Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00091279

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H4-3p:  MIMAT0008402          DCAF17:  NM_001164821     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv1-miR-H4-3p	DCAF17
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0008402	80067
Organism	Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	C20orf37//C2orf37

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	DCAF17	chr2:172328923(+) A-I      intronic chr2:172328924(+) A-I      intronic chr2:172328950(+) A-I      intronic chr2:172332062(+) A-I      intronic chr2:172332074(+) A-I      intronic chr2:172332079(+) A-I      intronic chr2:172332089(+) A-I      intronic chr2:172328932(+) A-I      intronic chr2:172332091(+) A-I      intronic chr2:172332113(+) A-I      intronic chr2:172332114(+) A-I      intronic chr2:172328300(+) A-I      intronic chr2:172296278(+) A-I      intronic chr2:172296261(+) A-I      intronic chr2:172296218(+) A-I      intronic chr2:172296213(+) A-I      intronic chr2:172310640(+) A-I      intronic chr2:172328819(+) A-I      intronic chr2:172328903(+) A-I      intronic chr2:172328909(+) A-I      intronic chr2:172328951(+) A-I      intronic chr2:172328963(+) A-I      intronic chr2:172329874(+) A-I      intronic chr2:172310695(+) A-I      intronic chr2:172310912(+) A-I      intronic chr2:172310976(+) A-I      intronic chr2:172310979(+) A-I      intronic chr2:172311151(+) A-I      intronic chr2:172316572(+) A-I      intronic chr2:172316637(+) A-I      intronic chr2:172316783(+) A-I      intronic chr2:172317817(+) A-I      intronic chr2:172317862(+) A-I      intronic chr2:172319504(+) A-I      intronic chr2:172319747(+) A-I      intronic chr2:172322204(+) A-I      intronic chr2:172322233(+) A-I      intronic chr2:172322242(+) A-I      intronic chr2:172322554(+) A-I      intronic chr2:172324136(+) A-I      intronic chr2:172324190(+) A-I      intronic chr2:172326335(+) A-I      intronic chr2:172326383(+) A-I      intronic chr2:172326401(+) A-I      intronic chr2:172328396(+) A-I      intronic chr2:172328421(+) A-I      intronic chr2:172328427(+) A-I      intronic chr2:172328437(+) A-I      intronic chr2:172328816(+) A-I      intronic chr2:172299345(+) A-I      intronic chr2:172334191(+) A-I      intronic chr2:172334142(+) A-I      intronic chr2:172329962(+) A-I      intronic chr2:172296482(+) A-I      intronic chr2:172296481(+) A-I      intronic chr2:172296307(+) A-I      intronic chr2:172296281(+) A-I      intronic chr2:172296280(+) A-I      intronic chr2:172296279(+) A-I      intronic chr2:172326633(+) A-I      intronic chr2:172317858(+) A-I      intronic chr2:172328445(+) A-I      intronic chr2:172332126(+) A-I      intronic chr2:172328275(+) A-I      intronic chr2:172311220(+) A-I      intronic chr2:172295454(+) A-I      intronic chr2:172334144(+) A-I      intronic chr2:172311319(+) A-I      intronic chr2:172329882(+) A-I      intronic chr2:172326716(+) A-I      intronic chr2:172311382(+) A-I      intronic chr2:172317246(+) A-I      intronic chr2:172311286(+) A-I      intronic chr2:172326747(+) A-I      intronic chr2:172326369(+) A-I      intronic chr2:172326551(+) A-I      intronic chr2:172332230(+) A-I      intronic chr2:172332166(+) A-I      intronic chr2:172311260(+) A-I      intronic chr2:172296875(+) A-I      intronic chr2:172328972(+) A-I      intronic chr2:172324189(+) A-I      intronic chr2:172316754(+) A-I      intronic chr2:172310643(+) A-I      intronic chr2:172328869(+) A-I      intronic chr2:172328957(+) A-I      intronic chr2:172296970(+) A-I      intronic chr2:172316579(+) A-I      intronic chr2:172329881(+) A-I      intronic chr2:172310896(+) A-I      intronic chr2:172310573(+) A-I      intronic chr2:172326634(+) A-I      intronic chr2:172293371(+) A-I      intronic chr2:172328451(+) A-I      intronic chr2:172332198(+) A-I      intronic chr2:172317153(+) A-I      intronic chr2:172317307(+) A-I      intronic chr2:172310637(+) A-I      intronic chr2:172334204(+) A-I      intronic chr2:172328872(+) A-I      intronic chr2:172334143(+) A-I      intronic chr2:172298954(+) A-I      intronic chr2:172328875(+) A-I      intronic chr2:172334141(+) A-I      intronic chr2:172296485(+) A-I      intronic chr2:172334222(+) A-I      intronic chr2:172328349(+) A-I      intronic chr2:172296177(+) A-I      intronic chr2:172334103(+) A-I      intronic chr2:172322063(+) A-I      intronic chr2:172328709(+) A-I      intronic chr2:172332061(+) A-I      intronic chr2:172299339(+) A-I      intronic chr2:172328505(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	DCAF17	chr2:172327955(+) A-I intron -    22327324 chr2:172295454(+) A-G intron -    22484847 chr2:172296281(+) A-T intron -    22484847 chr2:172310573(+) A-G intron -    22484847 chr2:172310637(+) A-G intron -    22484847 chr2:172310643(+) A-G intron -    22484847 chr2:172310895(+) A-G intron -    22484847 chr2:172310896(+) A-G intron -    22484847 chr2:172311001(+) A-G intron -    22484847 chr2:172311309(+) A-G intron -    22484847 chr2:172311382(+) A-G intron -    22484847 chr2:172316579(+) A-G intron -    22484847 chr2:172316580(+) A-G intron -    22484847 chr2:172316713(+) A-G intron -    22484847 chr2:172317110(+) A-G intron -    22484847 chr2:172317153(+) A-G intron -    22484847 chr2:172317858(+) A-G intron -    22484847 chr2:172326551(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328349(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328367(+) A-C intron -    22484847 chr2:172328451(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328790(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328807(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328869(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328872(+) A-G intron -    22484847 chr2:172328875(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	DCAF17	chr2:172291177-172291178(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr2:172337514-172337515(+) m6A CDS//exon       22608085 chr2:172337539-172337540(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr2:172337603-172337604(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr2:172337610-172337611(+) m6A CDS//exon       24981863//22608085 chr2:172337652-172337653(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr2:172337664-172337665(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr2:172337773-172337774(+) m6A 3'UTR//exon       22608085 chr2:172337798-172337799(+) m6A 3'UTR//exon       22608085 chr2:172339483-172339484(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	DCAF17	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv1-miR-H4-3p
Interactor2: DCAF17

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg