Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00098940

  Virus:  

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.5711

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-16-1-3p:  MIMAT0004489          PCLO:  NM_033026     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-16-1-3p	PCLO
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004489	27445
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ACZ//PCH3

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-16-1-3p	rs377111580 chr13:50048986    C/T rs769728617 chr13:50048992    CA/C rs1460126106 chr13:50049003    C/A rs1460126106 chr13:50049003    C/T rs1468155921 chr13:50049001    T/C

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PCLO	chr7:82663643(-) A-I      intronic chr7:82672121(-) A-I      intronic chr7:82723704(-) A-I      intronic chr7:82723729(-) A-I      intronic chr7:82723812(-) A-I      intronic chr7:82570258(-) A-I      intronic chr7:82570257(-) A-I      intronic chr7:82723561(-) A-I      intronic chr7:82570227(-) A-I      intronic chr7:82570259(-) A-I      intronic chr7:82570262(-) A-I      intronic chr7:82570345(-) A-I      intronic chr7:82496519(-) A-I      intronic chr7:82571395(-) A-I      intronic chr7:82750434(-) A-I      intronic chr7:82767849(-) A-I      intronic chr7:82513250(-) A-I      intronic chr7:82671920(-) A-I      intronic chr7:82723617(-) A-I      intronic chr7:82604262(-) A-I      intronic chr7:82723621(-) A-I      intronic chr7:82598000(-) A-I      intronic chr7:82672066(-) A-I      intronic chr7:82749596(-) A-I      intronic chr7:82424009(-) A-I      intronic chr7:82570358(-) A-I      intronic chr7:82767867(-) A-I      intronic chr7:82723798(-) A-I      intronic chr7:82604170(-) A-I      intronic chr7:82751810(-) A-I      intronic chr7:82750431(-) A-I      intronic chr7:82722118(-) A-I      intronic chr7:82604223(-) A-I      intronic chr7:82511137(-) A-I      intronic chr7:82719364(-) A-I      intronic chr7:82723790(-) A-I      intronic chr7:82751772(-) A-I      intronic chr7:82753634(-) A-I      intronic chr7:82671898(-) A-I      intronic chr7:82603578(-) A-I      intronic chr7:82596777(-) A-I      intronic chr7:82672011(-) A-I      intronic chr7:82496459(-) A-I      intronic chr7:82477902(-) A-I      intronic chr7:82719362(-) A-I      intronic chr7:82418952(-) A-I      intronic chr7:82749578(-) A-I      intronic

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PCLO	chr7:82387628-82387629(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387636-82387637(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387666-82387667(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387688-82387689(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387753-82387754(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387764-82387765(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387777-82387778(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387791-82387792(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387836-82387837(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387862-82387863(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82387885-82387886(-) m6A 3'UTR       22608085 chr7:82543958-82543959(-) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr7:82543964-82543965(-) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr7:82543984-82543985(-) m6A CDS//intron       25456834//24981863//22608085 chr7:82544009-82544010(-) m6A CDS       25456834//24981863//22608085 chr7:82544070-82544071(-) m6A CDS       25456834//24981863//27773535//22608085 chr7:82544141-82544142(-) m6A CDS       25456834//24981863//27773535//22608085 chr7:82544164-82544165(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82544292-82544293(-) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr7:82544356-82544357(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82544419-82544420(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82544431-82544432(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82544512-82544513(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82544549-82544550(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82544662-82544663(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82544669-82544670(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82544770-82544771(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82544782-82544783(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82544797-82544798(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82544833-82544834(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82544895-82544896(-) m6A CDS       24981863//27773535 chr7:82544914-82544915(-) m6A CDS       24981863 chr7:82544926-82544927(-) m6A CDS       24981863 chr7:82544963-82544964(-) m6A CDS       24981863 chr7:82545371-82545372(-) m6A CDS       27773535 chr7:82545405-82545406(-) m6A CDS       27773535 chr7:82545531-82545532(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82545564-82545565(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82545681-82545682(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82545687-82545688(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82545717-82545718(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82545729-82545730(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82545772-82545773(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82545952-82545953(-) m6A CDS       27773535 chr7:82545964-82545965(-) m6A CDS       27773535 chr7:82546001-82546002(-) m6A CDS       27773535//22608085 chr7:82546007-82546008(-) m6A CDS       27773535//22608085 chr7:82546041-82546042(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82546095-82546096(-) m6A CDS       24981863 chr7:82546173-82546174(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82578892-82578893(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82578968-82578969(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579137-82579138(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579182-82579183(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579198-82579199(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579228-82579229(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579250-82579251(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579297-82579298(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82579306-82579307(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82579316-82579317(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82579321-82579322(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82579379-82579380(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579384-82579385(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579483-82579484(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579513-82579514(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579578-82579579(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579640-82579641(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82579679-82579680(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82580162-82580163(-) m6A CDS       22608085 chr7:82580237-82580238(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82580259-82580260(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82580276-82580277(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82580367-82580368(-) m6A CDS       24981863//22575960//22608085 chr7:82580404-82580405(-) m6A CDS       24981863//22575960//22608085 chr7:82580445-82580446(-) m6A CDS       24981863//22575960//22608085 chr7:82580684-82580685(-) m6A CDS       27773535//22608085 chr7:82580758-82580759(-) m6A CDS       22608085 chr7:82580779-82580780(-) m6A CDS       22608085 chr7:82581213-82581214(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581259-82581260(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581546-82581547(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581618-82581619(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581658-82581659(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581707-82581708(-) m6A CDS       22608085 chr7:82581817-82581818(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581888-82581889(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82581970-82581971(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82582050-82582051(-) m6A CDS       22608085 chr7:82582239-82582240(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82582329-82582330(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82582360-82582361(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82582417-82582418(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82582497-82582498(-) m6A CDS       22608085 chr7:82582504-82582505(-) m6A CDS       22608085 chr7:82582533-82582534(-) m6A CDS       22608085 chr7:82582672-82582673(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82582693-82582694(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82582729-82582730(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82582747-82582748(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82582780-82582781(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82582878-82582879(-) m6A CDS       27773535 chr7:82583101-82583102(-) m6A CDS       27773535 chr7:82583155-82583156(-) m6A CDS       27773535 chr7:82583256-82583257(-) m6A CDS       22608085 chr7:82583277-82583278(-) m6A CDS       22608085 chr7:82583346-82583347(-) m6A CDS       22608085 chr7:82583372-82583373(-) m6A CDS       22608085 chr7:82583520-82583521(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82583555-82583556(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82583624-82583625(-) m6A CDS       22608085 chr7:82584097-82584098(-) m6A CDS       22608085 chr7:82584137-82584138(-) m6A CDS       22608085 chr7:82584242-82584243(-) m6A CDS       22608085 chr7:82584277-82584278(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82584286-82584287(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82584380-82584381(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82584795-82584796(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82584829-82584830(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82584839-82584840(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82584880-82584881(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82584985-82584986(-) m6A CDS       27773535 chr7:82585009-82585010(-) m6A CDS       27773535 chr7:82585049-82585050(-) m6A CDS       27773535 chr7:82585263-82585264(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82585303-82585304(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82585326-82585327(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82585342-82585343(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82585447-82585448(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82585479-82585480(-) m6A CDS       24981863//27773535 chr7:82585529-82585530(-) m6A CDS       24981863//27773535 chr7:82585594-82585595(-) m6A CDS       24981863//27773535 chr7:82585607-82585608(-) m6A CDS       27773535 chr7:82586084-82586085(-) m6A CDS       25456834//24981863//22608085 chr7:82586095-82586096(-) m6A CDS       25456834//24981863//22608085 chr7:82586228-82586229(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82595088-82595089(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82595104-82595105(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595119-82595120(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595146-82595147(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595157-82595158(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595166-82595167(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595226-82595227(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595236-82595237(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595253-82595254(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595320-82595321(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595326-82595327(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595343-82595344(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82595369-82595370(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82595446-82595447(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82595495-82595496(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595506-82595507(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595521-82595522(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595568-82595569(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82595620-82595621(-) m6A CDS       27773535 chr7:82595661-82595662(-) m6A CDS       27773535 chr7:82595710-82595711(-) m6A CDS       27773535 chr7:82595741-82595742(-) m6A CDS//exon       27773535 chr7:82595772-82595773(-) m6A CDS//exon       22608085 chr7:82763670-82763671(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22575960//22608085 chr7:82763675-82763676(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22575960//22608085 chr7:82763703-82763704(-) m6A CDS//exon       24284625//25456834//24981863//22608085 chr7:82763721-82763722(-) m6A CDS//exon       24284625//25456834//24981863//22608085 chr7:82763798-82763799(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82763804-82763805(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82763826-82763827(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82763867-82763868(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82763970-82763971(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr7:82763988-82763989(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr7:82764006-82764007(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr7:82764075-82764076(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764089-82764090(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764203-82764204(-) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr7:82764270-82764271(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764287-82764288(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764303-82764304(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82764333-82764334(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82764462-82764463(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82764472-82764473(-) m6A CDS       27773535 chr7:82764476-82764477(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82764494-82764495(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82764540-82764541(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82764606-82764607(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82764631-82764632(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:82764654-82764655(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764741-82764742(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764792-82764793(-) m6A CDS       27773535 chr7:82764821-82764822(-) m6A CDS       27773535 chr7:82764878-82764879(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764885-82764886(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82764949-82764950(-) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr7:82784113-82784114(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82784168-82784169(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82784197-82784198(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82784225-82784226(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82784261-82784262(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82784275-82784276(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82784288-82784289(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82784342-82784343(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82784372-82784373(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535 chr7:82784432-82784433(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535 chr7:82784566-82784567(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//27773536//22575960//22608085 chr7:82784581-82784582(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//27773536//22575960//22608085 chr7:82784591-82784592(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773536//22575960//22608085 chr7:82784641-82784642(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773536//22575960//22608085 chr7:82784699-82784700(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773536//22575960//22608085 chr7:82784707-82784708(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773536//22575960//22608085 chr7:82784758-82784759(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773536//22608085 chr7:82784830-82784831(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773536//22608085 chr7:82784884-82784885(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//27773536//22608085 chr7:82784906-82784907(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//27773536//22608085 chr7:82784914-82784915(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//27773536//22608085 chr7:82784996-82784997(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//27773536//22608085 chr7:82785017-82785018(-) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr7:82785047-82785048(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785071-82785072(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785096-82785097(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785104-82785105(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785109-82785110(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785157-82785158(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785166-82785167(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785284-82785285(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785332-82785333(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785350-82785351(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:82785380-82785381(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785391-82785392(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785414-82785415(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785532-82785533(-) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr7:82785606-82785607(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785613-82785614(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785654-82785655(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785662-82785663(-) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:82785704-82785705(-) m6A CDS       24981863//27773536 chr7:82791746-82791747(-) m6A CDS       27773536 chr7:82791998-82791999(-) m6A 5'UTR       25456834//27773536//22608085 chr7:82792026-82792027(-) m6A 5'UTR       25456834//24981863//27773536//22608085 chr7:82792078-82792079(-) m6A 5'UTR       25456834//27773536//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-16-1-3p	Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	PCLO	Exosome Blood     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-16-1-3p
Interactor2: PCLO

Evidence Support:

Weak-Evidence	Illumina sequencing
Prediction-Evidence	miRanda
Support Database	ViRBase

References:

PMID	32223537	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	Calu-3 cells	Interactor2 expression	Upregulation
Description	The miRNA-mRNA pairs with strong correlations were selected for miRNA-mRNA binding site prediction using miRanda.