Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00160266

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv2-miR-H4-5p:  MIMAT0010203          SFXN1:  NM_022754     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv2-miR-H4-5p	SFXN1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0010203	94081
Organism	Human alphaherpesvirus 2 (HSV2)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	SLC56A1//TCC

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SFXN1	chr5:174923283(+) A-I      intronic chr5:174923056(+) A-I      intronic chr5:174923008(+) A-I      intronic chr5:174923004(+) A-I      intronic chr5:174922997(+) A-I      intronic chr5:174922689(+) A-I      intronic chr5:174922585(+) A-I      intronic chr5:174920099(+) A-I      intronic chr5:174920094(+) A-I      intronic chr5:174920093(+) A-I      intronic chr5:174920037(+) A-I      intronic chr5:174913545(+) A-I      intronic chr5:174913540(+) A-I      intronic chr5:174908425(+) A-I      intronic chr5:174942196(+) A-I      intronic chr5:174942206(+) A-I      intronic chr5:174914312(+) A-I      intronic chr5:174931371(+) A-I      intronic chr5:174952681(+) A-I      intronic chr5:174942137(+) A-I      intronic chr5:174940146(+) A-I      intronic chr5:174940145(+) A-I      intronic chr5:174940128(+) A-I      intronic chr5:174940127(+) A-I      intronic chr5:174935912(+) A-I      intronic chr5:174935744(+) A-I      intronic chr5:174935476(+) A-I      intronic chr5:174935427(+) A-I      intronic chr5:174933869(+) A-I      intronic chr5:174933769(+) A-I      intronic chr5:174933728(+) A-I      intronic chr5:174933725(+) A-I      intronic chr5:174931565(+) A-I      intronic chr5:174931564(+) A-I      intronic chr5:174931506(+) A-I      intronic chr5:174931427(+) A-I      intronic chr5:174931426(+) A-I      intronic chr5:174931392(+) A-I      intronic chr5:174931391(+) A-I      intronic chr5:174929724(+) A-I      intronic chr5:174929697(+) A-I      intronic chr5:174929684(+) A-I      intronic chr5:174929682(+) A-I      intronic chr5:174929681(+) A-I      intronic chr5:174929654(+) A-I      intronic chr5:174928270(+) A-I      intronic chr5:174928262(+) A-I      intronic chr5:174928256(+) A-I      intronic chr5:174928254(+) A-I      intronic chr5:174928253(+) A-I      intronic chr5:174931422(+) A-I      intronic chr5:174928247(+) A-I      intronic chr5:174928233(+) A-I      intronic chr5:174928211(+) A-I      intronic chr5:174928205(+) A-I      intronic chr5:174928165(+) A-I      intronic chr5:174928111(+) A-I      intronic chr5:174926111(+) A-I      intronic chr5:174926098(+) A-I      intronic chr5:174926079(+) A-I      intronic chr5:174926002(+) A-I      intronic chr5:174924806(+) A-I      intronic chr5:174924670(+) A-I      intronic chr5:174924127(+) A-I      intronic chr5:174923995(+) A-I      intronic chr5:174956202(+) A-I      3'UTR chr5:174956191(+) A-I      3'UTR chr5:174955172(+) A-I      3'UTR chr5:174956252(+) A-I      3'UTR chr5:174955113(+) A-I      3'UTR chr5:174956180(+) A-I      3'UTR chr5:174956190(+) A-I      3'UTR chr5:174955106(+) A-I      3'UTR chr5:174954978(+) A-I      3'UTR chr5:174956164(+) A-I      3'UTR chr5:174956090(+) A-I      3'UTR chr5:174956175(+) A-I      3'UTR chr5:174956326(+) A-I      3'UTR chr5:174956298(+) A-I      3'UTR chr5:174956330(+) A-I      3'UTR chr5:174955173(+) A-I      3'UTR chr5:174935282(+) A-I      intronic chr5:174952668(+) A-I      intronic chr5:174929678(+) A-I      intronic chr5:174923237(+) A-I      intronic chr5:174930896(+) A-I      intronic chr5:174921605(+) A-I      intronic chr5:174930820(+) A-I      intronic chr5:174929587(+) A-I      intronic chr5:174924780(+) A-I      intronic chr5:174930742(+) A-I      intronic chr5:174933843(+) A-I      intronic chr5:174923136(+) A-I      intronic chr5:174922612(+) A-I      intronic chr5:174940183(+) A-I      intronic chr5:174926203(+) A-I      intronic chr5:174923991(+) A-I      intronic chr5:174930951(+) A-I      intronic chr5:174930789(+) A-I      intronic chr5:174923123(+) A-I      intronic chr5:174956337(+) A-I      3'UTR chr5:174956178(+) A-I      3'UTR chr5:174956101(+) A-I      3'UTR chr5:174956220(+) A-I      3'UTR chr5:174956262(+) A-I      3'UTR chr5:174955053(+) A-I      3'UTR chr5:174956230(+) A-I      3'UTR chr5:174955040(+) A-I      3'UTR chr5:174956182(+) A-I      3'UTR chr5:174955100(+) A-I      3'UTR chr5:174956291(+) A-I      3'UTR chr5:174955189(+) A-I      3'UTR chr5:174956198(+) A-I      3'UTR chr5:174956218(+) A-I      3'UTR chr5:174956286(+) A-I      3'UTR chr5:174956181(+) A-I      3'UTR chr5:174956084(+) A-I      3'UTR chr5:174955002(+) A-I      3'UTR chr5:174956179(+) A-I      3'UTR chr5:174955065(+) A-I      3'UTR chr5:174955186(+) A-I      3'UTR chr5:174956085(+) A-I      3'UTR chr5:174955003(+) A-I      3'UTR chr5:174956221(+) A-I      3'UTR chr5:174955089(+) A-I      3'UTR chr5:174956194(+) A-I      3'UTR chr5:174955090(+) A-I      3'UTR chr5:174956243(+) A-I      3'UTR chr5:174956290(+) A-I      3'UTR chr5:174956226(+) A-I      3'UTR chr5:174956261(+) A-I      3'UTR chr5:174925986(+) A-I      intronic chr5:174921595(+) A-I      intronic chr5:174935782(+) A-I      intronic chr5:174931428(+) A-I      intronic chr5:174934758(+) A-I      intronic chr5:174923292(+) A-I      intronic chr5:174942132(+) A-I      intronic chr5:174930800(+) A-I      intronic chr5:174922609(+) A-I      intronic chr5:174923992(+) A-I      intronic chr5:174929588(+) A-I      intronic chr5:174931323(+) A-I      intronic chr5:174934749(+) A-I      intronic chr5:174931431(+) A-I      intronic chr5:174924722(+) A-I      intronic chr5:174923257(+) A-I      intronic chr5:174928348(+) A-I      intronic chr5:174922967(+) A-I      intronic chr5:174928345(+) A-I      intronic chr5:174929666(+) A-I      intronic chr5:174934931(+) A-I      intronic chr5:174934765(+) A-I      intronic chr5:174923943(+) A-I      intronic chr5:174924073(+) A-I      intronic chr5:174931938(+) A-I      intronic chr5:174931467(+) A-I      intronic chr5:174940139(+) A-I      intronic chr5:174923121(+) A-I      intronic chr5:174929777(+) A-I      intronic chr5:174924032(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SFXN1	chr5:174930742(+) A-I intron -    15342557 chr5:174930789(+) A-I intron -    15342557 chr5:174930800(+) A-I intron -    15342557 chr5:174930820(+) A-I intron -    15342557 chr5:174930828(+) A-I intron -    15342557 chr5:174930896(+) A-I intron -    15342557 chr5:174930951(+) A-I intron -    15342557 chr5:174955186(+) A-I intron -    22327324 chr5:174955189(+) A-I intron -    22327324 chr5:174921605(+) A-G intron -    22484847 chr5:174922609(+) A-G intron -    22484847 chr5:174922612(+) A-G intron -    22484847 chr5:174922967(+) A-G intron -    22484847 chr5:174923121(+) A-G intron -    22484847 chr5:174923123(+) A-G intron -    22484847 chr5:174923991(+) A-G intron -    22484847 chr5:174924010(+) A-G intron -    22484847 chr5:174924073(+) A-G intron -    22484847 chr5:174924076(+) A-G intron -    22484847 chr5:174924077(+) A-G intron -    22484847 chr5:174926003(+) A-G intron -    22484847 chr5:174926203(+) A-G intron -    22484847 chr5:174931938(+) A-G intron -    22484847 chr5:174940069(+) C-T intron -    22484847 chr5:174954941(+) G-T intron -    22484847 chr5:174954942(+) A-T intron -    22484847 chr5:174955089(+) A-G intron -    22484847 chr5:174955100(+) A-G intron -    22484847 chr5:174955189(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SFXN1	chr5:174905605-174905606(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863 chr5:174918925-174918926(+) m6A exon//intron       24981863 chr5:174919103-174919104(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr5:174919117-174919118(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:174919128-174919129(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:174919144-174919145(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:174919212-174919213(+) m6A CDS//exon       26404942 chr5:174919231-174919232(+) m6A CDS//exon       26404942 chr5:174950090-174950091(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:174953749-174953750(+) m6A 3'UTR//exon       26404942 chr5:174954170-174954171(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//27773535 chr5:174954208-174954209(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//27773535 chr5:174954336-174954337(+) m6A 3'UTR       26404942 chr5:174955059-174955060(+) m6A 3'UTR       - chr5:174955274-174955275(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:174955410-174955411(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:174955453-174955454(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:174955539-174955540(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:174955582-174955583(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	SFXN1	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HeLa-S3 cells|K562 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv2-miR-H4-5p
Interactor2: SFXN1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg