Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00117888

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H14-3p:           NMNAT1:      

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Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsv1-miR-H14-3p NMNAT1
miRBase
Accession/Entrez ID
MIMAT0014692 64802
Organism Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - LCA9//NMNAT//PNAT1

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR NMNAT1
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chr1:10034765(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED NMNAT1
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chr1:10044385(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase NMNAT1
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chr1:10041135-10041136(+) m6A CDS       24981863//27773535
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chr1:10042533-10042534(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085
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chr1:10042736-10042737(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085
chr1:10042753-10042754(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085
chr1:10042783-10042784(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085
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chr1:10042855-10042856(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085
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chr1:10045206-10045207(+) m6A 3'UTR       24981863
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chr1:10045298-10045299(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085
chr1:10045323-10045324(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate NMNAT1
Chromatin K562 cells     -
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytosol K562 cells     -
Exosome Blood     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsv1-miR-H14-3p
Interactor2: NMNAT1

Evidence Support:


Prediction-Evidence cRep//miRanda//PITA//Rep//Targetscan
Support Database RepTar//VmiReg

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