Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00141391

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H3-5p:  MIMAT0015279          HSCB:  NM_001318316     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv1-miR-H3-5p	HSCB
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015279	150274
Organism	Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	DNAJC20//HSC20//JAC1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	HSCB	chr22:29144630(+) A-I      intronic chr22:29145982(+) A-I      intronic chr22:29144626(+) A-I      intronic chr22:29143510(+) A-I      intronic chr22:29143392(+) A-I      intronic chr22:29144918(+) A-I      intronic chr22:29145980(+) A-I      intronic chr22:29144878(+) A-I      intronic chr22:29144873(+) A-I      intronic chr22:29143333(+) A-I      intronic chr22:29152118(+) A-I      intronic chr22:29143357(+) A-I      intronic chr22:29152734(+) A-I      intronic chr22:29143028(+) A-I      intronic chr22:29152721(+) A-I      intronic chr22:29152255(+) A-I      intronic chr22:29152170(+) A-I      intronic chr22:29152121(+) A-I      intronic chr22:29150459(+) A-I      intronic chr22:29150452(+) A-I      intronic chr22:29149810(+) A-I      intronic chr22:29142766(+) A-I      intronic chr22:29142371(+) A-I      intronic chr22:29151291(+) A-I      intronic chr22:29151287(+) A-I      intronic chr22:29151283(+) A-I      intronic chr22:29151277(+) A-I      intronic chr22:29149634(+) A-I      intronic chr22:29149448(+) A-I      intronic chr22:29149336(+) A-I      intronic chr22:29150913(+) A-I      intronic chr22:29152058(+) A-I      intronic chr22:29150573(+) A-I      intronic chr22:29150570(+) A-I      intronic chr22:29150567(+) A-I      intronic chr22:29150515(+) A-I      intronic chr22:29149328(+) A-I      intronic chr22:29144946(+) A-I      intronic chr22:29144877(+) A-I      intronic chr22:29144044(+) A-I      intronic chr22:29144039(+) A-I      intronic chr22:29143991(+) A-I      intronic chr22:29143962(+) A-I      intronic chr22:29150499(+) A-I      intronic chr22:29142275(+) A-I      intronic chr22:29140977(+) A-I      intronic chr22:29151960(+) A-I      intronic chr22:29150901(+) A-I      intronic chr22:29143364(+) A-I      intronic chr22:29153291(+) A-I      3'UTR chr22:29144926(+) A-I      intronic chr22:29150538(+) A-I      intronic chr22:29142784(+) A-I      intronic chr22:29150505(+) A-I      intronic chr22:29143007(+) A-I      intronic chr22:29152005(+) A-I      intronic chr22:29152590(+) A-I      intronic chr22:29148947(+) A-I      intronic chr22:29152157(+) A-I      intronic chr22:29152602(+) A-I      intronic chr22:29144779(+) A-I      intronic chr22:29146018(+) A-I      intronic chr22:29144725(+) A-I      intronic chr22:29142815(+) A-I      intronic chr22:29152569(+) A-I      intronic chr22:29150845(+) A-I      intronic chr22:29143418(+) A-I      intronic chr22:29142290(+) A-I      intronic chr22:29144767(+) A-I      intronic chr22:29140968(+) A-I      intronic chr22:29150864(+) A-I      intronic chr22:29142512(+) A-I      intronic chr22:29142687(+) A-I      intronic chr22:29142941(+) A-I      intronic chr22:29149395(+) A-I      intronic chr22:29144872(+) A-I      intronic chr22:29145038(+) A-I      intronic chr22:29153358(+) A-I      3'UTR chr22:29153219(+) A-I      3'UTR chr22:29153392(+) A-I      3'UTR chr22:29153353(+) A-I      3'UTR chr22:29142485(+) A-I      intronic chr22:29144594(+) A-I      intronic chr22:29152059(+) A-I      intronic chr22:29152480(+) A-I      intronic chr22:29149437(+) A-I      intronic chr22:29144094(+) A-I      intronic chr22:29152596(+) A-I      intronic chr22:29150402(+) A-I      intronic chr22:29144781(+) A-I      intronic chr22:29143040(+) A-I      intronic chr22:29143471(+) A-I      intronic chr22:29145049(+) A-I      intronic chr22:29144896(+) A-I      intronic chr22:29143321(+) A-I      intronic chr22:29152717(+) A-I      intronic chr22:29142655(+) A-I      intronic chr22:29152108(+) A-I      intronic chr22:29152186(+) A-I      intronic chr22:29148029(+) A-I      intronic chr22:29148946(+) A-I      intronic chr22:29142972(+) A-I      intronic chr22:29143389(+) A-I      intronic chr22:29144640(+) A-I      intronic chr22:29144850(+) A-I      intronic chr22:29142219(+) A-I      intronic chr22:29150403(+) A-I      intronic chr22:29150408(+) A-I      intronic chr22:29152671(+) A-I      intronic chr22:29144688(+) A-I      intronic chr22:29152537(+) A-I      intronic chr22:29142531(+) A-I      intronic chr22:29143918(+) A-I      intronic chr22:29152744(+) A-I      intronic chr22:29145054(+) A-I      intronic chr22:29152666(+) A-I      intronic chr22:29142540(+) A-I      intronic chr22:29144702(+) A-I      intronic chr22:29144026(+) A-I      intronic chr22:29152667(+) A-I      intronic chr22:29147613(+) A-I      intronic chr22:29142111(+) A-I      intronic chr22:29144937(+) A-I      intronic chr22:29152201(+) A-I      intronic chr22:29145008(+) A-I      intronic chr22:29143910(+) A-I      intronic chr22:29152076(+) A-I      intronic chr22:29150592(+) A-I      intronic chr22:29152526(+) A-I      intronic chr22:29142545(+) A-I      intronic chr22:29143487(+) A-I      intronic chr22:29142767(+) A-I      intronic chr22:29143434(+) A-I      intronic chr22:29149916(+) A-I      intronic chr22:29150429(+) A-I      intronic chr22:29143428(+) A-I      intronic chr22:29150832(+) A-I      intronic chr22:29143454(+) A-I      intronic chr22:29150837(+) A-I      intronic chr22:29142222(+) A-I      intronic chr22:29149922(+) A-I      intronic chr22:29143353(+) A-I      intronic chr22:29142516(+) A-I      intronic chr22:29144138(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	HSCB	chr22:29153219(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:29153352(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:29153353(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:29153358(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:29153392(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:29143518(+) A-I intron -    22327324 chr22:29142222(+) A-G intron -    22484847 chr22:29142485(+) A-G intron -    22484847 chr22:29143007(+) A-G intron -    22484847 chr22:29143309(+) A-G intron -    22484847 chr22:29143321(+) A-G intron -    22484847 chr22:29143353(+) A-G intron -    22484847 chr22:29143354(+) A-G intron -    22484847 chr22:29143518(+) A-G intron -    22484847 chr22:29144002(+) T-C intron -    22484847 chr22:29144640(+) A-G intron -    22484847 chr22:29144872(+) A-G intron -    22484847 chr22:29144896(+) A-G intron -    22484847 chr22:29144926(+) A-G intron -    22484847 chr22:29144927(+) A-G intron -    22484847 chr22:29144937(+) A-G intron -    22484847 chr22:29145049(+) A-G intron -    22484847 chr22:29145054(+) A-G intron -    22484847 chr22:29150599(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	HSCB	chr22:29138154-29138155(+) m6A CDS//exon       24981863 chr22:29138297-29138298(+) m6A CDS//exon       - chr22:29138315-29138316(+) m6A CDS//exon       - chr22:29140612-29140613(+) m6A CDS//exon       - chr22:29140656-29140657(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chr22:29141884-29141885(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       27773535 chr22:29141900-29141901(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863//27773535 chr22:29141940-29141941(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863//27773535 chr22:29147232-29147233(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535 chr22:29147271-29147272(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr22:29153393-29153394(+) m6A 3'UTR//exon       24981863 chr22:29153462-29153463(+) m6A 3'UTR//exon       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	HSCB	Exosome Blood     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv1-miR-H3-5p
Interactor2: HSCB

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//RNAHybrid//Targetscan
Support Database	VmiReg