Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00104962

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H8-5p:  MIMAT0012597          RHOBTB3:  NM_014899     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv1-miR-H8-5p	RHOBTB3
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0012597	22836
Organism	Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RHOBTB3	chr5:95127485(+) A-I      intronic chr5:95127486(+) A-I      intronic chr5:95118364(+) A-I      intronic chr5:95118362(+) A-I      intronic chr5:95118325(+) A-I      intronic chr5:95118324(+) A-I      intronic chr5:95118312(+) A-I      intronic chr5:95118301(+) A-I      intronic chr5:95118295(+) A-I      intronic chr5:95128308(+) A-I      intronic chr5:95127970(+) A-I      intronic chr5:95118258(+) A-I      intronic chr5:95118257(+) A-I      intronic chr5:95118249(+) A-I      intronic chr5:95079434(+) A-I      intronic chr5:95075479(+) A-I      intronic chr5:95077002(+) A-I      intronic chr5:95077056(+) A-I      intronic chr5:95099639(+) A-I      intronic chr5:95099653(+) A-I      intronic chr5:95099728(+) A-I      intronic chr5:95102668(+) A-I      intronic chr5:95102694(+) A-I      intronic chr5:95102714(+) A-I      intronic chr5:95102800(+) A-I      intronic chr5:95102903(+) A-I      intronic chr5:95103065(+) A-I      intronic chr5:95103178(+) A-I      intronic chr5:95103207(+) A-I      intronic chr5:95103228(+) A-I      intronic chr5:95079478(+) A-I      intronic chr5:95103311(+) A-I      intronic chr5:95079470(+) A-I      intronic chr5:95128491(+) A-I      intronic chr5:95128382(+) A-I      intronic chr5:95128258(+) A-I      intronic chr5:95128318(+) A-I      intronic chr5:95128381(+) A-I      intronic chr5:95128375(+) A-I      intronic chr5:95128367(+) A-I      intronic chr5:95128319(+) A-I      intronic chr5:95128317(+) A-I      intronic chr5:95128311(+) A-I      intronic chr5:95118420(+) A-I      intronic chr5:95128294(+) A-I      intronic chr5:95128285(+) A-I      intronic chr5:95128272(+) A-I      intronic chr5:95128268(+) A-I      intronic chr5:95128241(+) A-I      intronic chr5:95128233(+) A-I      intronic chr5:95128219(+) A-I      intronic chr5:95127511(+) A-I      intronic chr5:95127510(+) A-I      intronic chr5:95127488(+) A-I      intronic chr5:95127470(+) A-I      intronic chr5:95127459(+) A-I      intronic chr5:95127433(+) A-I      intronic chr5:95127430(+) A-I      intronic chr5:95127376(+) A-I      intronic chr5:95127374(+) A-I      intronic chr5:95119248(+) A-I      intronic chr5:95119246(+) A-I      intronic chr5:95119201(+) A-I      intronic chr5:95119198(+) A-I      intronic chr5:95119196(+) A-I      intronic chr5:95119180(+) A-I      intronic chr5:95119028(+) A-I      intronic chr5:95119025(+) A-I      intronic chr5:95119013(+) A-I      intronic chr5:95119011(+) A-I      intronic chr5:95118926(+) A-I      intronic chr5:95118900(+) A-I      intronic chr5:95118399(+) A-I      intronic chr5:95118439(+) A-I      intronic chr5:95118862(+) A-I      intronic chr5:95118887(+) A-I      intronic chr5:95118367(+) A-I      intronic chr5:95130622(+) A-I      3'UTR chr5:95130659(+) A-I      3'UTR chr5:95130625(+) A-I      3'UTR chr5:95130587(+) A-I      3'UTR chr5:95130607(+) A-I      3'UTR chr5:95130621(+) A-I      3'UTR chr5:95130620(+) A-I      3'UTR chr5:95075395(+) A-I      intronic chr5:95077036(+) A-I      intronic chr5:95076925(+) A-I      intronic chr5:95128309(+) A-I      intronic chr5:95076911(+) A-I      intronic chr5:95103181(+) A-I      intronic chr5:95102835(+) A-I      intronic chr5:95103183(+) A-I      intronic chr5:95119008(+) A-I      intronic chr5:95128312(+) A-I      intronic chr5:95075388(+) A-I      intronic chr5:95075356(+) A-I      intronic chr5:95130586(+) A-I      3'UTR chr5:95127380(+) A-I      intronic chr5:95128242(+) A-I      intronic chr5:95080660(+) A-I      intronic chr5:95080904(+) A-I      intronic chr5:95118919(+) A-I      intronic chr5:95075389(+) A-I      intronic chr5:95080667(+) A-I      intronic chr5:95127364(+) A-I      intronic chr5:95128385(+) A-I      intronic chr5:95102661(+) A-I      intronic chr5:95079476(+) A-I      intronic chr5:95127524(+) A-I      intronic chr5:95076755(+) A-I      intronic chr5:95071610(+) A-I      intronic chr5:95076761(+) A-I      intronic chr5:95080525(+) A-I      intronic chr5:95102794(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RHOBTB3	chr5:95127364(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr5:95127380(+) A-I intron -    15258596 chr5:95127450(+) A-I intron -    15258596 chr5:95128309(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr5:95128312(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr5:95128336(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr5:95128385(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr5:95128480(+) A-I intron -    15342557 chr5:95075322(+) A-G intron -    22484847 chr5:95075324(+) A-G intron -    22484847 chr5:95075388(+) A-G intron -    22484847 chr5:95075389(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076761(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076885(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076911(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076917(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076925(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076935(+) A-G intron -    22484847 chr5:95076971(+) A-G intron -    22484847 chr5:95078551(+) C-T intron -    22484847 chr5:95080525(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RHOBTB3	chr5:95067085-95067086(+) m6A 5'UTR//intron       24209618//24981863 chr5:95067307-95067308(+) m6A 5'UTR//intron       - chr5:95067448-95067449(+) m6A exon//intron       - chr5:95091317-95091318(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22608085 chr5:95091342-95091343(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22608085 chr5:95130202-95130203(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr5:95130226-95130227(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr5:95130239-95130240(+) m6A 3'UTR//intron       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	RHOBTB3	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv1-miR-H8-5p
Interactor2: RHOBTB3

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg