Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00160368

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H4-5p:  MIMAT0010203          CD109:  NM_001159587     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv2-miR-H4-5p	CD109
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0010203	135228
Organism	Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CPAMD7//p180//r150

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CD109	chr6:74411514(+) A-I      intronic chr6:74515528(+) A-I      intronic chr6:74515537(+) A-I      intronic chr6:74514890(+) A-I      intronic chr6:74515012(+) A-I      intronic chr6:74514903(+) A-I      intronic chr6:74515529(+) A-I      intronic chr6:74470618(+) A-I      intronic chr6:74478847(+) A-I      intronic chr6:74423176(+) A-I      intronic chr6:74423157(+) A-I      intronic chr6:74411578(+) A-I      intronic chr6:74411555(+) A-I      intronic chr6:74410792(+) A-I      intronic chr6:74410556(+) A-I      intronic chr6:74449450(+) A-I      intronic chr6:74431468(+) A-I      intronic chr6:74478887(+) A-I      intronic chr6:74431472(+) A-I      intronic chr6:74434430(+) A-I      intronic chr6:74437838(+) A-I      intronic chr6:74437844(+) A-I      intronic chr6:74439394(+) A-I      intronic chr6:74439420(+) A-I      intronic chr6:74439422(+) A-I      intronic chr6:74449405(+) A-I      intronic chr6:74410544(+) A-I      intronic chr6:74449456(+) A-I      intronic chr6:74408091(+) A-I      intronic chr6:74449640(+) A-I      intronic chr6:74425076(+) A-I      intronic chr6:74424904(+) A-I      intronic chr6:74424903(+) A-I      intronic chr6:74424879(+) A-I      intronic chr6:74424757(+) A-I      intronic chr6:74424743(+) A-I      intronic chr6:74423185(+) A-I      intronic chr6:74449692(+) A-I      intronic chr6:74470413(+) A-I      intronic chr6:74470432(+) A-I      intronic chr6:74427549(+) A-I      intronic chr6:74470449(+) A-I      intronic chr6:74470471(+) A-I      intronic chr6:74425198(+) A-I      intronic chr6:74465596(+) A-I      intronic chr6:74421794(+) A-I      intronic chr6:74465647(+) A-I      intronic chr6:74471385(+) A-I      intronic chr6:74486179(+) A-I      intronic chr6:74413853(+) A-I      intronic chr6:74411550(+) A-I      intronic chr6:74486469(+) A-I      intronic chr6:74486465(+) A-I      intronic chr6:74470693(+) A-I      intronic chr6:74411549(+) A-I      intronic chr6:74470311(+) A-I      intronic chr6:74411633(+) A-I      intronic chr6:74449661(+) A-I      intronic chr6:74413829(+) A-I      intronic chr6:74486410(+) A-I      intronic chr6:74470679(+) A-I      intronic chr6:74408097(+) A-I      intronic chr6:74486460(+) A-I      intronic chr6:74465547(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CD109	chr6:74486410(+) A-I intron -    15258596 chr6:74486442(+) A-I intron -    15258596 chr6:74486460(+) A-I intron -    15258596 chr6:74486465(+) A-I intron -    15258596 chr6:74486469(+) A-I intron -    15258596 chr6:74486500(+) A-I intron -    15258596 chr6:74429785(+) A-G intron -    22484847 chr6:74429798(+) A-G intron -    22484847 chr6:74429799(+) A-G intron -    22484847 chr6:74429860(+) A-G intron -    22484847 chr6:74429962(+) A-G intron -    22484847 chr6:74429967(+) A-G intron -    22484847 chr6:74430084(+) A-G intron -    22484847 chr6:74430108(+) A-G intron -    22484847 chr6:74408097(+) A-G intron -    22484847 chr6:74408098(+) A-G intron -    22484847 chr6:74409990(+) G-T intron -    22484847 chr6:74410625(+) A-G intron -    22484847 chr6:74410700(+) A-G intron -    22484847 chr6:74411549(+) A-G intron -    22484847 chr6:74411550(+) A-G intron -    22484847 chr6:74421794(+) A-G intron -    22484847 chr6:74423210(+) A-G intron -    22484847 chr6:74449661(+) A-G intron -    22484847 chr6:74470311(+) A-G intron -    22484847 chr6:74470679(+) A-G intron -    22484847 chr6:74470683(+) A-G intron -    22484847 chr6:74470693(+) A-G intron -    22484847 chr6:74471385(+) A-G intron -    22484847 chr6:74486387(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CD109	chr6:74405585-74405586(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:74405597-74405598(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:74405830-74405831(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:74405895-74405896(+) m6A 5'UTR       24981863//26404942 chr6:74405911-74405912(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:74440273-74440274(+) m6A CDS//intron       26404942 chr6:74440283-74440284(+) m6A CDS//intron       26404942 chr6:74475823-74475824(+) m6A CDS       26404942 chr6:74516642-74516643(+) m6A CDS       - chr6:74516662-74516663(+) m6A CDS       - chr6:74517869-74517870(+) m6A CDS       - chr6:74533687-74533688(+) m6A 3'UTR       - chr6:74533757-74533758(+) m6A 3'UTR       - chr6:74534189-74534190(+) m6A 3'UTR       - chr6:74534198-74534199(+) m6A 3'UTR       - chr6:74535622-74535623(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:74535631-74535632(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:74537779-74537780(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	CD109	Cytosol HeLa-S3 cells     - Exosome Blood     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv2-miR-H4-5p
Interactor2: CD109

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg