Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | ebv-miR-BART7-3p | TMF1 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0003416 | 7110 |
Organism | Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | ARA160//TMF |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | TMF1 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID |
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DARNED | TMF1 |
Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | TMF1 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID |
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RNALocate | ebv-miR-BART7-3p | |||
TMF1 |
Interactor1: ebv-miR-BART7-3p | Interactor2: TMF1 |
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Weak-Evidence | HITS-CLIP | |
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Prediction-Evidence | miRanda//Targetscan | |
Support Database | RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg |
PMID | 22473208 | Target region | 3'UTR |
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Source | RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | Jijoye cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Our HITS-CLIP data yield 1185 human 3'UTRs targeted by members of the miR-17~92 cluster in Jijoye cells. Comparison to the 1664 3'UTRs targeted by EBV miRNAs reveals 740 shared genes (44% of EBV targets and 62% of miR-17~92 targets; Figure 6B and Supplementary Table 7). Thus, EBV miRNAs co-target a majority of miR-17~92 regulated mRNAs, which are assigned to a variety of pathways, most notably regulating transcription, apoptosis, and the cell cycle (Figure 6C). Similarly, other abundant immunologically relevant miRNAs, 142-3p and miR-155, co-target with EBV miRNAs a large fraction of their Ago-bound 3'UTRs, representing ~60% of the targets for each of these host miRNAs (Supplementary Figure 5). |