Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00185009

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H20:  MIMAT0014702          GAB1:  NM_002039     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv2-miR-H20	GAB1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0014702	2549
Organism	Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	DFNB26

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	GAB1	chr4:144389534(+) A-I      intronic chr4:144389507(+) A-I      intronic chr4:144389493(+) A-I      intronic chr4:144385482(+) A-I      intronic chr4:144384726(+) A-I      intronic chr4:144384706(+) A-I      intronic chr4:144285139(+) A-I      intronic chr4:144285155(+) A-I      intronic chr4:144285210(+) A-I      intronic chr4:144285220(+) A-I      intronic chr4:144305094(+) A-I      intronic chr4:144390001(+) A-I      intronic chr4:144305097(+) A-I      intronic chr4:144305103(+) A-I      intronic chr4:144286170(+) A-I      intronic chr4:144286292(+) A-I      intronic chr4:144286304(+) A-I      intronic chr4:144289991(+) A-I      intronic chr4:144290037(+) A-I      intronic chr4:144290038(+) A-I      intronic chr4:144290072(+) A-I      intronic chr4:144315249(+) A-I      intronic chr4:144294704(+) A-I      intronic chr4:144294724(+) A-I      intronic chr4:144294732(+) A-I      intronic chr4:144294757(+) A-I      intronic chr4:144294783(+) A-I      intronic chr4:144294831(+) A-I      intronic chr4:144315277(+) A-I      intronic chr4:144319942(+) A-I      intronic chr4:144305105(+) A-I      intronic chr4:144319984(+) A-I      intronic chr4:144384687(+) A-I      intronic chr4:144384624(+) A-I      intronic chr4:144384051(+) A-I      intronic chr4:144384044(+) A-I      intronic chr4:144383944(+) A-I      intronic chr4:144320003(+) A-I      intronic chr4:144320022(+) A-I      intronic chr4:144322079(+) A-I      intronic chr4:144383916(+) A-I      intronic chr4:144383166(+) A-I      intronic chr4:144377393(+) A-I      intronic chr4:144350492(+) A-I      intronic chr4:144350385(+) A-I      intronic chr4:144350336(+) A-I      intronic chr4:144345883(+) A-I      intronic chr4:144345881(+) A-I      intronic chr4:144321112(+) A-I      intronic chr4:144321220(+) A-I      intronic chr4:144345869(+) A-I      intronic chr4:144321940(+) A-I      intronic chr4:144321944(+) A-I      intronic chr4:144321945(+) A-I      intronic chr4:144322018(+) A-I      intronic chr4:144322026(+) A-I      intronic chr4:144322043(+) A-I      intronic chr4:144322074(+) A-I      intronic chr4:144322077(+) A-I      intronic chr4:144344639(+) A-I      intronic chr4:144338795(+) A-I      intronic chr4:144308307(+) A-I      intronic chr4:144338665(+) A-I      intronic chr4:144338587(+) A-I      intronic chr4:144338584(+) A-I      intronic chr4:144337848(+) A-I      intronic chr4:144308385(+) A-I      intronic chr4:144308424(+) A-I      intronic chr4:144308426(+) A-I      intronic chr4:144308473(+) A-I      intronic chr4:144309661(+) A-I      intronic chr4:144309648(+) A-I      intronic chr4:144309626(+) A-I      intronic chr4:144383915(+) A-I      intronic chr4:144383900(+) A-I      intronic chr4:144383893(+) A-I      intronic chr4:144383884(+) A-I      intronic chr4:144294835(+) A-I      intronic chr4:144296201(+) A-I      intronic chr4:144296340(+) A-I      intronic chr4:144307037(+) A-I      intronic chr4:144307059(+) A-I      intronic chr4:144307060(+) A-I      intronic chr4:144307103(+) A-I      intronic chr4:144307149(+) A-I      intronic chr4:144350330(+) A-I      intronic chr4:144337847(+) A-I      intronic chr4:144338733(+) A-I      intronic chr4:144338718(+) A-I      intronic chr4:144307210(+) A-I      intronic chr4:144260406(+) A-I      intronic chr4:144260488(+) A-I      intronic chr4:144260510(+) A-I      intronic chr4:144283173(+) A-I      intronic chr4:144337816(+) A-I      intronic chr4:144309707(+) A-I      intronic chr4:144389925(+) A-I      intronic chr4:144389565(+) A-I      intronic chr4:144315215(+) A-I      intronic chr4:144389969(+) A-I      intronic chr4:144389551(+) A-I      intronic chr4:144389548(+) A-I      intronic chr4:144389965(+) A-I      intronic chr4:144384731(+) A-I      intronic chr4:144308362(+) A-I      intronic chr4:144294890(+) A-I      intronic chr4:144261709(+) A-I      intronic chr4:144308328(+) A-I      intronic chr4:144307250(+) A-I      intronic chr4:144337829(+) A-I      intronic chr4:144260646(+) A-I      intronic chr4:144260502(+) A-I      intronic chr4:144321305(+) A-I      intronic chr4:144304999(+) A-I      intronic chr4:144294762(+) A-I      intronic chr4:144322015(+) A-I      intronic chr4:144383928(+) A-I      intronic chr4:144309697(+) A-I      intronic chr4:144344757(+) A-I      intronic chr4:144308330(+) A-I      intronic chr4:144338604(+) A-I      intronic chr4:144389933(+) A-I      intronic chr4:144285097(+) A-I      intronic chr4:144338614(+) A-I      intronic chr4:144389494(+) A-I      intronic chr4:144307236(+) A-I      intronic chr4:144338796(+) A-I      intronic chr4:144308411(+) A-I      intronic chr4:144321939(+) A-I      intronic chr4:144286237(+) A-I      intronic chr4:144289130(+) A-I      intronic chr4:144338592(+) A-I      intronic chr4:144263899(+) A-I      intronic chr4:144383130(+) A-I      intronic chr4:144315165(+) A-I      intronic chr4:144309848(+) A-I      intronic chr4:144296156(+) A-I      intronic chr4:144285102(+) A-I      intronic chr4:144322011(+) A-I      intronic chr4:144321331(+) A-I      intronic chr4:144384089(+) A-I      intronic chr4:144383837(+) A-I      intronic chr4:144308341(+) A-I      intronic chr4:144290031(+) A-I      intronic chr4:144384625(+) A-I      intronic chr4:144307097(+) A-I      intronic chr4:144385521(+) A-I      intronic chr4:144338759(+) A-I      intronic chr4:144338745(+) A-I      intronic chr4:144350335(+) A-I      intronic chr4:144290277(+) A-I      intronic chr4:144384049(+) A-I      intronic chr4:144285262(+) A-I      intronic chr4:144384050(+) A-I      intronic chr4:144338726(+) A-I      intronic chr4:144384617(+) A-I      intronic chr4:144290077(+) A-I      intronic chr4:144309591(+) A-I      intronic chr4:144289017(+) A-I      intronic chr4:144308365(+) A-I      intronic chr4:144345855(+) A-I      intronic chr4:144337914(+) A-I      intronic chr4:144338580(+) A-I      intronic chr4:144305167(+) A-I      intronic chr4:144337743(+) A-I      intronic chr4:144315172(+) A-I      intronic chr4:144321155(+) A-I      intronic chr4:144315171(+) A-I      intronic chr4:144263850(+) A-I      intronic chr4:144260508(+) A-I      intronic chr4:144350320(+) A-I      intronic chr4:144294914(+) A-I      intronic chr4:144308336(+) A-I      intronic chr4:144344595(+) A-I      intronic chr4:144384708(+) A-I      intronic chr4:144338749(+) A-I      intronic chr4:144344596(+) A-I      intronic chr4:144308504(+) A-I      intronic chr4:144337852(+) A-I      intronic chr4:144389824(+) A-I      intronic chr4:144337839(+) A-I      intronic chr4:144296284(+) A-I      intronic chr4:144337806(+) A-I      intronic chr4:144384616(+) A-I      intronic chr4:144345860(+) A-I      intronic chr4:144321223(+) A-I      intronic chr4:144338661(+) A-I      intronic chr4:144383981(+) A-I      intronic chr4:144296335(+) A-I      intronic chr4:144285088(+) A-I      intronic chr4:144350333(+) A-I      intronic chr4:144321116(+) A-I      intronic chr4:144307605(+) A-I      intronic chr4:144307094(+) A-I      intronic chr4:144289069(+) A-I      intronic chr4:144347448(+) A-I      intronic chr4:144347640(+) A-I      intronic chr4:144383883(+) A-I      intronic chr4:144338743(+) A-I      intronic chr4:144350317(+) A-I      intronic chr4:144307761(+) A-I      intronic chr4:144390033(+) A-I      intronic chr4:144338654(+) A-I      intronic chr4:144307091(+) A-I      intronic chr4:144338835(+) A-I      intronic chr4:144261764(+) A-I      intronic chr4:144307152(+) A-I      intronic chr4:144300924(+) A-I      intronic chr4:144347637(+) A-I      intronic chr4:144261683(+) A-I      intronic chr4:144315372(+) A-I      intronic chr4:144307092(+) A-I      intronic chr4:144381880(+) A-I      intronic chr4:144260584(+) A-I      intronic chr4:144350275(+) A-I      intronic chr4:144347557(+) A-I      intronic chr4:144390066(+) A-I      intronic chr4:144347570(+) A-I      intronic chr4:144296266(+) A-I      intronic chr4:144283150(+) A-I      intronic chr4:144350368(+) A-I      intronic chr4:144308484(+) A-I      intronic chr4:144338813(+) A-I      intronic chr4:144315306(+) A-I      intronic chr4:144337666(+) A-I      intronic chr4:144296132(+) A-I      intronic chr4:144347558(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	GAB1	chr4:144260508(+) A-G intron -    22484847 chr4:144261683(+) A-G intron -    22484847 chr4:144261709(+) A-G intron -    22484847 chr4:144261763(+) A-G intron -    22484847 chr4:144261764(+) A-G intron -    22484847 chr4:144261821(+) A-G intron -    22484847 chr4:144283150(+) A-G intron -    22484847 chr4:144283191(+) T-C intron -    22484847 chr4:144285088(+) A-G intron -    22484847 chr4:144285096(+) A-G intron -    22484847 chr4:144285097(+) A-G intron -    22484847 chr4:144285157(+) A-G intron -    22484847 chr4:144285194(+) A-G intron -    22484847 chr4:144286237(+) A-G intron -    22484847 chr4:144289017(+) A-G intron -    22484847 chr4:144289069(+) A-G intron -    22484847 chr4:144289130(+) A-G intron -    22484847 chr4:144289988(+) A-G intron -    22484847 chr4:144290031(+) A-G intron -    22484847 chr4:144290077(+) A-G intron -    22484847 chr4:144290277(+) A-G intron -    22484847 chr4:144294762(+) A-G intron -    22484847 chr4:144294772(+) A-G intron -    22484847 chr4:144294890(+) A-G intron -    22484847 chr4:144294891(+) A-G intron -    22484847 chr4:144294914(+) A-G intron -    22484847 chr4:144296156(+) A-G intron -    22484847 chr4:144296211(+) A-G intron -    22484847 chr4:144296311(+) A-G intron -    22484847 chr4:144296335(+) A-G intron -    22484847 chr4:144300924(+) A-G intron -    22484847 chr4:144300996(+) T-C intron -    22484847 chr4:144304999(+) A-G intron -    22484847 chr4:144305151(+) A-G intron -    22484847 chr4:144305167(+) A-G intron -    22484847 chr4:144305171(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307024(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307091(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307092(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307094(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307152(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307180(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307228(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307236(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307250(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307605(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307641(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307761(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307776(+) A-G intron -    22484847 chr4:144307812(+) T-A intron -    22484847 chr4:144308328(+) A-G intron -    22484847 chr4:144308330(+) A-G intron -    22484847 chr4:144308341(+) A-G intron -    22484847 chr4:144308411(+) A-G intron -    22484847 chr4:144308484(+) A-G intron -    22484847 chr4:144308504(+) A-G intron -    22484847 chr4:144309848(+) A-G intron -    22484847 chr4:144315165(+) A-G intron -    22484847 chr4:144315172(+) A-G intron -    22484847 chr4:144315296(+) A-G intron -    22484847 chr4:144315306(+) A-G intron -    22484847 chr4:144315320(+) A-G intron -    22484847 chr4:144319975(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321155(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321156(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321224(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321276(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321305(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321331(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321332(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321857(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321866(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321906(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321937(+) A-G intron -    22484847 chr4:144321939(+) A-G intron -    22484847 chr4:144322011(+) A-G intron -    22484847 chr4:144322015(+) A-G intron -    22484847 chr4:144322021(+) T-C intron -    22484847 chr4:144337666(+) A-G intron -    22484847 chr4:144337743(+) A-G intron -    22484847 chr4:144337806(+) A-G intron -    22484847 chr4:144337829(+) A-G intron -    22484847 chr4:144337852(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338580(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338614(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338661(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338690(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338745(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338796(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338813(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338823(+) A-G intron -    22484847 chr4:144338835(+) A-G intron -    22484847 chr4:144344595(+) A-G intron -    22484847 chr4:144344596(+) A-G intron -    22484847 chr4:144344667(+) A-G intron -    22484847 chr4:144344757(+) A-G intron -    22484847 chr4:144345997(+) A-G intron -    22484847 chr4:144347547(+) T-A intron -    22484847 chr4:144347558(+) A-G intron -    22484847 chr4:144347570(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350275(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350317(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350320(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350333(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350335(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350368(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350395(+) A-G intron -    22484847 chr4:144350509(+) A-G intron -    22484847 chr4:144355519(+) C-T intron -    22484847 chr4:144355527(+) T-C intron -    22484847 chr4:144383837(+) A-G intron -    22484847 chr4:144383872(+) A-G intron -    22484847 chr4:144383883(+) A-G intron -    22484847 chr4:144383981(+) A-G intron -    22484847 chr4:144384049(+) A-G intron -    22484847 chr4:144384050(+) A-G intron -    22484847 chr4:144384561(+) A-G intron -    22484847 chr4:144384566(+) A-G intron -    22484847 chr4:144384708(+) A-G intron -    22484847 chr4:144385507(+) A-G intron -    22484847 chr4:144387701(+) A-G intron -    22484847 chr4:144389929(+) A-G intron -    22484847 chr4:144389933(+) A-G intron -    22484847 chr4:144390033(+) A-G intron -    22484847 chr4:144390066(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	GAB1	chr4:144258001-144258002(+) m6A 5'UTR       - chr4:144258170-144258171(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr4:144258176-144258177(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr4:144258185-144258186(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863 chr4:144336798-144336799(+) m6A 5'UTR//CDS       24981863//22608085 chr4:144336852-144336853(+) m6A 5'UTR//CDS       22608085 chr4:144354860-144354861(+) m6A CDS       24284625 chr4:144359188-144359189(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr4:144359244-144359245(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr4:144359406-144359407(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22608085 chr4:144359434-144359435(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22608085 chr4:144359449-144359450(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:144359521-144359522(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:144359536-144359537(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:144359544-144359545(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:144359561-144359562(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:144359598-144359599(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:144359660-144359661(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr4:144359738-144359739(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr4:144360804-144360805(+) m6A exon//intron       24981863 chr4:144390255-144390256(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863 chr4:144390288-144390289(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390299-144390300(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390365-144390366(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390375-144390376(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390465-144390466(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390493-144390494(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390520-144390521(+) m6A 3'UTR//exon       24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:144390576-144390577(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr4:144391610-144391611(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:144391635-144391636(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	GAB1	Chromatin K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv2-miR-H20
Interactor2: GAB1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg