Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00089340

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H4-3p:           DBT:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsv1-miR-H4-3p DBT
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0008402 1629
Organism Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - BCATE2//BCKAD-E2//BCKADE2//BCKDH-E2//BCOADC-E2//E2//E2B

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR DBT
chr1:100693472(-) A-I      intronic
chr1:100693490(-) A-I      intronic
chr1:100693473(-) A-I      intronic
chr1:100691486(-) A-I      intronic
chr1:100691495(-) A-I      intronic
chr1:100691472(-) A-I      intronic
chr1:100680272(-) A-I      intronic
chr1:100691503(-) A-I      intronic
chr1:100677474(-) A-I      intronic
chr1:100661403(-) A-I      3'UTR
chr1:100680247(-) A-I      intronic
chr1:100680263(-) A-I      intronic
chr1:100680264(-) A-I      intronic
chr1:100680284(-) A-I      intronic
chr1:100680288(-) A-I      intronic
chr1:100680303(-) A-I      intronic
chr1:100685039(-) A-I      intronic
chr1:100709150(-) A-I      intronic
chr1:100675300(-) A-I      intronic
chr1:100675311(-) A-I      intronic
chr1:100675312(-) A-I      intronic
chr1:100709079(-) A-I      intronic
chr1:100693496(-) A-I      intronic
chr1:100654714(-) A-I      3'UTR
chr1:100709076(-) A-I      intronic
chr1:100675322(-) A-I      intronic
chr1:100675390(-) A-I      intronic
chr1:100708731(-) A-I      intronic
chr1:100654765(-) A-I      3'UTR
chr1:100654795(-) A-I      3'UTR
chr1:100675646(-) A-I      intronic
chr1:100675723(-) A-I      intronic
chr1:100708617(-) A-I      intronic
chr1:100654810(-) A-I      3'UTR
chr1:100654814(-) A-I      3'UTR
chr1:100707412(-) A-I      intronic
chr1:100659315(-) A-I      3'UTR
chr1:100659354(-) A-I      3'UTR
chr1:100707407(-) A-I      intronic
chr1:100675780(-) A-I      intronic
chr1:100659408(-) A-I      3'UTR
chr1:100689191(-) A-I      intronic
chr1:100707152(-) A-I      intronic
chr1:100707121(-) A-I      intronic
chr1:100707023(-) A-I      intronic
chr1:100675745(-) A-I      intronic
chr1:100675321(-) A-I      intronic
chr1:100700026(-) A-I      intronic
chr1:100692136(-) A-I      intronic
chr1:100692073(-) A-I      intronic
chr1:100674210(-) A-I      intronic
chr1:100674224(-) A-I      intronic
chr1:100675781(-) A-I      intronic
chr1:100691523(-) A-I      intronic
chr1:100674232(-) A-I      intronic
chr1:100674320(-) A-I      intronic
chr1:100691519(-) A-I      intronic
chr1:100674336(-) A-I      intronic
chr1:100674875(-) A-I      intronic
chr1:100674908(-) A-I      intronic
chr1:100690427(-) A-I      intronic
chr1:100675784(-) A-I      intronic
chr1:100685045(-) A-I      intronic
chr1:100675791(-) A-I      intronic
chr1:100677370(-) A-I      intronic
chr1:100675210(-) A-I      intronic
chr1:100677449(-) A-I      intronic
chr1:100677962(-) A-I      intronic
chr1:100678010(-) A-I      intronic
chr1:100678031(-) A-I      intronic
chr1:100678047(-) A-I      intronic
chr1:100680190(-) A-I      intronic
chr1:100690416(-) A-I      intronic
chr1:100690408(-) A-I      intronic
chr1:100689206(-) A-I      intronic
chr1:100680198(-) A-I      intronic
chr1:100680227(-) A-I      intronic
chr1:100708706(-) A-I      intronic
chr1:100685518(-) A-I      intronic
chr1:100708604(-) A-I      intronic
chr1:100694165(-) A-I      intronic
chr1:100675833(-) A-I      intronic
chr1:100711655(-) A-I      intronic
chr1:100674856(-) A-I      intronic
chr1:100674340(-) A-I      intronic
chr1:100675282(-) A-I      intronic
chr1:100693432(-) A-I      intronic
chr1:100659256(-) A-I      3'UTR
chr1:100654789(-) A-I      3'UTR
chr1:100677504(-) A-I      intronic
chr1:100660022(-) A-I      3'UTR
chr1:100659386(-) A-I      3'UTR
chr1:100677970(-) A-I      intronic
chr1:100654734(-) A-I      3'UTR
chr1:100660144(-) A-I      3'UTR
chr1:100689255(-) A-I      intronic
chr1:100660129(-) A-I      3'UTR
chr1:100654653(-) A-I      3'UTR
chr1:100677468(-) A-I      intronic
chr1:100678046(-) A-I      intronic
chr1:100653195(-) A-I      3'UTR
chr1:100677994(-) A-I      intronic
chr1:100660281(-) A-I      3'UTR
chr1:100659297(-) A-I      3'UTR
chr1:100674801(-) A-I      intronic
chr1:100693539(-) A-I      intronic
chr1:100675391(-) A-I      intronic
chr1:100707226(-) A-I      intronic
chr1:100705356(-) A-I      intronic
chr1:100707116(-) A-I      intronic
chr1:100708619(-) A-I      intronic
chr1:100674342(-) A-I      intronic
chr1:100675712(-) A-I      intronic
chr1:100659972(-) A-I      3'UTR
chr1:100689223(-) A-I      intronic
chr1:100700012(-) A-I      intronic
chr1:100654685(-) A-I      3'UTR
chr1:100677503(-) A-I      intronic
chr1:100709136(-) A-I      intronic
chr1:100693685(-) A-I      intronic
chr1:100675215(-) A-I      intronic
chr1:100654775(-) A-I      3'UTR
chr1:100693687(-) A-I      intronic
chr1:100654813(-) A-I      3'UTR
chr1:100685192(-) A-I      intronic
chr1:100654640(-) A-I      3'UTR
chr1:100678011(-) A-I      intronic
chr1:100659334(-) A-I      3'UTR
chr1:100707084(-) A-I      intronic
chr1:100674902(-) A-I      intronic
chr1:100659341(-) A-I      3'UTR
chr1:100654839(-) A-I      3'UTR
chr1:100659271(-) A-I      3'UTR
chr1:100690316(-) A-I      intronic
chr1:100654812(-) A-I      3'UTR
chr1:100654652(-) A-I      3'UTR
chr1:100711652(-) A-I      intronic
chr1:100675852(-) A-I      intronic
chr1:100693622(-) A-I      intronic
chr1:100685115(-) A-I      intronic
chr1:100653166(-) A-I      3'UTR
chr1:100660284(-) A-I      3'UTR
chr1:100674888(-) A-I      intronic
chr1:100654631(-) A-I      3'UTR
chr1:100674819(-) A-I      intronic
chr1:100674879(-) A-I      intronic
chr1:100654769(-) A-I      3'UTR
chr1:100677587(-) A-I      intronic
chr1:100654870(-) A-I      3'UTR
chr1:100708736(-) A-I      intronic
chr1:100708735(-) A-I      intronic
chr1:100653117(-) A-I      3'UTR
chr1:100674815(-) A-I      intronic
chr1:100674795(-) A-I      intronic
chr1:100708639(-) A-I      intronic
chr1:100675256(-) A-I      intronic
chr1:100677308(-) A-I      intronic
chr1:100659352(-) A-I      3'UTR
chr1:100654634(-) A-I      3'UTR
chr1:100654680(-) A-I      3'UTR
chr1:100709077(-) A-I      intronic
chr1:100654785(-) A-I      3'UTR
chr1:100675214(-) A-I      intronic
chr1:100689065(-) A-I      intronic
chr1:100659288(-) A-I      3'UTR
chr1:100654749(-) A-I      3'UTR
chr1:100693673(-) A-I      intronic
chr1:100659956(-) A-I      3'UTR
chr1:100654833(-) A-I      3'UTR
chr1:100674823(-) A-I      intronic
chr1:100660234(-) A-I      3'UTR
chr1:100654788(-) A-I      3'UTR
chr1:100674793(-) A-I      intronic
chr1:100708771(-) A-I      intronic
chr1:100679032(-) A-I      intronic
chr1:100659265(-) A-I      3'UTR
chr1:100694184(-) A-I      intronic
chr1:100660042(-) A-I      3'UTR
chr1:100677546(-) A-I      intronic
chr1:100659403(-) A-I      3'UTR
chr1:100685589(-) A-I      intronic
chr1:100685579(-) A-I      intronic
chr1:100654679(-) A-I      3'UTR
chr1:100678093(-) A-I      intronic
chr1:100705372(-) A-I      intronic
chr1:100653250(-) A-I      3'UTR
chr1:100693510(-) A-I      intronic
chr1:100659246(-) A-I      3'UTR
chr1:100657587(-) A-I      3'UTR
chr1:100659778(-) A-I      3'UTR
chr1:100677390(-) A-I      intronic
chr1:100673156(-) A-I      intronic
chr1:100678030(-) A-I      intronic
chr1:100653201(-) A-I      3'UTR
chr1:100685182(-) A-I      intronic
chr1:100675393(-) A-I      intronic
chr1:100654705(-) A-I      3'UTR
chr1:100677406(-) A-I      intronic
chr1:100659335(-) A-I      3'UTR
chr1:100675743(-) A-I      intronic
chr1:100654773(-) A-I      3'UTR
chr1:100680271(-) A-I      intronic
chr1:100677972(-) A-I      intronic
chr1:100654879(-) A-I      3'UTR
chr1:100654887(-) A-I      3'UTR
chr1:100711250(-) A-I      intronic
chr1:100653245(-) A-I      3'UTR
chr1:100677420(-) A-I      intronic
chr1:100654780(-) A-I      3'UTR
chr1:100707103(-) A-I      intronic
chr1:100685160(-) A-I      intronic
chr1:100677466(-) A-I      intronic
chr1:100660120(-) A-I      3'UTR
chr1:100693540(-) A-I      intronic
chr1:100654834(-) A-I      3'UTR
chr1:100674822(-) A-I      intronic
chr1:100654796(-) A-I      3'UTR
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED DBT
chr1:100679032(-) A-I intron -    22327324
chr1:100654812(-) A-I exon 3'UTR    21960545
chr1:100654834(-) A-I exon 3'UTR    21960545
chr1:100654887(-) A-I exon 3'UTR    21960545
chr1:100659256(-) A-I exon 3'UTR    21960545
chr1:100659265(-) A-I exon 3'UTR    21960545
chr1:100654812(-) A-G exon 3'UTR    21725310   //22484847
chr1:100654680(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100654749(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100654773(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100654775(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100654870(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100654887(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100659449(-) T-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100660129(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100660144(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr1:100674340(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674342(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674793(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674815(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674819(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674822(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674823(-) A-G intron -    22484847
chr1:100674902(-) A-G intron -    22484847
chr1:100675214(-) A-G intron -    22484847
chr1:100675712(-) A-G intron -    22484847
chr1:100675743(-) A-G intron -    22484847
chr1:100675833(-) A-G intron -    22484847
chr1:100675852(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677390(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677406(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677466(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677468(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677503(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677587(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677970(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677972(-) A-G intron -    22484847
chr1:100677994(-) A-G intron -    22484847
chr1:100678011(-) A-G intron -    22484847
chr1:100680271(-) A-G intron -    22484847
chr1:100685579(-) A-G intron -    22484847
chr1:100693673(-) A-G intron -    22484847
chr1:100693685(-) A-G intron -    22484847
chr1:100700012(-) A-G intron -    22484847
chr1:100707084(-) A-G intron -    22484847
chr1:100707103(-) A-G intron -    22484847
chr1:100707116(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708604(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708619(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708639(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708706(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708735(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708736(-) A-G intron -    22484847
chr1:100708771(-) A-G intron -    22484847
chr1:100709077(-) A-G intron -    22484847
chr1:100709136(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase DBT
chr1:100652493-100652494(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100652585-100652586(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654052-100654053(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654062-100654063(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654169-100654170(-) m6A 3'UTR       27773535//22608085
chr1:100654215-100654216(-) m6A 3'UTR       27773535//22608085
chr1:100654230-100654231(-) m6A 3'UTR       27773535//22608085
chr1:100654235-100654236(-) m6A 3'UTR       27773535//22608085
chr1:100654259-100654260(-) m6A 3'UTR       27773535//22608085
chr1:100654365-100654366(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654410-100654411(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654431-100654432(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654444-100654445(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654976-100654977(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100654990-100654991(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100655010-100655011(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100655018-100655019(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100655076-100655077(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100655100-100655101(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100655216-100655217(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100656126-100656127(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100656174-100656175(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100656331-100656332(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535
chr1:100656352-100656353(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100656489-100656490(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100658712-100658713(-) Y 3'UTR       26075521
chr1:100659491-100659492(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100659574-100659575(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100659715-100659716(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100661203-100661204(-) m6A 3'UTR       24981863
chr1:100661225-100661226(-) m6A 3'UTR       24981863
chr1:100661233-100661234(-) m6A 3'UTR       24981863
chr1:100661413-100661414(-) m6A 3'UTR       -
chr1:100661436-100661437(-) m6A 3'UTR       -
chr1:100661541-100661542(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100661655-100661656(-) m6A 3'UTR       27773535
chr1:100661760-100661761(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:100661788-100661789(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:100661798-100661799(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:100661807-100661808(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:100661841-100661842(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085
chr1:100681581-100681582(-) m6A CDS       24981863
chr1:100681609-100681610(-) m6A CDS       24981863
chr1:100681673-100681674(-) m6A CDS       24981863
chr1:100706418-100706419(-) m6A CDS       24981863
chr1:100715351-100715352(-) m6A CDS       24981863

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate DBT
Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     -
Membrane HCC cell line (HepG2)     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsv1-miR-H4-3p
Interactor2: DBT

Evidence Support:


Prediction-Evidence cRep//miRanda//PITA//Rep//Targetscan
Support Database RepTar//VmiReg

Starting a new search, please wait ...