Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00287956

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-3:  MIMAT0000998          MFN1:  NM_033540     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-3	MFN1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000998	55669
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	hfzo1//hfzo2

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	MFN1	chr3:179091889(+) A-I      intronic chr3:179091912(+) A-I      intronic chr3:179091929(+) A-I      intronic chr3:179105731(+) A-I      intronic chr3:179092046(+) A-I      intronic chr3:179077861(+) A-I      intronic chr3:179067436(+) A-I      intronic chr3:179077884(+) A-I      intronic chr3:179104843(+) A-I      intronic chr3:179104946(+) A-I      intronic chr3:179105643(+) A-I      intronic chr3:179105664(+) A-I      intronic chr3:179105704(+) A-I      intronic chr3:179067690(+) A-I      intronic chr3:179067778(+) A-I      intronic chr3:179072605(+) A-I      intronic chr3:179072683(+) A-I      intronic chr3:179072819(+) A-I      intronic chr3:179072832(+) A-I      intronic chr3:179073482(+) A-I      intronic chr3:179073741(+) A-I      intronic chr3:179076933(+) A-I      intronic chr3:179077026(+) A-I      intronic chr3:179091619(+) A-I      intronic chr3:179077048(+) A-I      intronic chr3:179077066(+) A-I      intronic chr3:179077733(+) A-I      intronic chr3:179077843(+) A-I      intronic chr3:179078722(+) A-I      intronic chr3:179078785(+) A-I      intronic chr3:179078853(+) A-I      intronic chr3:179089160(+) A-I      intronic chr3:179089267(+) A-I      intronic chr3:179091536(+) A-I      intronic chr3:179091579(+) A-I      intronic chr3:179091598(+) A-I      intronic chr3:179091627(+) A-I      intronic chr3:179091628(+) A-I      intronic chr3:179091660(+) A-I      intronic chr3:179091684(+) A-I      intronic chr3:179091719(+) A-I      intronic chr3:179091721(+) A-I      intronic chr3:179091737(+) A-I      intronic chr3:179112278(+) A-I      3'UTR chr3:179112284(+) A-I      3'UTR chr3:179112345(+) A-I      3'UTR chr3:179112465(+) A-I      3'UTR chr3:179112410(+) A-I      3'UTR chr3:179111810(+) A-I      3'UTR chr3:179077009(+) A-I      intronic chr3:179091862(+) A-I      intronic chr3:179105262(+) A-I      intronic chr3:179092012(+) A-I      intronic chr3:179067756(+) A-I      intronic chr3:179105763(+) A-I      intronic chr3:179089203(+) A-I      intronic chr3:179105794(+) A-I      intronic chr3:179067833(+) A-I      intronic chr3:179067935(+) A-I      intronic chr3:179079514(+) A-I      intronic chr3:179105114(+) A-I      intronic chr3:179089070(+) A-I      intronic chr3:179105158(+) A-I      intronic chr3:179087112(+) A-I      intronic chr3:179105105(+) A-I      intronic chr3:179105136(+) A-I      intronic chr3:179087117(+) A-I      intronic chr3:179067397(+) A-I      intronic chr3:179067861(+) A-I      intronic chr3:179091723(+) A-I      intronic chr3:179091970(+) A-I      intronic chr3:179078730(+) A-I      intronic chr3:179073593(+) A-I      intronic chr3:179091744(+) A-I      intronic chr3:179079491(+) A-I      intronic chr3:179095957(+) A-I      intronic chr3:179077518(+) A-I      intronic chr3:179111668(+) A-I      3'UTR chr3:179111820(+) A-I      3'UTR chr3:179111896(+) A-I      3'UTR chr3:179111712(+) A-I      3'UTR chr3:179111864(+) A-I      3'UTR chr3:179111719(+) A-I      3'UTR chr3:179111792(+) A-I      3'UTR chr3:179111821(+) A-I      3'UTR chr3:179111909(+) A-I      3'UTR chr3:179111730(+) A-I      3'UTR chr3:179111744(+) A-I      3'UTR chr3:179111709(+) A-I      3'UTR chr3:179111836(+) A-I      3'UTR chr3:179111762(+) A-I      3'UTR chr3:179111918(+) A-I      3'UTR chr3:179111790(+) A-I      3'UTR chr3:179111784(+) A-I      3'UTR chr3:179067793(+) A-I      intronic chr3:179091992(+) A-I      intronic chr3:179105939(+) A-I      intronic chr3:179077878(+) A-I      intronic chr3:179104992(+) A-I      intronic chr3:179078775(+) A-I      intronic chr3:179067820(+) A-I      intronic chr3:179091939(+) A-I      intronic chr3:179105095(+) A-I      intronic chr3:179091881(+) A-I      intronic chr3:179091866(+) A-I      intronic chr3:179072750(+) A-I      intronic chr3:179077089(+) A-I      intronic chr3:179092056(+) A-I      intronic chr3:179105782(+) A-I      intronic chr3:179089180(+) A-I      intronic chr3:179105656(+) A-I      intronic chr3:179078806(+) A-I      intronic chr3:179089066(+) A-I      intronic chr3:179079490(+) A-I      intronic chr3:179105266(+) A-I      intronic chr3:179104949(+) A-I      intronic chr3:179105214(+) A-I      intronic chr3:179091940(+) A-I      intronic chr3:179091926(+) A-I      intronic chr3:179073655(+) A-I      intronic chr3:179091944(+) A-I      intronic chr3:179104804(+) A-I      intronic chr3:179078791(+) A-I      intronic chr3:179089178(+) A-I      intronic chr3:179105060(+) A-I      intronic chr3:179105148(+) A-I      intronic chr3:179072724(+) A-I      intronic chr3:179091844(+) A-I      intronic chr3:179077887(+) A-I      intronic chr3:179091852(+) A-I      intronic chr3:179067685(+) A-I      intronic chr3:179079425(+) A-I      intronic chr3:179091623(+) A-I      intronic chr3:179091905(+) A-I      intronic chr3:179078741(+) A-I      intronic chr3:179068795(+) A-I      intronic chr3:179105701(+) A-I      intronic chr3:179105617(+) A-I      intronic chr3:179091931(+) A-I      intronic chr3:179091591(+) A-I      intronic chr3:179105200(+) A-I      intronic chr3:179091876(+) A-I      intronic chr3:179091836(+) A-I      intronic chr3:179077978(+) A-I      intronic chr3:179105620(+) A-I      intronic chr3:179091971(+) A-I      intronic chr3:179092078(+) A-I      intronic chr3:179087069(+) A-I      intronic chr3:179091954(+) A-I      intronic chr3:179078663(+) A-I      intronic chr3:179104986(+) A-I      intronic chr3:179091722(+) A-I      intronic chr3:179105243(+) A-I      intronic chr3:179105213(+) A-I      intronic chr3:179105695(+) A-I      intronic chr3:179104803(+) A-I      intronic chr3:179067684(+) A-I      intronic chr3:179091980(+) A-I      intronic chr3:179084790(+) A-I      intronic chr3:179105061(+) A-I      intronic chr3:179089039(+) A-I      intronic chr3:179095982(+) A-I      intronic chr3:179105275(+) A-I      intronic chr3:179091930(+) A-I      intronic chr3:179091941(+) A-I      intronic chr3:179091854(+) A-I      intronic chr3:179067922(+) A-I      intronic chr3:179105857(+) A-I      intronic chr3:179105076(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	MFN1	chr3:179078801(+) A-I intron -    22327324 chr3:179087020(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr3:179091531(+) A-I intron -    22327324 chr3:179091904(+) A-I intron -    22327324 chr3:179091905(+) A-I intron -    22327324 chr3:179091948(+) A-I intron -    22327324 chr3:179091970(+) A-I intron -    22327324 chr3:179087021(+) A-I intron -    21960545 chr3:179089207(+) A-I intron -    21960545 chr3:179067397(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067500(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067662(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067684(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067685(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067738(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067756(+) A-G intron -    22484847 chr3:179067861(+) A-G intron -    22484847 chr3:179068795(+) A-G intron -    22484847 chr3:179070614(+) G-A intron -    22484847 chr3:179071184(+) T-C intron -    22484847 chr3:179073655(+) A-G intron -    22484847 chr3:179076994(+) T-C intron -    22484847 chr3:179077009(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077034(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077035(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077110(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077518(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077524(+) G-A intron -    22484847 chr3:179077830(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077833(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077853(+) A-G intron -    22484847 chr3:179077887(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078730(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078734(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078741(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078775(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078791(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078801(+) A-G intron -    22484847 chr3:179078806(+) A-G intron -    22484847 chr3:179079491(+) A-G intron -    22484847 chr3:179079514(+) A-G intron -    22484847 chr3:179087020(+) A-G intron -    22484847 chr3:179087021(+) A-G intron -    22484847 chr3:179088362(+) G-A intron -    22484847 chr3:179089039(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089040(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089063(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089066(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089070(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089143(+) G-A intron -    22484847 chr3:179089203(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089207(+) A-G intron -    22484847 chr3:179089268(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091523(+) G-A intron -    22484847 chr3:179091542(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091601(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091604(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091623(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091668(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091722(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091835(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091836(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091844(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091852(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091862(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091904(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091905(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091930(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091931(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091933(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091939(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091944(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091948(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091954(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091970(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091971(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091980(+) A-G intron -    22484847 chr3:179091992(+) A-G intron -    22484847 chr3:179092011(+) A-G intron -    22484847 chr3:179092012(+) A-G intron -    22484847 chr3:179092016(+) A-G intron -    22484847 chr3:179092019(+) C-A intron -    22484847 chr3:179104803(+) A-G intron -    22484847 chr3:179104804(+) A-G intron -    22484847 chr3:179104949(+) A-G intron -    22484847 chr3:179104971(+) T-C intron -    22484847 chr3:179104972(+) G-A intron -    22484847 chr3:179104986(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105060(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105061(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105105(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105136(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105147(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105148(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105158(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105200(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105213(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105214(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105243(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105262(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105266(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105312(+) C-T intron -    22484847 chr3:179105516(+) A-T intron -    22484847 chr3:179105610(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105617(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105620(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105656(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105695(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105701(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105742(+) A-G intron -    22484847 chr3:179105763(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	MFN1	chr3:179065595-179065596(+) m6A 5'UTR       24981863 chr3:179093089-179093090(+) m6A CDS       27773535 chr3:179093107-179093108(+) m6A CDS       27773535 chr3:179110541-179110542(+) Y 3'UTR       25219674

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	MFN1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-3
Interactor2: MFN1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	miRanda//PARalyzer//PITA//Targetscan
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7).