Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00298780

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART1-3p:  MIMAT0003390          SLAIN2:  NM_020846     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART1-3p	SLAIN2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003390	57606
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	KIAA1458

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SLAIN2	chr4:48364643(+) A-I      intronic chr4:48361018(+) A-I      intronic chr4:48361000(+) A-I      intronic chr4:48359834(+) A-I      intronic chr4:48359800(+) A-I      intronic chr4:48415190(+) A-I      intronic chr4:48364575(+) A-I      intronic chr4:48367325(+) A-I      intronic chr4:48387718(+) A-I      intronic chr4:48349396(+) A-I      intronic chr4:48388002(+) A-I      intronic chr4:48420514(+) A-I      intronic chr4:48420482(+) A-I      intronic chr4:48364624(+) A-I      intronic chr4:48364621(+) A-I      intronic chr4:48395118(+) A-I      intronic chr4:48395490(+) A-I      intronic chr4:48367334(+) A-I      intronic chr4:48362566(+) A-I      intronic chr4:48367337(+) A-I      intronic chr4:48364618(+) A-I      intronic chr4:48415124(+) A-I      intronic chr4:48364536(+) A-I      intronic chr4:48364529(+) A-I      intronic chr4:48364513(+) A-I      intronic chr4:48362362(+) A-I      intronic chr4:48362353(+) A-I      intronic chr4:48387714(+) A-I      intronic chr4:48379448(+) A-I      intronic chr4:48379431(+) A-I      intronic chr4:48379336(+) A-I      intronic chr4:48379299(+) A-I      intronic chr4:48379171(+) A-I      intronic chr4:48379148(+) A-I      intronic chr4:48378417(+) A-I      intronic chr4:48378215(+) A-I      intronic chr4:48373773(+) A-I      intronic chr4:48373710(+) A-I      intronic chr4:48395194(+) A-I      intronic chr4:48395170(+) A-I      intronic chr4:48395167(+) A-I      intronic chr4:48395135(+) A-I      intronic chr4:48367340(+) A-I      intronic chr4:48373700(+) A-I      intronic chr4:48367214(+) A-I      intronic chr4:48373295(+) A-I      intronic chr4:48362354(+) A-I      intronic chr4:48379317(+) A-I      intronic chr4:48356715(+) A-I      intronic chr4:48395496(+) A-I      intronic chr4:48362489(+) A-I      intronic chr4:48373799(+) A-I      intronic chr4:48367376(+) A-I      intronic chr4:48367367(+) A-I      intronic chr4:48370195(+) A-I      intronic chr4:48379300(+) A-I      intronic chr4:48387779(+) A-I      intronic chr4:48370205(+) A-I      intronic chr4:48348880(+) A-I      intronic chr4:48387988(+) A-I      intronic chr4:48388004(+) A-I      intronic chr4:48379172(+) A-I      intronic chr4:48367330(+) A-I      intronic chr4:48362488(+) A-I      intronic chr4:48373299(+) A-I      intronic chr4:48350472(+) A-I      intronic chr4:48362432(+) A-I      intronic chr4:48388080(+) A-I      intronic chr4:48367366(+) A-I      intronic chr4:48395157(+) A-I      intronic chr4:48388060(+) A-I      intronic chr4:48348905(+) A-I      intronic chr4:48367413(+) A-I      intronic chr4:48362377(+) A-I      intronic chr4:48360393(+) A-I      intronic chr4:48395491(+) A-I      intronic chr4:48359990(+) A-I      intronic chr4:48356664(+) A-I      intronic chr4:48387799(+) A-I      intronic chr4:48378398(+) A-I      intronic chr4:48379125(+) A-I      intronic chr4:48373768(+) A-I      intronic chr4:48356656(+) A-I      intronic chr4:48364486(+) A-I      intronic chr4:48376007(+) A-I      intronic chr4:48375811(+) A-I      intronic chr4:48378271(+) A-I      intronic chr4:48362461(+) A-I      intronic chr4:48376492(+) A-I      intronic chr4:48379116(+) A-I      intronic chr4:48359755(+) A-I      intronic chr4:48350586(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SLAIN2	chr4:48356916(+) C-T intron -    22484847 chr4:48356919(+) T-C intron -    22484847 chr4:48356924(+) C-T intron -    22484847 chr4:48360393(+) A-G intron -    22484847 chr4:48367366(+) A-G intron -    22484847 chr4:48367367(+) A-G intron -    22484847 chr4:48375811(+) A-G intron -    22484847 chr4:48376492(+) A-G intron -    22484847 chr4:48376525(+) A-G intron -    22484847 chr4:48378271(+) A-G intron -    22484847 chr4:48379300(+) A-G intron -    22484847 chr4:48379406(+) A-G intron -    22484847 chr4:48387981(+) A-G intron -    22484847 chr4:48387988(+) A-G intron -    22484847 chr4:48388004(+) A-G intron -    22484847 chr4:48388060(+) A-G intron -    22484847 chr4:48388080(+) A-G intron -    22484847 chr4:48395181(+) A-G intron -    22484847 chr4:48395445(+) A-G intron -    22484847 chr4:48395491(+) A-G intron -    22484847 chr4:48411743(+) G-A intron -    22484847 chr4:48421138(+) G-T intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SLAIN2	chr4:48343600-48343601(+) m6A 5'UTR       24209618//25456834//24981863 chr4:48343615-48343616(+) m6A 5'UTR       24209618//25456834//24981863 chr4:48343787-48343788(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863 chr4:48343822-48343823(+) m1A CDS       26863196 chr4:48343842-48343843(+) m6A CDS       24209618//25456834 chr4:48380051-48380052(+) m6A CDS//exon       24981863 chr4:48384675-48384676(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:48384922-48384923(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr4:48385667-48385668(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr4:48422394-48422395(+) m6A CDS       24284625 chr4:48422439-48422440(+) m6A CDS       24284625//24209618 chr4:48424046-48424047(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:48424103-48424104(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:48424155-48424156(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:48424172-48424173(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr4:48424186-48424187(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr4:48424235-48424236(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22608085 chr4:48424253-48424254(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22608085 chr4:48424342-48424343(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	SLAIN2	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART1-3p
Interactor2: SLAIN2

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg