Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00230283

  Virus:  

Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US5-2-3p:  MIMAT0001580          SAMD5:  NM_001030060     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US5-2-3p	SAMD5
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001580	389432
Organism	Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	dJ875H10.1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SAMD5	chr6:147862215(+) A-I      intronic chr6:147862190(+) A-I      intronic chr6:147862186(+) A-I      intronic chr6:147862150(+) A-I      intronic chr6:147858779(+) A-I      intronic chr6:147883879(+) A-I      intronic chr6:147858775(+) A-I      intronic chr6:147883878(+) A-I      intronic chr6:147857313(+) A-I      intronic chr6:147883792(+) A-I      intronic chr6:147883780(+) A-I      intronic chr6:147883755(+) A-I      intronic chr6:147882609(+) A-I      intronic chr6:147882403(+) A-I      intronic chr6:147882349(+) A-I      intronic chr6:147857301(+) A-I      intronic chr6:147862222(+) A-I      intronic chr6:147857224(+) A-I      intronic chr6:147857200(+) A-I      intronic chr6:147857190(+) A-I      intronic chr6:147854504(+) A-I      intronic chr6:147854487(+) A-I      intronic chr6:147854478(+) A-I      intronic chr6:147854477(+) A-I      intronic chr6:147890339(+) A-I      3'UTR chr6:147890203(+) A-I      3'UTR chr6:147890336(+) A-I      3'UTR chr6:147890327(+) A-I      3'UTR chr6:147890309(+) A-I      3'UTR chr6:147890345(+) A-I      3'UTR chr6:147890201(+) A-I      3'UTR chr6:147890198(+) A-I      3'UTR chr6:147890209(+) A-I      3'UTR chr6:147890298(+) A-I      3'UTR chr6:147890207(+) A-I      3'UTR chr6:147890204(+) A-I      3'UTR chr6:147890176(+) A-I      3'UTR chr6:147890179(+) A-I      3'UTR chr6:147890116(+) A-I      3'UTR chr6:147886793(+) A-I      3'UTR chr6:147886770(+) A-I      3'UTR chr6:147886760(+) A-I      3'UTR chr6:147886735(+) A-I      3'UTR chr6:147890291(+) A-I      3'UTR chr6:147886616(+) A-I      3'UTR chr6:147890277(+) A-I      3'UTR chr6:147890214(+) A-I      3'UTR chr6:147890259(+) A-I      3'UTR chr6:147890205(+) A-I      3'UTR chr6:147890278(+) A-I      3'UTR chr6:147886669(+) A-I      3'UTR chr6:147890212(+) A-I      3'UTR chr6:147890269(+) A-I      3'UTR chr6:147890210(+) A-I      3'UTR chr6:147886755(+) A-I      3'UTR chr6:147886751(+) A-I      3'UTR chr6:147886730(+) A-I      3'UTR chr6:147890167(+) A-I      3'UTR chr6:147857246(+) A-I      intronic chr6:147886835(+) A-I      3'UTR chr6:147890148(+) A-I      3'UTR chr6:147890187(+) A-I      3'UTR chr6:147886818(+) A-I      3'UTR chr6:147890263(+) A-I      3'UTR chr6:147886879(+) A-I      3'UTR chr6:147886739(+) A-I      3'UTR chr6:147886614(+) A-I      3'UTR chr6:147886634(+) A-I      3'UTR chr6:147886671(+) A-I      3'UTR chr6:147886723(+) A-I      3'UTR chr6:147890215(+) A-I      3'UTR chr6:147886658(+) A-I      3'UTR chr6:147886805(+) A-I      3'UTR chr6:147886832(+) A-I      3'UTR chr6:147890266(+) A-I      3'UTR chr6:147886870(+) A-I      3'UTR chr6:147890285(+) A-I      3'UTR chr6:147890302(+) A-I      3'UTR chr6:147886776(+) A-I      3'UTR chr6:147890138(+) A-I      3'UTR chr6:147890246(+) A-I      3'UTR chr6:147890202(+) A-I      3'UTR chr6:147886831(+) A-I      3'UTR chr6:147890224(+) A-I      3'UTR chr6:147890371(+) A-I      3'UTR chr6:147890282(+) A-I      3'UTR chr6:147862360(+) A-I      intronic chr6:147862155(+) A-I      intronic chr6:147833341(+) A-I      intronic chr6:147883811(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SAMD5	chr6:147890224(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr6:147886656(+) A-I intron -    21960545 chr6:147886671(+) A-I intron -    21960545 chr6:147886688(+) A-I intron -    21960545 chr6:147886733(+) A-I intron -    21960545 chr6:147886739(+) A-I intron -    21960545 chr6:147857246(+) A-G intron -    22484847 chr6:147857249(+) A-G intron -    22484847 chr6:147857371(+) A-G intron -    22484847 chr6:147862155(+) A-G intron -    22484847 chr6:147862360(+) A-G intron -    22484847 chr6:147883811(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886614(+) A-T intron -    22484847 chr6:147886656(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886671(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886688(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886733(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886739(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886779(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886805(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890143(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890148(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890177(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890211(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890215(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890216(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890219(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890224(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890282(+) A-G intron -    22484847 chr6:147890337(+) A-G intron -    22484847 chr6:147886614(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SAMD5	chr6:147830176-147830177(+) m6A CDS       24209618 chr6:147830182-147830183(+) m6A CDS       24209618 chr6:147830389-147830390(+) m6A CDS       24209618 chr6:147830444-147830445(+) m6A CDS       24209618 chr6:147885606-147885607(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863//22608085 chr6:147885618-147885619(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:147885637-147885638(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:147885659-147885660(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:147885726-147885727(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863//22608085 chr6:147885754-147885755(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863//22608085 chr6:147885795-147885796(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863//22608085 chr6:147885900-147885901(+) m6A 3'UTR//intron       22608085 chr6:147889059-147889060(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr6:147889064-147889065(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr6:147889069-147889070(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr6:147889074-147889075(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr6:147889079-147889080(+) m6A 3'UTR//intron       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	SAMD5	Exosome Blood     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US5-2-3p
Interactor2: SAMD5

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg