Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00045551

  Virus:  

Zika virus (ZIKV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.1828

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol zikv-mir-5 SCAMP1
miRBase
Accession/Entrez ID		 zikv-mir-5 9522
Organism Zika virus (ZIKV) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - SCAMP//SCAMP37

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR SCAMP1
chr5:77765727(+) A-I      intronic
chr5:77765729(+) A-I      intronic
chr5:77765731(+) A-I      intronic
chr5:77765751(+) A-I      intronic
chr5:77737638(+) A-I      intronic
chr5:77737629(+) A-I      intronic
chr5:77694631(+) A-I      intronic
chr5:77719835(+) A-I      intronic
chr5:77737608(+) A-I      intronic
chr5:77737532(+) A-I      intronic
chr5:77737521(+) A-I      intronic
chr5:77737499(+) A-I      intronic
chr5:77737364(+) A-I      intronic
chr5:77719864(+) A-I      intronic
chr5:77698929(+) A-I      intronic
chr5:77737794(+) A-I      intronic
chr5:77737777(+) A-I      intronic
chr5:77737776(+) A-I      intronic
chr5:77737775(+) A-I      intronic
chr5:77737769(+) A-I      intronic
chr5:77737767(+) A-I      intronic
chr5:77699535(+) A-I      intronic
chr5:77699594(+) A-I      intronic
chr5:77699603(+) A-I      intronic
chr5:77699604(+) A-I      intronic
chr5:77699606(+) A-I      intronic
chr5:77739523(+) A-I      intronic
chr5:77738280(+) A-I      intronic
chr5:77738272(+) A-I      intronic
chr5:77738194(+) A-I      intronic
chr5:77738143(+) A-I      intronic
chr5:77738139(+) A-I      intronic
chr5:77737967(+) A-I      intronic
chr5:77694622(+) A-I      intronic
chr5:77694603(+) A-I      intronic
chr5:77699642(+) A-I      intronic
chr5:77719769(+) A-I      intronic
chr5:77719772(+) A-I      intronic
chr5:77737937(+) A-I      intronic
chr5:77737879(+) A-I      intronic
chr5:77737842(+) A-I      intronic
chr5:77737838(+) A-I      intronic
chr5:77662624(+) A-I      intronic
chr5:77662601(+) A-I      intronic
chr5:77661135(+) A-I      intronic
chr5:77661027(+) A-I      intronic
chr5:77661021(+) A-I      intronic
chr5:77698915(+) A-I      intronic
chr5:77739527(+) A-I      intronic
chr5:77739542(+) A-I      intronic
chr5:77738195(+) A-I      intronic
chr5:77698860(+) A-I      intronic
chr5:77700146(+) A-I      intronic
chr5:77738175(+) A-I      intronic
chr5:77737754(+) A-I      intronic
chr5:77699415(+) A-I      intronic
chr5:77758382(+) A-I      intronic
chr5:77720376(+) A-I      intronic
chr5:77739663(+) A-I      intronic
chr5:77719962(+) A-I      intronic
chr5:77700137(+) A-I      intronic
chr5:77737793(+) A-I      intronic
chr5:77738776(+) A-I      intronic
chr5:77699534(+) A-I      intronic
chr5:77737382(+) A-I      intronic
chr5:77699413(+) A-I      intronic
chr5:77699414(+) A-I      intronic
chr5:77738198(+) A-I      intronic
chr5:77737908(+) A-I      intronic
chr5:77662541(+) A-I      intronic
chr5:77744091(+) A-I      intronic
chr5:77698824(+) A-I      intronic
chr5:77693507(+) A-I      intronic
chr5:77662107(+) A-I      intronic
chr5:77738263(+) A-I      intronic
chr5:77738118(+) A-I      intronic
chr5:77698783(+) A-I      intronic
chr5:77738845(+) A-I      intronic
chr5:77698840(+) A-I      intronic
chr5:77699668(+) A-I      intronic
chr5:77738843(+) A-I      intronic
chr5:77765878(+) A-I      intronic
chr5:77739660(+) A-I      intronic
chr5:77744685(+) A-I      intronic
chr5:77700245(+) A-I      intronic
chr5:77700154(+) A-I      intronic
chr5:77693489(+) A-I      intronic
chr5:77737792(+) A-I      intronic
chr5:77698917(+) A-I      intronic
chr5:77719983(+) A-I      intronic
chr5:77720290(+) A-I      intronic
chr5:77738922(+) A-I      intronic
chr5:77698834(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED SCAMP1
chr5:77775664(+) A-G intron -    21725310
chr5:77729193(+) A-G intron -    22484847
chr5:77658719(+) C-T intron -    22484847
chr5:77662103(+) G-A intron -    22484847
chr5:77662159(+) A-C intron -    22484847
chr5:77662541(+) A-G intron -    22484847
chr5:77693489(+) A-G intron -    22484847
chr5:77693507(+) A-G intron -    22484847
chr5:77698917(+) A-G intron -    22484847
chr5:77699413(+) A-G intron -    22484847
chr5:77699414(+) A-G intron -    22484847
chr5:77699415(+) A-G intron -    22484847
chr5:77699424(+) A-G intron -    22484847
chr5:77699668(+) A-G intron -    22484847
chr5:77719962(+) A-G intron -    22484847
chr5:77719974(+) A-G intron -    22484847
chr5:77719983(+) A-G intron -    22484847
chr5:77720290(+) A-G intron -    22484847
chr5:77720319(+) A-T intron -    22484847
chr5:77720325(+) T-G intron -    22484847
chr5:77720376(+) A-G intron -    22484847
chr5:77720378(+) A-G intron -    22484847
chr5:77737382(+) A-G intron -    22484847
chr5:77737452(+) A-G intron -    22484847
chr5:77737559(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738118(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738175(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738195(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738198(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738263(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738776(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738845(+) A-G intron -    22484847
chr5:77738916(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase SCAMP1
chr5:77771334-77771335(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//22608085
chr5:77771407-77771408(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//22608085
chr5:77771416-77771417(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//22608085
chr5:77773396-77773397(+) m6A 3'UTR       26404942
chr5:77773414-77773415(+) m6A 3'UTR       26404942

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate SCAMP1
Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539
Exosome Blood     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus K562 cells     -
Ribosome HEK-293 cells     22199352
Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: zikv-mir-5
Interactor2: SCAMP1

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda
Support Database ZIKV-CDB

Starting a new search, please wait ...