Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00304978

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART4-5p:  MIMAT0003412          ITGA6:  NM_001079818     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART4-5p	ITGA6
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003412	3655
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CD49f//ITGA6B//VLA-6

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ITGA6	chr2:173359039(+) A-I      intronic chr2:173359093(+) A-I      intronic chr2:173359073(+) A-I      intronic chr2:173315141(+) A-I      intronic chr2:173359089(+) A-I      intronic chr2:173359049(+) A-I      intronic chr2:173359057(+) A-I      intronic chr2:173364205(+) A-I      intronic chr2:173357833(+) A-I      intronic chr2:173359056(+) A-I      intronic chr2:173359064(+) A-I      intronic chr2:173359053(+) A-I      intronic chr2:173359058(+) A-I      intronic chr2:173309794(+) A-I      intronic chr2:173309148(+) A-I      intronic chr2:173309147(+) A-I      intronic chr2:173359032(+) A-I      intronic chr2:173310274(+) A-I      intronic chr2:173321820(+) A-I      intronic chr2:173321821(+) A-I      intronic chr2:173362201(+) A-I      intronic chr2:173362209(+) A-I      intronic chr2:173309885(+) A-I      intronic chr2:173309974(+) A-I      intronic chr2:173318076(+) A-I      intronic chr2:173310256(+) A-I      intronic chr2:173322995(+) A-I      intronic chr2:173308533(+) A-I      intronic chr2:173318945(+) A-I      intronic chr2:173323032(+) A-I      intronic chr2:173362043(+) A-I      intronic chr2:173348639(+) A-I      intronic chr2:173317999(+) A-I      intronic chr2:173314460(+) A-I      intronic chr2:173323027(+) A-I      intronic chr2:173348619(+) A-I      intronic chr2:173321901(+) A-I      intronic chr2:173312116(+) A-I      intronic chr2:173357781(+) A-I      intronic chr2:173318992(+) A-I      intronic chr2:173318039(+) A-I      intronic chr2:173318941(+) A-I      intronic chr2:173309881(+) A-I      intronic chr2:173319032(+) A-I      intronic chr2:173318145(+) A-I      intronic chr2:173308589(+) A-I      intronic chr2:173364280(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ITGA6	chr2:173359031(+) A-I intron -    22327324 chr2:173312126(+) T-C intron -    22484847 chr2:173312129(+) T-C intron -    22484847 chr2:173312141(+) T-C intron -    22484847 chr2:173316093(+) T-C intron -    22484847 chr2:173348667(+) T-C intron -    22484847 chr2:173348676(+) T-C intron -    22484847 chr2:173350687(+) T-C intron -    22484847 chr2:173350694(+) T-C intron -    22484847 chr2:173350792(+) T-C intron -    22484847 chr2:173350835(+) T-G intron -    22484847 chr2:173357659(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357667(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357670(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357672(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357674(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357760(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357798(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357815(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357855(+) T-C intron -    22484847 chr2:173357856(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359030(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359031(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359047(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359067(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359069(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359222(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359230(+) T-C intron -    22484847 chr2:173359247(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364185(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364208(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364217(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364231(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364247(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364266(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364286(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364289(+) T-C intron -    22484847 chr2:173364378(+) T-C intron -    22484847 chr2:173365169(+) T-C intron -    22484847 chr2:173365177(+) T-C intron -    22484847 chr2:173365246(+) T-C intron -    22484847 chr2:173365258(+) T-C intron -    22484847 chr2:173365356(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ITGA6	chr2:173292311-173292312(+) m6A 5'UTR//intron       25456834//24981863 chr2:173292454-173292455(+) m6A 5'UTR//intron       24209618//24981863//27773536//22575960 chr2:173292595-173292596(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618 chr2:173292607-173292608(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618 chr2:173292631-173292632(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618 chr2:173292688-173292689(+) m6A CDS//intron       24284625 chr2:173333804-173333805(+) m6A exon//intron       24209618//24981863 chr2:173333817-173333818(+) m6A exon//intron       24209618//24981863 chr2:173333852-173333853(+) m6A CDS//exon       24209618//24981863 chr2:173333910-173333911(+) m6A CDS//exon       24209618//24981863 chr2:173334060-173334061(+) m6A CDS//exon       24981863 chr2:173352009-173352010(+) m6A CDS       24981863//26404942 chr2:173352059-173352060(+) m6A CDS       24981863//26404942 chr2:173352117-173352118(+) m6A CDS       24981863//26404942 chr2:173352137-173352138(+) m6A CDS       24981863//26404942 chr2:173352165-173352166(+) m6A CDS       26404942 chr2:173355967-173355968(+) m6A CDS//exon       - chr2:173355976-173355977(+) m6A CDS//exon       - chr2:173356003-173356004(+) m6A CDS//exon       - chr2:173356042-173356043(+) m6A CDS//exon       - chr2:173356163-173356164(+) m6A CDS//exon       - chr2:173356168-173356169(+) m6A CDS//exon       - chr2:173356177-173356178(+) m6A CDS//exon       - chr2:173362729-173362730(+) m6A CDS//exon       - chr2:173368937-173368938(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:173369016-173369017(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr2:173369075-173369076(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr2:173369106-173369107(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr2:173369174-173369175(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr2:173369413-173369414(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863 chr2:173369460-173369461(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863 chr2:173369822-173369823(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:173370007-173370008(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:173370052-173370053(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:173370089-173370090(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:173370218-173370219(+) m6A 3'UTR       26404942

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ITGA6	Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART4-5p
Interactor2: ITGA6

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA
Support Database	VmiReg