Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00259738

  Virus:  

Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US4-3p:  MIMAT0026628          ANKRD33B:  NM_001164440     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US4-3p	ANKRD33B
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0026628	651746
Organism	Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ANKRD33B	chr5:10643206(+) A-I      intronic chr5:10598504(+) A-I      intronic chr5:10592538(+) A-I      intronic chr5:10592515(+) A-I      intronic chr5:10592491(+) A-I      intronic chr5:10592470(+) A-I      intronic chr5:10579155(+) A-I      intronic chr5:10574920(+) A-I      intronic chr5:10570236(+) A-I      intronic chr5:10570232(+) A-I      intronic chr5:10570172(+) A-I      intronic chr5:10570128(+) A-I      intronic chr5:10570082(+) A-I      intronic chr5:10598975(+) A-I      intronic chr5:10570058(+) A-I      intronic chr5:10570055(+) A-I      intronic chr5:10569633(+) A-I      intronic chr5:10569565(+) A-I      intronic chr5:10568836(+) A-I      intronic chr5:10606669(+) A-I      intronic chr5:10606699(+) A-I      intronic chr5:10606731(+) A-I      intronic chr5:10606940(+) A-I      intronic chr5:10606945(+) A-I      intronic chr5:10606980(+) A-I      intronic chr5:10607052(+) A-I      intronic chr5:10607072(+) A-I      intronic chr5:10607082(+) A-I      intronic chr5:10607095(+) A-I      intronic chr5:10613420(+) A-I      intronic chr5:10613461(+) A-I      intronic chr5:10647291(+) A-I      intronic chr5:10647356(+) A-I      intronic chr5:10647497(+) A-I      intronic chr5:10648737(+) A-I      intronic chr5:10648756(+) A-I      intronic chr5:10592539(+) A-I      intronic chr5:10613466(+) A-I      intronic chr5:10613509(+) A-I      intronic chr5:10613523(+) A-I      intronic chr5:10613538(+) A-I      intronic chr5:10613901(+) A-I      intronic chr5:10606982(+) A-I      intronic chr5:10598829(+) A-I      intronic chr5:10598815(+) A-I      intronic chr5:10598814(+) A-I      intronic chr5:10598800(+) A-I      intronic chr5:10598791(+) A-I      intronic chr5:10613909(+) A-I      intronic chr5:10613918(+) A-I      intronic chr5:10613940(+) A-I      intronic chr5:10614618(+) A-I      intronic chr5:10598613(+) A-I      intronic chr5:10598562(+) A-I      intronic chr5:10614645(+) A-I      intronic chr5:10614654(+) A-I      intronic chr5:10614728(+) A-I      intronic chr5:10614924(+) A-I      intronic chr5:10598520(+) A-I      intronic chr5:10614931(+) A-I      intronic chr5:10643036(+) A-I      intronic chr5:10606614(+) A-I      intronic chr5:10643153(+) A-I      intronic chr5:10643156(+) A-I      intronic chr5:10609478(+) A-I      intronic chr5:10607043(+) A-I      intronic chr5:10577422(+) A-I      intronic chr5:10643120(+) A-I      intronic chr5:10598752(+) A-I      intronic chr5:10648993(+) A-I      intronic chr5:10634729(+) A-I      intronic chr5:10614744(+) A-I      intronic chr5:10568747(+) A-I      intronic chr5:10649169(+) A-I      intronic chr5:10569658(+) A-I      intronic chr5:10569552(+) A-I      intronic chr5:10603474(+) A-I      intronic chr5:10606579(+) A-I      intronic chr5:10613891(+) A-I      intronic chr5:10575414(+) A-I      intronic chr5:10570037(+) A-I      intronic chr5:10594510(+) A-I      intronic chr5:10598926(+) A-I      intronic chr5:10643276(+) A-I      intronic chr5:10636674(+) A-I      intronic chr5:10574936(+) A-I      intronic chr5:10647483(+) A-I      intronic chr5:10634733(+) A-I      intronic chr5:10570198(+) A-I      intronic chr5:10573570(+) A-I      intronic chr5:10634717(+) A-I      intronic chr5:10569569(+) A-I      intronic chr5:10575415(+) A-I      intronic chr5:10613609(+) A-I      intronic chr5:10568686(+) A-I      intronic chr5:10613825(+) A-I      intronic chr5:10613526(+) A-I      intronic chr5:10613873(+) A-I      intronic chr5:10592615(+) A-I      intronic chr5:10606889(+) A-I      intronic chr5:10649061(+) A-I      intronic chr5:10592643(+) A-I      intronic chr5:10573414(+) A-I      intronic chr5:10647443(+) A-I      intronic chr5:10614750(+) A-I      intronic chr5:10568711(+) A-I      intronic chr5:10636641(+) A-I      intronic chr5:10647316(+) A-I      intronic chr5:10613587(+) A-I      intronic chr5:10592646(+) A-I      intronic chr5:10608262(+) A-I      intronic chr5:10606905(+) A-I      intronic chr5:10606660(+) A-I      intronic chr5:10569653(+) A-I      intronic chr5:10569649(+) A-I      intronic chr5:10647297(+) A-I      intronic chr5:10636450(+) A-I      intronic chr5:10634761(+) A-I      intronic chr5:10575114(+) A-I      intronic chr5:10569678(+) A-I      intronic chr5:10614617(+) A-I      intronic chr5:10575449(+) A-I      intronic chr5:10613530(+) A-I      intronic chr5:10592614(+) A-I      intronic chr5:10647489(+) A-I      intronic chr5:10570189(+) A-I      intronic chr5:10594362(+) A-I      intronic chr5:10568721(+) A-I      intronic chr5:10568666(+) A-I      intronic chr5:10568746(+) A-I      intronic chr5:10592645(+) A-I      intronic chr5:10591510(+) A-I      intronic chr5:10610020(+) A-I      intronic chr5:10634746(+) A-I      intronic chr5:10598945(+) A-I      intronic chr5:10606637(+) A-I      intronic chr5:10570154(+) A-I      intronic chr5:10647456(+) A-I      intronic chr5:10569561(+) A-I      intronic chr5:10634641(+) A-I      intronic chr5:10592469(+) A-I      intronic chr5:10606998(+) A-I      intronic chr5:10607105(+) A-I      intronic chr5:10613897(+) A-I      intronic chr5:10598761(+) A-I      intronic chr5:10643219(+) A-I      intronic chr5:10649164(+) A-I      intronic chr5:10592675(+) A-I      intronic chr5:10570161(+) A-I      intronic chr5:10592592(+) A-I      intronic chr5:10647420(+) A-I      intronic chr5:10569617(+) A-I      intronic chr5:10607104(+) A-I      intronic chr5:10643664(+) A-I      intronic chr5:10607065(+) A-I      intronic chr5:10570134(+) A-I      intronic chr5:10607024(+) A-I      intronic chr5:10607017(+) A-I      intronic chr5:10643289(+) A-I      intronic chr5:10603504(+) A-I      intronic chr5:10634842(+) A-I      intronic chr5:10643146(+) A-I      intronic chr5:10570263(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ANKRD33B	chr5:10621968(+) A-I intron -    22327324 chr5:10643341(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568666(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568686(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568711(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568721(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568727(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568747(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568764(+) A-G intron -    22484847 chr5:10568830(+) A-G intron -    22484847 chr5:10569510(+) A-G intron -    22484847 chr5:10569552(+) A-G intron -    22484847 chr5:10569561(+) A-G intron -    22484847 chr5:10569569(+) A-G intron -    22484847 chr5:10569628(+) A-G intron -    22484847 chr5:10569665(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570037(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570089(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570134(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570154(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570161(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570198(+) A-G intron -    22484847 chr5:10570286(+) G-A intron -    22484847 chr5:10570933(+) G-A intron -    22484847 chr5:10571497(+) A-G intron -    22484847 chr5:10575298(+) A-T intron -    22484847 chr5:10575415(+) A-G intron -    22484847 chr5:10577422(+) A-G intron -    22484847 chr5:10584551(+) T-G intron -    22484847 chr5:10591306(+) G-T intron -    22484847 chr5:10592646(+) A-G intron -    22484847 chr5:10594333(+) C-T intron -    22484847 chr5:10594469(+) A-G intron -    22484847 chr5:10594510(+) A-G intron -    22484847 chr5:10598752(+) A-G intron -    22484847 chr5:10598761(+) A-G intron -    22484847 chr5:10598910(+) A-G intron -    22484847 chr5:10598926(+) A-G intron -    22484847 chr5:10598945(+) A-G intron -    22484847 chr5:10603474(+) A-G intron -    22484847 chr5:10603504(+) A-G intron -    22484847 chr5:10604132(+) C-A intron -    22484847 chr5:10604191(+) G-A intron -    22484847 chr5:10606579(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606637(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606660(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606662(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606725(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606889(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606905(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606970(+) A-G intron -    22484847 chr5:10606998(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607017(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607023(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607024(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607026(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607032(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607040(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607043(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607065(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607086(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607103(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607104(+) A-G intron -    22484847 chr5:10607105(+) A-G intron -    22484847 chr5:10609834(+) G-A intron -    22484847 chr5:10609852(+) T-C intron -    22484847 chr5:10611084(+) G-A intron -    22484847 chr5:10613526(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613530(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613536(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613587(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613609(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613824(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613825(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613873(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613891(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613897(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613914(+) A-G intron -    22484847 chr5:10613937(+) A-G intron -    22484847 chr5:10614592(+) A-G intron -    22484847 chr5:10614617(+) A-G intron -    22484847 chr5:10614737(+) A-G intron -    22484847 chr5:10614744(+) A-G intron -    22484847 chr5:10614750(+) A-G intron -    22484847 chr5:10614897(+) T-G intron -    22484847 chr5:10616515(+) G-A intron -    22484847 chr5:10616607(+) T-C intron -    22484847 chr5:10624242(+) C-T intron -    22484847 chr5:10634641(+) A-G intron -    22484847 chr5:10634729(+) A-G intron -    22484847 chr5:10636555(+) C-A intron -    22484847 chr5:10636578(+) A-T intron -    22484847 chr5:10636580(+) T-A intron -    22484847 chr5:10641343(+) T-C intron -    22484847 chr5:10641346(+) T-C intron -    22484847 chr5:10643120(+) A-G intron -    22484847 chr5:10643142(+) G-A intron -    22484847 chr5:10643146(+) A-G intron -    22484847 chr5:10643219(+) A-G intron -    22484847 chr5:10643276(+) A-G intron -    22484847 chr5:10643289(+) A-G intron -    22484847 chr5:10643298(+) A-G intron -    22484847 chr5:10643664(+) A-G intron -    22484847 chr5:10647297(+) A-G intron -    22484847 chr5:10647316(+) A-G intron -    22484847 chr5:10647483(+) A-G intron -    22484847 chr5:10647489(+) A-G intron -    22484847 chr5:10648993(+) A-G intron -    22484847 chr5:10649061(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ANKRD33B	chr5:10564676-10564677(+) m6A CDS       - chr5:10564703-10564704(+) m6A CDS       - chr5:10564721-10564722(+) m6A CDS       - chr5:10564762-10564763(+) Gm CDS       - chr5:10564927-10564928(+) m6A CDS       24284625 chr5:10618532-10618533(+) m6A CDS       - chr5:10618544-10618545(+) m6A CDS       - chr5:10638253-10638254(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625 chr5:10649398-10649399(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625 chr5:10649572-10649573(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:10649593-10649594(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:10649656-10649657(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10649715-10649716(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:10649850-10649851(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//27773536//22608085 chr5:10649855-10649856(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//27773536//22608085 chr5:10649869-10649870(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//27773536//22608085 chr5:10650085-10650086(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773536//22608085 chr5:10650213-10650214(+) m1A CDS       26863196 chr5:10650336-10650337(+) m6A 3'UTR       - chr5:10650483-10650484(+) m6A 3'UTR       - chr5:10651916-10651917(+) m6A 3'UTR       - chr5:10651942-10651943(+) m6A 3'UTR       - chr5:10651947-10651948(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652066-10652067(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652071-10652072(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652084-10652085(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652164-10652165(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652300-10652301(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652452-10652453(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652483-10652484(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652545-10652546(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652574-10652575(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652609-10652610(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652713-10652714(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652781-10652782(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652795-10652796(+) m6A 3'UTR       - chr5:10652949-10652950(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653008-10653009(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653180-10653181(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653189-10653190(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653228-10653229(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653252-10653253(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653280-10653281(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653353-10653354(+) m6A 3'UTR       - chr5:10653426-10653427(+) m6A 3'UTR       - chr5:10654271-10654272(+) m6A 3'UTR       - chr5:10654280-10654281(+) m6A 3'UTR       - chr5:10654385-10654386(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618 chr5:10654600-10654601(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:10654620-10654621(+) m6A 3'UTR       24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10654676-10654677(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10654702-10654703(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10654870-10654871(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10654905-10654906(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10654972-10654973(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10654994-10654995(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10655060-10655061(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10655069-10655070(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10655102-10655103(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10655121-10655122(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10655129-10655130(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10655349-10655350(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618 chr5:10655374-10655375(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863 chr5:10655482-10655483(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863 chr5:10655603-10655604(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618 chr5:10655762-10655763(+) m6A 3'UTR       24284625 chr5:10655925-10655926(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10656001-10656002(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:10656031-10656032(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:10656040-10656041(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10656067-10656068(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10656169-10656170(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10656212-10656213(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10656311-10656312(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10656339-10656340(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10656352-10656353(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10656451-10656452(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:10656497-10656498(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:10656566-10656567(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:10656575-10656576(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:10656650-10656651(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10656707-10656708(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834 chr5:10656742-10656743(+) m6A 3'UTR       24284625 chr5:10656796-10656797(+) m6A 3'UTR       24284625 chr5:10657005-10657006(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:10657045-10657046(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:10657101-10657102(+) m6A 3'UTR       - chr5:10657111-10657112(+) m6A 3'UTR       - chr5:10657227-10657228(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr5:10657257-10657258(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10657355-10657356(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10657417-10657418(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:10657464-10657465(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:10657538-10657539(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hcmv-miR-US4-3p	Exosome B cell line (Raji)|Primary dendritic cells|T cell line (J77)     21505438
	ANKRD33B	Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US4-3p
Interactor2: ANKRD33B

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	VmiReg