Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00281427

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.5711

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-2-5p:  MIMAT0000996          IPO11:  NM_001134779     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-2-5p	IPO11
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000996	51194
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	RanBP11

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	IPO11	chr5:61726922(+) A-I      intronic chr5:61726949(+) A-I      intronic chr5:61727591(+) A-I      intronic chr5:61727606(+) A-I      intronic chr5:61727608(+) A-I      intronic chr5:61727645(+) A-I      intronic chr5:61727693(+) A-I      intronic chr5:61727713(+) A-I      intronic chr5:61730269(+) A-I      intronic chr5:61730272(+) A-I      intronic chr5:61730610(+) A-I      intronic chr5:61730687(+) A-I      intronic chr5:61730702(+) A-I      intronic chr5:61730758(+) A-I      intronic chr5:61730763(+) A-I      intronic chr5:61734427(+) A-I      intronic chr5:61735313(+) A-I      intronic chr5:61735321(+) A-I      intronic chr5:61735353(+) A-I      intronic chr5:61736367(+) A-I      intronic chr5:61736422(+) A-I      intronic chr5:61736534(+) A-I      intronic chr5:61736535(+) A-I      intronic chr5:61736630(+) A-I      intronic chr5:61740575(+) A-I      intronic chr5:61740576(+) A-I      intronic chr5:61740641(+) A-I      intronic chr5:61740649(+) A-I      intronic chr5:61743019(+) A-I      intronic chr5:61751160(+) A-I      intronic chr5:61751171(+) A-I      intronic chr5:61751235(+) A-I      intronic chr5:61751291(+) A-I      intronic chr5:61751626(+) A-I      intronic chr5:61751632(+) A-I      intronic chr5:61751645(+) A-I      intronic chr5:61751685(+) A-I      intronic chr5:61751718(+) A-I      intronic chr5:61751741(+) A-I      intronic chr5:61751901(+) A-I      intronic chr5:61752409(+) A-I      intronic chr5:61753157(+) A-I      intronic chr5:61753790(+) A-I      intronic chr5:61753816(+) A-I      intronic chr5:61755507(+) A-I      intronic chr5:61759423(+) A-I      intronic chr5:61760168(+) A-I      intronic chr5:61781597(+) A-I      intronic chr5:61781602(+) A-I      intronic chr5:61791550(+) A-I      intronic chr5:61793395(+) A-I      intronic chr5:61793413(+) A-I      intronic chr5:61794526(+) A-I      intronic chr5:61795843(+) A-I      intronic chr5:61795965(+) A-I      intronic chr5:61796378(+) A-I      intronic chr5:61796490(+) A-I      intronic chr5:61798835(+) A-I      intronic chr5:61812246(+) A-I      intronic chr5:61812247(+) A-I      intronic chr5:61812373(+) A-I      intronic chr5:61812866(+) A-I      intronic chr5:61812904(+) A-I      intronic chr5:61812990(+) A-I      intronic chr5:61813369(+) A-I      intronic chr5:61827050(+) A-I      intronic chr5:61829573(+) A-I      intronic chr5:61829635(+) A-I      intronic chr5:61829639(+) A-I      intronic chr5:61829689(+) A-I      intronic chr5:61829702(+) A-I      intronic chr5:61829709(+) A-I      intronic chr5:61849679(+) A-I      intronic chr5:61849706(+) A-I      intronic chr5:61850643(+) A-I      intronic chr5:61851173(+) A-I      intronic chr5:61852382(+) A-I      intronic chr5:61852383(+) A-I      intronic chr5:61855549(+) A-I      intronic chr5:61855591(+) A-I      intronic chr5:61855600(+) A-I      intronic chr5:61855698(+) A-I      intronic chr5:61861182(+) A-I      intronic chr5:61861206(+) A-I      intronic chr5:61862344(+) A-I      intronic chr5:61862381(+) A-I      intronic chr5:61863420(+) A-I      intronic chr5:61864281(+) A-I      intronic chr5:61867566(+) A-I      intronic chr5:61867693(+) A-I      intronic chr5:61867696(+) A-I      intronic chr5:61867722(+) A-I      intronic chr5:61868899(+) A-I      intronic chr5:61892053(+) A-I      intronic chr5:61896032(+) A-I      intronic chr5:61896107(+) A-I      intronic chr5:61896120(+) A-I      intronic chr5:61896125(+) A-I      intronic chr5:61901697(+) A-I      intronic chr5:61901780(+) A-I      intronic chr5:61901795(+) A-I      intronic chr5:61901810(+) A-I      intronic chr5:61902196(+) A-I      intronic chr5:61902228(+) A-I      intronic chr5:61919538(+) A-I      intronic chr5:61919670(+) A-I      intronic chr5:61919988(+) A-I      intronic chr5:61919996(+) A-I      intronic chr5:61920600(+) A-I      intronic chr5:61922107(+) A-I      intronic chr5:61920626(+) A-I      intronic chr5:61920650(+) A-I      intronic chr5:61920657(+) A-I      intronic chr5:61920665(+) A-I      intronic chr5:61920666(+) A-I      intronic chr5:61722049(+) A-I      intronic chr5:61890748(+) A-I      intronic chr5:61890726(+) A-I      intronic chr5:61890727(+) A-I      intronic chr5:61890730(+) A-I      intronic chr5:61890742(+) A-I      intronic chr5:61890744(+) A-I      intronic chr5:61900178(+) A-I      intronic chr5:61861234(+) A-I      intronic chr5:61861170(+) A-I      intronic chr5:61727647(+) A-I      intronic chr5:61711065(+) A-I      intronic chr5:61711091(+) A-I      intronic chr5:61711157(+) A-I      intronic chr5:61711174(+) A-I      intronic chr5:61714029(+) A-I      intronic chr5:61714214(+) A-I      intronic chr5:61715625(+) A-I      intronic chr5:61716608(+) A-I      intronic chr5:61716644(+) A-I      intronic chr5:61719958(+) A-I      intronic chr5:61722055(+) A-I      intronic chr5:61726251(+) A-I      intronic chr5:61726289(+) A-I      intronic chr5:61748633(+) A-I      intronic chr5:61794461(+) A-I      intronic chr5:61864280(+) A-I      intronic chr5:61827297(+) A-I      intronic chr5:61771308(+) A-I      intronic chr5:61794590(+) A-I      intronic chr5:61902435(+) A-I      intronic chr5:61895946(+) A-I      intronic chr5:61813286(+) A-I      intronic chr5:61751629(+) A-I      intronic chr5:61791419(+) A-I      intronic chr5:61727703(+) A-I      intronic chr5:61752022(+) A-I      intronic chr5:61867702(+) A-I      intronic chr5:61759147(+) A-I      intronic chr5:61852031(+) A-I      intronic chr5:61736561(+) A-I      intronic chr5:61901819(+) A-I      intronic chr5:61886893(+) A-I      intronic chr5:61740489(+) A-I      intronic chr5:61829679(+) A-I      intronic chr5:61796394(+) A-I      intronic chr5:61902448(+) A-I      intronic chr5:61747830(+) A-I      intronic chr5:61748709(+) A-I      intronic chr5:61851460(+) A-I      intronic chr5:61751936(+) A-I      intronic chr5:61793486(+) A-I      intronic chr5:61715721(+) A-I      intronic chr5:61813869(+) A-I      intronic chr5:61730753(+) A-I      intronic chr5:61864316(+) A-I      intronic chr5:61781579(+) A-I      intronic chr5:61915601(+) A-I      intronic chr5:61792021(+) A-I      intronic chr5:61734818(+) A-I      intronic chr5:61731314(+) A-I      intronic chr5:61744930(+) A-I      intronic chr5:61796464(+) A-I      intronic chr5:61902186(+) A-I      intronic chr5:61863529(+) A-I      intronic chr5:61863490(+) A-I      intronic chr5:61748713(+) A-I      intronic chr5:61796564(+) A-I      intronic chr5:61813359(+) A-I      intronic chr5:61721274(+) A-I      intronic chr5:61829578(+) A-I      intronic chr5:61795991(+) A-I      intronic chr5:61713912(+) A-I      intronic chr5:61743146(+) A-I      intronic chr5:61722052(+) A-I      intronic chr5:61722013(+) A-I      intronic chr5:61793343(+) A-I      intronic chr5:61715635(+) A-I      intronic chr5:61827291(+) A-I      intronic chr5:61813492(+) A-I      intronic chr5:61796443(+) A-I      intronic chr5:61781563(+) A-I      intronic chr5:61754294(+) A-I      intronic chr5:61813012(+) A-I      intronic chr5:61793429(+) A-I      intronic chr5:61749912(+) A-I      intronic chr5:61864244(+) A-I      intronic chr5:61813250(+) A-I      intronic chr5:61716506(+) A-I      intronic chr5:61920763(+) A-I      intronic chr5:61743167(+) A-I      intronic chr5:61751127(+) A-I      intronic chr5:61759059(+) A-I      intronic chr5:61781570(+) A-I      intronic chr5:61902160(+) A-I      intronic chr5:61736358(+) A-I      intronic chr5:61794625(+) A-I      intronic chr5:61751230(+) A-I      intronic chr5:61714110(+) A-I      intronic chr5:61754302(+) A-I      intronic chr5:61813316(+) A-I      intronic chr5:61891844(+) A-I      intronic chr5:61795989(+) A-I      intronic chr5:61742581(+) A-I      intronic chr5:61903744(+) A-I      intronic chr5:61791414(+) A-I      intronic chr5:61736373(+) A-I      intronic chr5:61862282(+) A-I      intronic chr5:61794536(+) A-I      intronic chr5:61721244(+) A-I      intronic chr5:61716682(+) A-I      intronic chr5:61727303(+) A-I      intronic chr5:61862772(+) A-I      intronic chr5:61796467(+) A-I      intronic chr5:61880360(+) A-I      intronic chr5:61829563(+) A-I      intronic chr5:61828407(+) A-I      intronic chr5:61751917(+) A-I      intronic chr5:61804249(+) A-I      intronic chr5:61901664(+) A-I      intronic chr5:61863493(+) A-I      intronic chr5:61734565(+) A-I      intronic chr5:61715930(+) A-I      intronic chr5:61794537(+) A-I      intronic chr5:61722869(+) A-I      intronic chr5:61864254(+) A-I      intronic chr5:61792065(+) A-I      intronic chr5:61748657(+) A-I      intronic chr5:61814115(+) A-I      intronic chr5:61751229(+) A-I      intronic chr5:61714093(+) A-I      intronic chr5:61781530(+) A-I      intronic chr5:61862305(+) A-I      intronic chr5:61901832(+) A-I      intronic chr5:61722037(+) A-I      intronic chr5:61837920(+) A-I      intronic chr5:61855622(+) A-I      intronic chr5:61722058(+) A-I      intronic chr5:61863489(+) A-I      intronic chr5:61793563(+) A-I      intronic chr5:61760097(+) A-I      intronic chr5:61747925(+) A-I      intronic chr5:61868439(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	IPO11	chr5:61714093(+) A-G intron -    22484847 chr5:61714110(+) A-G intron -    22484847 chr5:61715674(+) A-G intron -    22484847 chr5:61716506(+) A-G intron -    22484847 chr5:61722052(+) A-G intron -    22484847 chr5:61722053(+) A-G intron -    22484847 chr5:61722058(+) A-G intron -    22484847 chr5:61727303(+) A-G intron -    22484847 chr5:61727703(+) A-G intron -    22484847 chr5:61730753(+) A-G intron -    22484847 chr5:61734565(+) A-G intron -    22484847 chr5:61736358(+) A-G intron -    22484847 chr5:61736373(+) A-G intron -    22484847 chr5:61736561(+) A-G intron -    22484847 chr5:61742581(+) A-G intron -    22484847 chr5:61747831(+) A-G intron -    22484847 chr5:61751127(+) A-G intron -    22484847 chr5:61751161(+) A-G intron -    22484847 chr5:61751229(+) A-G intron -    22484847 chr5:61751230(+) A-G intron -    22484847 chr5:61751629(+) A-G intron -    22484847 chr5:61751691(+) A-G intron -    22484847 chr5:61787718(+) C-A intron -    22484847 chr5:61791419(+) A-G intron -    22484847 chr5:61791953(+) A-G intron -    22484847 chr5:61792021(+) A-G intron -    22484847 chr5:61793429(+) A-G intron -    22484847 chr5:61793479(+) A-G intron -    22484847 chr5:61793486(+) A-G intron -    22484847 chr5:61794461(+) A-G intron -    22484847 chr5:61794536(+) A-G intron -    22484847 chr5:61794537(+) A-G intron -    22484847 chr5:61794590(+) A-G intron -    22484847 chr5:61794596(+) T-C intron -    22484847 chr5:61794603(+) A-G intron -    22484847 chr5:61794625(+) A-G intron -    22484847 chr5:61795862(+) A-G intron -    22484847 chr5:61795873(+) A-G intron -    22484847 chr5:61795989(+) A-G intron -    22484847 chr5:61795991(+) A-G intron -    22484847 chr5:61796394(+) A-G intron -    22484847 chr5:61796467(+) A-G intron -    22484847 chr5:61796509(+) A-G intron -    22484847 chr5:61812969(+) A-G intron -    22484847 chr5:61812970(+) A-G intron -    22484847 chr5:61813286(+) A-G intron -    22484847 chr5:61813316(+) A-G intron -    22484847 chr5:61813330(+) A-G intron -    22484847 chr5:61813359(+) A-G intron -    22484847 chr5:61813920(+) A-G intron -    22484847 chr5:61829563(+) A-G intron -    22484847 chr5:61829578(+) A-G intron -    22484847 chr5:61851266(+) A-G intron -    22484847 chr5:61851279(+) A-G intron -    22484847 chr5:61852031(+) A-G intron -    22484847 chr5:61852032(+) A-G intron -    22484847 chr5:61852077(+) A-G intron -    22484847 chr5:61861034(+) A-G intron -    22484847 chr5:61862282(+) A-G intron -    22484847 chr5:61862305(+) A-G intron -    22484847 chr5:61862445(+) A-G intron -    22484847 chr5:61862729(+) A-G intron -    22484847 chr5:61862772(+) A-G intron -    22484847 chr5:61863451(+) A-G intron -    22484847 chr5:61863489(+) A-G intron -    22484847 chr5:61863490(+) A-G intron -    22484847 chr5:61863493(+) A-G intron -    22484847 chr5:61863529(+) A-G intron -    22484847 chr5:61867617(+) A-G intron -    22484847 chr5:61867702(+) A-G intron -    22484847 chr5:61901664(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	IPO11	chr5:61708612-61708613(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr5:61708686-61708687(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr5:61708748-61708749(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr5:61822033-61822034(+) Y CDS//exon//intron       26075521 chr5:61876543-61876544(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876609-61876610(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876616-61876617(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876696-61876697(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876748-61876749(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876760-61876761(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876801-61876802(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876923-61876924(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876929-61876930(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876946-61876947(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61876962-61876963(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61877076-61877077(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61877118-61877119(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61877159-61877160(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61877174-61877175(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:61897146-61897147(+) m6A exon//intron       24981863 chr5:61897617-61897618(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr5:61897641-61897642(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr5:61897653-61897654(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr5:61922993-61922994(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:61923066-61923067(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr5:61923091-61923092(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr5:61923180-61923181(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr5:61923260-61923261(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr5:61923324-61923325(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr5:61924300-61924301(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:61924327-61924328(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:61924333-61924334(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ebv-miR-BHRF1-2-5p	Exosome B cell line (Raji)     21505438
	IPO11	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-2-5p
Interactor2: IPO11

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	PARalyzer
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA

References:

PMID	22291592	Target region	CDS
Source	ViRBase//VIRmiRNA	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	Downregulation
Description	We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7).