Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00304562

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.8808

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      Predicted binding sites in PRIdictor:   PTEN:  NP_000305     

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART3-3p	PTEN
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003411	5728
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	protein
Alias	-	10q23del//BZS//CWS1//DEC//GLM2//MHAM//MMAC1//PTEN1//PTENbeta//TEP1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PTEN	chr10:89718214(+) A-I      intronic chr10:89718198(+) A-I      intronic chr10:89670310(+) A-I      intronic chr10:89632809(+) A-I      intronic chr10:89718169(+) A-I      intronic chr10:89713387(+) A-I      intronic chr10:89713371(+) A-I      intronic chr10:89670384(+) A-I      intronic chr10:89710757(+) A-I      intronic chr10:89713369(+) A-I      intronic chr10:89713361(+) A-I      intronic chr10:89713352(+) A-I      intronic chr10:89713343(+) A-I      intronic chr10:89713337(+) A-I      intronic chr10:89713325(+) A-I      intronic chr10:89718208(+) A-I      intronic chr10:89632903(+) A-I      intronic chr10:89718721(+) A-I      intronic chr10:89699180(+) A-I      intronic chr10:89650711(+) A-I      intronic chr10:89670277(+) A-I      intronic chr10:89668374(+) A-I      intronic chr10:89631270(+) A-I      intronic chr10:89700019(+) A-I      intronic chr10:89710546(+) A-I      intronic chr10:89699281(+) A-I      intronic chr10:89668257(+) A-I      intronic chr10:89651342(+) A-I      intronic chr10:89718619(+) A-I      intronic chr10:89668294(+) A-I      intronic chr10:89651483(+) A-I      intronic chr10:89669225(+) A-I      intronic chr10:89664621(+) A-I      intronic chr10:89632869(+) A-I      intronic chr10:89671867(+) A-I      intronic chr10:89650611(+) A-I      intronic chr10:89650491(+) A-I      intronic chr10:89722220(+) A-I      intronic chr10:89650647(+) A-I      intronic chr10:89651416(+) A-I      intronic chr10:89650574(+) A-I      intronic chr10:89724690(+) A-I      intronic chr10:89632926(+) A-I      intronic chr10:89718719(+) A-I      intronic chr10:89718718(+) A-I      intronic chr10:89718295(+) A-I      intronic chr10:89718272(+) A-I      intronic chr10:89718211(+) A-I      intronic chr10:89718203(+) A-I      intronic chr10:89718202(+) A-I      intronic chr10:89710629(+) A-I      intronic chr10:89632910(+) A-I      intronic chr10:89710582(+) A-I      intronic chr10:89700089(+) A-I      intronic chr10:89699198(+) A-I      intronic chr10:89671839(+) A-I      intronic chr10:89699150(+) A-I      intronic chr10:89671893(+) A-I      intronic chr10:89668347(+) A-I      intronic chr10:89671878(+) A-I      intronic chr10:89671844(+) A-I      intronic chr10:89671843(+) A-I      intronic chr10:89671804(+) A-I      intronic chr10:89671697(+) A-I      intronic chr10:89631481(+) A-I      intronic chr10:89671695(+) A-I      intronic chr10:89669234(+) A-I      intronic chr10:89669177(+) A-I      intronic chr10:89669163(+) A-I      intronic chr10:89669160(+) A-I      intronic chr10:89651456(+) A-I      intronic chr10:89669159(+) A-I      intronic chr10:89668439(+) A-I      intronic chr10:89668396(+) A-I      intronic chr10:89650601(+) A-I      intronic chr10:89668303(+) A-I      intronic chr10:89669079(+) A-I      intronic chr10:89668301(+) A-I      intronic chr10:89700017(+) A-I      intronic chr10:89699969(+) A-I      intronic chr10:89631276(+) A-I      intronic chr10:89694525(+) A-I      intronic chr10:89700083(+) A-I      intronic chr10:89631437(+) A-I      intronic chr10:89632930(+) A-I      intronic chr10:89631425(+) A-I      intronic chr10:89632879(+) A-I      intronic chr10:89710683(+) A-I      intronic chr10:89632916(+) A-I      intronic chr10:89664634(+) A-I      intronic chr10:89694594(+) A-I      intronic chr10:89668297(+) A-I      intronic chr10:89668241(+) A-I      intronic chr10:89631329(+) A-I      intronic chr10:89665493(+) A-I      intronic chr10:89665492(+) A-I      intronic chr10:89665374(+) A-I      intronic chr10:89665372(+) A-I      intronic chr10:89665335(+) A-I      intronic chr10:89651526(+) A-I      intronic chr10:89669172(+) A-I      intronic chr10:89651523(+) A-I      intronic chr10:89651424(+) A-I      intronic chr10:89632877(+) A-I      intronic chr10:89632939(+) A-I      intronic chr10:89668288(+) A-I      intronic chr10:89663940(+) A-I      intronic chr10:89631417(+) A-I      intronic chr10:89651338(+) A-I      intronic chr10:89632878(+) A-I      intronic chr10:89710575(+) A-I      intronic chr10:89710643(+) A-I      intronic chr10:89668232(+) A-I      intronic chr10:89631356(+) A-I      intronic chr10:89699175(+) A-I      intronic chr10:89718692(+) A-I      intronic chr10:89699976(+) A-I      intronic chr10:89668283(+) A-I      intronic chr10:89632881(+) A-I      intronic chr10:89654799(+) A-I      intronic chr10:89650732(+) A-I      intronic chr10:89710611(+) A-I      intronic chr10:89631520(+) A-I      intronic chr10:89651369(+) A-I      intronic chr10:89665256(+) A-I      intronic chr10:89631391(+) A-I      intronic chr10:89650666(+) A-I      intronic chr10:89632848(+) A-I      intronic chr10:89650684(+) A-I      intronic chr10:89651569(+) A-I      intronic chr10:89665329(+) A-I      intronic chr10:89669080(+) A-I      intronic chr10:89632872(+) A-I      intronic chr10:89699290(+) A-I      intronic chr10:89631378(+) A-I      intronic chr10:89632956(+) A-I      intronic chr10:89721970(+) A-I      intronic chr10:89669123(+) A-I      intronic chr10:89633016(+) A-I      intronic chr10:89669260(+) A-I      intronic chr10:89650572(+) A-I      intronic chr10:89651387(+) A-I      intronic chr10:89651315(+) A-I      intronic chr10:89718724(+) A-I      intronic chr10:89632874(+) A-I      intronic chr10:89680450(+) A-I      intronic chr10:89680424(+) A-I      intronic chr10:89670231(+) A-I      intronic chr10:89668282(+) A-I      intronic chr10:89632819(+) A-I      intronic chr10:89694540(+) A-I      intronic chr10:89651442(+) A-I      intronic chr10:89724794(+) A-I      intronic chr10:89710551(+) A-I      intronic chr10:89699943(+) A-I      intronic chr10:89632922(+) A-I      intronic chr10:89718337(+) A-I      intronic chr10:89651370(+) A-I      intronic chr10:89681165(+) A-I      intronic chr10:89668312(+) A-I      intronic chr10:89632850(+) A-I      intronic chr10:89710532(+) A-I      intronic chr10:89663890(+) A-I      intronic chr10:89669124(+) A-I      intronic chr10:89631521(+) A-I      intronic chr10:89718740(+) A-I      intronic chr10:89632884(+) A-I      intronic chr10:89718336(+) A-I      intronic chr10:89631498(+) A-I      intronic chr10:89710666(+) A-I      intronic chr10:89699939(+) A-I      intronic chr10:89668298(+) A-I      intronic chr10:89632876(+) A-I      intronic chr10:89699181(+) A-I      intronic chr10:89631418(+) A-I      intronic chr10:89651393(+) A-I      intronic chr10:89631355(+) A-I      intronic chr10:89668307(+) A-I      intronic chr10:89664709(+) A-I      intronic chr10:89668370(+) A-I      intronic chr10:89650716(+) A-I      intronic chr10:89718349(+) A-I      intronic chr10:89631295(+) A-I      intronic chr10:89650557(+) A-I      intronic chr10:89668277(+) A-I      intronic chr10:89650707(+) A-I      intronic chr10:89651496(+) A-I      intronic chr10:89668389(+) A-I      intronic chr10:89632875(+) A-I      intronic chr10:89678017(+) A-I      intronic chr10:89632949(+) A-I      intronic chr10:89632883(+) A-I      intronic chr10:89631308(+) A-I      intronic chr10:89650603(+) A-I      intronic chr10:89699220(+) A-I      intronic chr10:89631533(+) A-I      intronic chr10:89710543(+) A-I      intronic chr10:89650685(+) A-I      intronic chr10:89651465(+) A-I      intronic chr10:89650602(+) A-I      intronic chr10:89631459(+) A-I      intronic chr10:89669249(+) A-I      intronic chr10:89700122(+) A-I      intronic chr10:89632852(+) A-I      intronic chr10:89631423(+) A-I      intronic chr10:89699991(+) A-I      intronic chr10:89632954(+) A-I      intronic chr10:89651395(+) A-I      intronic chr10:89631352(+) A-I      intronic chr10:89651452(+) A-I      intronic chr10:89639224(+) A-I      intronic chr10:89710599(+) A-I      intronic chr10:89669121(+) A-I      intronic chr10:89632890(+) A-I      intronic chr10:89668300(+) A-I      intronic chr10:89651478(+) A-I      intronic chr10:89690566(+) A-I      intronic chr10:89650678(+) A-I      intronic chr10:89699343(+) A-I      intronic chr10:89647472(+) A-I      intronic chr10:89667231(+) A-I      intronic chr10:89650957(+) A-I      intronic chr10:89670204(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	PTEN	chr10:89647472(+) A-I intron -    15342557 chr10:89650685(+) A-I intron -    15342557 chr10:89650711(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651369(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651387(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651393(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651395(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651442(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651452(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651456(+) A-I intron -    15342557 chr10:89651478(+) A-I intron -    15342557 chr10:89631352(+) A-I intron -    22327324 chr10:89631356(+) A-I intron -    22327324 chr10:89631521(+) A-I intron -    22327324 chr10:89632819(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr10:89632852(+) A-I intron -    22327324 chr10:89632875(+) A-I intron -    22327324 chr10:89632878(+) A-I intron -    22327324 chr10:89632916(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr10:89632930(+) A-I intron -    22327324 chr10:89632954(+) A-I intron -    22327324 chr10:89699939(+) A-I intron -    22327324 chr10:89631391(+) A-I intron -    21960545 chr10:89669080(+) A-I intron -    21960545 chr10:89631352(+) A-G intron -    22484847 chr10:89631356(+) A-G intron -    22484847 chr10:89631417(+) A-G intron -    22484847 chr10:89631423(+) A-G intron -    22484847 chr10:89631459(+) A-G intron -    22484847 chr10:89631520(+) A-G intron -    22484847 chr10:89631521(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632819(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632852(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632869(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632874(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632875(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632876(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632877(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632878(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632881(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632890(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632916(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632930(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632949(+) A-G intron -    22484847 chr10:89632954(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650557(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650601(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650602(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650647(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650666(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650678(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650684(+) A-G intron -    22484847 chr10:89650716(+) A-G intron -    22484847 chr10:89651338(+) A-G intron -    22484847 chr10:89651387(+) A-G intron -    22484847 chr10:89651416(+) A-G intron -    22484847 chr10:89651483(+) A-G intron -    22484847 chr10:89651496(+) A-G intron -    22484847 chr10:89654799(+) A-G intron -    22484847 chr10:89668277(+) A-G intron -    22484847 chr10:89668294(+) A-G intron -    22484847 chr10:89668298(+) A-G intron -    22484847 chr10:89668300(+) A-G intron -    22484847 chr10:89668374(+) A-G intron -    22484847 chr10:89680424(+) A-G intron -    22484847 chr10:89680450(+) A-G intron -    22484847 chr10:89699343(+) A-G intron -    22484847 chr10:89699939(+) A-G intron -    22484847 chr10:89699943(+) A-G intron -    22484847 chr10:89699976(+) A-G intron -    22484847 chr10:89700019(+) A-G intron -    22484847 chr10:89700083(+) A-G intron -    22484847 chr10:89707572(+) A-G intron -    22484847 chr10:89708457(+) G-C intron -    22484847 chr10:89724745(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PTEN	chr10:89622880-89622881(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr10:89623325-89623326(+) m6A 5'UTR       24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr10:89623874-89623875(+) m6A 5'UTR       24981863 chr10:89623891-89623892(+) m6A 5'UTR       24981863 chr10:89624074-89624075(+) Y 5'UTR       26075521 chr10:89624224-89624225(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr10:89624260-89624261(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr10:89624296-89624297(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr10:89626517-89626518(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr10:89626529-89626530(+) m6A exon//intron       24981863//22608085 chr10:89626793-89626794(+) m6A exon//intron       24981863 chr10:89653793-89653794(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863 chr10:89653824-89653825(+) m6A CDS//exon       24981863 chr10:89653844-89653845(+) m6A CDS//exon       24981863 chr10:89654024-89654025(+) m6A exon//intron       22608085 chr10:89654055-89654056(+) m6A exon//intron       22608085 chr10:89685292-89685293(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr10:89690814-89690815(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr10:89692790-89692791(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr10:89692812-89692813(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr10:89692821-89692822(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr10:89692906-89692907(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr10:89692993-89692994(+) m6A CDS//exon       22608085 chr10:89693000-89693001(+) m6A CDS//exon       22608085 chr10:89717754-89717755(+) m6A CDS       27773535 chr10:89717759-89717760(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr10:89720694-89720695(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr10:89720704-89720705(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr10:89720840-89720841(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr10:89720889-89720890(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr10:89725135-89725136(+) m6A CDS       24981863 chr10:89725186-89725187(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr10:89725254-89725255(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr10:89725269-89725270(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr10:89725279-89725280(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr10:89725290-89725291(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr10:89725316-89725317(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:89725344-89725345(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:89725467-89725468(+) m6A 3'UTR       24981863 chr10:89725843-89725844(+) m6A 3'UTR       22608085 chr10:89726022-89726023(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	PTEN	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART3-3p
Interactor2: PTEN

Evidence Support:

Strong-Evidence	Luciferase reporter assay//Western blot
Support Database	VmiReg

References:

PMID	21788950	Target region	3'UTR
Source	VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	DB cells//HEK293T cells//SU-DHL-4 cells//SU-DHL-6 cells	Interactor2 expression	None
Description	With this approach, we noted a significant reduction in luciferase signal for three of the four viral miRNAs assayed (Figure 2a) when compared with either the reporter transfected with a miRNA mimic negative control sequence or the vector without the 3'UTR of BCL6. Ebv-miR-BART3, ebv-miR-BART9 and ebvmiR- BART17-5p reduced the luciferase signal by at least 60%.