Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00052117

  Virus:  

Zika virus (ZIKV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.1828

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol zikv-mir-6 PDCD6
miRBase
Accession/Entrez ID		 zikv-mir-6 10016
Organism Zika virus (ZIKV) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - ALG-2//ALG2//PEF1B

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR PDCD6
chr5:275264(+) A-I      intronic
chr5:277546(+) A-I      intronic
chr5:277623(+) A-I      intronic
chr5:277869(+) A-I      intronic
chr5:277866(+) A-I      intronic
chr5:277891(+) A-I      intronic
chr5:278769(+) A-I      intronic
chr5:277915(+) A-I      intronic
chr5:277870(+) A-I      intronic
chr5:277521(+) A-I      intronic
chr5:277264(+) A-I      intronic
chr5:277844(+) A-I      intronic
chr5:277945(+) A-I      intronic
chr5:277909(+) A-I      intronic
chr5:278681(+) A-I      intronic
chr5:278717(+) A-I      intronic
chr5:277950(+) A-I      intronic
chr5:277951(+) A-I      intronic
chr5:278707(+) A-I      intronic
chr5:278639(+) A-I      intronic
chr5:277690(+) A-I      intronic
chr5:278772(+) A-I      intronic
chr5:277910(+) A-I      intronic
chr5:277262(+) A-I      intronic
chr5:277731(+) A-I      intronic
chr5:278666(+) A-I      intronic
chr5:277582(+) A-I      intronic
chr5:277678(+) A-I      intronic
chr5:277598(+) A-I      intronic
chr5:277668(+) A-I      intronic
chr5:277712(+) A-I      intronic
chr5:278569(+) A-I      intronic
chr5:277907(+) A-I      intronic
chr5:277962(+) A-I      intronic
chr5:277556(+) A-I      intronic
chr5:277382(+) A-I      intronic
chr5:277497(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED PDCD6
chr5:277264(+) A-I intron -    15342557
chr5:277302(+) A-I intron -    15342557
chr5:277318(+) A-I intron -    15342557
chr5:277382(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277478(+) A-I intron -    15342557
chr5:277481(+) A-I intron -    15342557
chr5:277491(+) A-I intron -    15342557
chr5:277497(+) A-I intron -    15342557
chr5:277521(+) A-I intron -    15342557
chr5:277556(+) A-I intron -    15342557
chr5:277558(+) A-I intron -    15342557
chr5:277844(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277845(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277872(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277907(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277909(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277910(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:277945(+) A-I intron -    15342557
chr5:277950(+) A-I intron -    15342557
chr5:277951(+) A-I intron -    15342557
chr5:277962(+) A-I intron -    15342557
chr5:277984(+) A-I intron -    15342557
chr5:278570(+) A-I intron -    15342557   //15258596
chr5:279758(+) A-I intron -    15342557
chr5:279799(+) A-I intron -    15342557
chr5:310883(+) A-I intron -    15342557
chr5:311852(+) A-I intron -    15342557
chr5:311854(+) A-I intron -    15342557
chr5:311870(+) A-I intron -    15342557
chr5:311909(+) A-I intron -    15342557
chr5:311912(+) A-I intron -    15342557
chr5:311913(+) A-I intron -    15342557
chr5:312831(+) A-I intron -    15342557
chr5:312840(+) A-I intron -    15342557
chr5:312846(+) A-I intron -    15342557
chr5:312880(+) A-I intron -    15342557
chr5:312882(+) A-I intron -    15342557
chr5:289789(+) A-I intron -    22327324
chr5:290428(+) A-I intron -    22327324
chr5:290444(+) A-I intron -    22327324
chr5:276419(+) A-G intron -    21725310
chr5:285079(+) A-G intron -    22484847
chr5:277277(+) A-G intron -    22484847
chr5:277481(+) A-G intron -    22484847
chr5:277556(+) A-G intron -    22484847
chr5:277582(+) A-G intron -    22484847
chr5:277598(+) A-G intron -    22484847
chr5:277668(+) A-G intron -    22484847
chr5:277678(+) A-G intron -    22484847
chr5:277690(+) A-G intron -    22484847
chr5:277712(+) A-G intron -    22484847
chr5:277725(+) A-G intron -    22484847
chr5:277845(+) A-G intron -    22484847
chr5:277872(+) A-G intron -    22484847
chr5:277907(+) A-G intron -    22484847
chr5:277909(+) A-G intron -    22484847
chr5:277910(+) A-G intron -    22484847
chr5:299679(+) C-T intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase PDCD6
chr5:271905-271906(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863//22575960
chr5:272836-272837(+) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       22575960
chr5:272857-272858(+) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       22575960
chr5:273341-273342(+) m6A exon//intron       -
chr5:273350-273351(+) m6A exon//intron       -
chr5:273356-273357(+) m6A exon//intron       -
chr5:276994-276995(+) m6A 3'UTR//intron       -
chr5:277012-277013(+) m6A 3'UTR//intron       -
chr5:277051-277052(+) m6A 3'UTR//intron       -
chr5:304299-304300(+) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       -
chr5:304354-304355(+) m6A exon//intron       -
chr5:306788-306789(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       22575960
chr5:306821-306822(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       22575960
chr5:310511-310512(+) Cm exon//intron       -
chr5:312483-312484(+) Gm 3'UTR//intron       -
chr5:314596-314597(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       22575960
chr5:314987-314988(+) m6A 3'UTR//exon//intron       27773535//22575960
chr5:321447-321448(+) Tm intron       -
chr5:322769-322770(+) m6A intron       24284625
chr5:343768-343769(+) m6A intron       -
chr5:344076-344077(+) m6A 3'UTR       24284625
chr5:353894-353895(+) m6A 3'UTR       24284625
chr5:353915-353916(+) m6A 3'UTR       24284625
chr5:353966-353967(+) m6A 3'UTR       24284625

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate PDCD6
Chromatin K562 cells     -
Cytosol K562 cells     -
Exosome Blood     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     -
Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: zikv-mir-6
Interactor2: PDCD6

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda
Support Database ZIKV-CDB

Starting a new search, please wait ...