Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00277941

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6002

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BHRF1-1:  MIMAT0000995          STAG2:  NM_001375375     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BHRF1-1	STAG2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0000995	10735
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	bA517O1.1//HPE13//MKMS//NEDXCF//SA-2//SA2//SCC3B

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	STAG2	chrX:123168894(+) A-I      intronic chrX:123170415(+) A-I      intronic chrX:123170418(+) A-I      intronic chrX:123170463(+) A-I      intronic chrX:123170480(+) A-I      intronic chrX:123170875(+) A-I      intronic chrX:123170877(+) A-I      intronic chrX:123170925(+) A-I      intronic chrX:123170964(+) A-I      intronic chrX:123170971(+) A-I      intronic chrX:123177015(+) A-I      intronic chrX:123177059(+) A-I      intronic chrX:123177104(+) A-I      intronic chrX:123177108(+) A-I      intronic chrX:123177201(+) A-I      intronic chrX:123177210(+) A-I      intronic chrX:123177235(+) A-I      intronic chrX:123192082(+) A-I      intronic chrX:123192220(+) A-I      intronic chrX:123192980(+) A-I      intronic chrX:123192981(+) A-I      intronic chrX:123192988(+) A-I      intronic chrX:123192989(+) A-I      intronic chrX:123193047(+) A-I      intronic chrX:123193056(+) A-I      intronic chrX:123193062(+) A-I      intronic chrX:123193075(+) A-I      intronic chrX:123193076(+) A-I      intronic chrX:123194236(+) A-I      intronic chrX:123201305(+) A-I      intronic chrX:123201633(+) A-I      intronic chrX:123201767(+) A-I      intronic chrX:123201807(+) A-I      intronic chrX:123212604(+) A-I      intronic chrX:123212632(+) A-I      intronic chrX:123212633(+) A-I      intronic chrX:123212740(+) A-I      intronic chrX:123212764(+) A-I      intronic chrX:123213068(+) A-I      intronic chrX:123213155(+) A-I      intronic chrX:123213165(+) A-I      intronic chrX:123213188(+) A-I      intronic chrX:123216429(+) A-I      intronic chrX:123218415(+) A-I      intronic chrX:123218455(+) A-I      intronic chrX:123219482(+) A-I      intronic chrX:123219514(+) A-I      intronic chrX:123219606(+) A-I      intronic chrX:123222653(+) A-I      intronic chrX:123222950(+) A-I      intronic chrX:123228895(+) A-I      intronic chrX:123251673(+) A-I      intronic chrX:123251678(+) A-I      intronic chrX:123260002(+) A-I      intronic chrX:123260073(+) A-I      intronic chrX:123300456(+) A-I      intronic chrX:123300457(+) A-I      intronic chrX:123137328(+) A-I      ncRNA chrX:123137460(+) A-I      ncRNA chrX:123100058(+) A-I      intronic chrX:123100101(+) A-I      intronic chrX:123100109(+) A-I      intronic chrX:123100218(+) A-I      intronic chrX:123100221(+) A-I      intronic chrX:123100224(+) A-I      intronic chrX:123100915(+) A-I      intronic chrX:123100926(+) A-I      intronic chrX:123101172(+) A-I      intronic chrX:123101257(+) A-I      intronic chrX:123101316(+) A-I      intronic chrX:123177263(+) A-I      intronic chrX:123177236(+) A-I      intronic chrX:123101776(+) A-I      intronic chrX:123102001(+) A-I      intronic chrX:123102029(+) A-I      intronic chrX:123102271(+) A-I      intronic chrX:123102348(+) A-I      intronic chrX:123102353(+) A-I      intronic chrX:123102364(+) A-I      intronic chrX:123102372(+) A-I      intronic chrX:123102490(+) A-I      intronic chrX:123103625(+) A-I      intronic chrX:123103635(+) A-I      intronic chrX:123105127(+) A-I      intronic chrX:123105132(+) A-I      intronic chrX:123105136(+) A-I      intronic chrX:123105159(+) A-I      intronic chrX:123106184(+) A-I      intronic chrX:123106185(+) A-I      intronic chrX:123106195(+) A-I      intronic chrX:123106201(+) A-I      intronic chrX:123106250(+) A-I      intronic chrX:123106260(+) A-I      intronic chrX:123106303(+) A-I      intronic chrX:123106306(+) A-I      intronic chrX:123106328(+) A-I      intronic chrX:123106788(+) A-I      intronic chrX:123106814(+) A-I      intronic chrX:123107137(+) A-I      intronic chrX:123107138(+) A-I      intronic chrX:123107143(+) A-I      intronic chrX:123107342(+) A-I      intronic chrX:123107357(+) A-I      intronic chrX:123107573(+) A-I      intronic chrX:123107583(+) A-I      intronic chrX:123108146(+) A-I      intronic chrX:123108162(+) A-I      intronic chrX:123108177(+) A-I      intronic chrX:123108183(+) A-I      intronic chrX:123108209(+) A-I      intronic chrX:123108224(+) A-I      intronic chrX:123108293(+) A-I      intronic chrX:123108555(+) A-I      intronic chrX:123108565(+) A-I      intronic chrX:123108595(+) A-I      intronic chrX:123108688(+) A-I      intronic chrX:123109443(+) A-I      intronic chrX:123109455(+) A-I      intronic chrX:123110012(+) A-I      intronic chrX:123110028(+) A-I      intronic chrX:123110039(+) A-I      intronic chrX:123110073(+) A-I      intronic chrX:123116389(+) A-I      intronic chrX:123119104(+) A-I      intronic chrX:123119111(+) A-I      intronic chrX:123119219(+) A-I      intronic chrX:123126500(+) A-I      intronic chrX:123126530(+) A-I      intronic chrX:123218286(+) A-I      intronic chrX:123126573(+) A-I      intronic chrX:123126664(+) A-I      intronic chrX:123127044(+) A-I      intronic chrX:123127060(+) A-I      intronic chrX:123129394(+) A-I      intronic chrX:123129423(+) A-I      intronic chrX:123129464(+) A-I      intronic chrX:123131549(+) A-I      intronic chrX:123131591(+) A-I      intronic chrX:123131674(+) A-I      intronic chrX:123131680(+) A-I      intronic chrX:123131688(+) A-I      intronic chrX:123132720(+) A-I      intronic chrX:123132768(+) A-I      intronic chrX:123132790(+) A-I      intronic chrX:123132808(+) A-I      intronic chrX:123132954(+) A-I      intronic chrX:123133333(+) A-I      intronic chrX:123133342(+) A-I      intronic chrX:123133582(+) A-I      intronic chrX:123133601(+) A-I      intronic chrX:123134289(+) A-I      intronic chrX:123134338(+) A-I      intronic chrX:123134467(+) A-I      intronic chrX:123134471(+) A-I      intronic chrX:123134481(+) A-I      intronic chrX:123135004(+) A-I      intronic chrX:123135005(+) A-I      intronic chrX:123135058(+) A-I      intronic chrX:123135070(+) A-I      intronic chrX:123135077(+) A-I      intronic chrX:123135139(+) A-I      intronic chrX:123135201(+) A-I      intronic chrX:123135209(+) A-I      intronic chrX:123135887(+) A-I      intronic chrX:123135895(+) A-I      intronic chrX:123135946(+) A-I      intronic chrX:123137038(+) A-I      intronic chrX:123149476(+) A-I      intronic chrX:123150545(+) A-I      intronic chrX:123152387(+) A-I      intronic chrX:123152477(+) A-I      intronic chrX:123153552(+) A-I      intronic chrX:123153563(+) A-I      intronic chrX:123153689(+) A-I      intronic chrX:123154392(+) A-I      intronic chrX:123154648(+) A-I      intronic chrX:123154705(+) A-I      intronic chrX:123167402(+) A-I      intronic chrX:123167492(+) A-I      intronic chrX:123167505(+) A-I      intronic chrX:123167532(+) A-I      intronic chrX:123167546(+) A-I      intronic chrX:123168067(+) A-I      intronic chrX:123168072(+) A-I      intronic chrX:123168847(+) A-I      intronic chrX:123168872(+) A-I      intronic chrX:123150641(+) A-I      intronic chrX:123135202(+) A-I      intronic chrX:123109453(+) A-I      intronic chrX:123177105(+) A-I      intronic chrX:123193122(+) A-I      intronic chrX:123150656(+) A-I      intronic chrX:123213377(+) A-I      intronic chrX:123109480(+) A-I      intronic chrX:123170865(+) A-I      intronic chrX:123109966(+) A-I      intronic chrX:123137040(+) A-I      intronic chrX:123106692(+) A-I      intronic chrX:123105210(+) A-I      intronic chrX:123135883(+) A-I      intronic chrX:123194517(+) A-I      intronic chrX:123136070(+) A-I      intronic chrX:123132818(+) A-I      intronic chrX:123105092(+) A-I      intronic chrX:123223877(+) A-I      intronic chrX:123119179(+) A-I      intronic chrX:123201244(+) A-I      intronic chrX:123150615(+) A-I      intronic chrX:123105217(+) A-I      intronic chrX:123201219(+) A-I      intronic chrX:123109496(+) A-I      intronic chrX:123108261(+) A-I      intronic chrX:123194612(+) A-I      intronic chrX:123212659(+) A-I      intronic chrX:123194160(+) A-I      intronic chrX:123194092(+) A-I      intronic chrX:123201806(+) A-I      intronic chrX:123167383(+) A-I      intronic chrX:123101934(+) A-I      intronic chrX:123108493(+) A-I      intronic chrX:123194080(+) A-I      intronic chrX:123106667(+) A-I      intronic chrX:123216512(+) A-I      intronic chrX:123109594(+) A-I      intronic chrX:123212769(+) A-I      intronic chrX:123253786(+) A-I      intronic chrX:123108338(+) A-I      intronic chrX:123115976(+) A-I      intronic chrX:123154485(+) A-I      intronic chrX:123136013(+) A-I      intronic chrX:123102347(+) A-I      intronic chrX:123132715(+) A-I      intronic chrX:123218442(+) A-I      intronic chrX:123134264(+) A-I      intronic chrX:123132714(+) A-I      intronic chrX:123106691(+) A-I      intronic chrX:123108707(+) A-I      intronic chrX:123103596(+) A-I      intronic chrX:123135147(+) A-I      intronic chrX:123135040(+) A-I      intronic chrX:123107154(+) A-I      intronic chrX:123153702(+) A-I      intronic chrX:123151201(+) A-I      intronic chrX:123102285(+) A-I      intronic chrX:123107204(+) A-I      intronic chrX:123100853(+) A-I      intronic chrX:123152490(+) A-I      intronic chrX:123107496(+) A-I      intronic chrX:123218348(+) A-I      intronic chrX:123148978(+) A-I      intronic chrX:123100150(+) A-I      intronic chrX:123116096(+) A-I      intronic chrX:123102345(+) A-I      intronic chrX:123107547(+) A-I      intronic chrX:123215603(+) A-I      intronic chrX:123116499(+) A-I      intronic chrX:123135891(+) A-I      intronic chrX:123108609(+) A-I      intronic chrX:123102399(+) A-I      intronic chrX:123193560(+) A-I      intronic chrX:123152407(+) A-I      intronic chrX:123154415(+) A-I      intronic chrX:123109959(+) A-I      intronic chrX:123152454(+) A-I      intronic chrX:123176615(+) A-I      intronic chrX:123102425(+) A-I      intronic chrX:123134405(+) A-I      intronic chrX:123108285(+) A-I      intronic chrX:123193610(+) A-I      intronic chrX:123134379(+) A-I      intronic chrX:123152484(+) A-I      intronic chrX:123153531(+) A-I      intronic chrX:123107245(+) A-I      intronic chrX:123106619(+) A-I      intronic chrX:123105200(+) A-I      intronic chrX:123153666(+) A-I      intronic chrX:123109394(+) A-I      intronic chrX:123131700(+) A-I      intronic chrX:123106693(+) A-I      intronic chrX:123176633(+) A-I      intronic chrX:123102430(+) A-I      intronic chrX:123216491(+) A-I      intronic chrX:123154599(+) A-I      intronic chrX:123109413(+) A-I      intronic chrX:123101806(+) A-I      intronic chrX:123133486(+) A-I      intronic chrX:123108339(+) A-I      intronic chrX:123176613(+) A-I      intronic chrX:123134415(+) A-I      intronic chrX:123133320(+) A-I      intronic chrX:123153608(+) A-I      intronic chrX:123134420(+) A-I      intronic chrX:123116265(+) A-I      intronic chrX:123109414(+) A-I      intronic chrX:123107685(+) A-I      intronic chrX:123193653(+) A-I      intronic chrX:123101851(+) A-I      intronic chrX:123127038(+) A-I      intronic chrX:123101917(+) A-I      intronic chrX:123106613(+) A-I      intronic chrX:123222521(+) A-I      intronic chrX:123107121(+) A-I      intronic chrX:123116342(+) A-I      intronic chrX:123099582(+) A-I      intronic chrX:123135896(+) A-I      intronic chrX:123115936(+) A-I      intronic chrX:123190485(+) A-I      intronic chrX:123107271(+) A-I      intronic chrX:123193117(+) A-I      intronic chrX:123223769(+) A-I      intronic chrX:123102352(+) A-I      intronic chrX:123107230(+) A-I      intronic chrX:123132861(+) A-I      intronic chrX:123108594(+) A-I      intronic chrX:123135151(+) A-I      intronic chrX:123193628(+) A-I      intronic chrX:123106395(+) A-I      intronic chrX:123193747(+) A-I      intronic chrX:123190760(+) A-I      intronic chrX:123134271(+) A-I      intronic chrX:123177275(+) A-I      intronic chrX:123201821(+) A-I      intronic chrX:123110044(+) A-I      intronic chrX:123136022(+) A-I      intronic chrX:123119524(+) A-I      intronic chrX:123154413(+) A-I      intronic chrX:123135892(+) A-I      intronic chrX:123101831(+) A-I      intronic chrX:123150555(+) A-I      intronic chrX:123218351(+) A-I      intronic chrX:123153522(+) A-I      intronic chrX:123190812(+) A-I      intronic chrX:123193726(+) A-I      intronic chrX:123134446(+) A-I      intronic chrX:123133594(+) A-I      intronic chrX:123110065(+) A-I      intronic chrX:123153770(+) A-I      intronic chrX:123135041(+) A-I      intronic chrX:123131681(+) A-I      intronic chrX:123132802(+) A-I      intronic chrX:123201376(+) A-I      intronic chrX:123107533(+) A-I      intronic chrX:123150616(+) A-I      intronic chrX:123132698(+) A-I      intronic chrX:123219478(+) A-I      intronic chrX:123127054(+) A-I      intronic chrX:123135818(+) A-I      intronic chrX:123177248(+) A-I      intronic chrX:123176718(+) A-I      intronic chrX:123150561(+) A-I      intronic chrX:123170941(+) A-I      intronic chrX:123218308(+) A-I      intronic chrX:123108558(+) A-I      intronic chrX:123108265(+) A-I      intronic chrX:123109981(+) A-I      intronic chrX:123152613(+) A-I      intronic chrX:123101216(+) A-I      intronic chrX:123150562(+) A-I      intronic chrX:123116321(+) A-I      intronic chrX:123115957(+) A-I      intronic chrX:123108631(+) A-I      intronic chrX:123108264(+) A-I      intronic chrX:123194653(+) A-I      intronic chrX:123135812(+) A-I      intronic chrX:123153585(+) A-I      intronic chrX:123119197(+) A-I      intronic chrX:123133738(+) A-I      intronic chrX:123176744(+) A-I      intronic chrX:123108222(+) A-I      intronic chrX:123100875(+) A-I      intronic chrX:123155947(+) A-I      intronic chrX:123106792(+) A-I      intronic chrX:123152468(+) A-I      intronic chrX:123212657(+) A-I      intronic chrX:123108208(+) A-I      intronic chrX:123132813(+) A-I      intronic chrX:123101245(+) A-I      intronic chrX:123101770(+) A-I      intronic chrX:123105025(+) A-I      intronic chrX:123132847(+) A-I      intronic chrX:123101868(+) A-I      intronic chrX:123109963(+) A-I      intronic chrX:123150026(+) A-I      intronic chrX:123201762(+) A-I      intronic chrX:123108651(+) A-I      intronic chrX:123109877(+) A-I      intronic chrX:123101953(+) A-I      intronic chrX:123134366(+) A-I      intronic chrX:123106849(+) A-I      intronic chrX:123223864(+) A-I      intronic chrX:123110003(+) A-I      intronic chrX:123099793(+) A-I      intronic chrX:123116322(+) A-I      intronic chrX:123134242(+) A-I      intronic chrX:123100147(+) A-I      intronic chrX:123109479(+) A-I      intronic chrX:123193575(+) A-I      intronic chrX:123201811(+) A-I      intronic chrX:123219384(+) A-I      intronic chrX:123168886(+) A-I      intronic chrX:123219430(+) A-I      intronic chrX:123135836(+) A-I      intronic chrX:123133358(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	STAG2	chrX:123134265(+) A-I intron -    22327324 chrX:123112563(+) A-I intron -    21960545 chrX:123127074(+) A-I intron -    21960545 chrX:123131630(+) A-I intron -    21960545 chrX:123152484(+) A-I intron -    21960545 chrX:123107121(+) A-G intron -    22484847 chrX:123109877(+) A-G intron -    22484847 chrX:123132818(+) A-G intron -    22484847 chrX:123134405(+) A-G intron -    22484847 chrX:123134415(+) A-G intron -    22484847 chrX:123134446(+) A-G intron -    22484847 chrX:123135147(+) A-G intron -    22484847 chrX:123150026(+) A-G intron -    22484847 chrX:123154599(+) A-G intron -    22484847 chrX:123201298(+) A-G intron -    22484847 chrX:123219383(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	STAG2	chrX:123094424-123094425(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863//27773535//22608085 chrX:123094433-123094434(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863//27773535//22608085 chrX:123094501-123094502(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863//27773535//22608085 chrX:123094531-123094532(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863//27773535//22608085 chrX:123094549-123094550(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863//27773535//22608085 chrX:123094636-123094637(+) m1A 5'UTR//exon//intron       26863196 chrX:123094677-123094678(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24981863//22608085 chrX:123095278-123095279(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chrX:123095582-123095583(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chrX:123095649-123095650(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24981863 chrX:123159699-123159700(+) m6A CDS//intron       24981863//27773535 chrX:123159745-123159746(+) m6A CDS//intron       24981863//27773535 chrX:123164872-123164873(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863 chrX:123164889-123164890(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863 chrX:123164928-123164929(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863 chrX:123181273-123181274(+) m6A CDS//intron       24981863 chrX:123181330-123181331(+) m6A CDS//intron       24981863 chrX:123191757-123191758(+) Am CDS//exon//intron       - chrX:123195113-123195114(+) m6A CDS//exon//intron       27773535 chrX:123195137-123195138(+) m6A CDS//exon//intron       27773535 chrX:123195675-123195676(+) m6A CDS//exon//intron       24209618//27773535 chrX:123195712-123195713(+) m6A CDS//exon//intron       24209618 chrX:123196775-123196776(+) m6A CDS//exon//intron       24209618 chrX:123211814-123211815(+) Y CDS//intron       25219674 chrX:123224467-123224468(+) m6A CDS//intron       26404942 chrX:123224498-123224499(+) m6A CDS//intron       26404942 chrX:123224582-123224583(+) m6A CDS//intron       26404942 chrX:123224587-123224588(+) m6A CDS//intron       26404942 chrX:123224597-123224598(+) m6A CDS//intron       26404942 chrX:123236111-123236112(+) m6A 3'UTR//intron       26404942 chrX:123236123-123236124(+) m6A 3'UTR//intron       26404942 chrX:123236142-123236143(+) m6A 3'UTR//intron       26404942 chrX:123505399-123505400(+) m6A intron       26404942 chrX:123556273-123556274(+) m6A exon       - chrX:123556384-123556385(+) m6A exon       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ebv-miR-BHRF1-1	Exosome Jurkat-derived T cell line (J77cl20)     21505438
	STAG2	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm K562 cells     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BHRF1-1
Interactor2: STAG2

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	miRanda//PARalyzer//Targetscan
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	Downregulation
Description	We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.We identified an additional 2,972 CDS miRNA-interaction sites present in at least two libraries, 89.7% of which could be assigned to a miRNA (Table S7).