Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00098901

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H6-3p:           AGMAT:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsv1-miR-H6-3p AGMAT
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0008404 79814
Organism Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - -

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR AGMAT
chr1:15899569(-) A-I      3'UTR
chr1:15899317(-) A-I      3'UTR
chr1:15899321(-) A-I      3'UTR
chr1:15906882(-) A-I      intronic
chr1:15899318(-) A-I      3'UTR
chr1:15899672(-) A-I      3'UTR
chr1:15899082(-) A-I      3'UTR
chr1:15899122(-) A-I      3'UTR
chr1:15898852(-) A-I      3'UTR
chr1:15899337(-) A-I      3'UTR
chr1:15906798(-) A-I      intronic
chr1:15898854(-) A-I      3'UTR
chr1:15898890(-) A-I      3'UTR
chr1:15899128(-) A-I      3'UTR
chr1:15898863(-) A-I      3'UTR
chr1:15898865(-) A-I      3'UTR
chr1:15898849(-) A-I      3'UTR
chr1:15899749(-) A-I      3'UTR
chr1:15898966(-) A-I      3'UTR
chr1:15898864(-) A-I      3'UTR
chr1:15899732(-) A-I      3'UTR
chr1:15898970(-) A-I      3'UTR
chr1:15899079(-) A-I      3'UTR
chr1:15906786(-) A-I      intronic
chr1:15899710(-) A-I      3'UTR
chr1:15898862(-) A-I      3'UTR
chr1:15899692(-) A-I      3'UTR
chr1:15906873(-) A-I      intronic
chr1:15898850(-) A-I      3'UTR
chr1:15899667(-) A-I      3'UTR
chr1:15899642(-) A-I      3'UTR
chr1:15899632(-) A-I      3'UTR
chr1:15899591(-) A-I      3'UTR
chr1:15899582(-) A-I      3'UTR
chr1:15899549(-) A-I      3'UTR
chr1:15899519(-) A-I      3'UTR
chr1:15899509(-) A-I      3'UTR
chr1:15899508(-) A-I      3'UTR
chr1:15899496(-) A-I      3'UTR
chr1:15899487(-) A-I      3'UTR
chr1:15899391(-) A-I      3'UTR
chr1:15899382(-) A-I      3'UTR
chr1:15899380(-) A-I      3'UTR
chr1:15899146(-) A-I      3'UTR
chr1:15898861(-) A-I      3'UTR
chr1:15899323(-) A-I      3'UTR
chr1:15898853(-) A-I      3'UTR
chr1:15899327(-) A-I      3'UTR
chr1:15906875(-) A-I      intronic
chr1:15906876(-) A-I      intronic
chr1:15899023(-) A-I      3'UTR
chr1:15906865(-) A-I      intronic
chr1:15906878(-) A-I      intronic
chr1:15899043(-) A-I      3'UTR
chr1:15899344(-) A-I      3'UTR
chr1:15899348(-) A-I      3'UTR
chr1:15899056(-) A-I      3'UTR
chr1:15899330(-) A-I      3'UTR
chr1:15899375(-) A-I      3'UTR
chr1:15899331(-) A-I      3'UTR
chr1:15906838(-) A-I      intronic
chr1:15898927(-) A-I      3'UTR
chr1:15906879(-) A-I      intronic
chr1:15898848(-) A-I      3'UTR
chr1:15906950(-) A-I      intronic
chr1:15899345(-) A-I      3'UTR
chr1:15901124(-) A-I      intronic
chr1:15901105(-) A-I      intronic
chr1:15901115(-) A-I      intronic
chr1:15909407(-) A-I      intronic
chr1:15899127(-) A-I      3'UTR
chr1:15899031(-) A-I      3'UTR
chr1:15898995(-) A-I      3'UTR
chr1:15899630(-) A-I      3'UTR
chr1:15898952(-) A-I      3'UTR
chr1:15899387(-) A-I      3'UTR
chr1:15898912(-) A-I      3'UTR
chr1:15899747(-) A-I      3'UTR
chr1:15899037(-) A-I      3'UTR
chr1:15899097(-) A-I      3'UTR
chr1:15899026(-) A-I      3'UTR
chr1:15909371(-) A-I      intronic
chr1:15907171(-) A-I      intronic
chr1:15899019(-) A-I      3'UTR
chr1:15899028(-) A-I      3'UTR
chr1:15898987(-) A-I      3'UTR
chr1:15907159(-) A-I      intronic
chr1:15898993(-) A-I      3'UTR
chr1:15898907(-) A-I      3'UTR
chr1:15909410(-) A-I      intronic
chr1:15899715(-) A-I      3'UTR
chr1:15899588(-) A-I      3'UTR
chr1:15899691(-) A-I      3'UTR
chr1:15899030(-) A-I      3'UTR
chr1:15898909(-) A-I      3'UTR
chr1:15899537(-) A-I      3'UTR
chr1:15898983(-) A-I      3'UTR
chr1:15899751(-) A-I      3'UTR
chr1:15899092(-) A-I      3'UTR
chr1:15898975(-) A-I      3'UTR
chr1:15898951(-) A-I      3'UTR
chr1:15898917(-) A-I      3'UTR
chr1:15900086(-) A-I      3'UTR
chr1:15898979(-) A-I      3'UTR
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED AGMAT
chr1:15899537(-) A-I exon 3'UTR    15342557
chr1:15899588(-) A-I exon 3'UTR    15342557
chr1:15899630(-) A-I exon 3'UTR    15342557
chr1:15899715(-) A-I exon 3'UTR    15342557   //15258596   //22327324
chr1:15899747(-) A-I exon 3'UTR    15342557   //15258596
chr1:15899751(-) A-I exon 3'UTR    15342557   //15258596
chr1:15900086(-) A-I exon 3'UTR    15342557
chr1:15899691(-) A-I exon 3'UTR    22327324
chr1:15899387(-) A-G exon 3'UTR    21725310
chr1:15899747(-) A-G exon 3'UTR    21725310

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase AGMAT
chr1:15899147-15899148(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:15899159-15899160(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:15899167-15899168(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:15899212-15899213(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:15899267-15899268(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:15899341-15899342(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:15899765-15899766(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:15899817-15899818(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:15899834-15899835(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:15899843-15899844(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:15899960-15899961(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:15899979-15899980(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:15900043-15900044(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:15900066-15900067(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:15900089-15900090(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:15900122-15900123(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:15900127-15900128(-) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate AGMAT
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     -
Membrane HCC cell line (HepG2)     -
Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     -
Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsv1-miR-H6-3p
Interactor2: AGMAT

Evidence Support:


Prediction-Evidence cRep//miRanda//PITA//RNAHybrid//Targetscan
Support Database RepTar//VmiReg

Starting a new search, please wait ...