Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00204948

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H5:  MIMAT0015650          LIAS:  NM_001278591     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv2-miR-H5	LIAS
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015650	11019
Organism	Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	HGCLAS//HUSSY-01//LAS//LIP1//LS//PDHLD

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	LIAS	chr4:39467682(+) A-I      ncRNA chr4:39470241(+) A-I      intronic chr4:39470400(+) A-I      intronic chr4:39470383(+) A-I      intronic chr4:39470373(+) A-I      intronic chr4:39476671(+) A-I      intronic chr4:39476580(+) A-I      intronic chr4:39467354(+) A-I      intronic chr4:39470101(+) A-I      intronic chr4:39470001(+) A-I      intronic chr4:39469938(+) A-I      intronic chr4:39467712(+) A-I      intronic chr4:39467386(+) A-I      intronic chr4:39470260(+) A-I      intronic chr4:39467435(+) A-I      intronic chr4:39467440(+) A-I      intronic chr4:39468201(+) A-I      intronic chr4:39467444(+) A-I      intronic chr4:39470252(+) A-I      intronic chr4:39469914(+) A-I      intronic chr4:39466221(+) A-I      intronic chr4:39470244(+) A-I      intronic chr4:39470243(+) A-I      intronic chr4:39468198(+) A-I      intronic chr4:39466191(+) A-I      intronic chr4:39470414(+) A-I      intronic chr4:39470405(+) A-I      intronic chr4:39478984(+) A-I      3'UTR chr4:39478973(+) A-I      3'UTR chr4:39478993(+) A-I      3'UTR chr4:39478962(+) A-I      3'UTR chr4:39478963(+) A-I      3'UTR chr4:39478965(+) A-I      3'UTR chr4:39478939(+) A-I      3'UTR chr4:39479050(+) A-I      3'UTR chr4:39479006(+) A-I      3'UTR chr4:39478972(+) A-I      3'UTR chr4:39478996(+) A-I      3'UTR chr4:39478990(+) A-I      3'UTR chr4:39478989(+) A-I      3'UTR chr4:39478988(+) A-I      3'UTR chr4:39478987(+) A-I      3'UTR chr4:39479038(+) A-I      3'UTR chr4:39467699(+) A-I      intronic chr4:39467334(+) A-I      intronic chr4:39467459(+) A-I      intronic chr4:39467724(+) A-I      intronic chr4:39475938(+) A-I      intronic chr4:39476573(+) A-I      intronic chr4:39467420(+) A-I      intronic chr4:39476596(+) A-I      intronic chr4:39467779(+) A-I      intronic chr4:39467781(+) A-I      intronic chr4:39469910(+) A-I      intronic chr4:39470021(+) A-I      intronic chr4:39468110(+) A-I      intronic chr4:39470415(+) A-I      intronic chr4:39475731(+) A-I      intronic chr4:39466217(+) A-I      intronic chr4:39476015(+) A-I      intronic chr4:39466265(+) A-I      intronic chr4:39476734(+) A-I      intronic chr4:39466210(+) A-I      intronic chr4:39476651(+) A-I      intronic chr4:39467468(+) A-I      intronic chr4:39470297(+) A-I      intronic chr4:39469978(+) A-I      intronic chr4:39469977(+) A-I      intronic chr4:39466180(+) A-I      intronic chr4:39466257(+) A-I      intronic chr4:39468127(+) A-I      intronic chr4:39476574(+) A-I      intronic chr4:39467796(+) A-I      intronic chr4:39470284(+) A-I      intronic chr4:39467462(+) A-I      intronic chr4:39476033(+) A-I      intronic chr4:39467346(+) A-I      intronic chr4:39467379(+) A-I      intronic chr4:39478907(+) A-I      3'UTR chr4:39479002(+) A-I      3'UTR chr4:39470071(+) A-I      intronic chr4:39465900(+) A-I      intronic chr4:39475736(+) A-I      intronic chr4:39476551(+) A-I      intronic chr4:39467360(+) A-I      intronic chr4:39465931(+) A-I      intronic chr4:39465881(+) A-I      intronic chr4:39466216(+) A-I      intronic chr4:39476108(+) A-I      intronic chr4:39466351(+) A-I      intronic chr4:39477376(+) A-I      intronic chr4:39476641(+) A-I      intronic chr4:39466244(+) A-I      intronic chr4:39467695(+) A-I      intronic chr4:39467694(+) A-I      intronic chr4:39476454(+) A-I      intronic chr4:39476235(+) A-I      intronic chr4:39468281(+) A-I      intronic chr4:39468250(+) A-I      intronic chr4:39469951(+) A-I      intronic chr4:39468225(+) A-I      intronic chr4:39467783(+) A-I      intronic chr4:39468254(+) A-I      intronic chr4:39468227(+) A-I      intronic chr4:39468287(+) A-I      intronic chr4:39466289(+) A-I      intronic chr4:39466186(+) A-I      intronic chr4:39467499(+) A-I      intronic chr4:39475762(+) A-I      intronic chr4:39465911(+) A-I      intronic chr4:39466172(+) A-I      intronic chr4:39467736(+) A-I      intronic chr4:39465882(+) A-I      intronic chr4:39476706(+) A-I      intronic chr4:39467837(+) A-I      intronic chr4:39476733(+) A-I      intronic chr4:39467721(+) A-I      intronic chr4:39468214(+) A-I      intronic chr4:39476618(+) A-I      intronic chr4:39468161(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	LIAS	chr4:39465809(+) A-I intron -    22327324 chr4:39465900(+) A-I intron -    22327324 chr4:39465911(+) A-I intron -    22327324 chr4:39466295(+) A-I intron -    22327324 chr4:39467779(+) A-I intron -    22327324 chr4:39465809(+) A-G intron -    22484847 chr4:39465876(+) A-G intron -    22484847 chr4:39465881(+) A-G intron -    22484847 chr4:39465900(+) A-G intron -    22484847 chr4:39465911(+) A-G intron -    22484847 chr4:39465931(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466148(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466172(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466180(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466210(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466216(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466217(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466257(+) A-G intron -    22484847 chr4:39466295(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467360(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467396(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467456(+) T-C intron -    22484847 chr4:39467462(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467680(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467694(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467695(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467699(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467736(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467779(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467783(+) A-G intron -    22484847 chr4:39467796(+) A-G intron -    22484847 chr4:39468100(+) A-G intron -    22484847 chr4:39468110(+) A-G intron -    22484847 chr4:39468137(+) A-G intron -    22484847 chr4:39468157(+) A-G intron -    22484847 chr4:39468214(+) A-G intron -    22484847 chr4:39469951(+) A-G intron -    22484847 chr4:39469978(+) A-G intron -    22484847 chr4:39476604(+) A-G intron -    22484847 chr4:39476618(+) A-G intron -    22484847 chr4:39476641(+) A-G intron -    22484847 chr4:39476706(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	LIAS	chr4:39462441-39462442(+) m6A CDS//exon       24981863 chr4:39478720-39478721(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr4:39478727-39478728(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr4:39478736-39478737(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:39478747-39478748(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr4:39478817-39478818(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	LIAS	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv2-miR-H5
Interactor2: LIAS

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//RNAHybrid
Support Database	VmiReg