Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00006494

  Virus:  

Zika virus (ZIKV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.1828

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol zikv-mir-1 TRAPPC11
miRBase
Accession/Entrez ID		 zikv-mir-1 60684
Organism Zika virus (ZIKV) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - C4orf41//FOIGR//GRY//LGMD2S//LGMDR18

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR TRAPPC11
chr4:184583415(+) A-I      intronic
chr4:184583398(+) A-I      intronic
chr4:184583394(+) A-I      intronic
chr4:184583347(+) A-I      intronic
chr4:184631998(+) A-I      intronic
chr4:184632005(+) A-I      intronic
chr4:184632022(+) A-I      intronic
chr4:184632023(+) A-I      intronic
chr4:184632029(+) A-I      intronic
chr4:184632031(+) A-I      intronic
chr4:184632105(+) A-I      intronic
chr4:184632139(+) A-I      intronic
chr4:184602839(+) A-I      intronic
chr4:184632166(+) A-I      intronic
chr4:184631983(+) A-I      intronic
chr4:184631975(+) A-I      intronic
chr4:184631948(+) A-I      intronic
chr4:184631582(+) A-I      intronic
chr4:184631569(+) A-I      intronic
chr4:184631514(+) A-I      intronic
chr4:184631483(+) A-I      intronic
chr4:184618295(+) A-I      intronic
chr4:184611998(+) A-I      intronic
chr4:184611979(+) A-I      intronic
chr4:184611209(+) A-I      intronic
chr4:184611185(+) A-I      intronic
chr4:184611180(+) A-I      intronic
chr4:184608734(+) A-I      intronic
chr4:184608725(+) A-I      intronic
chr4:184608671(+) A-I      intronic
chr4:184608557(+) A-I      intronic
chr4:184608219(+) A-I      intronic
chr4:184608156(+) A-I      intronic
chr4:184608123(+) A-I      intronic
chr4:184608060(+) A-I      intronic
chr4:184602854(+) A-I      intronic
chr4:184602829(+) A-I      intronic
chr4:184594809(+) A-I      intronic
chr4:184584528(+) A-I      intronic
chr4:184584516(+) A-I      intronic
chr4:184583424(+) A-I      intronic
chr4:184632006(+) A-I      intronic
chr4:184625554(+) A-I      intronic
chr4:184631701(+) A-I      intronic
chr4:184595491(+) A-I      intronic
chr4:184594641(+) A-I      intronic
chr4:184595412(+) A-I      intronic
chr4:184631520(+) A-I      intronic
chr4:184622215(+) A-I      intronic
chr4:184625488(+) A-I      intronic
chr4:184609992(+) A-I      intronic
chr4:184594245(+) A-I      intronic
chr4:184583388(+) A-I      intronic
chr4:184612060(+) A-I      intronic
chr4:184594706(+) A-I      intronic
chr4:184608543(+) A-I      intronic
chr4:184618343(+) A-I      intronic
chr4:184631995(+) A-I      intronic
chr4:184632011(+) A-I      intronic
chr4:184632064(+) A-I      intronic
chr4:184632112(+) A-I      intronic
chr4:184632063(+) A-I      intronic
chr4:184583057(+) A-I      intronic
chr4:184608541(+) A-I      intronic
chr4:184601975(+) A-I      intronic
chr4:184630849(+) A-I      intronic
chr4:184631926(+) A-I      intronic
chr4:184632017(+) A-I      intronic
chr4:184630908(+) A-I      intronic
chr4:184631615(+) A-I      intronic
chr4:184630712(+) A-I      intronic
chr4:184595392(+) A-I      intronic
chr4:184611245(+) A-I      intronic
chr4:184631991(+) A-I      intronic
chr4:184583032(+) A-I      intronic
chr4:184611235(+) A-I      intronic
chr4:184583310(+) A-I      intronic
chr4:184632026(+) A-I      intronic
chr4:184608656(+) A-I      intronic
chr4:184631557(+) A-I      intronic
chr4:184630674(+) A-I      intronic
chr4:184618267(+) A-I      intronic
chr4:184631713(+) A-I      intronic
chr4:184630781(+) A-I      intronic
chr4:184631621(+) A-I      intronic
chr4:184594680(+) A-I      intronic
chr4:184622134(+) A-I      intronic
chr4:184594196(+) A-I      intronic
chr4:184632035(+) A-I      intronic
chr4:184630907(+) A-I      intronic
chr4:184631949(+) A-I      intronic
chr4:184608611(+) A-I      intronic
chr4:184595424(+) A-I      intronic
chr4:184631646(+) A-I      intronic
chr4:184631678(+) A-I      intronic
chr4:184623390(+) A-I      intronic
chr4:184631996(+) A-I      intronic
chr4:184630807(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED TRAPPC11
chr4:184583032(+) A-G intron -    22484847
chr4:184583057(+) A-G intron -    22484847
chr4:184583388(+) A-G intron -    22484847
chr4:184583401(+) A-G intron -    22484847
chr4:184594196(+) A-G intron -    22484847
chr4:184594245(+) A-G intron -    22484847
chr4:184594706(+) A-G intron -    22484847
chr4:184602034(+) T-C intron -    22484847
chr4:184608541(+) A-G intron -    22484847
chr4:184608543(+) A-G intron -    22484847
chr4:184608611(+) A-G intron -    22484847
chr4:184609992(+) A-G intron -    22484847
chr4:184631557(+) A-G intron -    22484847
chr4:184631646(+) A-G intron -    22484847
chr4:184631991(+) A-G intron -    22484847
chr4:184632064(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase TRAPPC11
chr4:184585144-184585145(+) Cm CDS//exon       -
chr4:184634133-184634134(+) m6A 3'UTR//exon       24981863
chr4:184634209-184634210(+) m6A 3'UTR//exon       24981863

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate TRAPPC11
Chromatin K562 cells     -
Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539
Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm K562 cells     -
Membrane K562 cells     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: zikv-mir-1
Interactor2: TRAPPC11

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda
Support Database ZIKV-CDB

Starting a new search, please wait ...