Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00185926

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H20:  MIMAT0014702          TMEM50A:  NM_014313     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv2-miR-H20	TMEM50A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0014702	23585
Organism	Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	IFNRC//SMP1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	TMEM50A	chr1:25673431(+) A-I      intronic chr1:25680547(+) A-I      intronic chr1:25673927(+) A-I      intronic chr1:25673826(+) A-I      intronic chr1:25673442(+) A-I      intronic chr1:25673455(+) A-I      intronic chr1:25680526(+) A-I      intronic chr1:25680544(+) A-I      intronic chr1:25679860(+) A-I      intronic chr1:25680552(+) A-I      intronic chr1:25680563(+) A-I      intronic chr1:25680569(+) A-I      intronic chr1:25680534(+) A-I      intronic chr1:25676962(+) A-I      intronic chr1:25677009(+) A-I      intronic chr1:25677062(+) A-I      intronic chr1:25677159(+) A-I      intronic chr1:25677162(+) A-I      intronic chr1:25677391(+) A-I      intronic chr1:25677465(+) A-I      intronic chr1:25677467(+) A-I      intronic chr1:25677475(+) A-I      intronic chr1:25686569(+) A-I      intronic chr1:25680629(+) A-I      intronic chr1:25680849(+) A-I      intronic chr1:25680862(+) A-I      intronic chr1:25680871(+) A-I      intronic chr1:25680894(+) A-I      intronic chr1:25680908(+) A-I      intronic chr1:25677507(+) A-I      intronic chr1:25677541(+) A-I      intronic chr1:25680920(+) A-I      intronic chr1:25680976(+) A-I      intronic chr1:25681001(+) A-I      intronic chr1:25681356(+) A-I      intronic chr1:25681679(+) A-I      intronic chr1:25684152(+) A-I      intronic chr1:25684184(+) A-I      intronic chr1:25670118(+) A-I      intronic chr1:25684408(+) A-I      intronic chr1:25670117(+) A-I      intronic chr1:25670076(+) A-I      intronic chr1:25668162(+) A-I      intronic chr1:25679873(+) A-I      intronic chr1:25677544(+) A-I      intronic chr1:25677619(+) A-I      intronic chr1:25678803(+) A-I      intronic chr1:25678829(+) A-I      intronic chr1:25678865(+) A-I      intronic chr1:25678871(+) A-I      intronic chr1:25679848(+) A-I      intronic chr1:25679859(+) A-I      intronic chr1:25668153(+) A-I      intronic chr1:25679884(+) A-I      intronic chr1:25676184(+) A-I      intronic chr1:25676937(+) A-I      intronic chr1:25676943(+) A-I      intronic chr1:25676951(+) A-I      intronic chr1:25675029(+) A-I      intronic chr1:25675014(+) A-I      intronic chr1:25674995(+) A-I      intronic chr1:25673827(+) A-I      intronic chr1:25673485(+) A-I      intronic chr1:25673372(+) A-I      intronic chr1:25673348(+) A-I      intronic chr1:25673333(+) A-I      intronic chr1:25673326(+) A-I      intronic chr1:25673308(+) A-I      intronic chr1:25673113(+) A-I      intronic chr1:25673100(+) A-I      intronic chr1:25673032(+) A-I      intronic chr1:25673004(+) A-I      intronic chr1:25672518(+) A-I      intronic chr1:25672425(+) A-I      intronic chr1:25672353(+) A-I      intronic chr1:25672158(+) A-I      intronic chr1:25672012(+) A-I      intronic chr1:25671991(+) A-I      intronic chr1:25671940(+) A-I      intronic chr1:25671908(+) A-I      intronic chr1:25671894(+) A-I      intronic chr1:25671817(+) A-I      intronic chr1:25671711(+) A-I      intronic chr1:25671702(+) A-I      intronic chr1:25671662(+) A-I      intronic chr1:25671145(+) A-I      intronic chr1:25671139(+) A-I      intronic chr1:25671114(+) A-I      intronic chr1:25671110(+) A-I      intronic chr1:25684620(+) A-I      intronic chr1:25686655(+) A-I      intronic chr1:25671132(+) A-I      intronic chr1:25684198(+) A-I      intronic chr1:25672157(+) A-I      intronic chr1:25686761(+) A-I      intronic chr1:25671956(+) A-I      intronic chr1:25673830(+) A-I      intronic chr1:25684193(+) A-I      intronic chr1:25681363(+) A-I      intronic chr1:25672419(+) A-I      intronic chr1:25676983(+) A-I      intronic chr1:25686749(+) A-I      intronic chr1:25679853(+) A-I      intronic chr1:25670532(+) A-I      intronic chr1:25684209(+) A-I      intronic chr1:25680681(+) A-I      intronic chr1:25681010(+) A-I      intronic chr1:25677944(+) A-I      intronic chr1:25677789(+) A-I      intronic chr1:25679939(+) A-I      intronic chr1:25679874(+) A-I      intronic chr1:25673449(+) A-I      intronic chr1:25684503(+) A-I      intronic chr1:25681031(+) A-I      intronic chr1:25684268(+) A-I      intronic chr1:25679916(+) A-I      intronic chr1:25684389(+) A-I      intronic chr1:25680970(+) A-I      intronic chr1:25673856(+) A-I      intronic chr1:25686729(+) A-I      intronic chr1:25681673(+) A-I      intronic chr1:25679982(+) A-I      intronic chr1:25681754(+) A-I      intronic chr1:25672405(+) A-I      intronic chr1:25681023(+) A-I      intronic chr1:25686733(+) A-I      intronic chr1:25686683(+) A-I      intronic chr1:25684154(+) A-I      intronic chr1:25686760(+) A-I      intronic chr1:25684331(+) A-I      intronic chr1:25673324(+) A-I      intronic chr1:25686746(+) A-I      intronic chr1:25681313(+) A-I      intronic chr1:25675069(+) A-I      intronic chr1:25673425(+) A-I      intronic chr1:25686624(+) A-I      intronic chr1:25670151(+) A-I      intronic chr1:25680848(+) A-I      intronic chr1:25686795(+) A-I      intronic chr1:25681452(+) A-I      intronic chr1:25672541(+) A-I      intronic chr1:25681653(+) A-I      intronic chr1:25670671(+) A-I      intronic chr1:25670145(+) A-I      intronic chr1:25677141(+) A-I      intronic chr1:25673345(+) A-I      intronic chr1:25680922(+) A-I      intronic chr1:25681035(+) A-I      intronic chr1:25671924(+) A-I      intronic chr1:25685621(+) A-I      intronic chr1:25684305(+) A-I      intronic chr1:25674922(+) A-I      intronic chr1:25672126(+) A-I      intronic chr1:25673360(+) A-I      intronic chr1:25672479(+) A-I      intronic chr1:25680733(+) A-I      intronic chr1:25672463(+) A-I      intronic chr1:25681622(+) A-I      intronic chr1:25679792(+) A-I      intronic chr1:25685596(+) A-I      intronic chr1:25676931(+) A-I      intronic chr1:25680755(+) A-I      intronic chr1:25673075(+) A-I      intronic chr1:25681337(+) A-I      intronic chr1:25674923(+) A-I      intronic chr1:25686725(+) A-I      intronic chr1:25679899(+) A-I      intronic chr1:25680503(+) A-I      intronic chr1:25680870(+) A-I      intronic chr1:25678962(+) A-I      intronic chr1:25676129(+) A-I      intronic chr1:25673020(+) A-I      intronic chr1:25672956(+) A-I      intronic chr1:25672957(+) A-I      intronic chr1:25681332(+) A-I      intronic chr1:25671681(+) A-I      intronic chr1:25684294(+) A-I      intronic chr1:25679913(+) A-I      intronic chr1:25672194(+) A-I      intronic chr1:25686740(+) A-I      intronic chr1:25681720(+) A-I      intronic chr1:25681018(+) A-I      intronic chr1:25672964(+) A-I      intronic chr1:25686586(+) A-I      intronic chr1:25673396(+) A-I      intronic chr1:25678907(+) A-I      intronic chr1:25672372(+) A-I      intronic chr1:25684380(+) A-I      intronic chr1:25673750(+) A-I      intronic chr1:25670488(+) A-I      intronic chr1:25673459(+) A-I      intronic chr1:25677903(+) A-I      intronic chr1:25680905(+) A-I      intronic chr1:25684390(+) A-I      intronic chr1:25681048(+) A-I      intronic chr1:25670072(+) A-I      intronic chr1:25670173(+) A-I      intronic chr1:25680616(+) A-I      intronic chr1:25673126(+) A-I      intronic chr1:25671106(+) A-I      intronic chr1:25677163(+) A-I      intronic chr1:25681719(+) A-I      intronic chr1:25680988(+) A-I      intronic chr1:25672907(+) A-I      intronic chr1:25672409(+) A-I      intronic chr1:25676898(+) A-I      intronic chr1:25680942(+) A-I      intronic chr1:25674990(+) A-I      intronic chr1:25686772(+) A-I      intronic chr1:25686621(+) A-I      intronic chr1:25673016(+) A-I      intronic chr1:25677941(+) A-I      intronic chr1:25686719(+) A-I      intronic chr1:25671068(+) A-I      intronic chr1:25679931(+) A-I      intronic chr1:25684629(+) A-I      intronic chr1:25680647(+) A-I      intronic chr1:25686693(+) A-I      intronic chr1:25671801(+) A-I      intronic chr1:25684311(+) A-I      intronic chr1:25681706(+) A-I      intronic chr1:25680918(+) A-I      intronic chr1:25671888(+) A-I      intronic chr1:25679955(+) A-I      intronic chr1:25680992(+) A-I      intronic chr1:25673125(+) A-I      intronic chr1:25676959(+) A-I      intronic chr1:25673910(+) A-I      intronic chr1:25678932(+) A-I      intronic chr1:25673807(+) A-I      intronic chr1:25676897(+) A-I      intronic chr1:25681086(+) A-I      intronic chr1:25679973(+) A-I      intronic chr1:25671934(+) A-I      intronic chr1:25677534(+) A-I      intronic chr1:25686668(+) A-I      intronic chr1:25679907(+) A-I      intronic chr1:25676136(+) A-I      intronic chr1:25684274(+) A-I      intronic chr1:25681428(+) A-I      intronic chr1:25671080(+) A-I      intronic chr1:25684258(+) A-I      intronic chr1:25676185(+) A-I      intronic chr1:25684190(+) A-I      intronic chr1:25671133(+) A-I      intronic chr1:25680611(+) A-I      intronic chr1:25675065(+) A-I      intronic chr1:25677540(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	TMEM50A	chr1:25684190(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684193(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684198(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684209(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684258(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684268(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684274(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684294(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684305(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684311(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684331(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684380(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684503(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684620(+) A-I intron -    15342557 chr1:25684629(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686586(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686621(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686624(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686655(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686668(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686683(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686693(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686719(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686725(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686729(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686733(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686740(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686746(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686749(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686760(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686761(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686772(+) A-I intron -    15342557 chr1:25686795(+) A-I intron -    15342557 chr1:25679907(+) A-I intron -    21960545 chr1:25670151(+) A-G intron -    22484847 chr1:25670173(+) A-G intron -    22484847 chr1:25670488(+) A-G intron -    22484847 chr1:25671681(+) A-G intron -    22484847 chr1:25671888(+) A-G intron -    22484847 chr1:25671934(+) A-G intron -    22484847 chr1:25671956(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672126(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672157(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672194(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672372(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672405(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672479(+) A-G intron -    22484847 chr1:25672907(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673016(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673020(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673324(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673345(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673360(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673396(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673449(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673459(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673729(+) T-C intron -    22484847 chr1:25673750(+) A-G intron -    22484847 chr1:25673830(+) A-G intron -    22484847 chr1:25674923(+) A-G intron -    22484847 chr1:25675069(+) A-G intron -    22484847 chr1:25676897(+) A-G intron -    22484847 chr1:25676931(+) A-G intron -    22484847 chr1:25677789(+) A-G intron -    22484847 chr1:25679792(+) A-G intron -    22484847 chr1:25679853(+) A-G intron -    22484847 chr1:25679874(+) A-G intron -    22484847 chr1:25679907(+) A-G intron -    22484847 chr1:25680503(+) A-G intron -    22484847 chr1:25680611(+) A-G intron -    22484847 chr1:25680918(+) A-G intron -    22484847 chr1:25680922(+) A-G intron -    22484847 chr1:25680942(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681010(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681023(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681035(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681086(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681337(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681653(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681673(+) A-G intron -    22484847 chr1:25681808(+) C-A intron -    22484847 chr1:25684380(+) A-G intron -    22484847 chr1:25684390(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	TMEM50A	chr1:25664548-25664549(+) m6A 5'UTR       27773535 chr1:25664766-25664767(+) m6A 5'UTR       24981863 chr1:25664924-25664925(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//25456834//24981863 chr1:25665078-25665079(+) m6A exon//intron       - chr1:25665099-25665100(+) m6A exon//intron       - chr1:25665150-25665151(+) m6A exon//intron       25456834 chr1:25665172-25665173(+) m6A exon//intron       25456834 chr1:25665190-25665191(+) m6A exon//intron       25456834 chr1:25683292-25683293(+) Y CDS//exon       25219674 chr1:25687926-25687927(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25687946-25687947(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25687953-25687954(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25687983-25687984(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688018-25688019(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688034-25688035(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688060-25688061(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688076-25688077(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688102-25688103(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688155-25688156(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:25688301-25688302(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:25688340-25688341(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:25688381-25688382(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:25688435-25688436(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:25688476-25688477(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:25688588-25688589(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22608085 chr1:25688620-25688621(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr1:25688678-25688679(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr1:25688754-25688755(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	TMEM50A	Chromatin K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv2-miR-H20
Interactor2: TMEM50A

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg