Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00178214

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H11-5p:           ATP11C:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsv2-miR-H11-5p ATP11C
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0014697 286410
Organism Human alphaherpesvirus 2 (HSV2) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - ATPIG//ATPIQ//HACXL

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR ATP11C
chrX:138917734(-) A-I      intronic
chrX:138906724(-) A-I      intronic
chrX:138904494(-) A-I      intronic
chrX:138904480(-) A-I      intronic
chrX:138904477(-) A-I      intronic
chrX:138872286(-) A-I      intronic
chrX:138860310(-) A-I      intronic
chrX:138843778(-) A-I      intronic
chrX:138843740(-) A-I      intronic
chrX:138843251(-) A-I      intronic
chrX:138988481(-) A-I      intronic
chrX:138988494(-) A-I      intronic
chrX:138988507(-) A-I      intronic
chrX:138957923(-) A-I      intronic
chrX:138957922(-) A-I      intronic
chrX:138957900(-) A-I      intronic
chrX:138957879(-) A-I      intronic
chrX:138956177(-) A-I      intronic
chrX:138956176(-) A-I      intronic
chrX:138956172(-) A-I      intronic
chrX:138956150(-) A-I      intronic
chrX:138956149(-) A-I      intronic
chrX:138891292(-) A-I      intronic
chrX:138891291(-) A-I      intronic
chrX:138955648(-) A-I      intronic
chrX:138981553(-) A-I      intronic
chrX:138891236(-) A-I      intronic
chrX:138891258(-) A-I      intronic
chrX:138891266(-) A-I      intronic
chrX:138891272(-) A-I      intronic
chrX:138904488(-) A-I      intronic
chrX:138904516(-) A-I      intronic
chrX:138904520(-) A-I      intronic
chrX:138988446(-) A-I      intronic
chrX:138988448(-) A-I      intronic
chrX:138988460(-) A-I      intronic
chrX:138988468(-) A-I      intronic
chrX:138988489(-) A-I      intronic
chrX:138988508(-) A-I      intronic
chrX:138992702(-) A-I      intronic
chrX:138992682(-) A-I      intronic
chrX:138991547(-) A-I      intronic
chrX:138991374(-) A-I      intronic
chrX:138991359(-) A-I      intronic
chrX:139005091(-) A-I      intronic
chrX:139005124(-) A-I      intronic
chrX:138991358(-) A-I      intronic
chrX:138988543(-) A-I      intronic
chrX:138988524(-) A-I      intronic
chrX:139001570(-) A-I      intronic
chrX:139005085(-) A-I      intronic
chrX:139001565(-) A-I      intronic
chrX:139001564(-) A-I      intronic
chrX:139001280(-) A-I      intronic
chrX:139001274(-) A-I      intronic
chrX:139005161(-) A-I      intronic
chrX:139005162(-) A-I      intronic
chrX:139005163(-) A-I      intronic
chrX:139005172(-) A-I      intronic
chrX:139005191(-) A-I      intronic
chrX:139005195(-) A-I      intronic
chrX:139001189(-) A-I      intronic
chrX:139001141(-) A-I      intronic
chrX:138860905(-) A-I      intronic
chrX:138977567(-) A-I      intronic
chrX:138977605(-) A-I      intronic
chrX:138977606(-) A-I      intronic
chrX:138977623(-) A-I      intronic
chrX:138978106(-) A-I      intronic
chrX:138978109(-) A-I      intronic
chrX:138978840(-) A-I      intronic
chrX:138978898(-) A-I      intronic
chrX:138978934(-) A-I      intronic
chrX:138978945(-) A-I      intronic
chrX:138979658(-) A-I      intronic
chrX:138979667(-) A-I      intronic
chrX:138979778(-) A-I      intronic
chrX:138979796(-) A-I      intronic
chrX:138979824(-) A-I      intronic
chrX:138981550(-) A-I      intronic
chrX:138981560(-) A-I      intronic
chrX:138981573(-) A-I      intronic
chrX:138988476(-) A-I      intronic
chrX:138955632(-) A-I      intronic
chrX:138955622(-) A-I      intronic
chrX:138955610(-) A-I      intronic
chrX:138953855(-) A-I      intronic
chrX:138953569(-) A-I      intronic
chrX:138953567(-) A-I      intronic
chrX:138953531(-) A-I      intronic
chrX:138953103(-) A-I      intronic
chrX:138953051(-) A-I      intronic
chrX:138951823(-) A-I      intronic
chrX:138918051(-) A-I      intronic
chrX:138918038(-) A-I      intronic
chrX:138977558(-) A-I      intronic
chrX:138977152(-) A-I      intronic
chrX:138977133(-) A-I      intronic
chrX:138974302(-) A-I      intronic
chrX:138974216(-) A-I      intronic
chrX:138974195(-) A-I      intronic
chrX:138974194(-) A-I      intronic
chrX:138972659(-) A-I      intronic
chrX:138972609(-) A-I      intronic
chrX:138972502(-) A-I      intronic
chrX:138972487(-) A-I      intronic
chrX:138971239(-) A-I      intronic
chrX:138971142(-) A-I      intronic
chrX:138971107(-) A-I      intronic
chrX:138970579(-) A-I      intronic
chrX:138970554(-) A-I      intronic
chrX:138970543(-) A-I      intronic
chrX:138969964(-) A-I      intronic
chrX:138969927(-) A-I      intronic
chrX:138969760(-) A-I      intronic
chrX:138969704(-) A-I      intronic
chrX:138969692(-) A-I      intronic
chrX:138969687(-) A-I      intronic
chrX:138969665(-) A-I      intronic
chrX:138969615(-) A-I      intronic
chrX:138969612(-) A-I      intronic
chrX:138966701(-) A-I      intronic
chrX:138956299(-) A-I      intronic
chrX:138955758(-) A-I      intronic
chrX:138955743(-) A-I      intronic
chrX:138955649(-) A-I      intronic
chrX:138917661(-) A-I      intronic
chrX:138970468(-) A-I      intronic
chrX:139005084(-) A-I      intronic
chrX:138974154(-) A-I      intronic
chrX:138977602(-) A-I      intronic
chrX:138970529(-) A-I      intronic
chrX:138843739(-) A-I      intronic
chrX:138971064(-) A-I      intronic
chrX:138953640(-) A-I      intronic
chrX:138917626(-) A-I      intronic
chrX:138882097(-) A-I      intronic
chrX:138971199(-) A-I      intronic
chrX:138978941(-) A-I      intronic
chrX:138968624(-) A-I      intronic
chrX:138930805(-) A-I      intronic
chrX:138891106(-) A-I      intronic
chrX:138953504(-) A-I      intronic
chrX:138994169(-) A-I      intronic
chrX:139001183(-) A-I      intronic
chrX:138968704(-) A-I      intronic
chrX:138969872(-) A-I      intronic
chrX:138969967(-) A-I      intronic
chrX:138894850(-) A-I      intronic
chrX:139000032(-) A-I      intronic
chrX:139000759(-) A-I      intronic
chrX:138970563(-) A-I      intronic
chrX:138978933(-) A-I      intronic
chrX:138970534(-) A-I      intronic
chrX:138974153(-) A-I      intronic
chrX:138953550(-) A-I      intronic
chrX:138977594(-) A-I      intronic
chrX:138977568(-) A-I      intronic
chrX:138977508(-) A-I      intronic
chrX:138969885(-) A-I      intronic
chrX:138953572(-) A-I      intronic
chrX:138953808(-) A-I      intronic
chrX:138953505(-) A-I      intronic
chrX:138953397(-) A-I      intronic
chrX:138969529(-) A-I      intronic
chrX:138872494(-) A-I      intronic
chrX:138953931(-) A-I      intronic
chrX:138955745(-) A-I      intronic
chrX:138958719(-) A-I      intronic
chrX:138977179(-) A-I      intronic
chrX:138953864(-) A-I      intronic
chrX:138971204(-) A-I      intronic
chrX:138991564(-) A-I      intronic
chrX:138957771(-) A-I      intronic
chrX:138969982(-) A-I      intronic
chrX:138972608(-) A-I      intronic
chrX:138917715(-) A-I      intronic
chrX:138969581(-) A-I      intronic
chrX:138955779(-) A-I      intronic
chrX:138951744(-) A-I      intronic
chrX:138988540(-) A-I      intronic
chrX:138929831(-) A-I      intronic
chrX:138980039(-) A-I      intronic
chrX:139005044(-) A-I      intronic
chrX:138970542(-) A-I      intronic
chrX:138970562(-) A-I      intronic
chrX:138991559(-) A-I      intronic
chrX:138953641(-) A-I      intronic
chrX:138955783(-) A-I      intronic
chrX:138955804(-) A-I      intronic
chrX:139001507(-) A-I      intronic
chrX:138917728(-) A-I      intronic
chrX:138860100(-) A-I      intronic
chrX:138917656(-) A-I      intronic
chrX:138969884(-) A-I      intronic
chrX:138970557(-) A-I      intronic
chrX:139001544(-) A-I      intronic
chrX:138955704(-) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED ATP11C
chrX:138839970(-) A-C exon CDS    21725310

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase ATP11C
chrX:138809329-138809330(-) Cm 3'UTR       -
chrX:138856954-138856955(-) m6A CDS//exon       24981863
chrX:138856967-138856968(-) m6A CDS//exon       24981863
chrX:138856987-138856988(-) m6A CDS//exon       24981863
chrX:138857026-138857027(-) m6A CDS//exon       24981863
chrX:138871487-138871488(-) Am CDS//exon       -
chrX:139014755-139014756(-) m6A 5'UTR//intron       27371828//27773536
chrX:139014844-139014845(-) m6A 5'UTR//intron       24209618//27371828//27773536
chrX:139014875-139014876(-) m6A 5'UTR//intron       24209618//27371828//27773536
chrX:139015038-139015039(-) m6A 5'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//27371828//27773536//22608085
chrX:139015076-139015077(-) m6A 5'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//27371828//27773536//22608085
chrX:139015134-139015135(-) m6A 5'UTR//intron       24284625//25456834//24981863//27371828//22608085

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate ATP11C
Chromatin K562 cells     -
Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     -
Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsv2-miR-H11-5p
Interactor2: ATP11C

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda//Targetscan
Support Database VmiReg

Starting a new search, please wait ...