Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00246244

  Virus:  

Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-UL70-3p:  MIMAT0003343          RPL27A:  NM_000990     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-UL70-3p	RPL27A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003343	6157
Organism	Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	L27A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RPL27A	chr11:8708852(+) A-I      3'UTR chr11:8708760(+) A-I      3'UTR chr11:8708858(+) A-I      3'UTR chr11:8708873(+) A-I      3'UTR chr11:8708751(+) A-I      3'UTR chr11:8708787(+) A-I      3'UTR chr11:8708791(+) A-I      3'UTR chr11:8708848(+) A-I      3'UTR chr11:8712331(+) A-I      intronic chr11:8719437(+) A-I      intronic chr11:8718387(+) A-I      intronic chr11:8716349(+) A-I      intronic chr11:8716472(+) A-I      intronic chr11:8716473(+) A-I      intronic chr11:8713657(+) A-I      intronic chr11:8718379(+) A-I      intronic chr11:8719420(+) A-I      intronic chr11:8719443(+) A-I      intronic chr11:8719398(+) A-I      intronic chr11:8708815(+) A-I      3'UTR chr11:8708842(+) A-I      3'UTR chr11:8708831(+) A-I      3'UTR chr11:8707872(+) A-I      3'UTR chr11:8707919(+) A-I      3'UTR chr11:8707930(+) A-I      3'UTR chr11:8707939(+) A-I      3'UTR chr11:8708770(+) A-I      3'UTR chr11:8708794(+) A-I      3'UTR chr11:8708817(+) A-I      3'UTR chr11:8707895(+) A-I      3'UTR chr11:8707834(+) A-I      3'UTR chr11:8708782(+) A-I      3'UTR chr11:8708799(+) A-I      3'UTR chr11:8709429(+) A-I      3'UTR chr11:8709240(+) A-I      3'UTR chr11:8709293(+) A-I      3'UTR chr11:8709305(+) A-I      3'UTR chr11:8709428(+) A-I      3'UTR chr11:8709302(+) A-I      3'UTR chr11:8713324(+) A-I      intronic chr11:8708761(+) A-I      3'UTR chr11:8707958(+) A-I      3'UTR chr11:8709357(+) A-I      3'UTR chr11:8709245(+) A-I      3'UTR chr11:8708771(+) A-I      3'UTR chr11:8708803(+) A-I      3'UTR chr11:8708867(+) A-I      3'UTR chr11:8708786(+) A-I      3'UTR chr11:8708757(+) A-I      3'UTR chr11:8707908(+) A-I      3'UTR chr11:8708785(+) A-I      3'UTR chr11:8709315(+) A-I      3'UTR chr11:8708884(+) A-I      3'UTR chr11:8707961(+) A-I      3'UTR chr11:8708889(+) A-I      3'UTR chr11:8708864(+) A-I      3'UTR chr11:8709382(+) A-I      3'UTR chr11:8708825(+) A-I      3'UTR chr11:8708891(+) A-I      3'UTR chr11:8707952(+) A-I      3'UTR chr11:8707853(+) A-I      3'UTR chr11:8708835(+) A-I      3'UTR chr11:8707907(+) A-I      3'UTR chr11:8707843(+) A-I      3'UTR chr11:8708899(+) A-I      3'UTR chr11:8707822(+) A-I      3'UTR chr11:8707917(+) A-I      3'UTR chr11:8709342(+) A-I      3'UTR chr11:8707944(+) A-I      3'UTR chr11:8707840(+) A-I      3'UTR chr11:8708795(+) A-I      3'UTR chr11:8708796(+) A-I      3'UTR chr11:8708789(+) A-I      3'UTR chr11:8707943(+) A-I      3'UTR

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RPL27A	chr11:8707907(+) A-I intron -    22327324 chr11:8707908(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr11:8707917(+) A-I intron -    22327324 chr11:8708799(+) A-I intron -    22327324 chr11:8708889(+) A-I intron -    22327324 chr11:8708891(+) A-I intron -    22327324 chr11:8708782(+) A-I intron -    21960545 chr11:8708825(+) A-I intron -    21960545 chr11:8708826(+) A-I intron -    21960545 chr11:8707396(+) C-A intron -    21725310 chr11:8707840(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr11:8707822(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707907(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707908(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707917(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707944(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707952(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707958(+) A-G intron -    22484847 chr11:8707961(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708757(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708771(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708782(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708785(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708795(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708796(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708799(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708825(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708864(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708884(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708889(+) A-G intron -    22484847 chr11:8708891(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RPL27A	chr11:8704321-8704322(+) m6A 5'UTR       - chr11:8704405-8704406(+) m6A 5'UTR//intron       - chr11:8704675-8704676(+) m6A 5'UTR//intron       - chr11:8704756-8704757(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       - chr11:8704766-8704767(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       - chr11:8704774-8704775(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       22575960 chr11:8705583-8705584(+) Y 3'UTR//5'UTR//CDS//exon       26075521 chr11:8705642-8705643(+) m6A exon//intron       27773535 chr11:8705696-8705697(+) m6A exon//intron       27773535 chr11:8705872-8705873(+) Gm 5'UTR//exon//intron       - chr11:8706358-8706359(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       27773535 chr11:8706372-8706373(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       27773535 chr11:8706398-8706399(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       27773535 chr11:8706403-8706404(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       27773535 chr11:8706487-8706488(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr11:8706542-8706543(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr11:8707049-8707050(+) Tm intron       - chr11:8708442-8708443(+) m6A 3'UTR       - chr11:8708449-8708450(+) m6A 3'UTR       - chr11:8708469-8708470(+) m6A 3'UTR       - chr11:8708531-8708532(+) m6A 3'UTR       - chr11:8708549-8708550(+) m6A 3'UTR       - chr11:8708563-8708564(+) m6A 3'UTR       24981863 chr11:8708656-8708657(+) m6A 3'UTR       24981863 chr11:8708672-8708673(+) m6A 3'UTR       24981863 chr11:8709597-8709598(+) m6A 3'UTR       24981863 chr11:8709699-8709700(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr11:8709757-8709758(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//22608085 chr11:8709765-8709766(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//22608085 chr11:8710326-8710327(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr11:8710359-8710360(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr11:8710374-8710375(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr11:8710484-8710485(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr11:8710489-8710490(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr11:8710517-8710518(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr11:8710573-8710574(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863//22608085 chr11:8710594-8710595(+) m6A 3'UTR       24981863 chr11:8710780-8710781(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr11:8710819-8710820(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr11:8710931-8710932(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	RPL27A	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm HEK-293 cells     28476776 Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome-free cytosol Colon cancer cells     24393600

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID
RNAactDrug	hcmv-miR-UL70-3p	l-685,458       5479543 Crizotinib       11626560

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-UL70-3p
Interactor2: RPL27A

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg