Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00268818

  Virus:  

Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-UL59:           CHD1:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hcmv-miR-UL59 CHD1
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0029122 1105
Organism Human betaherpesvirus 5 (HHV-5) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - CHD-1//PILBOS

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR CHD1
chr5:98219674(-) A-I      intronic
chr5:98219657(-) A-I      intronic
chr5:98203603(-) A-I      intronic
chr5:98197375(-) A-I      intronic
chr5:98197374(-) A-I      intronic
chr5:98227432(-) A-I      intronic
chr5:98197330(-) A-I      intronic
chr5:98197370(-) A-I      intronic
chr5:98197390(-) A-I      intronic
chr5:98197435(-) A-I      intronic
chr5:98197441(-) A-I      intronic
chr5:98197456(-) A-I      intronic
chr5:98197678(-) A-I      intronic
chr5:98197737(-) A-I      intronic
chr5:98197799(-) A-I      intronic
chr5:98204005(-) A-I      intronic
chr5:98219973(-) A-I      intronic
chr5:98219979(-) A-I      intronic
chr5:98219981(-) A-I      intronic
chr5:98219983(-) A-I      intronic
chr5:98219993(-) A-I      intronic
chr5:98220026(-) A-I      intronic
chr5:98220050(-) A-I      intronic
chr5:98220853(-) A-I      intronic
chr5:98220930(-) A-I      intronic
chr5:98220933(-) A-I      intronic
chr5:98227006(-) A-I      intronic
chr5:98227054(-) A-I      intronic
chr5:98227062(-) A-I      intronic
chr5:98227343(-) A-I      intronic
chr5:98227406(-) A-I      intronic
chr5:98227446(-) A-I      intronic
chr5:98230622(-) A-I      intronic
chr5:98230663(-) A-I      intronic
chr5:98230702(-) A-I      intronic
chr5:98230776(-) A-I      intronic
chr5:98231197(-) A-I      intronic
chr5:98231239(-) A-I      intronic
chr5:98231240(-) A-I      intronic
chr5:98231294(-) A-I      intronic
chr5:98231308(-) A-I      intronic
chr5:98231348(-) A-I      intronic
chr5:98231349(-) A-I      intronic
chr5:98231375(-) A-I      intronic
chr5:98235744(-) A-I      intronic
chr5:98235797(-) A-I      intronic
chr5:98235805(-) A-I      intronic
chr5:98253906(-) A-I      intronic
chr5:98253937(-) A-I      intronic
chr5:98253981(-) A-I      intronic
chr5:98254000(-) A-I      intronic
chr5:98254289(-) A-I      intronic
chr5:98254348(-) A-I      intronic
chr5:98254360(-) A-I      intronic
chr5:98257630(-) A-I      intronic
chr5:98259262(-) A-I      intronic
chr5:98259398(-) A-I      intronic
chr5:98219642(-) A-I      intronic
chr5:98259730(-) A-I      intronic
chr5:98259739(-) A-I      intronic
chr5:98259867(-) A-I      intronic
chr5:98259293(-) A-I      intronic
chr5:98230700(-) A-I      intronic
chr5:98253894(-) A-I      intronic
chr5:98259246(-) A-I      intronic
chr5:98259703(-) A-I      intronic
chr5:98253997(-) A-I      intronic
chr5:98254364(-) A-I      intronic
chr5:98253890(-) A-I      intronic
chr5:98230707(-) A-I      intronic
chr5:98227270(-) A-I      intronic
chr5:98197311(-) A-I      intronic
chr5:98259294(-) A-I      intronic
chr5:98203644(-) A-I      intronic
chr5:98259221(-) A-I      intronic
chr5:98197321(-) A-I      intronic
chr5:98254315(-) A-I      intronic
chr5:98254059(-) A-I      intronic
chr5:98259296(-) A-I      intronic
chr5:98231374(-) A-I      intronic
chr5:98231254(-) A-I      intronic
chr5:98220948(-) A-I      intronic
chr5:98197617(-) A-I      intronic
chr5:98197761(-) A-I      intronic
chr5:98227479(-) A-I      intronic
chr5:98227358(-) A-I      intronic
chr5:98259222(-) A-I      intronic
chr5:98203574(-) A-I      intronic
chr5:98219638(-) A-I      intronic
chr5:98203527(-) A-I      intronic
chr5:98203919(-) A-I      intronic
chr5:98203671(-) A-I      intronic
chr5:98200192(-) A-I      intronic
chr5:98197695(-) A-I      intronic
chr5:98208759(-) A-I      intronic
chr5:98208750(-) A-I      intronic
chr5:98230693(-) A-I      intronic
chr5:98257812(-) A-I      intronic
chr5:98227323(-) A-I      intronic
chr5:98226875(-) A-I      intronic
chr5:98259297(-) A-I      intronic
chr5:98259319(-) A-I      intronic
chr5:98231309(-) A-I      intronic
chr5:98231335(-) A-I      intronic
chr5:98230797(-) A-I      intronic
chr5:98230701(-) A-I      intronic
chr5:98203618(-) A-I      intronic
chr5:98203776(-) A-I      intronic
chr5:98220845(-) A-I      intronic
chr5:98231332(-) A-I      intronic
chr5:98226840(-) A-I      intronic
chr5:98259390(-) A-I      intronic
chr5:98203681(-) A-I      intronic
chr5:98203985(-) A-I      intronic
chr5:98257593(-) A-I      intronic
chr5:98197673(-) A-I      intronic
chr5:98226988(-) A-I      intronic
chr5:98197749(-) A-I      intronic
chr5:98257690(-) A-I      intronic
chr5:98197302(-) A-I      intronic
chr5:98227293(-) A-I      intronic
chr5:98259287(-) A-I      intronic
chr5:98197411(-) A-I      intronic
chr5:98226849(-) A-I      intronic
chr5:98259775(-) A-I      intronic
chr5:98227258(-) A-I      intronic
chr5:98197766(-) A-I      intronic
chr5:98197779(-) A-I      intronic
chr5:98257815(-) A-I      intronic
chr5:98203962(-) A-I      intronic
chr5:98220722(-) A-I      intronic
chr5:98259154(-) A-I      intronic
chr5:98203670(-) A-I      intronic
chr5:98197344(-) A-I      intronic
chr5:98227469(-) A-I      intronic
chr5:98220483(-) A-I      intronic
chr5:98258530(-) A-I      intronic
chr5:98219759(-) A-I      intronic
chr5:98259903(-) A-I      intronic
chr5:98259866(-) A-I      intronic
chr5:98259787(-) A-I      intronic
chr5:98200166(-) A-I      intronic
chr5:98231381(-) A-I      intronic
chr5:98254260(-) A-I      intronic
chr5:98197739(-) A-I      intronic
chr5:98259295(-) A-I      intronic
chr5:98259312(-) A-I      intronic
chr5:98254363(-) A-I      intronic
chr5:98220558(-) A-I      intronic
chr5:98221090(-) A-I      intronic
chr5:98257694(-) A-I      intronic
chr5:98220051(-) A-I      intronic
chr5:98227018(-) A-I      intronic
chr5:98200368(-) A-I      intronic
chr5:98203635(-) A-I      intronic
chr5:98253998(-) A-I      intronic
chr5:98203813(-) A-I      intronic
chr5:98203645(-) A-I      intronic
chr5:98203981(-) A-I      intronic
chr5:98259217(-) A-I      intronic
chr5:98197412(-) A-I      intronic
chr5:98230690(-) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED CHD1
chr5:98197749(-) A-I intron -    22327324
chr5:98197592(-) A-I intron -    21960545
chr5:98197934(-) A-I intron -    21960545
chr5:98261626(-) A-I intron -    21960545
chr5:98197739(-) A-G intron -    22484847
chr5:98197749(-) A-G intron -    22484847
chr5:98200166(-) A-G intron -    22484847
chr5:98200192(-) A-G intron -    22484847
chr5:98203579(-) A-G intron -    22484847
chr5:98203632(-) C-T intron -    22484847
chr5:98203644(-) A-G intron -    22484847
chr5:98203645(-) A-G intron -    22484847
chr5:98203776(-) A-G intron -    22484847
chr5:98203909(-) A-G intron -    22484847
chr5:98203985(-) A-G intron -    22484847
chr5:98220722(-) A-G intron -    22484847
chr5:98220845(-) A-G intron -    22484847
chr5:98220974(-) A-G intron -    22484847
chr5:98221090(-) A-G intron -    22484847
chr5:98226840(-) A-G intron -    22484847
chr5:98226875(-) A-G intron -    22484847
chr5:98226988(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227013(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227018(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227258(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227270(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227293(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227323(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227358(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227431(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227458(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227469(-) A-G intron -    22484847
chr5:98227479(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230690(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230693(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230701(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230703(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230704(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230707(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230757(-) A-G intron -    22484847
chr5:98230797(-) A-G intron -    22484847
chr5:98231254(-) A-G intron -    22484847
chr5:98231332(-) A-G intron -    22484847
chr5:98231374(-) A-G intron -    22484847
chr5:98231381(-) A-G intron -    22484847
chr5:98231462(-) T-G intron -    22484847
chr5:98248935(-) T-C intron -    22484847
chr5:98248986(-) T-C intron -    22484847
chr5:98251871(-) T-C intron -    22484847
chr5:98252106(-) T-A intron -    22484847
chr5:98253890(-) A-G intron -    22484847
chr5:98253939(-) A-G intron -    22484847
chr5:98253978(-) A-G intron -    22484847
chr5:98253997(-) A-G intron -    22484847
chr5:98253998(-) A-G intron -    22484847
chr5:98254059(-) A-G intron -    22484847
chr5:98254260(-) A-G intron -    22484847
chr5:98254275(-) A-G intron -    22484847
chr5:98254315(-) A-G intron -    22484847
chr5:98254363(-) A-G intron -    22484847
chr5:98254364(-) A-G intron -    22484847
chr5:98256403(-) A-T intron -    22484847
chr5:98256518(-) C-T intron -    22484847
chr5:98257593(-) A-G intron -    22484847
chr5:98257690(-) A-G intron -    22484847
chr5:98257694(-) A-G intron -    22484847
chr5:98257812(-) A-G intron -    22484847
chr5:98257818(-) A-G intron -    22484847
chr5:98258530(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259221(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259222(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259286(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259295(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259296(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259297(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259319(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259865(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259866(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259903(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259919(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259949(-) A-G intron -    22484847
chr5:98259969(-) C-T intron -    22484847
chr5:98197934(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase CHD1
chr5:98190974-98190975(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:98190996-98190997(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:98191109-98191110(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:98191458-98191459(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:98191644-98191645(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98191654-98191655(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98191721-98191722(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98191754-98191755(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98191779-98191780(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085
chr5:98191814-98191815(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085
chr5:98191990-98191991(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//28052920//26404942//27773535//22575960//22608085
chr5:98192030-98192031(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192056-98192057(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192077-98192078(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192088-98192089(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192128-98192129(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192140-98192141(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192216-98192217(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//28052920//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192228-98192229(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:98192291-98192292(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085
chr5:98192398-98192399(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98192407-98192408(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085
chr5:98193889-98193890(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085
chr5:98193919-98193920(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//28052920//26404942//27773535
chr5:98193948-98193949(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//28052920//26404942//27773535
chr5:98193994-98193995(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//26404942//27773535
chr5:98194026-98194027(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//26404942//27773535
chr5:98194045-98194046(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//26404942//27773535
chr5:98199131-98199132(-) m6A CDS//exon//intron       27773535
chr5:98199171-98199172(-) m6A CDS//exon//intron       27773535
chr5:98199194-98199195(-) m6A CDS//exon//intron       27773535
chr5:98199212-98199213(-) m6A CDS//exon//intron       27773535
chr5:98199251-98199252(-) m6A CDS//exon//intron       27773535
chr5:98204209-98204210(-) m6A CDS//exon       27773535
chr5:98204252-98204253(-) m6A CDS//exon       27773535
chr5:98204653-98204654(-) m6A exon//intron       27773535
chr5:98204680-98204681(-) m6A exon//intron       27773535
chr5:98204733-98204734(-) m6A CDS//exon//intron       27773535//22608085
chr5:98204766-98204767(-) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22608085
chr5:98204840-98204841(-) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98204885-98204886(-) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085
chr5:98204915-98204916(-) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22608085
chr5:98204928-98204929(-) m6A CDS//exon//intron       27773535//22608085
chr5:98204938-98204939(-) m6A CDS//exon//intron       27773535//22608085
chr5:98204960-98204961(-) m6A CDS//exon//intron       27773535//22608085
chr5:98205205-98205206(-) m6A exon//intron       27773535//22608085
chr5:98206448-98206449(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535
chr5:98206458-98206459(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535
chr5:98206468-98206469(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535
chr5:98206480-98206481(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535
chr5:98207835-98207836(-) Y CDS//exon       26075521
chr5:98207860-98207861(-) m6A CDS//exon       27773535
chr5:98207935-98207936(-) m6A exon//intron       27773535
chr5:98208251-98208252(-) m6A CDS//exon       27773535
chr5:98209299-98209300(-) m6A CDS       27773535
chr5:98209308-98209309(-) m6A CDS       27773535
chr5:98209380-98209381(-) m6A CDS       27773535//22575960
chr5:98212150-98212151(-) m6A CDS       24981863//28052920//27773535//22575960
chr5:98212157-98212158(-) m6A CDS       24981863//28052920//27773535//22575960
chr5:98215258-98215259(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98215303-98215304(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98215312-98215313(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98215346-98215347(-) Am CDS       -
chr5:98215387-98215388(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98216824-98216825(-) m6A CDS       27773535
chr5:98216838-98216839(-) m6A CDS       27773535
chr5:98218794-98218795(-) m6A CDS//exon       27773535
chr5:98228239-98228240(-) m6A CDS       24981863
chr5:98232964-98232965(-) m6A CDS       24981863
chr5:98235193-98235194(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98235259-98235260(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98235268-98235269(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98235332-98235333(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98235339-98235340(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98236556-98236557(-) m6A CDS       27773535
chr5:98236625-98236626(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98236740-98236741(-) m6A CDS       24981863//27773535//27371828
chr5:98236752-98236753(-) m6A CDS       24981863//27773535//27371828
chr5:98236900-98236901(-) m6A CDS       24981863//27773535//27371828
chr5:98236919-98236920(-) m6A CDS       24981863//27773535
chr5:98236944-98236945(-) m6A CDS       24981863
chr5:98262055-98262056(-) m6A CDS       26404942
chr5:98262081-98262082(-) m6A CDS       26404942
chr5:98262110-98262111(-) m6A 5'UTR       24981863//26404942//22608085
chr5:98262138-98262139(-) m6A 5'UTR       24981863//26404942//22608085
chr5:98262212-98262213(-) m6A 5'UTR       -
chr5:98264323-98264324(-) m6A 5'UTR       -
chr5:98264357-98264358(-) m6A 5'UTR       -
chr5:98264411-98264412(-) m6A 5'UTR       -

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate CHD1
Chromatin K562 cells     -
Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539
Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus Colon cancer cells     24393600
Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hcmv-miR-UL59
Interactor2: CHD1

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda//Targetscan
Support Database VmiReg

Starting a new search, please wait ...