Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00278861

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-1:  MIMAT0000995          ATG10:  NM_031482     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-1	ATG10
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000995	83734
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	APG10//APG10L//pp12616

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ATG10	chr5:81482885(+) A-I      intronic chr5:81482472(+) A-I      intronic chr5:81482432(+) A-I      intronic chr5:81478799(+) A-I      intronic chr5:81466556(+) A-I      intronic chr5:81420033(+) A-I      intronic chr5:81415466(+) A-I      intronic chr5:81385062(+) A-I      intronic chr5:81318319(+) A-I      intronic chr5:81557544(+) A-I      intronic chr5:81557558(+) A-I      intronic chr5:81557576(+) A-I      intronic chr5:81557618(+) A-I      intronic chr5:81359585(+) A-I      intronic chr5:81299873(+) A-I      intronic chr5:81299880(+) A-I      intronic chr5:81486336(+) A-I      intronic chr5:81299897(+) A-I      intronic chr5:81318167(+) A-I      intronic chr5:81486345(+) A-I      intronic chr5:81486381(+) A-I      intronic chr5:81486428(+) A-I      intronic chr5:81486443(+) A-I      intronic chr5:81494313(+) A-I      intronic chr5:81513685(+) A-I      intronic chr5:81523865(+) A-I      intronic chr5:81523866(+) A-I      intronic chr5:81523878(+) A-I      intronic chr5:81560088(+) A-I      intronic chr5:81275304(+) A-I      intronic chr5:81275253(+) A-I      intronic chr5:81275236(+) A-I      intronic chr5:81275144(+) A-I      intronic chr5:81274567(+) A-I      intronic chr5:81272807(+) A-I      intronic chr5:81271323(+) A-I      intronic chr5:81271322(+) A-I      intronic chr5:81272820(+) A-I      intronic chr5:81274919(+) A-I      intronic chr5:81317727(+) A-I      intronic chr5:81317721(+) A-I      intronic chr5:81317632(+) A-I      intronic chr5:81356443(+) A-I      intronic chr5:81317464(+) A-I      intronic chr5:81356442(+) A-I      intronic chr5:81332242(+) A-I      intronic chr5:81332158(+) A-I      intronic chr5:81329218(+) A-I      intronic chr5:81269088(+) A-I      intronic chr5:81288420(+) A-I      intronic chr5:81281767(+) A-I      intronic chr5:81269129(+) A-I      intronic chr5:81270442(+) A-I      intronic chr5:81329201(+) A-I      intronic chr5:81329200(+) A-I      intronic chr5:81323076(+) A-I      intronic chr5:81318432(+) A-I      intronic chr5:81317438(+) A-I      intronic chr5:81281793(+) A-I      intronic chr5:81318381(+) A-I      intronic chr5:81270538(+) A-I      intronic chr5:81270552(+) A-I      intronic chr5:81271275(+) A-I      intronic chr5:81485627(+) A-I      intronic chr5:81302802(+) A-I      intronic chr5:81318342(+) A-I      intronic chr5:81359511(+) A-I      intronic chr5:81359486(+) A-I      intronic chr5:81359411(+) A-I      intronic chr5:81359405(+) A-I      intronic chr5:81359332(+) A-I      intronic chr5:81359044(+) A-I      intronic chr5:81359011(+) A-I      intronic chr5:81358991(+) A-I      intronic chr5:81358973(+) A-I      intronic chr5:81357884(+) A-I      intronic chr5:81356444(+) A-I      intronic chr5:81318247(+) A-I      intronic chr5:81278134(+) A-I      intronic chr5:81278085(+) A-I      intronic chr5:81278099(+) A-I      intronic chr5:81278107(+) A-I      intronic chr5:81557547(+) A-I      intronic chr5:81287403(+) A-I      intronic chr5:81287455(+) A-I      intronic chr5:81287461(+) A-I      intronic chr5:81287464(+) A-I      intronic chr5:81288360(+) A-I      intronic chr5:81299867(+) A-I      intronic chr5:81302812(+) A-I      intronic chr5:81482917(+) A-I      intronic chr5:81483210(+) A-I      intronic chr5:81483219(+) A-I      intronic chr5:81483650(+) A-I      intronic chr5:81483654(+) A-I      intronic chr5:81485543(+) A-I      intronic chr5:81485572(+) A-I      intronic chr5:81485624(+) A-I      intronic chr5:81550129(+) A-I      3'UTR chr5:81550142(+) A-I      3'UTR chr5:81550137(+) A-I      3'UTR chr5:81281632(+) A-I      intronic chr5:81318310(+) A-I      intronic chr5:81486511(+) A-I      intronic chr5:81282742(+) A-I      intronic chr5:81281781(+) A-I      intronic chr5:81483050(+) A-I      intronic chr5:81317684(+) A-I      intronic chr5:81274573(+) A-I      intronic chr5:81346639(+) A-I      intronic chr5:81526395(+) A-I      intronic chr5:81288324(+) A-I      intronic chr5:81334838(+) A-I      intronic chr5:81281637(+) A-I      intronic chr5:81269049(+) A-I      intronic chr5:81308533(+) A-I      intronic chr5:81317439(+) A-I      intronic chr5:81523351(+) A-I      intronic chr5:81419565(+) A-I      intronic chr5:81483260(+) A-I      intronic chr5:81482436(+) A-I      intronic chr5:81271394(+) A-I      intronic chr5:81485644(+) A-I      intronic chr5:81287535(+) A-I      intronic chr5:81271884(+) A-I      intronic chr5:81554541(+) A-I      intronic chr5:81361105(+) A-I      intronic chr5:81513662(+) A-I      intronic chr5:81318293(+) A-I      intronic chr5:81287437(+) A-I      intronic chr5:81358860(+) A-I      intronic chr5:81554489(+) A-I      intronic chr5:81288362(+) A-I      intronic chr5:81287555(+) A-I      intronic chr5:81271314(+) A-I      intronic chr5:81334839(+) A-I      intronic chr5:81318328(+) A-I      intronic chr5:81482865(+) A-I      intronic chr5:81550121(+) A-I      3'UTR chr5:81272035(+) A-I      5'UTR chr5:81550126(+) A-I      3'UTR chr5:81550271(+) A-I      3'UTR chr5:81550287(+) A-I      3'UTR chr5:81550120(+) A-I      3'UTR chr5:81308687(+) A-I      intronic chr5:81287715(+) A-I      intronic chr5:81299841(+) A-I      intronic chr5:81332141(+) A-I      intronic chr5:81356561(+) A-I      intronic chr5:81287426(+) A-I      intronic chr5:81513669(+) A-I      intronic chr5:81283041(+) A-I      intronic chr5:81554577(+) A-I      intronic chr5:81275159(+) A-I      intronic chr5:81283205(+) A-I      intronic chr5:81485466(+) A-I      intronic chr5:81283179(+) A-I      intronic chr5:81282654(+) A-I      intronic chr5:81512598(+) A-I      intronic chr5:81554431(+) A-I      intronic chr5:81523791(+) A-I      intronic chr5:81282741(+) A-I      intronic chr5:81288403(+) A-I      intronic chr5:81288382(+) A-I      intronic chr5:81282796(+) A-I      intronic chr5:81317953(+) A-I      intronic chr5:81318394(+) A-I      intronic chr5:81318335(+) A-I      intronic chr5:81317805(+) A-I      intronic chr5:81332895(+) A-I      intronic chr5:81287515(+) A-I      intronic chr5:81483261(+) A-I      intronic chr5:81513538(+) A-I      intronic chr5:81275085(+) A-I      intronic chr5:81330870(+) A-I      intronic chr5:81271421(+) A-I      intronic chr5:81346611(+) A-I      intronic chr5:81287564(+) A-I      intronic chr5:81292197(+) A-I      intronic chr5:81288412(+) A-I      intronic chr5:81513721(+) A-I      intronic chr5:81486337(+) A-I      intronic chr5:81554571(+) A-I      intronic chr5:81554337(+) A-I      intronic chr5:81275268(+) A-I      intronic chr5:81274737(+) A-I      intronic chr5:81282961(+) A-I      intronic chr5:81317735(+) A-I      intronic chr5:81271321(+) A-I      intronic chr5:81317699(+) A-I      intronic chr5:81318265(+) A-I      intronic chr5:81562938(+) A-I      intronic chr5:81554438(+) A-I      intronic chr5:81287520(+) A-I      intronic chr5:81559694(+) A-I      intronic chr5:81275091(+) A-I      intronic chr5:81466503(+) A-I      intronic chr5:81483245(+) A-I      intronic chr5:81288458(+) A-I      intronic chr5:81554503(+) A-I      intronic chr5:81283135(+) A-I      intronic chr5:81523457(+) A-I      intronic chr5:81287436(+) A-I      intronic chr5:81419936(+) A-I      intronic chr5:81271390(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ATG10	chr5:81419065(+) A-G intron -    22484847 chr5:81271314(+) A-G intron -    22484847 chr5:81271321(+) A-G intron -    22484847 chr5:81271394(+) A-G intron -    22484847 chr5:81271395(+) A-G intron -    22484847 chr5:81275085(+) A-G intron -    22484847 chr5:81275159(+) A-G intron -    22484847 chr5:81275268(+) A-G intron -    22484847 chr5:81275301(+) A-G intron -    22484847 chr5:81281632(+) A-G intron -    22484847 chr5:81281637(+) A-G intron -    22484847 chr5:81281781(+) A-G intron -    22484847 chr5:81281789(+) A-G intron -    22484847 chr5:81282625(+) A-G intron -    22484847 chr5:81282654(+) A-G intron -    22484847 chr5:81284507(+) C-T intron -    22484847 chr5:81287426(+) A-G intron -    22484847 chr5:81287427(+) A-G intron -    22484847 chr5:81287436(+) A-G intron -    22484847 chr5:81287437(+) A-G intron -    22484847 chr5:81287515(+) A-G intron -    22484847 chr5:81288324(+) A-G intron -    22484847 chr5:81288362(+) A-G intron -    22484847 chr5:81288412(+) A-G intron -    22484847 chr5:81288458(+) A-G intron -    22484847 chr5:81299841(+) A-G intron -    22484847 chr5:81317735(+) A-G intron -    22484847 chr5:81317805(+) A-G intron -    22484847 chr5:81318330(+) A-G intron -    22484847 chr5:81318403(+) A-G intron -    22484847 chr5:81318404(+) A-G intron -    22484847 chr5:81334838(+) A-G intron -    22484847 chr5:81334839(+) A-G intron -    22484847 chr5:81356561(+) A-G intron -    22484847 chr5:81358860(+) A-G intron -    22484847 chr5:81358956(+) A-G intron -    22484847 chr5:81359077(+) A-G intron -    22484847 chr5:81373125(+) T-G intron -    22484847 chr5:81419936(+) A-G intron -    22484847 chr5:81466503(+) A-G intron -    22484847 chr5:81482436(+) A-G intron -    22484847 chr5:81482865(+) A-G intron -    22484847 chr5:81483506(+) A-G intron -    22484847 chr5:81483507(+) A-G intron -    22484847 chr5:81483533(+) A-G intron -    22484847 chr5:81483536(+) A-G intron -    22484847 chr5:81485466(+) A-G intron -    22484847 chr5:81485644(+) A-G intron -    22484847 chr5:81486337(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ATG10	chr5:81549961-81549962(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:81550020-81550021(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:81550071-81550072(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:81550176-81550177(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:81550199-81550200(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:81550367-81550368(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr5:81550401-81550402(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr5:81550426-81550427(+) m6A 3'UTR//intron       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ebv-miR-BHRF1-1	Exosome Jurkat-derived T cell line (J77cl20)     21505438
	ATG10	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-1
Interactor2: ATG10

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	PARalyzer//PITA//RNAHybrid//Targetscan
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	Downregulation
Description	We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7).