Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00109102

  Virus:  

SARS-CoV-2 (NC_045512.2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.1828

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-548o-5p:  MIMAT0022738          SLC30A5:  NM_001251969     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-548o-5p	SLC30A5
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0022738	64924
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ZnT-5//ZNT5//ZNTL1//ZTL1

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-548o-5p	rs748987263 chr20:38516580    C/A rs748987263 chr20:38516580    C/T rs750604040 chr20:38516581    G/A rs1186654040 chr20:38516574    T/G rs1299647098 chr20:38516572    A/T rs1379757384 chr20:38516576    A/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SLC30A5	chr5:68416895(+) A-I      intronic chr5:68416918(+) A-I      intronic chr5:68394970(+) A-I      intronic chr5:68419763(+) A-I      intronic chr5:68419774(+) A-I      intronic chr5:68419846(+) A-I      intronic chr5:68419860(+) A-I      intronic chr5:68419861(+) A-I      intronic chr5:68416894(+) A-I      intronic chr5:68415640(+) A-I      intronic chr5:68415632(+) A-I      intronic chr5:68415627(+) A-I      intronic chr5:68421785(+) A-I      intronic chr5:68420963(+) A-I      intronic chr5:68421041(+) A-I      intronic chr5:68421070(+) A-I      intronic chr5:68395235(+) A-I      intronic chr5:68422241(+) A-I      intronic chr5:68422230(+) A-I      intronic chr5:68422229(+) A-I      intronic chr5:68422179(+) A-I      intronic chr5:68395096(+) A-I      intronic chr5:68392039(+) A-I      intronic chr5:68392012(+) A-I      intronic chr5:68414817(+) A-I      intronic chr5:68419868(+) A-I      intronic chr5:68419872(+) A-I      intronic chr5:68419895(+) A-I      intronic chr5:68419946(+) A-I      intronic chr5:68420489(+) A-I      intronic chr5:68394144(+) A-I      intronic chr5:68391288(+) A-I      intronic chr5:68422178(+) A-I      intronic chr5:68421791(+) A-I      intronic chr5:68421779(+) A-I      intronic chr5:68421762(+) A-I      intronic chr5:68420580(+) A-I      intronic chr5:68420564(+) A-I      intronic chr5:68421308(+) A-I      intronic chr5:68421273(+) A-I      intronic chr5:68421246(+) A-I      intronic chr5:68421203(+) A-I      intronic chr5:68421200(+) A-I      intronic chr5:68421194(+) A-I      intronic chr5:68421187(+) A-I      intronic chr5:68421099(+) A-I      intronic chr5:68421098(+) A-I      intronic chr5:68421090(+) A-I      intronic chr5:68392242(+) A-I      intronic chr5:68392262(+) A-I      intronic chr5:68392268(+) A-I      intronic chr5:68392301(+) A-I      intronic chr5:68394937(+) A-I      intronic chr5:68394938(+) A-I      intronic chr5:68394947(+) A-I      intronic chr5:68394948(+) A-I      intronic chr5:68394953(+) A-I      intronic chr5:68394959(+) A-I      intronic chr5:68420502(+) A-I      intronic chr5:68420520(+) A-I      intronic chr5:68419777(+) A-I      intronic chr5:68419780(+) A-I      intronic chr5:68416903(+) A-I      intronic chr5:68397669(+) A-I      intronic chr5:68397686(+) A-I      intronic chr5:68397744(+) A-I      intronic chr5:68397749(+) A-I      intronic chr5:68397915(+) A-I      intronic chr5:68397950(+) A-I      intronic chr5:68397955(+) A-I      intronic chr5:68394960(+) A-I      intronic chr5:68395012(+) A-I      intronic chr5:68395020(+) A-I      intronic chr5:68395021(+) A-I      intronic chr5:68395022(+) A-I      intronic chr5:68420528(+) A-I      intronic chr5:68421808(+) A-I      intronic chr5:68421801(+) A-I      intronic chr5:68421797(+) A-I      intronic chr5:68421770(+) A-I      intronic chr5:68421765(+) A-I      intronic chr5:68421755(+) A-I      intronic chr5:68421274(+) A-I      intronic chr5:68421233(+) A-I      intronic chr5:68421206(+) A-I      intronic chr5:68421016(+) A-I      intronic chr5:68421007(+) A-I      intronic chr5:68420997(+) A-I      intronic chr5:68419788(+) A-I      intronic chr5:68419783(+) A-I      intronic chr5:68419781(+) A-I      intronic chr5:68397663(+) A-I      intronic chr5:68402411(+) A-I      intronic chr5:68402415(+) A-I      intronic chr5:68402489(+) A-I      intronic chr5:68402804(+) A-I      intronic chr5:68406885(+) A-I      intronic chr5:68407093(+) A-I      intronic chr5:68407335(+) A-I      intronic chr5:68415592(+) A-I      intronic chr5:68415651(+) A-I      intronic chr5:68415663(+) A-I      intronic chr5:68415671(+) A-I      intronic chr5:68415720(+) A-I      intronic chr5:68415726(+) A-I      intronic chr5:68415727(+) A-I      intronic chr5:68415736(+) A-I      intronic chr5:68416131(+) A-I      intronic chr5:68397607(+) A-I      intronic chr5:68397555(+) A-I      intronic chr5:68397534(+) A-I      intronic chr5:68397378(+) A-I      intronic chr5:68397366(+) A-I      intronic chr5:68397365(+) A-I      intronic chr5:68397303(+) A-I      intronic chr5:68397289(+) A-I      intronic chr5:68397287(+) A-I      intronic chr5:68397272(+) A-I      intronic chr5:68397271(+) A-I      intronic chr5:68419732(+) A-I      intronic chr5:68397206(+) A-I      intronic chr5:68396411(+) A-I      intronic chr5:68396075(+) A-I      intronic chr5:68396056(+) A-I      intronic chr5:68395975(+) A-I      intronic chr5:68395921(+) A-I      intronic chr5:68394192(+) A-I      intronic chr5:68394117(+) A-I      intronic chr5:68393897(+) A-I      intronic chr5:68393109(+) A-I      intronic chr5:68393108(+) A-I      intronic chr5:68393092(+) A-I      intronic chr5:68393084(+) A-I      intronic chr5:68393072(+) A-I      intronic chr5:68392683(+) A-I      intronic chr5:68392593(+) A-I      intronic chr5:68392569(+) A-I      intronic chr5:68391802(+) A-I      intronic chr5:68391793(+) A-I      intronic chr5:68391632(+) A-I      intronic chr5:68391625(+) A-I      intronic chr5:68392611(+) A-I      intronic chr5:68392632(+) A-I      intronic chr5:68393380(+) A-I      intronic chr5:68393395(+) A-I      intronic chr5:68393398(+) A-I      intronic chr5:68393914(+) A-I      intronic chr5:68393949(+) A-I      intronic chr5:68394191(+) A-I      intronic chr5:68394194(+) A-I      intronic chr5:68394197(+) A-I      intronic chr5:68394214(+) A-I      intronic chr5:68394232(+) A-I      intronic chr5:68397245(+) A-I      intronic chr5:68420962(+) A-I      intronic chr5:68402440(+) A-I      intronic chr5:68416153(+) A-I      intronic chr5:68416155(+) A-I      intronic chr5:68416842(+) A-I      intronic chr5:68392004(+) A-I      intronic chr5:68392005(+) A-I      intronic chr5:68392008(+) A-I      intronic chr5:68392017(+) A-I      intronic chr5:68392024(+) A-I      intronic chr5:68392038(+) A-I      intronic chr5:68392040(+) A-I      intronic chr5:68392042(+) A-I      intronic chr5:68392043(+) A-I      intronic chr5:68392078(+) A-I      intronic chr5:68392081(+) A-I      intronic chr5:68392082(+) A-I      intronic chr5:68392096(+) A-I      intronic chr5:68392101(+) A-I      intronic chr5:68392122(+) A-I      intronic chr5:68392128(+) A-I      intronic chr5:68395040(+) A-I      intronic chr5:68395055(+) A-I      intronic chr5:68395065(+) A-I      intronic chr5:68421278(+) A-I      intronic chr5:68391301(+) A-I      intronic chr5:68397608(+) A-I      intronic chr5:68420466(+) A-I      intronic chr5:68402831(+) A-I      intronic chr5:68391307(+) A-I      intronic chr5:68398017(+) A-I      intronic chr5:68393203(+) A-I      intronic chr5:68392580(+) A-I      intronic chr5:68394233(+) A-I      intronic chr5:68392689(+) A-I      intronic chr5:68397641(+) A-I      intronic chr5:68397951(+) A-I      intronic chr5:68393549(+) A-I      intronic chr5:68402942(+) A-I      intronic chr5:68391145(+) A-I      intronic chr5:68391157(+) A-I      intronic chr5:68397705(+) A-I      intronic chr5:68397235(+) A-I      intronic chr5:68398011(+) A-I      intronic chr5:68393913(+) A-I      intronic chr5:68391677(+) A-I      intronic chr5:68420640(+) A-I      intronic chr5:68397642(+) A-I      intronic chr5:68391212(+) A-I      intronic chr5:68391102(+) A-I      intronic chr5:68393060(+) A-I      intronic chr5:68396343(+) A-I      intronic chr5:68402849(+) A-I      intronic chr5:68395896(+) A-I      intronic chr5:68397664(+) A-I      intronic chr5:68394069(+) A-I      intronic chr5:68396229(+) A-I      intronic chr5:68402911(+) A-I      intronic chr5:68391250(+) A-I      intronic chr5:68420507(+) A-I      intronic chr5:68400237(+) A-I      3'UTR chr5:68391209(+) A-I      intronic chr5:68391701(+) A-I      intronic chr5:68393082(+) A-I      intronic chr5:68396198(+) A-I      intronic chr5:68392605(+) A-I      intronic chr5:68392590(+) A-I      intronic chr5:68394136(+) A-I      intronic chr5:68393877(+) A-I      intronic chr5:68392696(+) A-I      intronic chr5:68420503(+) A-I      intronic chr5:68414697(+) A-I      intronic chr5:68420992(+) A-I      intronic chr5:68407298(+) A-I      intronic chr5:68395819(+) A-I      intronic chr5:68391853(+) A-I      intronic chr5:68397960(+) A-I      intronic chr5:68392560(+) A-I      intronic chr5:68397529(+) A-I      intronic chr5:68392676(+) A-I      intronic chr5:68420467(+) A-I      intronic chr5:68397223(+) A-I      intronic chr5:68394177(+) A-I      intronic chr5:68397673(+) A-I      intronic chr5:68396254(+) A-I      intronic chr5:68392628(+) A-I      intronic chr5:68391775(+) A-I      intronic chr5:68396047(+) A-I      intronic chr5:68393618(+) A-I      intronic chr5:68404439(+) A-I      intronic chr5:68415676(+) A-I      intronic chr5:68393407(+) A-I      intronic chr5:68402435(+) A-I      intronic chr5:68391203(+) A-I      intronic chr5:68392599(+) A-I      intronic chr5:68402508(+) A-I      intronic chr5:68392720(+) A-I      intronic chr5:68396106(+) A-I      intronic chr5:68393884(+) A-I      intronic chr5:68420606(+) A-I      intronic chr5:68392555(+) A-I      intronic chr5:68402398(+) A-I      intronic chr5:68404458(+) A-I      intronic chr5:68392649(+) A-I      intronic chr5:68414728(+) A-I      intronic chr5:68397690(+) A-I      intronic chr5:68397637(+) A-I      intronic chr5:68395978(+) A-I      intronic chr5:68404502(+) A-I      intronic chr5:68420425(+) A-I      intronic chr5:68391789(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SLC30A5	chr5:68398418(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398440(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398458(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398473(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398537(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398559(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398561(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398567(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398568(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398608(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398637(+) A-I intron -    15342557 chr5:68398638(+) A-I intron -    15342557 chr5:68411930(+) A-I exon CDS    15342557 chr5:68391776(+) A-I intron -    22327324 chr5:68398017(+) A-I intron -    22327324 chr5:68393884(+) A-I intron -    21960545 chr5:68393910(+) A-I intron -    21960545 chr5:68393913(+) A-I intron -    21960545 chr5:68395235(+) A-I intron -    21960545 chr5:68395252(+) A-I intron -    21960545 chr5:68391980(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392045(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392110(+) A-G intron -    22484847 chr5:68391145(+) A-G intron -    22484847 chr5:68391775(+) A-G intron -    22484847 chr5:68391776(+) A-G intron -    22484847 chr5:68391853(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392560(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392580(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392590(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392599(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392605(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392607(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392664(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392666(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392688(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392707(+) A-G intron -    22484847 chr5:68393877(+) A-G intron -    22484847 chr5:68393884(+) A-G intron -    22484847 chr5:68393910(+) A-G intron -    22484847 chr5:68394069(+) A-G intron -    22484847 chr5:68394222(+) A-G intron -    22484847 chr5:68394233(+) A-G intron -    22484847 chr5:68395985(+) A-G intron -    22484847 chr5:68396106(+) A-G intron -    22484847 chr5:68396336(+) A-G intron -    22484847 chr5:68396343(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397136(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397223(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397235(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397267(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397608(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397637(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397641(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397642(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397664(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397690(+) A-G intron -    22484847 chr5:68397704(+) A-G intron -    22484847 chr5:68398017(+) A-G intron -    22484847 chr5:68398567(+) A-G intron -    22484847 chr5:68398568(+) A-G intron -    22484847 chr5:68401484(+) C-A intron -    22484847 chr5:68402831(+) A-G intron -    22484847 chr5:68402849(+) A-G intron -    22484847 chr5:68402911(+) A-G intron -    22484847 chr5:68402926(+) A-G intron -    22484847 chr5:68402942(+) A-G intron -    22484847 chr5:68404393(+) A-G intron -    22484847 chr5:68404529(+) A-G intron -    22484847 chr5:68406978(+) A-G intron -    22484847 chr5:68392279(+) A-G intron -    22484847 chr5:68394849(+) A-G intron -    22484847 chr5:68394919(+) A-G intron -    22484847 chr5:68395572(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SLC30A5	chr5:68389866-68389867(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr5:68389882-68389883(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr5:68390030-68390031(+) m6A 5'UTR       24284625//24209618//22575960 chr5:68390040-68390041(+) m6A 5'UTR       24284625//24209618//22575960 chr5:68419194-68419195(+) Y 3'UTR//CDS//exon       25219674//26075521 chr5:68423940-68423941(+) m6A CDS//intron       27773535//22608085 chr5:68425304-68425305(+) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:68425395-68425396(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr5:68425474-68425475(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr5:68425547-68425548(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr5:68425609-68425610(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr5:68425675-68425676(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr5:68425803-68425804(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:68425895-68425896(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:68425957-68425958(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:68425976-68425977(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-548o-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Cell lines(GBM46|GBM8|HaCaT|K562|MCF-10A|MCF-7|MGG75)|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocytes     -
	SLC30A5	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-548o-5p
Interactor2: SLC30A5

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRDB
Support Database	ViRBase

References:

PMID	33201341	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	None	Interactor2 expression	None
Description	By custom target prediction, a panel of miRNA sequences able to recognize the SARS-CoV-2 sequence was collected. Only targets with a very high score (95-100) were retained for further analyses.