Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00278074

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-1:  MIMAT0000995          ATP11B:  NM_014616     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-1	ATP11B
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000995	23200
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ATPIF//ATPIR

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ATP11B	chr3:182624691(+) A-I      intronic chr3:182624884(+) A-I      intronic chr3:182626084(+) A-I      intronic chr3:182628123(+) A-I      intronic chr3:182593330(+) A-I      intronic chr3:182593347(+) A-I      intronic chr3:182593418(+) A-I      intronic chr3:182612672(+) A-I      intronic chr3:182627645(+) A-I      intronic chr3:182571076(+) A-I      intronic chr3:182559692(+) A-I      intronic chr3:182559663(+) A-I      intronic chr3:182559607(+) A-I      intronic chr3:182624730(+) A-I      intronic chr3:182624735(+) A-I      intronic chr3:182559605(+) A-I      intronic chr3:182557662(+) A-I      intronic chr3:182557653(+) A-I      intronic chr3:182557621(+) A-I      intronic chr3:182557525(+) A-I      intronic chr3:182557524(+) A-I      intronic chr3:182551183(+) A-I      intronic chr3:182539142(+) A-I      intronic chr3:182539036(+) A-I      intronic chr3:182535269(+) A-I      intronic chr3:182535252(+) A-I      intronic chr3:182535249(+) A-I      intronic chr3:182532551(+) A-I      intronic chr3:182532498(+) A-I      intronic chr3:182633527(+) A-I      intronic chr3:182633513(+) A-I      intronic chr3:182633506(+) A-I      intronic chr3:182633493(+) A-I      intronic chr3:182633480(+) A-I      intronic chr3:182518111(+) A-I      intronic chr3:182517690(+) A-I      intronic chr3:182532127(+) A-I      intronic chr3:182527137(+) A-I      intronic chr3:182527136(+) A-I      intronic chr3:182527093(+) A-I      intronic chr3:182517194(+) A-I      intronic chr3:182624710(+) A-I      intronic chr3:182518594(+) A-I      intronic chr3:182518590(+) A-I      intronic chr3:182624719(+) A-I      intronic chr3:182571095(+) A-I      intronic chr3:182571096(+) A-I      intronic chr3:182571100(+) A-I      intronic chr3:182571132(+) A-I      intronic chr3:182571182(+) A-I      intronic chr3:182572002(+) A-I      intronic chr3:182572098(+) A-I      intronic chr3:182572170(+) A-I      intronic chr3:182574953(+) A-I      intronic chr3:182574957(+) A-I      intronic chr3:182574982(+) A-I      intronic chr3:182574995(+) A-I      intronic chr3:182575120(+) A-I      intronic chr3:182575142(+) A-I      intronic chr3:182578918(+) A-I      intronic chr3:182578954(+) A-I      intronic chr3:182578957(+) A-I      intronic chr3:182578958(+) A-I      intronic chr3:182579055(+) A-I      intronic chr3:182579073(+) A-I      intronic chr3:182579974(+) A-I      intronic chr3:182588818(+) A-I      intronic chr3:182588965(+) A-I      intronic chr3:182588988(+) A-I      intronic chr3:182589065(+) A-I      intronic chr3:182589877(+) A-I      intronic chr3:182599071(+) A-I      intronic chr3:182599072(+) A-I      intronic chr3:182601145(+) A-I      intronic chr3:182601163(+) A-I      intronic chr3:182601171(+) A-I      intronic chr3:182601185(+) A-I      intronic chr3:182601211(+) A-I      intronic chr3:182601494(+) A-I      intronic chr3:182601556(+) A-I      intronic chr3:182601558(+) A-I      intronic chr3:182601596(+) A-I      intronic chr3:182515346(+) A-I      intronic chr3:182515451(+) A-I      intronic chr3:182517135(+) A-I      intronic chr3:182601628(+) A-I      intronic chr3:182601663(+) A-I      intronic chr3:182612148(+) A-I      intronic chr3:182612234(+) A-I      intronic chr3:182612659(+) A-I      intronic chr3:182612674(+) A-I      intronic chr3:182612696(+) A-I      intronic chr3:182622680(+) A-I      intronic chr3:182624331(+) A-I      intronic chr3:182624374(+) A-I      intronic chr3:182624478(+) A-I      intronic chr3:182624522(+) A-I      intronic chr3:182517140(+) A-I      intronic chr3:182517182(+) A-I      intronic chr3:182639070(+) A-I      3'UTR chr3:182639062(+) A-I      3'UTR chr3:182639089(+) A-I      3'UTR chr3:182628279(+) A-I      intronic chr3:182568983(+) A-I      intronic chr3:182588534(+) A-I      intronic chr3:182627705(+) A-I      intronic chr3:182515760(+) A-I      intronic chr3:182626193(+) A-I      intronic chr3:182622598(+) A-I      intronic chr3:182626015(+) A-I      intronic chr3:182557499(+) A-I      intronic chr3:182601207(+) A-I      intronic chr3:182572137(+) A-I      intronic chr3:182572138(+) A-I      intronic chr3:182593938(+) A-I      intronic chr3:182551178(+) A-I      intronic chr3:182624801(+) A-I      intronic chr3:182624627(+) A-I      intronic chr3:182543524(+) A-I      intronic chr3:182588506(+) A-I      intronic chr3:182612722(+) A-I      intronic chr3:182571180(+) A-I      intronic chr3:182617213(+) A-I      intronic chr3:182624293(+) A-I      intronic chr3:182588834(+) A-I      intronic chr3:182579824(+) A-I      intronic chr3:182532009(+) A-I      intronic chr3:182551207(+) A-I      intronic chr3:182551181(+) A-I      intronic chr3:182531993(+) A-I      intronic chr3:182626173(+) A-I      intronic chr3:182596998(+) A-I      intronic chr3:182527271(+) A-I      intronic chr3:182589814(+) A-I      intronic chr3:182517704(+) A-I      intronic chr3:182588498(+) A-I      intronic chr3:182628102(+) A-I      intronic chr3:182624722(+) A-I      intronic chr3:182601172(+) A-I      intronic chr3:182518624(+) A-I      intronic chr3:182619030(+) A-I      intronic chr3:182601175(+) A-I      intronic chr3:182571028(+) A-I      intronic chr3:182559620(+) A-I      intronic chr3:182532450(+) A-I      intronic chr3:182626097(+) A-I      intronic chr3:182518277(+) A-I      intronic chr3:182612213(+) A-I      intronic chr3:182628284(+) A-I      intronic chr3:182571001(+) A-I      intronic chr3:182548066(+) A-I      intronic chr3:182517787(+) A-I      intronic chr3:182626149(+) A-I      intronic chr3:182517777(+) A-I      intronic chr3:182601488(+) A-I      intronic chr3:182628350(+) A-I      intronic chr3:182617080(+) A-I      intronic chr3:182618723(+) A-I      intronic chr3:182527900(+) A-I      intronic chr3:182601320(+) A-I      intronic chr3:182601314(+) A-I      intronic chr3:182588550(+) A-I      intronic chr3:182518617(+) A-I      intronic chr3:182539026(+) A-I      intronic chr3:182627637(+) A-I      intronic chr3:182579988(+) A-I      intronic chr3:182559617(+) A-I      intronic chr3:182588561(+) A-I      intronic chr3:182579652(+) A-I      intronic chr3:182515826(+) A-I      intronic chr3:182579087(+) A-I      intronic chr3:182572173(+) A-I      intronic chr3:182539094(+) A-I      intronic chr3:182589031(+) A-I      intronic chr3:182548036(+) A-I      intronic chr3:182517847(+) A-I      intronic chr3:182538290(+) A-I      intronic chr3:182626204(+) A-I      intronic chr3:182589030(+) A-I      intronic chr3:182515440(+) A-I      intronic chr3:182548024(+) A-I      intronic chr3:182601146(+) A-I      intronic chr3:182599232(+) A-I      intronic chr3:182612163(+) A-I      intronic chr3:182599057(+) A-I      intronic chr3:182624268(+) A-I      intronic chr3:182624698(+) A-I      intronic chr3:182551213(+) A-I      intronic chr3:182515310(+) A-I      intronic chr3:182624863(+) A-I      intronic chr3:182532499(+) A-I      intronic chr3:182551243(+) A-I      intronic chr3:182624800(+) A-I      intronic chr3:182588537(+) A-I      intronic chr3:182571060(+) A-I      intronic chr3:182531724(+) A-I      intronic chr3:182601076(+) A-I      intronic chr3:182626098(+) A-I      intronic chr3:182627597(+) A-I      intronic chr3:182588605(+) A-I      intronic chr3:182515223(+) A-I      intronic chr3:182532458(+) A-I      intronic chr3:182599102(+) A-I      intronic chr3:182543251(+) A-I      intronic chr3:182612183(+) A-I      intronic chr3:182617128(+) A-I      intronic chr3:182624280(+) A-I      intronic chr3:182628202(+) A-I      intronic chr3:182626072(+) A-I      intronic chr3:182627690(+) A-I      intronic chr3:182626167(+) A-I      intronic chr3:182543252(+) A-I      intronic chr3:182557584(+) A-I      intronic chr3:182515376(+) A-I      intronic chr3:182626164(+) A-I      intronic chr3:182517735(+) A-I      intronic chr3:182624838(+) A-I      intronic chr3:182624760(+) A-I      intronic chr3:182532334(+) A-I      intronic chr3:182539097(+) A-I      intronic chr3:182559518(+) A-I      intronic chr3:182612208(+) A-I      intronic chr3:182517741(+) A-I      intronic chr3:182627644(+) A-I      intronic chr3:182578971(+) A-I      intronic chr3:182624255(+) A-I      intronic chr3:182568946(+) A-I      intronic chr3:182598969(+) A-I      intronic chr3:182551172(+) A-I      intronic chr3:182593310(+) A-I      intronic chr3:182624699(+) A-I      intronic chr3:182557675(+) A-I      intronic chr3:182589663(+) A-I      intronic chr3:182539171(+) A-I      intronic chr3:182628185(+) A-I      intronic chr3:182518882(+) A-I      intronic chr3:182568890(+) A-I      intronic chr3:182589668(+) A-I      intronic chr3:182588555(+) A-I      intronic chr3:182624630(+) A-I      intronic chr3:182518139(+) A-I      intronic chr3:182612730(+) A-I      intronic chr3:182618587(+) A-I      intronic chr3:182517699(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ATP11B	chr3:182572137(+) A-I intron -    22327324 chr3:182624738(+) A-I intron -    22327324 chr3:182515310(+) A-G intron -    22484847 chr3:182515376(+) A-G intron -    22484847 chr3:182515440(+) A-G intron -    22484847 chr3:182517699(+) A-G intron -    22484847 chr3:182517714(+) A-G intron -    22484847 chr3:182517718(+) A-G intron -    22484847 chr3:182518034(+) A-G intron -    22484847 chr3:182518617(+) A-G intron -    22484847 chr3:182518624(+) A-G intron -    22484847 chr3:182527900(+) A-G intron -    22484847 chr3:182531547(+) A-G intron -    22484847 chr3:182531993(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532009(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532017(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532334(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532446(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532450(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532458(+) A-G intron -    22484847 chr3:182532499(+) A-G intron -    22484847 chr3:182538998(+) A-G intron -    22484847 chr3:182539026(+) A-G intron -    22484847 chr3:182539097(+) A-G intron -    22484847 chr3:182539106(+) A-G intron -    22484847 chr3:182539169(+) A-G intron -    22484847 chr3:182539171(+) A-G intron -    22484847 chr3:182547977(+) A-G intron -    22484847 chr3:182548024(+) A-G intron -    22484847 chr3:182551172(+) A-G intron -    22484847 chr3:182551181(+) A-G intron -    22484847 chr3:182551207(+) A-G intron -    22484847 chr3:182551213(+) A-G intron -    22484847 chr3:182557498(+) A-G intron -    22484847 chr3:182557499(+) A-G intron -    22484847 chr3:182557584(+) A-G intron -    22484847 chr3:182557663(+) A-G intron -    22484847 chr3:182559518(+) A-G intron -    22484847 chr3:182559534(+) A-G intron -    22484847 chr3:182559617(+) A-G intron -    22484847 chr3:182559620(+) A-G intron -    22484847 chr3:182568890(+) A-G intron -    22484847 chr3:182568895(+) A-G intron -    22484847 chr3:182568983(+) A-G intron -    22484847 chr3:182571001(+) A-G intron -    22484847 chr3:182571028(+) A-G intron -    22484847 chr3:182571060(+) A-G intron -    22484847 chr3:182571113(+) A-G intron -    22484847 chr3:182571180(+) A-G intron -    22484847 chr3:182572082(+) A-G intron -    22484847 chr3:182572137(+) A-G intron -    22484847 chr3:182572138(+) A-G intron -    22484847 chr3:182578971(+) A-G intron -    22484847 chr3:182579087(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588498(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588506(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588534(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588537(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588555(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588605(+) A-G intron -    22484847 chr3:182588944(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589030(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589031(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589627(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589647(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589663(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589668(+) A-G intron -    22484847 chr3:182589705(+) G-A intron -    22484847 chr3:182589814(+) A-G intron -    22484847 chr3:182598969(+) A-G intron -    22484847 chr3:182599057(+) A-G intron -    22484847 chr3:182599079(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601076(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601146(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601150(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601172(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601175(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601191(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601207(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601246(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601255(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601314(+) A-G intron -    22484847 chr3:182601489(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612101(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612104(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612154(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612163(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612208(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612648(+) A-G intron -    22484847 chr3:182612722(+) A-G intron -    22484847 chr3:182618587(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624255(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624268(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624280(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624293(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624332(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624698(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624738(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624800(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624801(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624802(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624838(+) A-G intron -    22484847 chr3:182624863(+) A-G intron -    22484847 chr3:182626072(+) A-G intron -    22484847 chr3:182626097(+) A-G intron -    22484847 chr3:182626098(+) A-G intron -    22484847 chr3:182626173(+) A-G intron -    22484847 chr3:182626204(+) A-G intron -    22484847 chr3:182626219(+) A-G intron -    22484847 chr3:182627637(+) A-G intron -    22484847 chr3:182627690(+) A-G intron -    22484847 chr3:182627713(+) G-A intron -    22484847 chr3:182627773(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ATP11B	chr3:182511368-182511369(+) m6A 5'UTR       24209618//24981863 chr3:182511441-182511442(+) m6A 5'UTR       24209618 chr3:182511524-182511525(+) m6A 5'UTR       24209618 chr3:182554879-182554880(+) m6A CDS//exon       - chr3:182631657-182631658(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr3:182631682-182631683(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr3:182631833-182631834(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24981863//22608085 chr3:182631842-182631843(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24981863//22608085 chr3:182632000-182632001(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085 chr3:182632014-182632015(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ebv-miR-BHRF1-1	Exosome Jurkat-derived T cell line (J77cl20)     21505438
	ATP11B	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-1
Interactor2: ATP11B

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	miRanda//PARalyzer//PITA//Targetscan
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	Downregulation
Description	We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7).