Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | ebv-miR-BHRF1-2-3p | BACH1 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0000997 | 571 |
Organism | Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | BACH-1//BTBD24 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | BACH1 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID |
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DARNED | BACH1 |
Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | BACH1 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID | ||||||||||||||
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RNALocate | ebv-miR-BHRF1-2-3p | |||||||||||||||||
BACH1 |
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Interactor1: ebv-miR-BHRF1-2-3p | Interactor2: BACH1 |
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Strong-Evidence | Dual luciferase reporter assay | |
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Weak-Evidence | PAR-CLIP | |
Prediction-Evidence | miRanda//PARalyzer//Targetscan | |
Support Database | ViRBase//VmiReg |
[1]PMID | 23170179 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Each method has inherent advantages and limitations, but the combination of these approaches have been successful in identifying many miRNA targets (Table 1). Table 1 List of experimentally validated cellular targets of KSHV- and EBV- encoded miRNAs. The normal cellular functions of these proteins and the effect of their knockdown during viral infection are also listed. The targets that are underlined are repressed by both KSHV- and EBV-encoded miRNAs. |
[2]PMID | 22291592 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7). |