Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00319169

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6002

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART6-3p:  MIMAT0003415          YIPF6:  NM_173834     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART6-3p	YIPF6
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003415	286451
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	FinGER6

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	YIPF6	chrX:67734315(+) A-I      ncRNA chrX:67735809(+) A-I      intronic chrX:67734312(+) A-I      ncRNA chrX:67733615(+) A-I      ncRNA chrX:67733426(+) A-I      ncRNA chrX:67733559(+) A-I      ncRNA chrX:67735122(+) A-I      ncRNA chrX:67735007(+) A-I      ncRNA chrX:67735006(+) A-I      ncRNA chrX:67734991(+) A-I      ncRNA chrX:67733582(+) A-I      ncRNA chrX:67733591(+) A-I      ncRNA chrX:67736843(+) A-I      intronic chrX:67734981(+) A-I      ncRNA chrX:67742294(+) A-I      intronic chrX:67742293(+) A-I      intronic chrX:67733660(+) A-I      ncRNA chrX:67735818(+) A-I      intronic chrX:67733705(+) A-I      ncRNA chrX:67734417(+) A-I      ncRNA chrX:67723656(+) A-I      intronic chrX:67723700(+) A-I      intronic chrX:67734957(+) A-I      ncRNA chrX:67734952(+) A-I      ncRNA chrX:67733844(+) A-I      ncRNA chrX:67734837(+) A-I      ncRNA chrX:67734307(+) A-I      ncRNA chrX:67736899(+) A-I      intronic chrX:67733914(+) A-I      ncRNA chrX:67737029(+) A-I      intronic chrX:67723758(+) A-I      intronic chrX:67735822(+) A-I      intronic chrX:67734494(+) A-I      ncRNA chrX:67736818(+) A-I      intronic chrX:67726390(+) A-I      intronic chrX:67736741(+) A-I      intronic chrX:67737993(+) A-I      intronic chrX:67726599(+) A-I      intronic chrX:67737054(+) A-I      intronic chrX:67734380(+) A-I      ncRNA chrX:67742365(+) A-I      intronic chrX:67735788(+) A-I      intronic chrX:67742352(+) A-I      intronic chrX:67742323(+) A-I      intronic chrX:67742317(+) A-I      intronic chrX:67734343(+) A-I      ncRNA chrX:67735789(+) A-I      intronic chrX:67735790(+) A-I      intronic chrX:67735834(+) A-I      intronic chrX:67738046(+) A-I      intronic chrX:67737723(+) A-I      intronic chrX:67737639(+) A-I      intronic chrX:67737614(+) A-I      intronic chrX:67735922(+) A-I      intronic chrX:67736847(+) A-I      intronic chrX:67737251(+) A-I      intronic chrX:67737263(+) A-I      intronic chrX:67733534(+) A-I      ncRNA chrX:67737661(+) A-I      intronic chrX:67734720(+) A-I      ncRNA chrX:67735756(+) A-I      intronic chrX:67733926(+) A-I      ncRNA chrX:67736800(+) A-I      intronic chrX:67735886(+) A-I      intronic chrX:67734914(+) A-I      ncRNA chrX:67736778(+) A-I      intronic chrX:67733952(+) A-I      ncRNA chrX:67733939(+) A-I      ncRNA chrX:67734835(+) A-I      ncRNA chrX:67733547(+) A-I      ncRNA chrX:67735695(+) A-I      intronic chrX:67733863(+) A-I      ncRNA chrX:67723744(+) A-I      intronic chrX:67734824(+) A-I      ncRNA chrX:67736003(+) A-I      intronic chrX:67733911(+) A-I      ncRNA chrX:67737728(+) A-I      intronic chrX:67734432(+) A-I      ncRNA chrX:67734525(+) A-I      ncRNA chrX:67736672(+) A-I      intronic chrX:67736837(+) A-I      intronic chrX:67735623(+) A-I      intronic chrX:67735562(+) A-I      intronic chrX:67735948(+) A-I      intronic chrX:67735915(+) A-I      intronic chrX:67735580(+) A-I      intronic chrX:67728214(+) A-I      intronic chrX:67733596(+) A-I      ncRNA chrX:67737115(+) A-I      intronic chrX:67736676(+) A-I      intronic chrX:67725102(+) A-I      intronic chrX:67736795(+) A-I      intronic chrX:67737581(+) A-I      intronic chrX:67726280(+) A-I      intronic chrX:67725037(+) A-I      intronic chrX:67737888(+) A-I      intronic chrX:67735604(+) A-I      intronic chrX:67737936(+) A-I      intronic chrX:67733432(+) A-I      ncRNA chrX:67735814(+) A-I      intronic chrX:67734764(+) A-I      ncRNA chrX:67734817(+) A-I      ncRNA chrX:67733921(+) A-I      ncRNA chrX:67734451(+) A-I      ncRNA chrX:67735844(+) A-I      intronic chrX:67733606(+) A-I      ncRNA chrX:67723735(+) A-I      intronic chrX:67733533(+) A-I      ncRNA chrX:67736925(+) A-I      intronic chrX:67733569(+) A-I      ncRNA chrX:67735048(+) A-I      ncRNA chrX:67734350(+) A-I      ncRNA chrX:67733922(+) A-I      ncRNA chrX:67737975(+) A-I      intronic chrX:67734390(+) A-I      ncRNA chrX:67734368(+) A-I      ncRNA chrX:67738042(+) A-I      intronic chrX:67733915(+) A-I      ncRNA chrX:67734750(+) A-I      ncRNA chrX:67734743(+) A-I      ncRNA chrX:67733699(+) A-I      ncRNA chrX:67735528(+) A-I      intronic chrX:67733461(+) A-I      ncRNA chrX:67736761(+) A-I      intronic chrX:67733480(+) A-I      ncRNA chrX:67733453(+) A-I      ncRNA chrX:67734767(+) A-I      ncRNA chrX:67735216(+) A-I      intronic chrX:67733918(+) A-I      ncRNA chrX:67734749(+) A-I      ncRNA chrX:67734413(+) A-I      ncRNA chrX:67733912(+) A-I      ncRNA

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	YIPF6	chrX:67733533(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67733534(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67733606(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67733952(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67734390(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67734413(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67734451(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67734733(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67734767(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chrX:67735018(+) A-I intron -    15342557 chrX:67735048(+) A-I intron -    15342557 chrX:67736800(+) A-I intron -    22327324 chrX:67733530(+) A-G intron -    22484847 chrX:67733863(+) A-G intron -    22484847 chrX:67733952(+) A-G intron -    22484847 chrX:67734779(+) A-G intron -    22484847 chrX:67736800(+) A-G intron -    22484847 chrX:67736916(+) A-G intron -    22484847 chrX:67737661(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	YIPF6	chrX:67718483-67718484(+) m6A 5'UTR       24981863 chrX:67718873-67718874(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863 chrX:67718936-67718937(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863 chrX:67718944-67718945(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863 chrX:67718992-67718993(+) m6A exon//intron       25456834//24981863 chrX:67754030-67754031(+) Y 3'UTR       26075521 chrX:67754554-67754555(+) m6A 3'UTR       22608085 chrX:67754652-67754653(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:67754667-67754668(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:67754688-67754689(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:67754788-67754789(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:67754794-67754795(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:67754833-67754834(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:67754864-67754865(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:67755090-67755091(+) m6A 3'UTR       24981863 chrX:67755138-67755139(+) m6A 3'UTR       24981863 chrX:67755185-67755186(+) m6A 3'UTR       24981863 chrX:67756603-67756604(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	YIPF6	Chromatin K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART6-3p
Interactor2: YIPF6

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	miRanda//PARalyzer//Targetscan
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-1 cells	Interactor2 expression	None
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6A BC-1 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.