Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00285143

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6002

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-2-3p:  MIMAT0000997          KLHL5:  NM_001171654     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-2-3p	KLHL5
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000997	51088
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	KLHL5	chr4:39048940(+) A-I      intronic chr4:39049017(+) A-I      intronic chr4:39050294(+) A-I      intronic chr4:39050479(+) A-I      intronic chr4:39050505(+) A-I      intronic chr4:39051050(+) A-I      intronic chr4:39051072(+) A-I      intronic chr4:39051117(+) A-I      intronic chr4:39051260(+) A-I      intronic chr4:39051420(+) A-I      intronic chr4:39051482(+) A-I      intronic chr4:39051496(+) A-I      intronic chr4:39051575(+) A-I      intronic chr4:39057931(+) A-I      intronic chr4:39069443(+) A-I      intronic chr4:39075364(+) A-I      intronic chr4:39075365(+) A-I      intronic chr4:39075366(+) A-I      intronic chr4:39075404(+) A-I      intronic chr4:39075490(+) A-I      intronic chr4:39075493(+) A-I      intronic chr4:39075529(+) A-I      intronic chr4:39076831(+) A-I      intronic chr4:39099473(+) A-I      intronic chr4:39099721(+) A-I      intronic chr4:39100019(+) A-I      intronic chr4:39100096(+) A-I      intronic chr4:39100109(+) A-I      intronic chr4:39100116(+) A-I      intronic chr4:39100148(+) A-I      intronic chr4:39100149(+) A-I      intronic chr4:39100150(+) A-I      intronic chr4:39100245(+) A-I      intronic chr4:39100350(+) A-I      intronic chr4:39100395(+) A-I      intronic chr4:39100688(+) A-I      intronic chr4:39100725(+) A-I      intronic chr4:39100757(+) A-I      intronic chr4:39100797(+) A-I      intronic chr4:39100823(+) A-I      intronic chr4:39106449(+) A-I      intronic chr4:39106485(+) A-I      intronic chr4:39106847(+) A-I      intronic chr4:39106866(+) A-I      intronic chr4:39117960(+) A-I      intronic chr4:39118531(+) A-I      intronic chr4:39118543(+) A-I      intronic chr4:39118556(+) A-I      intronic chr4:39118557(+) A-I      intronic chr4:39118574(+) A-I      intronic chr4:39118586(+) A-I      intronic chr4:39118598(+) A-I      intronic chr4:39118614(+) A-I      intronic chr4:39076840(+) A-I      intronic chr4:39118623(+) A-I      intronic chr4:39118666(+) A-I      intronic chr4:39120190(+) A-I      intronic chr4:39118677(+) A-I      intronic chr4:39118729(+) A-I      intronic chr4:39099536(+) A-I      intronic chr4:39099541(+) A-I      intronic chr4:39099580(+) A-I      intronic chr4:39100793(+) A-I      intronic chr4:39118794(+) A-I      intronic chr4:39100888(+) A-I      intronic chr4:39118536(+) A-I      intronic chr4:39118884(+) A-I      intronic chr4:39120325(+) A-I      intronic chr4:39120129(+) A-I      intronic chr4:39118810(+) A-I      intronic chr4:39118830(+) A-I      intronic chr4:39118840(+) A-I      intronic chr4:39118845(+) A-I      intronic chr4:39118859(+) A-I      intronic chr4:39069430(+) A-I      intronic chr4:39118868(+) A-I      intronic chr4:39118907(+) A-I      intronic chr4:39100860(+) A-I      intronic chr4:39119417(+) A-I      intronic chr4:39119421(+) A-I      intronic chr4:39119433(+) A-I      intronic chr4:39119439(+) A-I      intronic chr4:39119440(+) A-I      intronic chr4:39119446(+) A-I      intronic chr4:39119519(+) A-I      intronic chr4:39119583(+) A-I      intronic chr4:39119606(+) A-I      intronic chr4:39120253(+) A-I      intronic chr4:39120255(+) A-I      intronic chr4:39120256(+) A-I      intronic chr4:39120265(+) A-I      intronic chr4:39120320(+) A-I      intronic chr4:39120321(+) A-I      intronic chr4:39120326(+) A-I      intronic chr4:39120346(+) A-I      intronic chr4:39100863(+) A-I      intronic chr4:39048764(+) A-I      intronic chr4:39048804(+) A-I      intronic chr4:39048823(+) A-I      intronic chr4:39048828(+) A-I      intronic chr4:39048891(+) A-I      intronic chr4:39048958(+) A-I      intronic chr4:39048959(+) A-I      intronic chr4:39124167(+) A-I      3'UTR chr4:39124176(+) A-I      3'UTR chr4:39124153(+) A-I      3'UTR chr4:39099643(+) A-I      intronic chr4:39095476(+) A-I      intronic chr4:39099535(+) A-I      intronic chr4:39093420(+) A-I      intronic chr4:39099573(+) A-I      intronic chr4:39118865(+) A-I      intronic chr4:39106486(+) A-I      intronic chr4:39051437(+) A-I      intronic chr4:39100383(+) A-I      intronic chr4:39100865(+) A-I      intronic chr4:39050403(+) A-I      intronic chr4:39099575(+) A-I      intronic chr4:39100801(+) A-I      intronic chr4:39118800(+) A-I      intronic chr4:39099549(+) A-I      intronic chr4:39100121(+) A-I      intronic chr4:39100313(+) A-I      intronic chr4:39100084(+) A-I      intronic chr4:39099606(+) A-I      intronic chr4:39051639(+) A-I      intronic chr4:39093403(+) A-I      intronic chr4:39099976(+) A-I      intronic chr4:39095478(+) A-I      intronic chr4:39118860(+) A-I      intronic chr4:39051073(+) A-I      intronic chr4:39100458(+) A-I      intronic chr4:39100391(+) A-I      intronic chr4:39069580(+) A-I      intronic chr4:39057843(+) A-I      intronic chr4:39100161(+) A-I      intronic chr4:39118537(+) A-I      intronic chr4:39100107(+) A-I      intronic chr4:39076830(+) A-I      intronic chr4:39048931(+) A-I      intronic chr4:39099706(+) A-I      intronic chr4:39100061(+) A-I      intronic chr4:39118640(+) A-I      intronic chr4:39100323(+) A-I      intronic chr4:39051095(+) A-I      intronic chr4:39100717(+) A-I      intronic chr4:39051124(+) A-I      intronic chr4:39100325(+) A-I      intronic chr4:39100067(+) A-I      intronic chr4:39100853(+) A-I      intronic chr4:39099550(+) A-I      intronic chr4:39099633(+) A-I      intronic chr4:39118518(+) A-I      intronic chr4:39050357(+) A-I      intronic chr4:39099574(+) A-I      intronic chr4:39060157(+) A-I      intronic chr4:39118864(+) A-I      intronic chr4:39069380(+) A-I      intronic chr4:39099740(+) A-I      intronic chr4:39100122(+) A-I      intronic chr4:39100139(+) A-I      intronic chr4:39050514(+) A-I      intronic chr4:39057799(+) A-I      intronic chr4:39100787(+) A-I      intronic chr4:39100369(+) A-I      intronic chr4:39099947(+) A-I      intronic chr4:39118596(+) A-I      intronic chr4:39069523(+) A-I      intronic chr4:39100070(+) A-I      intronic chr4:39100366(+) A-I      intronic chr4:39118771(+) A-I      intronic chr4:39099599(+) A-I      intronic chr4:39099567(+) A-I      intronic chr4:39050393(+) A-I      intronic chr4:39100895(+) A-I      intronic chr4:39075517(+) A-I      intronic chr4:39099681(+) A-I      intronic chr4:39099952(+) A-I      intronic chr4:39099496(+) A-I      intronic chr4:39051192(+) A-I      intronic chr4:39088720(+) A-I      intronic chr4:39100788(+) A-I      intronic chr4:39118874(+) A-I      intronic chr4:39048878(+) A-I      intronic chr4:39103309(+) A-I      intronic chr4:39050320(+) A-I      intronic chr4:39099495(+) A-I      intronic chr4:39100719(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	KLHL5	chr4:39118800(+) A-I intron -    22327324 chr4:39118860(+) A-I intron -    22327324 chr4:39099567(+) A-I intron -    21960545 chr4:39117849(+) G-A intron -    21725310 chr4:39091379(+) T-C intron -    22484847 chr4:39048931(+) A-G intron -    22484847 chr4:39048941(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050320(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050357(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050363(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050364(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050393(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050403(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050405(+) A-G intron -    22484847 chr4:39050514(+) A-G intron -    22484847 chr4:39051639(+) A-G intron -    22484847 chr4:39053880(+) A-G intron -    22484847 chr4:39069523(+) A-G intron -    22484847 chr4:39092696(+) T-C intron -    22484847 chr4:39093487(+) G-T intron -    22484847 chr4:39093489(+) A-T intron -    22484847 chr4:39099535(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099549(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099573(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099574(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099575(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099740(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099906(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099938(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099947(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099952(+) A-G intron -    22484847 chr4:39099976(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100012(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100061(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100067(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100070(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100084(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100089(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100107(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100121(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100122(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100139(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100161(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100323(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100383(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100391(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100458(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100716(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100717(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100719(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100787(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100788(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100801(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100853(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100859(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100865(+) A-G intron -    22484847 chr4:39100895(+) A-G intron -    22484847 chr4:39105421(+) A-T intron -    22484847 chr4:39106450(+) A-G intron -    22484847 chr4:39106486(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	KLHL5	chr4:39064304-39064305(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:39064393-39064394(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:39064400-39064401(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:39098367-39098368(+) m6A CDS       - chr4:39098434-39098435(+) m6A CDS       - chr4:39104950-39104951(+) m6A CDS       24981863//26404942//27773535 chr4:39105012-39105013(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr4:39105039-39105040(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr4:39105046-39105047(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr4:39114718-39114719(+) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr4:39114777-39114778(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085 chr4:39114831-39114832(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085 chr4:39114839-39114840(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085 chr4:39116791-39116792(+) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr4:39116803-39116804(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr4:39116892-39116893(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr4:39116932-39116933(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr4:39116944-39116945(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr4:39116997-39116998(+) m6A CDS//intron       24981863//27773535 chr4:39117942-39117943(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:39122712-39122713(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:39122830-39122831(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//26404942//22608085 chr4:39122853-39122854(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//26404942//22608085 chr4:39122890-39122891(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//26404942 chr4:39122959-39122960(+) m6A 3'UTR//intron       26404942 chr4:39123264-39123265(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr4:39123291-39123292(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ebv-miR-BHRF1-2-3p	Exosome K562 cells     24460325
	KLHL5	Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-2-3p
Interactor2: KLHL5

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	miRanda//PARalyzer//Targetscan
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7).