Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00228196

  Virus:  

Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US5-2-3p:  MIMAT0001580          APOB:  NM_000384     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US5-2-3p	APOB
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001580	338
Organism	Human betaherpesvirus 5 (HHV-5)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	apoB-100//apoB-48//FCHL2//FLDB//LDLCQ4

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	APOB	chr2:21247234(-) A-I      3'UTR chr2:21247233(-) A-I      3'UTR

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	APOB	chr2:21233202(-) C-U exon CDS    11715042

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	APOB	chr2:21224331-21224332(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224347-21224348(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224408-21224409(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224449-21224450(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224454-21224455(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224477-21224478(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224512-21224513(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224530-21224531(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224558-21224559(-) m6A 3'UTR       27773535 chr2:21224619-21224620(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21224647-21224648(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21224713-21224714(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21224782-21224783(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21224799-21224800(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21225034-21225035(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21225055-21225056(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21225087-21225088(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21225104-21225105(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21225241-21225242(-) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr2:21225348-21225349(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225391-21225392(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225419-21225420(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225480-21225481(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225510-21225511(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225516-21225517(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225550-21225551(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225648-21225649(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225672-21225673(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225700-21225701(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225795-21225796(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225831-21225832(-) m6A CDS       25456834//27773535 chr2:21225856-21225857(-) m6A CDS       25456834//27773535 chr2:21225875-21225876(-) m6A CDS       27773535 chr2:21225964-21225965(-) m6A CDS       27773535 chr2:21226172-21226173(-) m6A CDS       27773535 chr2:21226188-21226189(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227159-21227160(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227249-21227250(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227437-21227438(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227493-21227494(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227502-21227503(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227538-21227539(-) m6A CDS       27773535 chr2:21227958-21227959(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228008-21228009(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228028-21228029(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228070-21228071(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228158-21228159(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228193-21228194(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228325-21228326(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228413-21228414(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228453-21228454(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228531-21228532(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228601-21228602(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228642-21228643(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228738-21228739(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228856-21228857(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228969-21228970(-) m6A CDS       27773535 chr2:21228993-21228994(-) m6A CDS       27773535 chr2:21229033-21229034(-) m6A CDS       27773535 chr2:21229111-21229112(-) m6A CDS       27773535 chr2:21229386-21229387(-) m6A CDS       27773535 chr2:21229410-21229411(-) m6A CDS       27773535 chr2:21229674-21229675(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230359-21230360(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230413-21230414(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230422-21230423(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230533-21230534(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230587-21230588(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230645-21230646(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230784-21230785(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230821-21230822(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230827-21230828(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230841-21230842(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230865-21230866(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230883-21230884(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230918-21230919(-) m6A CDS       27773535 chr2:21230975-21230976(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231005-21231006(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231043-21231044(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231048-21231049(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231058-21231059(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231106-21231107(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231175-21231176(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231292-21231293(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231398-21231399(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231610-21231611(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231640-21231641(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231697-21231698(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231716-21231717(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231835-21231836(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231844-21231845(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231899-21231900(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231953-21231954(-) m6A CDS       27773535 chr2:21231965-21231966(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232060-21232061(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232076-21232077(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232146-21232147(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232159-21232160(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232177-21232178(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232196-21232197(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232282-21232283(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232322-21232323(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232338-21232339(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232365-21232366(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232392-21232393(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232424-21232425(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232508-21232509(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232622-21232623(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232687-21232688(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232785-21232786(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232832-21232833(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232881-21232882(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232909-21232910(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232926-21232927(-) m6A CDS       27773535 chr2:21232944-21232945(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233066-21233067(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233213-21233214(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233229-21233230(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233316-21233317(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233340-21233341(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233388-21233389(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233446-21233447(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233480-21233481(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233513-21233514(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233551-21233552(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233677-21233678(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233702-21233703(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233755-21233756(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233786-21233787(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233793-21233794(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233807-21233808(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233844-21233845(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233931-21233932(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233973-21233974(-) m6A CDS       27773535 chr2:21233991-21233992(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234076-21234077(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234088-21234089(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234127-21234128(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234178-21234179(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234228-21234229(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234288-21234289(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234300-21234301(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234346-21234347(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234392-21234393(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234432-21234433(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234445-21234446(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234466-21234467(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234475-21234476(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234534-21234535(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234565-21234566(-) m6A CDS       27773535 chr2:21234663-21234664(-) m6A CDS       27773535 chr2:21235000-21235001(-) m6A CDS       27773535 chr2:21235045-21235046(-) m6A CDS       27773535 chr2:21235118-21235119(-) m6A CDS       27773535 chr2:21235511-21235512(-) m6A CDS       27773535 chr2:21236105-21236106(-) m6A CDS       27773535 chr2:21250859-21250860(-) m6A CDS       27773535 chr2:21250880-21250881(-) m6A CDS       27773535 chr2:21252876-21252877(-) m6A CDS       27773535 chr2:21255419-21255420(-) m6A CDS       27773535 chr2:21256292-21256293(-) m6A CDS       27773535 chr2:21256301-21256302(-) m6A CDS       27773535 chr2:21256312-21256313(-) m6A CDS       27773535 chr2:21257722-21257723(-) m6A CDS       27773535 chr2:21257730-21257731(-) m6A CDS       27773535 chr2:21257738-21257739(-) m6A CDS       27773535 chr2:21260041-21260042(-) m6A CDS       27773535 chr2:21260110-21260111(-) m6A CDS       27773535 chr2:21260858-21260859(-) m6A CDS       27773535 chr2:21260902-21260903(-) m6A CDS       27773535 chr2:21260919-21260920(-) m6A CDS       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	APOB	Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleus HCC cell line (HepG2)     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US5-2-3p
Interactor2: APOB

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg