Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00109098

  Virus:  

SARS-CoV-2 (NC_045512.2)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.1828

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-548o-5p:  MIMAT0022738          FAM135A:  NM_001331006     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-548o-5p	FAM135A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0022738	57579
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	KIAA1411

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-548o-5p	rs748987263 chr20:38516580    C/A rs748987263 chr20:38516580    C/T rs750604040 chr20:38516581    G/A rs1186654040 chr20:38516574    T/G rs1299647098 chr20:38516572    A/T rs1379757384 chr20:38516576    A/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	FAM135A	chr6:71128150(+) A-I      ncRNA chr6:71128083(+) A-I      ncRNA chr6:71170711(+) A-I      intronic chr6:71170630(+) A-I      intronic chr6:71170666(+) A-I      intronic chr6:71170727(+) A-I      intronic chr6:71179643(+) A-I      intronic chr6:71145327(+) A-I      intronic chr6:71265751(+) A-I      intronic chr6:71151571(+) A-I      intronic chr6:71231676(+) A-I      intronic chr6:71126374(+) A-I      intronic chr6:71127017(+) A-I      intronic chr6:71128869(+) A-I      intronic chr6:71227287(+) A-I      intronic chr6:71227356(+) A-I      intronic chr6:71242427(+) A-I      intronic chr6:71242433(+) A-I      intronic chr6:71242443(+) A-I      intronic chr6:71249627(+) A-I      intronic chr6:71250189(+) A-I      intronic chr6:71250210(+) A-I      intronic chr6:71250213(+) A-I      intronic chr6:71250230(+) A-I      intronic chr6:71250290(+) A-I      intronic chr6:71252336(+) A-I      intronic chr6:71261058(+) A-I      intronic chr6:71261271(+) A-I      intronic chr6:71262289(+) A-I      intronic chr6:71264400(+) A-I      intronic chr6:71264410(+) A-I      intronic chr6:71264530(+) A-I      intronic chr6:71265032(+) A-I      intronic chr6:71128891(+) A-I      intronic chr6:71128895(+) A-I      intronic chr6:71128921(+) A-I      intronic chr6:71128975(+) A-I      intronic chr6:71144907(+) A-I      intronic chr6:71145322(+) A-I      intronic chr6:71145323(+) A-I      intronic chr6:71252301(+) A-I      intronic chr6:71148822(+) A-I      intronic chr6:71150165(+) A-I      intronic chr6:71150206(+) A-I      intronic chr6:71150244(+) A-I      intronic chr6:71265106(+) A-I      intronic chr6:71265190(+) A-I      intronic chr6:71265194(+) A-I      intronic chr6:71265239(+) A-I      intronic chr6:71265726(+) A-I      intronic chr6:71265845(+) A-I      intronic chr6:71265867(+) A-I      intronic chr6:71265917(+) A-I      intronic chr6:71150284(+) A-I      intronic chr6:71150294(+) A-I      intronic chr6:71150887(+) A-I      intronic chr6:71150901(+) A-I      intronic chr6:71150911(+) A-I      intronic chr6:71265799(+) A-I      intronic chr6:71265793(+) A-I      intronic chr6:71261239(+) A-I      intronic chr6:71261234(+) A-I      intronic chr6:71150921(+) A-I      intronic chr6:71150984(+) A-I      intronic chr6:71151488(+) A-I      intronic chr6:71151513(+) A-I      intronic chr6:71151517(+) A-I      intronic chr6:71169584(+) A-I      intronic chr6:71265935(+) A-I      intronic chr6:71265230(+) A-I      intronic chr6:71170656(+) A-I      intronic chr6:71264492(+) A-I      intronic chr6:71139920(+) A-I      intronic chr6:71262333(+) A-I      intronic chr6:71227311(+) A-I      intronic chr6:71253879(+) A-I      intronic chr6:71253986(+) A-I      intronic chr6:71265217(+) A-I      intronic chr6:71261246(+) A-I      intronic chr6:71227256(+) A-I      intronic chr6:71170747(+) A-I      intronic chr6:71170736(+) A-I      intronic chr6:71150128(+) A-I      intronic chr6:71265048(+) A-I      intronic chr6:71160629(+) A-I      intronic chr6:71254444(+) A-I      intronic chr6:71255298(+) A-I      intronic chr6:71128946(+) A-I      intronic chr6:71242514(+) A-I      intronic chr6:71151553(+) A-I      intronic chr6:71242656(+) A-I      intronic chr6:71242556(+) A-I      intronic chr6:71179681(+) A-I      intronic chr6:71242496(+) A-I      intronic chr6:71265043(+) A-I      intronic chr6:71242524(+) A-I      intronic chr6:71261157(+) A-I      intronic chr6:71128190(+) A-I      ncRNA chr6:71128102(+) A-I      ncRNA chr6:71261057(+) A-I      intronic chr6:71128960(+) A-I      intronic chr6:71227288(+) A-I      intronic chr6:71261217(+) A-I      intronic chr6:71129024(+) A-I      intronic chr6:71268889(+) A-I      intronic chr6:71139066(+) A-I      intronic chr6:71262252(+) A-I      intronic chr6:71264993(+) A-I      intronic chr6:71128213(+) A-I      intronic chr6:71154210(+) A-I      intronic chr6:71227058(+) A-I      intronic chr6:71227078(+) A-I      intronic chr6:71265809(+) A-I      intronic chr6:71227063(+) A-I      intronic chr6:71150968(+) A-I      intronic chr6:71268997(+) A-I      intronic chr6:71239754(+) A-I      intronic chr6:71265104(+) A-I      intronic chr6:71128242(+) A-I      intronic chr6:71144871(+) A-I      intronic chr6:71138961(+) A-I      intronic chr6:71145028(+) A-I      intronic chr6:71265750(+) A-I      intronic chr6:71129001(+) A-I      intronic chr6:71255197(+) A-I      intronic chr6:71226978(+) A-I      intronic chr6:71249644(+) A-I      intronic chr6:71261130(+) A-I      intronic chr6:71265873(+) A-I      intronic chr6:71145655(+) A-I      intronic chr6:71226985(+) A-I      intronic chr6:71241715(+) A-I      intronic chr6:71249651(+) A-I      intronic chr6:71151035(+) A-I      intronic chr6:71265693(+) A-I      intronic chr6:71128963(+) A-I      intronic chr6:71265781(+) A-I      intronic chr6:71265863(+) A-I      intronic chr6:71264573(+) A-I      intronic chr6:71265176(+) A-I      intronic chr6:71249654(+) A-I      intronic chr6:71145309(+) A-I      intronic chr6:71175352(+) A-I      intronic chr6:71255239(+) A-I      intronic chr6:71144947(+) A-I      intronic chr6:71160714(+) A-I      intronic chr6:71265165(+) A-I      intronic chr6:71242432(+) A-I      intronic chr6:71261256(+) A-I      intronic chr6:71169623(+) A-I      intronic chr6:71175351(+) A-I      intronic chr6:71261131(+) A-I      intronic chr6:71252300(+) A-I      intronic chr6:71265805(+) A-I      intronic chr6:71148605(+) A-I      intronic chr6:71241679(+) A-I      intronic chr6:71265145(+) A-I      intronic chr6:71265068(+) A-I      intronic chr6:71254026(+) A-I      intronic chr6:71265218(+) A-I      intronic chr6:71265069(+) A-I      intronic chr6:71128216(+) A-I      intronic chr6:71128133(+) A-I      ncRNA chr6:71128088(+) A-I      ncRNA

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	FAM135A	chr6:71261217(+) A-I intron -    22327324 chr6:71267171(+) T-C intron -    21725310 chr6:71126400(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128132(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128133(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128172(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128190(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128213(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128216(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128242(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128946(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128960(+) A-G intron -    22484847 chr6:71128963(+) A-G intron -    22484847 chr6:71129001(+) A-G intron -    22484847 chr6:71130596(+) T-G intron -    22484847 chr6:71130597(+) G-T intron -    22484847 chr6:71130602(+) T-G intron -    22484847 chr6:71144871(+) A-G intron -    22484847 chr6:71144947(+) A-G intron -    22484847 chr6:71145028(+) A-G intron -    22484847 chr6:71145084(+) A-G intron -    22484847 chr6:71145326(+) A-G intron -    22484847 chr6:71145347(+) T-C intron -    22484847 chr6:71150128(+) A-G intron -    22484847 chr6:71150188(+) A-G intron -    22484847 chr6:71151436(+) A-G intron -    22484847 chr6:71151553(+) A-G intron -    22484847 chr6:71169623(+) A-G intron -    22484847 chr6:71170736(+) A-G intron -    22484847 chr6:71170747(+) A-G intron -    22484847 chr6:71174566(+) C-T intron -    22484847 chr6:71227058(+) A-G intron -    22484847 chr6:71227302(+) A-G intron -    22484847 chr6:71241591(+) C-T intron -    22484847 chr6:71241679(+) A-G intron -    22484847 chr6:71241743(+) A-G intron -    22484847 chr6:71242432(+) A-G intron -    22484847 chr6:71242496(+) A-G intron -    22484847 chr6:71242514(+) A-G intron -    22484847 chr6:71252260(+) A-G intron -    22484847 chr6:71252293(+) A-G intron -    22484847 chr6:71252300(+) A-G intron -    22484847 chr6:71261217(+) A-G intron -    22484847 chr6:71261256(+) A-G intron -    22484847 chr6:71262225(+) A-G intron -    22484847 chr6:71262439(+) A-G intron -    22484847 chr6:71264492(+) A-G intron -    22484847 chr6:71264986(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265030(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265043(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265048(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265104(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265110(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265145(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265153(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265165(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265176(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265679(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265693(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265781(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265805(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265809(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265863(+) A-G intron -    22484847 chr6:71265873(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	FAM135A	chr6:71123249-71123250(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24981863 chr6:71200767-71200768(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22608085 chr6:71212358-71212359(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22608085 chr6:71212367-71212368(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22608085 chr6:71212421-71212422(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22608085 chr6:71234139-71234140(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:71234166-71234167(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:71234284-71234285(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:71234300-71234301(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:71234319-71234320(+) m6A CDS//intron       22608085 chr6:71234324-71234325(+) m6A CDS//intron       22608085 chr6:71234473-71234474(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:71234484-71234485(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:71234488-71234489(+) m6A CDS//intron       24981863 chr6:71234533-71234534(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:71234538-71234539(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:71234573-71234574(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:71234591-71234592(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:71234637-71234638(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr6:71234679-71234680(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr6:71234728-71234729(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:71234752-71234753(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:71234811-71234812(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr6:71234817-71234818(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71234824-71234825(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71235111-71235112(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       22608085 chr6:71235137-71235138(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       22608085 chr6:71235157-71235158(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       22608085 chr6:71235216-71235217(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863//22608085 chr6:71235308-71235309(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:71235330-71235331(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:71235394-71235395(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:71235491-71235492(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24981863//26404942//22608085 chr6:71235497-71235498(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24981863//26404942//22608085 chr6:71235505-71235506(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:71235542-71235543(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:71235574-71235575(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71235609-71235610(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71235673-71235674(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71235696-71235697(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71235769-71235770(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22608085 chr6:71235841-71235842(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71235991-71235992(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chr6:71236026-71236027(+) m6A 3'UTR//CDS       24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:71236093-71236094(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:71236117-71236118(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:71236149-71236150(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:71236164-71236165(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:71236187-71236188(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:71236214-71236215(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-548o-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Cell lines(GBM46|GBM8|HaCaT|K562|MCF-10A|MCF-7|MGG75)|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocytes     -
	FAM135A	Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-548o-5p
Interactor2: FAM135A

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRDB
Support Database	ViRBase

References:

PMID	33201341	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	None	Interactor2 expression	None
Description	By custom target prediction, a panel of miRNA sequences able to recognize the SARS-CoV-2 sequence was collected. Only targets with a very high score (95-100) were retained for further analyses.