Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00178590

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H11-3p:  MIMAT0014698          MSN:  NM_002444     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv2-miR-H11-3p	MSN
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0014698	4478
Organism	Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	HEL70//IMD50

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	MSN	chrX:64922440(+) A-I      intronic chrX:64922477(+) A-I      intronic chrX:64941735(+) A-I      intronic chrX:64941815(+) A-I      intronic chrX:64913871(+) A-I      intronic chrX:64914210(+) A-I      intronic chrX:64914252(+) A-I      intronic chrX:64914364(+) A-I      intronic chrX:64914369(+) A-I      intronic chrX:64914386(+) A-I      intronic chrX:64914428(+) A-I      intronic chrX:64915201(+) A-I      intronic chrX:64912641(+) A-I      intronic chrX:64921938(+) A-I      intronic chrX:64912640(+) A-I      intronic chrX:64908153(+) A-I      intronic chrX:64897602(+) A-I      intronic chrX:64912634(+) A-I      intronic chrX:64921939(+) A-I      intronic chrX:64921992(+) A-I      intronic chrX:64922055(+) A-I      intronic chrX:64897396(+) A-I      intronic chrX:64942478(+) A-I      intronic chrX:64942516(+) A-I      intronic chrX:64913835(+) A-I      intronic chrX:64913839(+) A-I      intronic chrX:64913751(+) A-I      intronic chrX:64913757(+) A-I      intronic chrX:64913763(+) A-I      intronic chrX:64913665(+) A-I      intronic chrX:64897409(+) A-I      intronic chrX:64897413(+) A-I      intronic chrX:64897423(+) A-I      intronic chrX:64897433(+) A-I      intronic chrX:64897443(+) A-I      intronic chrX:64897463(+) A-I      intronic chrX:64897603(+) A-I      intronic chrX:64905550(+) A-I      intronic chrX:64912743(+) A-I      intronic chrX:64912715(+) A-I      intronic chrX:64912670(+) A-I      intronic chrX:64905557(+) A-I      intronic chrX:64952823(+) A-I      intronic chrX:64952815(+) A-I      intronic chrX:64944756(+) A-I      intronic chrX:64905618(+) A-I      intronic chrX:64922109(+) A-I      intronic chrX:64922110(+) A-I      intronic chrX:64922352(+) A-I      intronic chrX:64942517(+) A-I      intronic chrX:64897558(+) A-I      intronic chrX:64897499(+) A-I      intronic chrX:64922408(+) A-I      intronic chrX:64897534(+) A-I      intronic chrX:64897531(+) A-I      intronic chrX:64897525(+) A-I      intronic chrX:64913826(+) A-I      intronic chrX:64913803(+) A-I      intronic chrX:64913799(+) A-I      intronic chrX:64897504(+) A-I      intronic chrX:64922363(+) A-I      intronic chrX:64905619(+) A-I      intronic chrX:64922366(+) A-I      intronic chrX:64922372(+) A-I      intronic chrX:64944649(+) A-I      intronic chrX:64942534(+) A-I      intronic chrX:64915273(+) A-I      intronic chrX:64913863(+) A-I      intronic chrX:64912706(+) A-I      intronic chrX:64942413(+) A-I      intronic chrX:64905709(+) A-I      intronic chrX:64942314(+) A-I      intronic chrX:64942404(+) A-I      intronic chrX:64897454(+) A-I      intronic chrX:64896803(+) A-I      intronic chrX:64897607(+) A-I      intronic chrX:64913643(+) A-I      intronic chrX:64914480(+) A-I      intronic chrX:64907129(+) A-I      intronic chrX:64922407(+) A-I      intronic chrX:64896928(+) A-I      intronic chrX:64914329(+) A-I      intronic chrX:64914372(+) A-I      intronic chrX:64890336(+) A-I      intronic chrX:64907210(+) A-I      intronic chrX:64922312(+) A-I      intronic chrX:64915282(+) A-I      intronic chrX:64897457(+) A-I      intronic chrX:64941763(+) A-I      intronic chrX:64941929(+) A-I      intronic chrX:64941937(+) A-I      intronic chrX:64922272(+) A-I      intronic chrX:64921975(+) A-I      intronic chrX:64915106(+) A-I      intronic chrX:64913659(+) A-I      intronic chrX:64896872(+) A-I      intronic chrX:64915275(+) A-I      intronic chrX:64952893(+) A-I      intronic chrX:64906950(+) A-I      intronic chrX:64941749(+) A-I      intronic chrX:64915230(+) A-I      intronic chrX:64907062(+) A-I      intronic chrX:64922137(+) A-I      intronic chrX:64914403(+) A-I      intronic chrX:64914389(+) A-I      intronic chrX:64944653(+) A-I      intronic chrX:64905656(+) A-I      intronic chrX:64914295(+) A-I      intronic chrX:64905636(+) A-I      intronic chrX:64953663(+) A-I      intronic chrX:64922058(+) A-I      intronic chrX:64914307(+) A-I      intronic chrX:64897369(+) A-I      intronic chrX:64915107(+) A-I      intronic chrX:64915281(+) A-I      intronic chrX:64944678(+) A-I      intronic chrX:64941926(+) A-I      intronic chrX:64913660(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	MSN	chrX:64922431(+) A-I intron -    22327324 chrX:64914389(+) A-G intron -    22484847 chrX:64922431(+) A-G intron -    22484847 chrX:64944653(+) A-G intron -    22484847 chrX:64944678(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	MSN	chrX:64808295-64808296(+) m6A 5'UTR//exon       - chrX:64844654-64844655(+) m6A exon//intron       - chrX:64844802-64844803(+) m6A exon//intron       25456834 chrX:64887598-64887599(+) m6A 5'UTR//intron       24284625//24981863//22575960 chrX:64887676-64887677(+) m6A 5'UTR//intron       24284625//24981863//22575960 chrX:64947684-64947685(+) m6A CDS       22575960 chrX:64947730-64947731(+) m6A CDS       22575960 chrX:64947758-64947759(+) m6A CDS       22575960 chrX:64949467-64949468(+) m6A CDS       22575960 chrX:64949555-64949556(+) m6A CDS       22575960 chrX:64950977-64950978(+) m6A CDS       22575960 chrX:64950986-64950987(+) m6A CDS       22575960 chrX:64950997-64950998(+) m6A CDS       22575960 chrX:64951034-64951035(+) m6A CDS       22575960 chrX:64951758-64951759(+) m6A CDS       22575960 chrX:64951776-64951777(+) m6A CDS       22575960 chrX:64955192-64955193(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960 chrX:64955199-64955200(+) m6A CDS       24209618//24981863//27773535//27371828//22575960 chrX:64956678-64956679(+) m1A CDS       26863196 chrX:64956753-64956754(+) Cm CDS       - chrX:64956764-64956765(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//22575960//22608085 chrX:64957049-64957050(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085 chrX:64957070-64957071(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//27371828//22575960//22608085 chrX:64957174-64957175(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//27371828//22575960//22608085 chrX:64957185-64957186(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//27371828//22575960//22608085 chrX:64957193-64957194(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//27371828//22575960//22608085 chrX:64958446-64958447(+) m1A CDS       26863196 chrX:64958850-64958851(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//22575960 chrX:64958861-64958862(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//22575960 chrX:64958879-64958880(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//26404942//22575960 chrX:64958991-64958992(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960 chrX:64959635-64959636(+) m6A CDS       24209618//24981863//26404942//22575960 chrX:64959663-64959664(+) m6A CDS       24209618//24981863//26404942//22575960 chrX:64959681-64959682(+) m6A CDS       24209618//24981863//26404942//22575960 chrX:64959692-64959693(+) m6A CDS       24209618//24981863//26404942//22575960 chrX:64959775-64959776(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//26404942 chrX:64959897-64959898(+) m6A 3'UTR       24209618 chrX:64959902-64959903(+) m6A 3'UTR       24209618 chrX:64960509-64960510(+) Y 3'UTR       26075521 chrX:64960742-64960743(+) Y 3'UTR       25219674//26075521

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	MSN	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv2-miR-H11-3p
Interactor2: MSN

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg