Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00081838

  Virus:  

Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsv1-miR-H2-3p:  MIMAT0008399          TGS1:  NM_001317902     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsv1-miR-H2-3p	TGS1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0008399	96764
Organism	Human alphaherpesvirus 1 (HSV-1)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	NCOA6IP//PIMT//PIPMT

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	TGS1	chr8:56734709(+) A-I      intronic chr8:56734679(+) A-I      intronic chr8:56734341(+) A-I      intronic chr8:56734255(+) A-I      intronic chr8:56734245(+) A-I      intronic chr8:56731701(+) A-I      intronic chr8:56731583(+) A-I      intronic chr8:56689820(+) A-I      intronic chr8:56731559(+) A-I      intronic chr8:56730888(+) A-I      intronic chr8:56729523(+) A-I      intronic chr8:56727379(+) A-I      intronic chr8:56727150(+) A-I      intronic chr8:56726790(+) A-I      intronic chr8:56690124(+) A-I      intronic chr8:56726633(+) A-I      intronic chr8:56716350(+) A-I      intronic chr8:56716376(+) A-I      intronic chr8:56690163(+) A-I      intronic chr8:56716316(+) A-I      intronic chr8:56726572(+) A-I      intronic chr8:56707098(+) A-I      intronic chr8:56690194(+) A-I      intronic chr8:56690248(+) A-I      intronic chr8:56690273(+) A-I      intronic chr8:56690678(+) A-I      intronic chr8:56706253(+) A-I      intronic chr8:56734758(+) A-I      intronic chr8:56736454(+) A-I      intronic chr8:56736462(+) A-I      intronic chr8:56721229(+) A-I      intronic chr8:56736486(+) A-I      intronic chr8:56720187(+) A-I      intronic chr8:56720166(+) A-I      intronic chr8:56720161(+) A-I      intronic chr8:56736516(+) A-I      intronic chr8:56736524(+) A-I      intronic chr8:56736536(+) A-I      intronic chr8:56736544(+) A-I      intronic chr8:56736554(+) A-I      intronic chr8:56736555(+) A-I      intronic chr8:56736560(+) A-I      intronic chr8:56736568(+) A-I      intronic chr8:56736581(+) A-I      intronic chr8:56736595(+) A-I      intronic chr8:56736596(+) A-I      intronic chr8:56736616(+) A-I      intronic chr8:56736625(+) A-I      intronic chr8:56720126(+) A-I      intronic chr8:56689828(+) A-I      intronic chr8:56733340(+) A-I      intronic chr8:56706252(+) A-I      intronic chr8:56718211(+) A-I      intronic chr8:56690118(+) A-I      intronic chr8:56718190(+) A-I      intronic chr8:56695714(+) A-I      intronic chr8:56718167(+) A-I      intronic chr8:56716889(+) A-I      intronic chr8:56716879(+) A-I      intronic chr8:56720135(+) A-I      intronic chr8:56718728(+) A-I      intronic chr8:56719748(+) A-I      intronic chr8:56719694(+) A-I      intronic chr8:56719678(+) A-I      intronic chr8:56719649(+) A-I      intronic chr8:56707073(+) A-I      intronic chr8:56732947(+) A-I      intronic chr8:56732982(+) A-I      intronic chr8:56719645(+) A-I      intronic chr8:56718886(+) A-I      intronic chr8:56718870(+) A-I      intronic chr8:56718764(+) A-I      intronic chr8:56718754(+) A-I      intronic chr8:56718729(+) A-I      intronic chr8:56718478(+) A-I      intronic chr8:56718373(+) A-I      intronic chr8:56734733(+) A-I      intronic chr8:56718366(+) A-I      intronic chr8:56718362(+) A-I      intronic chr8:56718347(+) A-I      intronic chr8:56718216(+) A-I      intronic chr8:56718212(+) A-I      intronic chr8:56687570(+) A-I      intronic chr8:56687589(+) A-I      intronic chr8:56689706(+) A-I      intronic chr8:56694867(+) A-I      intronic chr8:56737743(+) A-I      3'UTR chr8:56690799(+) A-I      intronic chr8:56687720(+) A-I      intronic chr8:56732942(+) A-I      intronic chr8:56727149(+) A-I      intronic chr8:56733018(+) A-I      intronic chr8:56731723(+) A-I      intronic chr8:56732977(+) A-I      intronic chr8:56690328(+) A-I      intronic chr8:56734389(+) A-I      intronic chr8:56726562(+) A-I      intronic chr8:56690581(+) A-I      intronic chr8:56734349(+) A-I      intronic chr8:56714328(+) A-I      intronic chr8:56734698(+) A-I      intronic chr8:56718099(+) A-I      intronic chr8:56718283(+) A-I      intronic chr8:56706850(+) A-I      intronic chr8:56687738(+) A-I      intronic chr8:56716292(+) A-I      intronic chr8:56707061(+) A-I      intronic chr8:56695720(+) A-I      intronic chr8:56687810(+) A-I      intronic chr8:56690771(+) A-I      intronic chr8:56690629(+) A-I      intronic chr8:56726746(+) A-I      intronic chr8:56706016(+) A-I      intronic chr8:56692555(+) A-I      intronic chr8:56726690(+) A-I      intronic chr8:56716344(+) A-I      intronic chr8:56689765(+) A-I      intronic chr8:56726759(+) A-I      intronic chr8:56697105(+) A-I      intronic chr8:56737668(+) A-I      3'UTR chr8:56737550(+) A-I      3'UTR chr8:56737575(+) A-I      3'UTR chr8:56737671(+) A-I      3'UTR chr8:56737664(+) A-I      3'UTR chr8:56737585(+) A-I      3'UTR chr8:56737610(+) A-I      3'UTR chr8:56737584(+) A-I      3'UTR chr8:56737581(+) A-I      3'UTR chr8:56737580(+) A-I      3'UTR chr8:56687692(+) A-I      intronic chr8:56729524(+) A-I      intronic chr8:56707051(+) A-I      intronic chr8:56706146(+) A-I      intronic chr8:56695709(+) A-I      intronic chr8:56731684(+) A-I      intronic chr8:56689684(+) A-I      intronic chr8:56716354(+) A-I      intronic chr8:56732834(+) A-I      intronic chr8:56690671(+) A-I      intronic chr8:56690711(+) A-I      intronic chr8:56730899(+) A-I      intronic chr8:56718323(+) A-I      intronic chr8:56690592(+) A-I      intronic chr8:56687666(+) A-I      intronic chr8:56731573(+) A-I      intronic chr8:56716799(+) A-I      intronic chr8:56731982(+) A-I      intronic chr8:56719587(+) A-I      intronic chr8:56716393(+) A-I      intronic chr8:56726646(+) A-I      intronic chr8:56719761(+) A-I      intronic chr8:56727308(+) A-I      intronic chr8:56723893(+) A-I      intronic chr8:56736514(+) A-I      intronic chr8:56719669(+) A-I      intronic chr8:56705944(+) A-I      intronic chr8:56690160(+) A-I      intronic chr8:56698031(+) A-I      intronic chr8:56730801(+) A-I      intronic chr8:56726668(+) A-I      intronic chr8:56690238(+) A-I      intronic chr8:56734903(+) A-I      intronic chr8:56726745(+) A-I      intronic chr8:56687803(+) A-I      intronic chr8:56709070(+) A-I      intronic chr8:56718278(+) A-I      intronic chr8:56718296(+) A-I      intronic chr8:56714498(+) A-I      intronic chr8:56697008(+) A-I      intronic chr8:56719629(+) A-I      intronic chr8:56690763(+) A-I      intronic chr8:56687567(+) A-I      intronic chr8:56736655(+) A-I      intronic chr8:56736528(+) A-I      intronic chr8:56697153(+) A-I      intronic chr8:56690589(+) A-I      intronic chr8:56720216(+) A-I      intronic chr8:56689724(+) A-I      intronic chr8:56733017(+) A-I      intronic chr8:56706849(+) A-I      intronic chr8:56718895(+) A-I      intronic chr8:56720364(+) A-I      intronic chr8:56718073(+) A-I      intronic chr8:56716390(+) A-I      intronic chr8:56706837(+) A-I      intronic chr8:56734155(+) A-I      intronic chr8:56731742(+) A-I      intronic chr8:56727309(+) A-I      intronic chr8:56713923(+) A-I      intronic chr8:56687553(+) A-I      intronic chr8:56701119(+) A-I      intronic chr8:56726563(+) A-I      intronic chr8:56726648(+) A-I      intronic chr8:56688920(+) A-I      intronic chr8:56716443(+) A-I      intronic chr8:56731690(+) A-I      intronic chr8:56690679(+) A-I      intronic chr8:56736645(+) A-I      intronic chr8:56694870(+) A-I      intronic chr8:56687627(+) A-I      intronic chr8:56705904(+) A-I      intronic chr8:56718173(+) A-I      intronic chr8:56736640(+) A-I      intronic chr8:56726769(+) A-I      intronic chr8:56728526(+) A-I      intronic chr8:56689586(+) A-I      intronic chr8:56718781(+) A-I      intronic chr8:56732986(+) A-I      intronic chr8:56725125(+) A-I      intronic chr8:56730957(+) A-I      intronic chr8:56718755(+) A-I      intronic chr8:56730870(+) A-I      intronic chr8:56719582(+) A-I      intronic chr8:56718238(+) A-I      intronic chr8:56707085(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	TGS1	chr8:56737575(+) A-I intron -    21960545 chr8:56737580(+) A-I intron -    21960545 chr8:56687810(+) A-G intron -    22484847 chr8:56689623(+) A-G intron -    22484847 chr8:56689630(+) A-G intron -    22484847 chr8:56689724(+) A-G intron -    22484847 chr8:56689765(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690224(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690238(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690240(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690256(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690589(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690629(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690669(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690671(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690689(+) A-G intron -    22484847 chr8:56690711(+) A-G intron -    22484847 chr8:56692605(+) A-G intron -    22484847 chr8:56695709(+) A-G intron -    22484847 chr8:56695858(+) A-G intron -    22484847 chr8:56705904(+) A-G intron -    22484847 chr8:56706850(+) A-G intron -    22484847 chr8:56707061(+) A-G intron -    22484847 chr8:56707085(+) A-G intron -    22484847 chr8:56713923(+) A-G intron -    22484847 chr8:56714498(+) A-G intron -    22484847 chr8:56716292(+) A-G intron -    22484847 chr8:56716344(+) A-G intron -    22484847 chr8:56716354(+) A-G intron -    22484847 chr8:56716355(+) A-G intron -    22484847 chr8:56716799(+) A-G intron -    22484847 chr8:56716950(+) A-G intron -    22484847 chr8:56718099(+) A-G intron -    22484847 chr8:56718238(+) A-G intron -    22484847 chr8:56718781(+) A-G intron -    22484847 chr8:56718835(+) A-G intron -    22484847 chr8:56719582(+) A-G intron -    22484847 chr8:56719627(+) A-G intron -    22484847 chr8:56719629(+) A-G intron -    22484847 chr8:56719669(+) A-G intron -    22484847 chr8:56719739(+) A-G intron -    22484847 chr8:56719761(+) A-G intron -    22484847 chr8:56724048(+) C-G intron -    22484847 chr8:56726563(+) A-G intron -    22484847 chr8:56726745(+) A-G intron -    22484847 chr8:56726746(+) A-G intron -    22484847 chr8:56726759(+) A-G intron -    22484847 chr8:56729425(+) T-A intron -    22484847 chr8:56729439(+) A-G intron -    22484847 chr8:56729524(+) A-G intron -    22484847 chr8:56730870(+) A-G intron -    22484847 chr8:56732834(+) A-G intron -    22484847 chr8:56732942(+) A-G intron -    22484847 chr8:56734155(+) A-G intron -    22484847 chr8:56734389(+) A-G intron -    22484847 chr8:56734698(+) A-G intron -    22484847 chr8:56734903(+) A-G intron -    22484847 chr8:56736445(+) G-A intron -    22484847 chr8:56737741(+) C-A intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	TGS1	chr8:56685877-56685878(+) m6A 5'UTR       24209618//24981863 chr8:56695353-56695354(+) m6A CDS//intron       24209618//24981863//27773535 chr8:56698280-56698281(+) m6A CDS       24209618//24981863//27773535 chr8:56698295-56698296(+) m1A CDS       26863196 chr8:56698368-56698369(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535 chr8:56698386-56698387(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535 chr8:56698840-56698841(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22608085 chr8:56698939-56698940(+) m6A 3'UTR//CDS       24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56698950-56698951(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56698958-56698959(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56698966-56698967(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56698991-56698992(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56699013-56699014(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56699080-56699081(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr8:56699107-56699108(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr8:56699134-56699135(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr8:56699142-56699143(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr8:56699206-56699207(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr8:56699237-56699238(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr8:56699285-56699286(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr8:56699431-56699432(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr8:56699548-56699549(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22608085 chr8:56699564-56699565(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22608085 chr8:56699598-56699599(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22608085 chr8:56699604-56699605(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22608085 chr8:56702699-56702700(+) m6A exon//intron       24981863//27773535 chr8:56702764-56702765(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr8:56702776-56702777(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr8:56702821-56702822(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22575960 chr8:56711672-56711673(+) m6A 3'UTR//CDS       - chr8:56711679-56711680(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56711686-56711687(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56711698-56711699(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56711755-56711756(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56711772-56711773(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56715036-56715037(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56715048-56715049(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr8:56737243-56737244(+) m6A 3'UTR//CDS       22608085 chr8:56737256-56737257(+) m6A 3'UTR//CDS       22608085 chr8:56737280-56737281(+) m6A 3'UTR       27773535//22608085 chr8:56737317-56737318(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr8:56737388-56737389(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr8:56737397-56737398(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	TGS1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsv1-miR-H2-3p
Interactor2: TGS1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Rep//RNAHybrid//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg