Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00239116

  Virus:  

Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US33-5p:  MIMAT0001584          SYNPO2:  NM_001128934     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US33-5p	SYNPO2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001584	171024
Organism	Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SYNPO2	chr4:119952883(+) A-I      NonSyn:Lys->Glu chr4:119952913(+) A-I      NonSyn:Lys->Glu chr4:119952870(+) A-I      Syn:Gln->Gln chr4:119952906(+) A-I      Syn:Ser->Ser chr4:119952909(+) A-I      Syn:Ser->Ser chr4:119952839(+) A-I      NonSyn:Tyr->Cys chr4:119952862(+) A-I      NonSyn:Thr->Ala chr4:119952899(+) A-I      NonSyn:Gln->Arg chr4:119918274(+) A-I      intronic chr4:119918280(+) A-I      intronic chr4:119918301(+) A-I      intronic chr4:119964915(+) A-I      intronic chr4:119964917(+) A-I      intronic chr4:119965005(+) A-I      intronic chr4:119965058(+) A-I      intronic chr4:119965717(+) A-I      intronic chr4:119965729(+) A-I      intronic chr4:119965760(+) A-I      intronic chr4:119965765(+) A-I      intronic chr4:119965766(+) A-I      intronic chr4:119968246(+) A-I      intronic chr4:119968264(+) A-I      intronic chr4:119968285(+) A-I      intronic chr4:119968467(+) A-I      intronic chr4:119968475(+) A-I      intronic chr4:119968476(+) A-I      intronic chr4:119971215(+) A-I      intronic chr4:119971223(+) A-I      intronic chr4:119971225(+) A-I      intronic chr4:119971245(+) A-I      intronic chr4:119971248(+) A-I      intronic chr4:119971322(+) A-I      intronic chr4:119971360(+) A-I      intronic chr4:119971367(+) A-I      intronic chr4:119971376(+) A-I      intronic chr4:119971380(+) A-I      intronic chr4:119971419(+) A-I      intronic chr4:119971436(+) A-I      intronic chr4:119976326(+) A-I      intronic chr4:119976328(+) A-I      intronic chr4:119976376(+) A-I      intronic chr4:119976381(+) A-I      intronic chr4:119976386(+) A-I      intronic chr4:119976519(+) A-I      intronic chr4:119976545(+) A-I      intronic chr4:119977661(+) A-I      intronic chr4:119964886(+) A-I      intronic chr4:119964937(+) A-I      intronic chr4:119964982(+) A-I      intronic chr4:119971308(+) A-I      intronic chr4:119971309(+) A-I      intronic chr4:119971311(+) A-I      intronic chr4:119971316(+) A-I      intronic chr4:119971325(+) A-I      intronic chr4:119971366(+) A-I      intronic chr4:119966500(+) A-I      intronic chr4:119912805(+) A-I      intronic chr4:119912855(+) A-I      intronic chr4:119912829(+) A-I      intronic chr4:119912813(+) A-I      intronic chr4:119838079(+) A-I      intronic chr4:119838142(+) A-I      intronic chr4:119857512(+) A-I      intronic chr4:119867101(+) A-I      intronic chr4:119867110(+) A-I      intronic chr4:119876273(+) A-I      intronic chr4:119877975(+) A-I      intronic chr4:119980146(+) A-I      3'UTR chr4:119980152(+) A-I      3'UTR chr4:119980150(+) A-I      3'UTR chr4:119980193(+) A-I      3'UTR chr4:119825083(+) A-I      intronic chr4:119977591(+) A-I      intronic chr4:119968234(+) A-I      intronic chr4:119838496(+) A-I      intronic chr4:119976539(+) A-I      intronic chr4:119968395(+) A-I      intronic chr4:119965705(+) A-I      intronic chr4:119885350(+) A-I      intronic chr4:119977632(+) A-I      intronic chr4:119977575(+) A-I      intronic chr4:119979730(+) A-I      3'UTR chr4:119876321(+) A-I      intronic chr4:119964286(+) A-I      intronic chr4:119968296(+) A-I      intronic chr4:119976507(+) A-I      intronic chr4:119965014(+) A-I      intronic chr4:119968389(+) A-I      intronic chr4:119837957(+) A-I      intronic chr4:119976387(+) A-I      intronic chr4:119884743(+) A-I      intronic chr4:119977653(+) A-I      intronic chr4:119964933(+) A-I      intronic chr4:119965050(+) A-I      intronic chr4:119887145(+) A-I      intronic chr4:119976407(+) A-I      intronic chr4:119964946(+) A-I      intronic chr4:119965008(+) A-I      intronic chr4:119965013(+) A-I      intronic chr4:119917864(+) A-I      intronic chr4:119937504(+) A-I      intronic chr4:119977452(+) A-I      intronic chr4:119838125(+) A-I      intronic chr4:119838164(+) A-I      intronic chr4:119966548(+) A-I      intronic chr4:119976346(+) A-I      intronic chr4:119968444(+) A-I      intronic chr4:119965711(+) A-I      intronic

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SYNPO2	chr4:119771867-119771868(+) m6A 5'UTR       - chr4:119771971-119771972(+) m6A 5'UTR       - chr4:119772004-119772005(+) m6A 5'UTR       - chr4:119772009-119772010(+) m6A 5'UTR       - chr4:119772074-119772075(+) m6A 5'UTR       - chr4:119948275-119948276(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119948363-119948364(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119948409-119948410(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119948564-119948565(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951030-119951031(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951311-119951312(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951330-119951331(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951338-119951339(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951351-119951352(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951356-119951357(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951365-119951366(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951386-119951387(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22575960 chr4:119951464-119951465(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119951492-119951493(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119951508-119951509(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951523-119951524(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951646-119951647(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951655-119951656(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951662-119951663(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951699-119951700(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951752-119951753(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119951970-119951971(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119952011-119952012(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119952056-119952057(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119952119-119952120(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119952130-119952131(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119952185-119952186(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119952192-119952193(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119952215-119952216(+) m6A CDS//intron       25456834//24981863 chr4:119952419-119952420(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119952458-119952459(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119952509-119952510(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119952601-119952602(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119953190-119953191(+) m6A CDS//intron       24981863 chr4:119953951-119953952(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119953975-119953976(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119953998-119953999(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954262-119954263(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954276-119954277(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954326-119954327(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954343-119954344(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954496-119954497(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954528-119954529(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954596-119954597(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954604-119954605(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954677-119954678(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954742-119954743(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119954755-119954756(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr4:119978653-119978654(+) m6A CDS       25456834 chr4:119978665-119978666(+) m6A CDS       25456834 chr4:119978679-119978680(+) m6A 3'UTR//CDS       25456834 chr4:119978686-119978687(+) m6A 3'UTR//CDS       25456834 chr4:119978754-119978755(+) m6A 3'UTR//CDS       25456834 chr4:119978839-119978840(+) m6A 3'UTR//CDS       25456834 chr4:119978858-119978859(+) m6A 3'UTR//CDS       25456834

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	SYNPO2	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US33-5p
Interactor2: SYNPO2

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg