:99321074(+) A-I      intronic chr4:99321183(+) A-I      intronic chr4:99321273(+) A-I      intronic chr4:99337085(+) A-I      intronic chr4:99337087(+) A-I      intronic chr4:99337111(+) A-I      intronic chr4:99343145(+) A-I      intronic chr4:99343170(+) A-I      intronic chr4:99343230(+) A-I      intronic chr4:99343257(+) A-I      intronic chr4:99343469(+) A-I      intronic chr4:99343498(+) A-I      intronic chr4:99343569(+) A-I      intronic chr4:99343589(+) A-I      intronic chr4:99343614(+) A-I      intronic chr4:99344795(+) A-I      intronic chr4:99357039(+) A-I      intronic chr4:99357043(+) A-I      intronic chr4:99357065(+) A-I      intronic chr4:99357101(+) A-I      intronic chr4:99357111(+) A-I      intronic chr4:99357128(+) A-I      intronic chr4:99357134(+) A-I      intronic chr4:99357143(+) A-I      intronic chr4:99358813(+) A-I      intronic chr4:99358923(+) A-I      intronic chr4:99361955(+) A-I      intronic chr4:99362078(+) A-I      intronic chr4:99362830(+) A-I      intronic chr4:99362859(+) A-I      intronic chr4:99362863(+) A-I      intronic chr4:99234033(+) A-I      intronic chr4:99234042(+) A-I      intronic chr4:99234073(+) A-I      intronic chr4:99240785(+) A-I      intronic chr4:99240790(+) A-I      intronic chr4:99240791(+) A-I      intronic chr4:99355846(+) A-I      intronic chr4:99267825(+) A-I      intronic chr4:99355835(+) A-I      intronic chr4:99355836(+) A-I      intronic chr4:99343161(+) A-I      intronic chr4:99362064(+) A-I      intronic chr4:99358745(+) A-I      intronic chr4:99361995(+) A-I      intronic chr4:99358782(+) A-I      intronic chr4:99362065(+) A-I      intronic chr4:99356035(+) A-I      intronic chr4:99359873(+) A-I      intronic chr4:99232921(+) A-I      intronic chr4:99320526(+) A-I      intronic chr4:99239036(+) A-I      intronic chr4:99355946(+) A-I      intronic chr4:99358706(+) A-I      intronic chr4:99362018(+) A-I      intronic chr4:99355972(+) A-I      intronic chr4:99343549(+) A-I      intronic chr4:99355937(+) A-I      intronic chr4:99224117(+) A-I      intronic chr4:99292811(+) A-I      intronic chr4:99361969(+) A-I      intronic chr4:99321295(+) A-I      intronic chr4:99358918(+) A-I      intronic chr4:99283587(+) A-I      intronic chr4:99234180(+) A-I      intronic chr4:99359844(+) A-I      intronic chr4:99350288(+) A-I      intronic chr4:99343165(+) A-I      intronic chr4:99361925(+) A-I      intronic chr4:99292322(+) A-I      intronic chr4:99232846(+) A-I      intronic chr4:99321057(+) A-I      intronic chr4:99320518(+) A-I      intronic chr4:99356968(+) A-I      intronic chr4:99361949(+) A-I      intronic chr4:99234060(+) A-I      intronic chr4:99362820(+) A-I      intronic chr4:99360014(+) A-I      intronic chr4:99362862(+) A-I      intronic chr4:99358851(+) A-I      intronic chr4:99343473(+) A-I      intronic chr4:99266076(+) A-I      intronic chr4:99329279(+) A-I      intronic chr4:99293978(+) A-I      intronic chr4:99362823(+) A-I      intronic chr4:99358846(+) A-I      intronic chr4:99320708(+) A-I      intronic chr4:99220860(+) A-I      intronic chr4:99343204(+) A-I      intronic chr4:99213513(+) A-I      intronic chr4:99293969(+) A-I      intronic chr4:99292639(+) A-I      intronic chr4:99355961(+) A-I      intronic chr4:99343430(+) A-I      intronic chr4:99293929(+) A-I      intronic chr4:99359920(+) A-I      intronic chr4:99359946(+) A-I      intronic chr4:99320571(+) A-I      intronic chr4:99234200(+) A-I      intronic chr4:99361998(+) A-I      intronic chr4:99234099(+) A-I      intronic chr4:99286504(+) A-I      intronic chr4:99232949(+) A-I      intronic chr4:99271868(+) A-I      intronic chr4:99341650(+) A-I      intronic chr4:99323340(+) A-I      intronic chr4:99332512(+) A-I      intronic chr4:99355913(+) A-I      intronic chr4:99361986(+) A-I      intronic chr4:99356976(+) A-I      intronic chr4:99362106(+) A-I      intronic chr4:99321181(+) A-I      intronic chr4:99343110(+) A-I      intronic chr4:99343422(+) A-I      intronic chr4:99286653(+) A-I      intronic chr4:99355919(+) A-I      intronic chr4:99233010(+) A-I      intronic chr4:99355901(+) A-I      intronic chr4:99358872(+) A-I      intronic chr4:99321130(+) A-I      intronic chr4:99361912(+) A-I      intronic chr4:99358833(+) A-I      intronic chr4:99232900(+) A-I      intronic chr4:99356967(+) A-I      intronic chr4:99234887(+) A-I      intronic chr4:99321044(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RAP1GDS1	chr4:99308657(+) A-I intron -    21960545 chr4:99321124(+) A-I intron -    21960545 chr4:99290068(+) A-G intron -    22484847 chr4:99290085(+) A-G intron -    22484847 chr4:99290221(+) A-G intron -    22484847 chr4:99290289(+) A-G intron -    22484847 chr4:99290290(+) A-G intron -    22484847 chr4:99290324(+) A-G intron -    22484847 chr4:99290339(+) A-G intron -    22484847 chr4:99220809(+) A-G intron -    22484847 chr4:99220860(+) A-G intron -    22484847 chr4:99232846(+) A-G intron -    22484847 chr4:99232921(+) A-G intron -    22484847 chr4:99239064(+) C-T intron -    22484847 chr4:99239253(+) T-C intron -    22484847 chr4:99267765(+) A-G intron -    22484847 chr4:99267796(+) A-G intron -    22484847 chr4:99271868(+) A-G intron -    22484847 chr4:99281987(+) G-C intron -    22484847 chr4:99321057(+) A-G intron -    22484847 chr4:99321181(+) A-G intron -    22484847 chr4:99323236(+) C-T intron -    22484847 chr4:99323237(+) T-C intron -    22484847 chr4:99343165(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343422(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343430(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343433(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343438(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343473(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343549(+) A-G intron -    22484847 chr4:99343552(+) A-G intron -    22484847 chr4:99355820(+) A-G intron -    22484847 chr4:99355841(+) A-G intron -    22484847 chr4:99355872(+) A-G intron -    22484847 chr4:99355913(+) A-G intron -    22484847 chr4:99355972(+) A-G intron -    22484847 chr4:99356034(+) A-G intron -    22484847 chr4:99356976(+) A-G intron -    22484847 chr4:99358734(+) A-G intron -    22484847 chr4:99358748(+) A-G intron -    22484847 chr4:99361912(+) A-G intron -    22484847 chr4:99361986(+) A-G intron -    22484847 chr4:99362064(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RAP1GDS1	chr4:99182645-99182646(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr4:99182673-99182674(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr4:99214581-99214582(+) m1A CDS//exon       26863410 chr4:99273728-99273729(+) Y 3'UTR//CDS//exon//intron       26075521 chr4:99317134-99317135(+) m6A CDS//intron       25456834 chr4:99317195-99317196(+) m6A CDS//intron       25456834 chr4:99317215-99317216(+) m6A CDS//intron       25456834 chr4:99317233-99317234(+) m6A CDS//intron       25456834 chr4:99317256-99317257(+) m6A CDS//intron       25456834 chr4:99317303-99317304(+) m6A 3'UTR//intron       25456834 chr4:99364418-99364419(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:99364453-99364454(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:99364470-99364471(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:99364541-99364542(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:99364566-99364567(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:99364653-99364654(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863//22608085 chr4:99364661-99364662(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863//22608085 chr4:99364749-99364750(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:99364764-99364765(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:99364846-99364847(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	RAP1GDS1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART8-3p
Interactor2: RAP1GDS1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg