Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00177979

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H11-5p:           TPM3:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsv2-miR-H11-5p TPM3
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0014697 7170
Organism Human alphaherpesvirus 2 (HSV2) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - CAPM1//CFTD//HEL-189//HEL-S-82p//hscp30//NEM1//OK/SW-cl.5//TM-5//TM3//TM30//TM30nm//TM5//TPM3nu//TPMsk3//TRK

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR TPM3
chr1:154139383(-) A-I      3'UTR
chr1:154146685(-) A-I      intronic
chr1:154146742(-) A-I      intronic
chr1:154139377(-) A-I      3'UTR
chr1:154147175(-) A-I      intronic
chr1:154139375(-) A-I      3'UTR
chr1:154137781(-) A-I      3'UTR
chr1:154135410(-) A-I      3'UTR
chr1:154147138(-) A-I      intronic
chr1:154147160(-) A-I      intronic
chr1:154134706(-) A-I      3'UTR
chr1:154153279(-) A-I      intronic
chr1:154147095(-) A-I      intronic
chr1:154139372(-) A-I      3'UTR
chr1:154135391(-) A-I      3'UTR
chr1:154135388(-) A-I      3'UTR
chr1:154147172(-) A-I      intronic
chr1:154152149(-) A-I      intronic
chr1:154146341(-) A-I      intronic
chr1:154146325(-) A-I      intronic
chr1:154135460(-) A-I      3'UTR
chr1:154157346(-) A-I      intronic
chr1:154157383(-) A-I      intronic
chr1:154158123(-) A-I      intronic
chr1:154146249(-) A-I      intronic
chr1:154146203(-) A-I      intronic
chr1:154146040(-) A-I      intronic
chr1:154146592(-) A-I      intronic
chr1:154135463(-) A-I      3'UTR
chr1:154157344(-) A-I      intronic
chr1:154135464(-) A-I      3'UTR
chr1:154147621(-) A-I      intronic
chr1:154146565(-) A-I      intronic
chr1:154146032(-) A-I      intronic
chr1:154146028(-) A-I      intronic
chr1:154145996(-) A-I      intronic
chr1:154147685(-) A-I      intronic
chr1:154145958(-) A-I      intronic
chr1:154145924(-) A-I      intronic
chr1:154134138(-) A-I      intronic
chr1:154134137(-) A-I      intronic
chr1:154134112(-) A-I      intronic
chr1:154134036(-) A-I      intronic
chr1:154147699(-) A-I      intronic
chr1:154134009(-) A-I      intronic
chr1:154147707(-) A-I      intronic
chr1:154139426(-) A-I      3'UTR
chr1:154134008(-) A-I      intronic
chr1:154148428(-) A-I      intronic
chr1:154148442(-) A-I      intronic
chr1:154152198(-) A-I      intronic
chr1:154133915(-) A-I      intronic
chr1:154152216(-) A-I      intronic
chr1:154152259(-) A-I      intronic
chr1:154135480(-) A-I      3'UTR
chr1:154133914(-) A-I      intronic
chr1:154135513(-) A-I      3'UTR
chr1:154135557(-) A-I      3'UTR
chr1:154135558(-) A-I      3'UTR
chr1:154136714(-) A-I      3'UTR
chr1:154136753(-) A-I      3'UTR
chr1:154135479(-) A-I      3'UTR
chr1:154136798(-) A-I      3'UTR
chr1:154137632(-) A-I      3'UTR
chr1:154137675(-) A-I      3'UTR
chr1:154137771(-) A-I      3'UTR
chr1:154137813(-) A-I      3'UTR
chr1:154138047(-) A-I      3'UTR
chr1:154138073(-) A-I      3'UTR
chr1:154138102(-) A-I      3'UTR
chr1:154138148(-) A-I      3'UTR
chr1:154138213(-) A-I      3'UTR
chr1:154147626(-) A-I      intronic
chr1:154139196(-) A-I      3'UTR
chr1:154139286(-) A-I      3'UTR
chr1:154139290(-) A-I      3'UTR
chr1:154139295(-) A-I      3'UTR
chr1:154146646(-) A-I      intronic
chr1:154139323(-) A-I      3'UTR
chr1:154139335(-) A-I      3'UTR
chr1:154139336(-) A-I      3'UTR
chr1:154139352(-) A-I      3'UTR
chr1:154139391(-) A-I      3'UTR
chr1:154134604(-) A-I      3'UTR
chr1:154147086(-) A-I      intronic
chr1:154147099(-) A-I      intronic
chr1:154147109(-) A-I      intronic
chr1:154147141(-) A-I      intronic
chr1:154147167(-) A-I      intronic
chr1:154147190(-) A-I      intronic
chr1:154134839(-) A-I      3'UTR
chr1:154135455(-) A-I      3'UTR
chr1:154147618(-) A-I      intronic
chr1:154148423(-) A-I      intronic
chr1:154147170(-) A-I      intronic
chr1:154148419(-) A-I      intronic
chr1:154146711(-) A-I      intronic
chr1:154148468(-) A-I      intronic
chr1:154147131(-) A-I      intronic
chr1:154148365(-) A-I      intronic
chr1:154147108(-) A-I      intronic
chr1:154147249(-) A-I      intronic
chr1:154141488(-) A-I      intronic
chr1:154134678(-) A-I      3'UTR
chr1:154139445(-) A-I      3'UTR
chr1:154135457(-) A-I      3'UTR
chr1:154137860(-) A-I      3'UTR
chr1:154135469(-) A-I      3'UTR
chr1:154135451(-) A-I      3'UTR
chr1:154148463(-) A-I      intronic
chr1:154134693(-) A-I      3'UTR
chr1:154136730(-) A-I      3'UTR
chr1:154136867(-) A-I      3'UTR
chr1:154136274(-) A-I      3'UTR
chr1:154128580(-) A-I      3'UTR
chr1:154137758(-) A-I      3'UTR
chr1:154137666(-) A-I      3'UTR
chr1:154133983(-) A-I      intronic
chr1:154135419(-) A-I      3'UTR
chr1:154146606(-) A-I      intronic
chr1:154135551(-) A-I      3'UTR
chr1:154134633(-) A-I      3'UTR
chr1:154139296(-) A-I      3'UTR
chr1:154133525(-) A-I      intronic
chr1:154152254(-) A-I      intronic
chr1:154152156(-) A-I      intronic
chr1:154135540(-) A-I      3'UTR
chr1:154141018(-) A-I      intronic
chr1:154134778(-) A-I      3'UTR
chr1:154152322(-) A-I      intronic
chr1:154134603(-) A-I      3'UTR
chr1:154137801(-) A-I      3'UTR
chr1:154136816(-) A-I      3'UTR
chr1:154136248(-) A-I      3'UTR
chr1:154147551(-) A-I      intronic
chr1:154134080(-) A-I      intronic
chr1:154139434(-) A-I      3'UTR
chr1:154136703(-) A-I      3'UTR
chr1:154147067(-) A-I      intronic
chr1:154136752(-) A-I      3'UTR
chr1:154138117(-) A-I      3'UTR
chr1:154148409(-) A-I      intronic
chr1:154134668(-) A-I      3'UTR
chr1:154157307(-) A-I      intronic
chr1:154137776(-) A-I      3'UTR
chr1:154139432(-) A-I      3'UTR
chr1:154135454(-) A-I      3'UTR
chr1:154139230(-) A-I      3'UTR
chr1:154134590(-) A-I      3'UTR
chr1:154146605(-) A-I      intronic
chr1:154152231(-) A-I      intronic
chr1:154135466(-) A-I      3'UTR
chr1:154133977(-) A-I      intronic
chr1:154146218(-) A-I      intronic
chr1:154135415(-) A-I      3'UTR
chr1:154147251(-) A-I      intronic
chr1:154141114(-) A-I      intronic
chr1:154134642(-) A-I      3'UTR
chr1:154162162(-) A-I      intronic
chr1:154135531(-) A-I      3'UTR
chr1:154135425(-) A-I      3'UTR
chr1:154147242(-) A-I      intronic
chr1:154152197(-) A-I      intronic
chr1:154138179(-) A-I      3'UTR
chr1:154134732(-) A-I      3'UTR
chr1:154137613(-) A-I      3'UTR
chr1:154137795(-) A-I      3'UTR
chr1:154139337(-) A-I      3'UTR
chr1:154134719(-) A-I      3'UTR
chr1:154148403(-) A-I      intronic
chr1:154146273(-) A-I      intronic
chr1:154136895(-) A-I      3'UTR
chr1:154134702(-) A-I      3'UTR
chr1:154136935(-) A-I      3'UTR
chr1:154136908(-) A-I      3'UTR
chr1:154148469(-) A-I      intronic
chr1:154139225(-) A-I      3'UTR
chr1:154146393(-) A-I      intronic
chr1:154152316(-) A-I      intronic
chr1:154160759(-) A-I      intronic
chr1:154137730(-) A-I      3'UTR
chr1:154139405(-) A-I      3'UTR
chr1:154138030(-) A-I      3'UTR
chr1:154137701(-) A-I      3'UTR
chr1:154147148(-) A-I      intronic
chr1:154139338(-) A-I      3'UTR
chr1:154141138(-) A-I      intronic
chr1:154157240(-) A-I      intronic
chr1:154147259(-) A-I      intronic
chr1:154136802(-) A-I      3'UTR
chr1:154136809(-) A-I      3'UTR
chr1:154139341(-) A-I      3'UTR
chr1:154134602(-) A-I      3'UTR
chr1:154146687(-) A-I      intronic
chr1:154134641(-) A-I      3'UTR
chr1:154137601(-) A-I      3'UTR
chr1:154137678(-) A-I      3'UTR
chr1:154146617(-) A-I      intronic
chr1:154137775(-) A-I      3'UTR
chr1:154136837(-) A-I      3'UTR
chr1:154147087(-) A-I      intronic
chr1:154152206(-) A-I      intronic
chr1:154137614(-) A-I      3'UTR
chr1:154135418(-) A-I      3'UTR
chr1:154134794(-) A-I      3'UTR
chr1:154134653(-) A-I      3'UTR
chr1:154136909(-) A-I      3'UTR
chr1:154160595(-) A-I      intronic
chr1:154136776(-) A-I      3'UTR
chr1:154152117(-) A-I      intronic
chr1:154146674(-) A-I      intronic
chr1:154137695(-) A-I      3'UTR
chr1:154136881(-) A-I      3'UTR
chr1:154137746(-) A-I      3'UTR
chr1:154135433(-) A-I      3'UTR
chr1:154136242(-) A-I      3'UTR
chr1:154138165(-) A-I      3'UTR
chr1:154136807(-) A-I      3'UTR
chr1:154147062(-) A-I      intronic
chr1:154146718(-) A-I      intronic
chr1:154134784(-) A-I      3'UTR
chr1:154146661(-) A-I      intronic
chr1:154146374(-) A-I      intronic
chr1:154134717(-) A-I      3'UTR
chr1:154139329(-) A-I      3'UTR
chr1:154134050(-) A-I      intronic
chr1:154147147(-) A-I      intronic
chr1:154136797(-) A-I      3'UTR
chr1:154146564(-) A-I      intronic
chr1:154141389(-) A-I      intronic
chr1:154134758(-) A-I      3'UTR
chr1:154134731(-) A-I      3'UTR
chr1:154147076(-) A-I      intronic
chr1:154135465(-) A-I      3'UTR
chr1:154134741(-) A-I      3'UTR
chr1:154147063(-) A-I      intronic
chr1:154134692(-) A-I      3'UTR
chr1:154137736(-) A-I      3'UTR
chr1:154146343(-) A-I      intronic
chr1:154146626(-) A-I      intronic
chr1:154147189(-) A-I      intronic
chr1:154133978(-) A-I      intronic
chr1:154128586(-) A-I      3'UTR
chr1:154134647(-) A-I      3'UTR
chr1:154147179(-) A-I      intronic
chr1:154136748(-) A-I      3'UTR
chr1:154153132(-) A-I      intronic
chr1:154135552(-) A-I      3'UTR
chr1:154139263(-) A-I      3'UTR
chr1:154138182(-) A-I      3'UTR
chr1:154146415(-) A-I      intronic
chr1:154152315(-) A-I      intronic
chr1:154136710(-) A-I      3'UTR
chr1:154146394(-) A-I      intronic
chr1:154149333(-) A-I      intronic
chr1:154134049(-) A-I      intronic
chr1:154148364(-) A-I      intronic
chr1:154134675(-) A-I      3'UTR
chr1:154147760(-) A-I      intronic
chr1:154136711(-) A-I      3'UTR
chr1:154138008(-) A-I      3'UTR
chr1:154147135(-) A-I      intronic
chr1:154141472(-) A-I      intronic
chr1:154134729(-) A-I      3'UTR
chr1:154137653(-) A-I      3'UTR
chr1:154152168(-) A-I      intronic
chr1:154139223(-) A-I      3'UTR
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED TPM3
chr1:154133978(-) A-G intron -    22484847
chr1:154134049(-) A-G intron -    22484847
chr1:154134050(-) A-G intron -    22484847
chr1:154134642(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154134675(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154134678(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154134702(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154134719(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154134741(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154135457(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154135466(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154135469(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154135531(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154135540(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154136703(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154136710(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154136711(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154136809(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154136816(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154136895(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137601(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137613(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137614(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137678(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137736(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137758(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137775(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137776(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154137860(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154139405(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:154145873(-) C-T intron -    22484847
chr1:154146000(-) G-A intron -    22484847
chr1:154146343(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146374(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146393(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146394(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146415(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146564(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146606(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146617(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146661(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146687(-) A-G intron -    22484847
chr1:154146718(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147062(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147063(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147087(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147108(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147131(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147147(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147148(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147170(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147189(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147242(-) A-G intron -    22484847
chr1:154147249(-) A-G intron -    22484847
chr1:154152152(-) T-G intron -    22484847
chr1:154152197(-) A-G intron -    22484847
chr1:154152206(-) A-G intron -    22484847
chr1:154154183(-) C-T intron -    22484847
chr1:154154300(-) C-T intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase TPM3
chr1:154127812-154127813(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:154127837-154127838(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:154127904-154127905(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085
chr1:154127933-154127934(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085
chr1:154129787-154129788(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr1:154129897-154129898(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr1:154129955-154129956(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//28052920//27773535
chr1:154130069-154130070(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//28052920//27773535
chr1:154130140-154130141(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//28052920//27773535//27371828
chr1:154130145-154130146(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//28052920//27773535//27371828
chr1:154130192-154130193(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//28052920//27773535//27371828
chr1:154131096-154131097(-) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//28052920//27773535//27371828
chr1:154131197-154131198(-) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//28052920//27773535//27371828
chr1:154141807-154141808(-) m6A CDS//intron       24981863
chr1:154141839-154141840(-) m6A CDS//intron       24981863
chr1:154142828-154142829(-) m6A exon//intron       24981863
chr1:154142867-154142868(-) m6A exon//intron       24981863//28052920//27773535//22575960
chr1:154142893-154142894(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//28052920//27773535//22575960
chr1:154142938-154142939(-) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//28052920//27773535//22575960
chr1:154143133-154143134(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863//28052920//27773535//22575960
chr1:154143301-154143302(-) m6A exon//intron       24981863//28052920//27773535
chr1:154144535-154144536(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24284625//24981863//28052920//27773535
chr1:154144541-154144542(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24284625//24981863//28052920//27773535
chr1:154144549-154144550(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24284625//24981863//28052920//27773535
chr1:154144730-154144731(-) m6A exon//intron       27773535
chr1:154145422-154145423(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24209618//24981863//28052920//27773535//27371828//22575960
chr1:154145625-154145626(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24209618//24981863//28052920//27773535//27371828//22575960
chr1:154145656-154145657(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24209618//24981863//28052920//27773535//27371828//22575960
chr1:154148620-154148621(-) m1A 5'UTR//CDS//exon//intron       26863196
chr1:154148665-154148666(-) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       24209618//24981863//27773535//27371828//22575960
chr1:154148674-154148675(-) m1A 5'UTR//CDS//exon//intron       26863196
chr1:154148698-154148699(-) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       24209618//24981863//27773535//27371828//27773536//22575960
chr1:154155466-154155467(-) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//27773536//22575960
chr1:154155626-154155627(-) m6A 5'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//22608085
chr1:154156120-154156121(-) m6A exon//intron       25456834//24981863

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate TPM3
Chromatin K562 cells     -
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Exosome Blood     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     -
Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsv2-miR-H11-5p
Interactor2: TPM3

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda//PITA//Targetscan
Support Database VmiReg

Starting a new search, please wait ...