Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00288466

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-3:  MIMAT0000998          SERINC5:  NM_178276     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-3	SERINC5
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000998	256987
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	C5orf12//TPO1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SERINC5	chr5:79466961(-) A-I      intronic chr5:79430137(-) A-I      intronic chr5:79430090(-) A-I      intronic chr5:79430052(-) A-I      intronic chr5:79514194(-) A-I      intronic chr5:79495932(-) A-I      intronic chr5:79495931(-) A-I      intronic chr5:79493869(-) A-I      intronic chr5:79449199(-) A-I      intronic chr5:79449118(-) A-I      intronic chr5:79428555(-) A-I      intronic chr5:79428550(-) A-I      intronic chr5:79449124(-) A-I      intronic chr5:79450283(-) A-I      intronic chr5:79426120(-) A-I      intronic chr5:79425958(-) A-I      intronic chr5:79425946(-) A-I      intronic chr5:79425265(-) A-I      intronic chr5:79493015(-) A-I      intronic chr5:79425264(-) A-I      intronic chr5:79482961(-) A-I      intronic chr5:79425242(-) A-I      intronic chr5:79416966(-) A-I      intronic chr5:79537038(-) A-I      intronic chr5:79482866(-) A-I      intronic chr5:79482864(-) A-I      intronic chr5:79480943(-) A-I      intronic chr5:79537120(-) A-I      intronic chr5:79537122(-) A-I      intronic chr5:79537160(-) A-I      intronic chr5:79537166(-) A-I      intronic chr5:79537738(-) A-I      intronic chr5:79537868(-) A-I      intronic chr5:79538384(-) A-I      intronic chr5:79538659(-) A-I      intronic chr5:79539553(-) A-I      intronic chr5:79540262(-) A-I      intronic chr5:79540415(-) A-I      intronic chr5:79520953(-) A-I      intronic chr5:79522879(-) A-I      intronic chr5:79522916(-) A-I      intronic chr5:79522982(-) A-I      intronic chr5:79524307(-) A-I      intronic chr5:79524396(-) A-I      intronic chr5:79524436(-) A-I      intronic chr5:79540519(-) A-I      intronic chr5:79541436(-) A-I      intronic chr5:79541558(-) A-I      intronic chr5:79541637(-) A-I      intronic chr5:79543828(-) A-I      intronic chr5:79450275(-) A-I      intronic chr5:79543903(-) A-I      intronic chr5:79543935(-) A-I      intronic chr5:79543961(-) A-I      intronic chr5:79413902(-) A-I      intronic chr5:79545535(-) A-I      intronic chr5:79546243(-) A-I      intronic chr5:79546298(-) A-I      intronic chr5:79547920(-) A-I      intronic chr5:79547957(-) A-I      intronic chr5:79547970(-) A-I      intronic chr5:79548046(-) A-I      intronic chr5:79549835(-) A-I      intronic chr5:79416807(-) A-I      intronic chr5:79416538(-) A-I      intronic chr5:79416434(-) A-I      intronic chr5:79414456(-) A-I      intronic chr5:79413974(-) A-I      intronic chr5:79413940(-) A-I      intronic chr5:79413904(-) A-I      intronic chr5:79413809(-) A-I      intronic chr5:79412832(-) A-I      intronic chr5:79412682(-) A-I      intronic chr5:79524439(-) A-I      intronic chr5:79525036(-) A-I      intronic chr5:79525063(-) A-I      intronic chr5:79452817(-) A-I      intronic chr5:79410285(-) A-I      intronic chr5:79410272(-) A-I      intronic chr5:79410259(-) A-I      intronic chr5:79413907(-) A-I      intronic chr5:79413908(-) A-I      intronic chr5:79413914(-) A-I      intronic chr5:79413944(-) A-I      intronic chr5:79413963(-) A-I      intronic chr5:79520543(-) A-I      intronic chr5:79431025(-) A-I      intronic chr5:79452908(-) A-I      intronic chr5:79520538(-) A-I      intronic chr5:79518793(-) A-I      intronic chr5:79452878(-) A-I      intronic chr5:79452892(-) A-I      intronic chr5:79518752(-) A-I      intronic chr5:79518571(-) A-I      intronic chr5:79452954(-) A-I      intronic chr5:79493868(-) A-I      intronic chr5:79450141(-) A-I      intronic chr5:79450140(-) A-I      intronic chr5:79452984(-) A-I      intronic chr5:79493830(-) A-I      intronic chr5:79493793(-) A-I      intronic chr5:79452912(-) A-I      intronic chr5:79452913(-) A-I      intronic chr5:79453067(-) A-I      intronic chr5:79453111(-) A-I      intronic chr5:79453229(-) A-I      intronic chr5:79453285(-) A-I      intronic chr5:79453402(-) A-I      intronic chr5:79453410(-) A-I      intronic chr5:79453425(-) A-I      intronic chr5:79453460(-) A-I      intronic chr5:79466667(-) A-I      intronic chr5:79466722(-) A-I      intronic chr5:79466769(-) A-I      intronic chr5:79466957(-) A-I      intronic chr5:79466958(-) A-I      intronic chr5:79545022(-) A-I      intronic chr5:79471817(-) A-I      intronic chr5:79408547(-) A-I      intronic chr5:79428486(-) A-I      intronic chr5:79416432(-) A-I      intronic chr5:79428487(-) A-I      intronic chr5:79428583(-) A-I      intronic chr5:79471819(-) A-I      intronic chr5:79471920(-) A-I      intronic chr5:79472302(-) A-I      intronic chr5:79474429(-) A-I      intronic chr5:79474892(-) A-I      intronic chr5:79475045(-) A-I      intronic chr5:79475058(-) A-I      intronic chr5:79480784(-) A-I      intronic chr5:79480853(-) A-I      intronic chr5:79452993(-) A-I      intronic chr5:79431929(-) A-I      intronic chr5:79431941(-) A-I      intronic chr5:79448724(-) A-I      intronic chr5:79416808(-) A-I      intronic chr5:79526764(-) A-I      intronic chr5:79480868(-) A-I      intronic chr5:79529769(-) A-I      intronic chr5:79529810(-) A-I      intronic chr5:79412754(-) A-I      intronic chr5:79412784(-) A-I      intronic chr5:79529920(-) A-I      intronic chr5:79532450(-) A-I      intronic chr5:79532464(-) A-I      intronic chr5:79532473(-) A-I      intronic chr5:79533386(-) A-I      intronic chr5:79526073(-) A-I      intronic chr5:79449101(-) A-I      intronic chr5:79536656(-) A-I      intronic chr5:79536691(-) A-I      intronic chr5:79536693(-) A-I      intronic chr5:79533317(-) A-I      intronic chr5:79533326(-) A-I      intronic chr5:79517748(-) A-I      intronic chr5:79533355(-) A-I      intronic chr5:79533378(-) A-I      intronic chr5:79533380(-) A-I      intronic chr5:79449064(-) A-I      intronic chr5:79448713(-) A-I      intronic chr5:79448682(-) A-I      intronic chr5:79526708(-) A-I      intronic chr5:79526729(-) A-I      intronic chr5:79448652(-) A-I      intronic chr5:79448132(-) A-I      intronic chr5:79444469(-) A-I      intronic chr5:79441615(-) A-I      intronic chr5:79434307(-) A-I      intronic chr5:79431130(-) A-I      intronic chr5:79431123(-) A-I      intronic chr5:79431005(-) A-I      intronic chr5:79430997(-) A-I      intronic chr5:79430972(-) A-I      intronic chr5:79430303(-) A-I      intronic chr5:79450114(-) A-I      intronic chr5:79430160(-) A-I      intronic chr5:79450095(-) A-I      intronic chr5:79450088(-) A-I      intronic chr5:79430146(-) A-I      intronic chr5:79430143(-) A-I      intronic chr5:79438153(-) A-I      3'UTR chr5:79438194(-) A-I      3'UTR chr5:79438232(-) A-I      3'UTR chr5:79438207(-) A-I      3'UTR chr5:79438297(-) A-I      3'UTR chr5:79438212(-) A-I      3'UTR chr5:79438294(-) A-I      3'UTR chr5:79438220(-) A-I      3'UTR chr5:79438303(-) A-I      3'UTR chr5:79438193(-) A-I      3'UTR chr5:79450167(-) A-I      intronic chr5:79466594(-) A-I      intronic chr5:79419157(-) A-I      intronic chr5:79523823(-) A-I      intronic chr5:79431021(-) A-I      intronic chr5:79483958(-) A-I      intronic chr5:79543966(-) A-I      intronic chr5:79466790(-) A-I      intronic chr5:79547486(-) A-I      intronic chr5:79450196(-) A-I      intronic chr5:79505701(-) A-I      intronic chr5:79449115(-) A-I      intronic chr5:79517960(-) A-I      intronic chr5:79467987(-) A-I      intronic chr5:79449046(-) A-I      intronic chr5:79447420(-) A-I      intronic chr5:79448507(-) A-I      intronic chr5:79449126(-) A-I      intronic chr5:79547083(-) A-I      intronic chr5:79448212(-) A-I      intronic chr5:79533426(-) A-I      intronic chr5:79538642(-) A-I      intronic chr5:79466735(-) A-I      intronic chr5:79536694(-) A-I      intronic chr5:79549812(-) A-I      intronic chr5:79533291(-) A-I      intronic chr5:79425287(-) A-I      intronic chr5:79449109(-) A-I      intronic chr5:79474239(-) A-I      intronic chr5:79532395(-) A-I      intronic chr5:79517700(-) A-I      intronic chr5:79484074(-) A-I      intronic chr5:79520045(-) A-I      intronic chr5:79517822(-) A-I      intronic chr5:79529000(-) A-I      intronic chr5:79419143(-) A-I      intronic chr5:79471971(-) A-I      intronic chr5:79425427(-) A-I      intronic chr5:79413808(-) A-I      intronic chr5:79472340(-) A-I      intronic chr5:79549860(-) A-I      intronic chr5:79412816(-) A-I      intronic chr5:79538665(-) A-I      intronic chr5:79522005(-) A-I      intronic chr5:79474287(-) A-I      intronic chr5:79534478(-) A-I      intronic chr5:79532783(-) A-I      intronic chr5:79540484(-) A-I      intronic chr5:79528988(-) A-I      intronic chr5:79472546(-) A-I      intronic chr5:79449159(-) A-I      intronic chr5:79413769(-) A-I      intronic chr5:79448258(-) A-I      intronic chr5:79449162(-) A-I      intronic chr5:79549898(-) A-I      intronic chr5:79466906(-) A-I      intronic chr5:79466804(-) A-I      intronic chr5:79449181(-) A-I      intronic chr5:79412857(-) A-I      intronic chr5:79524443(-) A-I      intronic chr5:79412790(-) A-I      intronic chr5:79412836(-) A-I      intronic chr5:79452994(-) A-I      intronic chr5:79536630(-) A-I      intronic chr5:79533241(-) A-I      intronic chr5:79414423(-) A-I      intronic chr5:79526795(-) A-I      intronic chr5:79514116(-) A-I      intronic chr5:79526196(-) A-I      intronic chr5:79416580(-) A-I      intronic chr5:79446387(-) A-I      intronic chr5:79534518(-) A-I      intronic chr5:79416621(-) A-I      intronic chr5:79467102(-) A-I      intronic chr5:79453451(-) A-I      intronic chr5:79412780(-) A-I      intronic chr5:79529079(-) A-I      intronic chr5:79449036(-) A-I      intronic chr5:79450181(-) A-I      intronic chr5:79529858(-) A-I      intronic chr5:79524444(-) A-I      intronic chr5:79534480(-) A-I      intronic chr5:79453452(-) A-I      intronic chr5:79449037(-) A-I      intronic chr5:79524991(-) A-I      intronic chr5:79450131(-) A-I      intronic chr5:79548072(-) A-I      intronic chr5:79451144(-) A-I      intronic chr5:79549922(-) A-I      intronic chr5:79448067(-) A-I      intronic chr5:79441750(-) A-I      intronic chr5:79533353(-) A-I      intronic chr5:79529901(-) A-I      intronic chr5:79522934(-) A-I      intronic chr5:79540238(-) A-I      intronic chr5:79470505(-) A-I      intronic chr5:79544889(-) A-I      intronic chr5:79412681(-) A-I      intronic chr5:79492730(-) A-I      intronic chr5:79452833(-) A-I      intronic chr5:79416589(-) A-I      intronic chr5:79526783(-) A-I      intronic chr5:79414473(-) A-I      intronic chr5:79526124(-) A-I      intronic chr5:79416402(-) A-I      intronic chr5:79412927(-) A-I      intronic chr5:79413939(-) A-I      intronic chr5:79547012(-) A-I      intronic chr5:79480729(-) A-I      intronic chr5:79485732(-) A-I      intronic chr5:79466944(-) A-I      intronic chr5:79412910(-) A-I      intronic chr5:79472459(-) A-I      intronic chr5:79548061(-) A-I      intronic chr5:79521973(-) A-I      intronic chr5:79486110(-) A-I      intronic chr5:79484561(-) A-I      intronic chr5:79466718(-) A-I      intronic chr5:79450234(-) A-I      intronic chr5:79492639(-) A-I      intronic chr5:79548058(-) A-I      intronic chr5:79471565(-) A-I      intronic chr5:79538708(-) A-I      intronic chr5:79450220(-) A-I      intronic chr5:79466705(-) A-I      intronic chr5:79538620(-) A-I      intronic chr5:79482905(-) A-I      intronic chr5:79450179(-) A-I      intronic chr5:79497945(-) A-I      intronic chr5:79416961(-) A-I      intronic chr5:79453454(-) A-I      intronic chr5:79412926(-) A-I      intronic chr5:79474453(-) A-I      intronic chr5:79448255(-) A-I      intronic chr5:79422689(-) A-I      intronic chr5:79538486(-) A-I      intronic chr5:79505679(-) A-I      intronic chr5:79416419(-) A-I      intronic chr5:79486073(-) A-I      intronic chr5:79414509(-) A-I      intronic chr5:79492649(-) A-I      intronic chr5:79448642(-) A-I      intronic chr5:79447470(-) A-I      intronic chr5:79413943(-) A-I      intronic chr5:79529146(-) A-I      intronic chr5:79485809(-) A-I      intronic chr5:79460202(-) A-I      intronic chr5:79449198(-) A-I      intronic chr5:79529088(-) A-I      intronic chr5:79528520(-) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SERINC5	chr5:79444391(-) A-I intron -    21960545 chr5:79444610(-) A-I intron -    21960545 chr5:79449101(-) A-I intron -    21960545 chr5:79450297(-) A-I intron -    21960545 chr5:79451550(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466628(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466666(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466667(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466705(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466790(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466804(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466815(-) A-I intron -    21960545 chr5:79466823(-) A-I intron -    21960545 chr5:79526783(-) A-I intron -    21960545 chr5:79536760(-) A-I intron -    21960545 chr5:79538740(-) A-I intron -    21960545 chr5:79547015(-) A-I intron -    21960545 chr5:79547041(-) A-I intron -    21960545 chr5:79449181(-) A-G intron -    22484847 chr5:79449198(-) A-G intron -    22484847 chr5:79472340(-) A-G intron -    22484847 chr5:79482905(-) A-G intron -    22484847 chr5:79493887(-) A-G intron -    22484847 chr5:79522934(-) A-G intron -    22484847 chr5:79529079(-) A-G intron -    22484847 chr5:79529088(-) A-G intron -    22484847 chr5:79529146(-) A-G intron -    22484847 chr5:79537206(-) A-G intron -    22484847 chr5:79537740(-) A-G intron -    22484847 chr5:79538486(-) A-G intron -    22484847 chr5:79540307(-) A-G intron -    22484847 chr5:79547015(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SERINC5	chr5:79412127-79412128(-) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr5:79412143-79412144(-) m6A CDS//intron       24981863 chr5:79436656-79436657(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79436684-79436685(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79438878-79438879(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439009-79439010(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439014-79439015(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439068-79439069(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439110-79439111(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439191-79439192(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439237-79439238(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439270-79439271(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439310-79439311(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439405-79439406(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79439425-79439426(-) m6A 3'UTR//intron       - chr5:79462926-79462927(-) m6A exon//intron       27773535 chr5:79462946-79462947(-) m6A exon//intron       27773535 chr5:79462976-79462977(-) m6A exon//intron       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	SERINC5	Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-3
Interactor2: SERINC5

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	VmiReg