Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

HHID00098645

  Virus:  

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsa_circ_0002248 D2HGDH
miRBase
Accession/Entrez ID		 hsa_circ_0002248 728294
Organism Homo sapiens Homo sapiens
Category circRNA mRNA
Alias - D2HGD

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR D2HGDH
chr2:242696016(+) A-I      intronic
chr2:242696001(+) A-I      intronic
chr2:242687665(+) A-I      intronic
chr2:242697224(+) A-I      intronic
chr2:242694240(+) A-I      intronic
chr2:242686514(+) A-I      intronic
chr2:242686571(+) A-I      intronic
chr2:242687117(+) A-I      intronic
chr2:242687587(+) A-I      intronic
chr2:242687653(+) A-I      intronic
chr2:242687736(+) A-I      intronic
chr2:242687770(+) A-I      intronic
chr2:242694257(+) A-I      intronic
chr2:242695992(+) A-I      intronic
chr2:242696103(+) A-I      intronic
chr2:242696126(+) A-I      intronic
chr2:242696159(+) A-I      intronic
chr2:242697117(+) A-I      intronic
chr2:242697208(+) A-I      intronic
chr2:242697299(+) A-I      intronic
chr2:242698288(+) A-I      intronic
chr2:242700798(+) A-I      intronic
chr2:242700811(+) A-I      intronic
chr2:242700833(+) A-I      intronic
chr2:242700834(+) A-I      intronic
chr2:242703190(+) A-I      intronic
chr2:242703212(+) A-I      intronic
chr2:242703243(+) A-I      intronic
chr2:242703344(+) A-I      intronic
chr2:242675704(+) A-I      intronic
chr2:242676103(+) A-I      intronic
chr2:242676206(+) A-I      intronic
chr2:242676217(+) A-I      intronic
chr2:242677135(+) A-I      intronic
chr2:242677155(+) A-I      intronic
chr2:242687168(+) A-I      intronic
chr2:242679408(+) A-I      intronic
chr2:242679409(+) A-I      intronic
chr2:242679413(+) A-I      intronic
chr2:242679429(+) A-I      intronic
chr2:242685959(+) A-I      intronic
chr2:242694301(+) A-I      5'UTR
chr2:242694280(+) A-I      5'UTR
chr2:242694279(+) A-I      5'UTR
chr2:242694270(+) A-I      5'UTR
chr2:242690425(+) A-I      5'UTR
chr2:242675160(+) A-I      intronic
chr2:242675499(+) A-I      intronic
chr2:242686049(+) A-I      intronic
chr2:242696120(+) A-I      intronic
chr2:242700722(+) A-I      intronic
chr2:242697187(+) A-I      intronic
chr2:242686120(+) A-I      intronic
chr2:242695980(+) A-I      intronic
chr2:242679954(+) A-I      intronic
chr2:242703416(+) A-I      intronic
chr2:242686432(+) A-I      intronic
chr2:242698330(+) A-I      intronic
chr2:242697294(+) A-I      intronic
chr2:242697254(+) A-I      intronic
chr2:242696011(+) A-I      intronic
chr2:242685949(+) A-I      intronic
chr2:242693803(+) A-I      intronic
chr2:242697211(+) A-I      intronic
chr2:242700904(+) A-I      intronic
chr2:242697331(+) A-I      intronic
chr2:242696117(+) A-I      intronic
chr2:242697118(+) A-I      intronic
chr2:242686597(+) A-I      intronic
chr2:242697227(+) A-I      intronic
chr2:242698317(+) A-I      intronic
chr2:242700955(+) A-I      intronic
chr2:242696198(+) A-I      intronic
chr2:242696017(+) A-I      intronic
chr2:242703189(+) A-I      intronic
chr2:242675570(+) A-I      intronic
chr2:242686433(+) A-I      intronic
chr2:242696146(+) A-I      intronic
chr2:242697253(+) A-I      intronic
chr2:242677105(+) A-I      intronic
chr2:242686050(+) A-I      intronic
chr2:242693826(+) A-I      intronic
chr2:242680281(+) A-I      intronic
chr2:242696040(+) A-I      intronic
chr2:242696000(+) A-I      intronic
chr2:242686242(+) A-I      intronic
chr2:242700680(+) A-I      intronic
chr2:242695955(+) A-I      intronic
chr2:242696063(+) A-I      intronic
chr2:242686156(+) A-I      intronic
chr2:242686400(+) A-I      intronic
chr2:242686004(+) A-I      intronic
chr2:242687187(+) A-I      intronic
chr2:242677104(+) A-I      intronic
chr2:242693809(+) A-I      intronic
chr2:242687104(+) A-I      intronic
chr2:242697918(+) A-I      intronic
chr2:242693804(+) A-I      intronic
chr2:242697295(+) A-I      intronic
chr2:242687601(+) A-I      intronic
chr2:242696037(+) A-I      intronic
chr2:242693830(+) A-I      intronic
chr2:242686546(+) A-I      intronic
chr2:242676338(+) A-I      intronic
chr2:242686508(+) A-I      intronic
chr2:242697322(+) A-I      intronic
chr2:242695976(+) A-I      intronic
chr2:242687133(+) A-I      intronic
chr2:242685935(+) A-I      intronic
chr2:242697163(+) A-I      intronic
chr2:242703309(+) A-I      intronic
chr2:242687725(+) A-I      intronic
chr2:242687719(+) A-I      intronic
chr2:242697153(+) A-I      intronic
chr2:242686583(+) A-I      intronic
chr2:242698328(+) A-I      intronic
chr2:242686598(+) A-I      intronic
chr2:242696102(+) A-I      intronic
chr2:242685914(+) A-I      intronic
chr2:242687567(+) A-I      intronic
chr2:242701586(+) A-I      intronic
chr2:242697243(+) A-I      intronic
chr2:242686022(+) A-I      intronic
chr2:242693786(+) A-I      intronic
chr2:242696184(+) A-I      intronic
chr2:242685911(+) A-I      intronic
chr2:242676215(+) A-I      intronic
chr2:242697197(+) A-I      intronic
chr2:242685992(+) A-I      intronic
chr2:242675568(+) A-I      intronic
chr2:242703358(+) A-I      intronic
chr2:242697223(+) A-I      intronic
chr2:242694253(+) A-I      intronic
chr2:242687216(+) A-I      intronic
chr2:242694238(+) A-I      intronic
chr2:242687181(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED D2HGDH
chr2:242697197(+) A-I intron -    15342557
chr2:242697223(+) A-I intron -    15342557
chr2:242697243(+) A-I intron -    15342557
chr2:242697295(+) A-I intron -    15342557
chr2:242697322(+) A-I intron -    15342557
chr2:242697331(+) A-I intron -    15342557
chr2:242685911(+) A-I intron -    21960545
chr2:242685914(+) A-I intron -    21960545
chr2:242686540(+) A-I intron -    21960545
chr2:242686571(+) A-I intron -    21960545
chr2:242686583(+) A-I intron -    21960545
chr2:242677104(+) A-G intron -    22484847
chr2:242677105(+) A-G intron -    22484847
chr2:242685911(+) A-G intron -    22484847
chr2:242685913(+) A-G intron -    22484847
chr2:242685935(+) A-G intron -    22484847
chr2:242685949(+) A-G intron -    22484847
chr2:242685992(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686036(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686050(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686076(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686120(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686407(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686427(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686432(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686433(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686482(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686492(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686540(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686546(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686583(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686597(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686598(+) A-G intron -    22484847
chr2:242686977(+) A-T intron -    22484847
chr2:242687008(+) A-G intron -    22484847
chr2:242687187(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693786(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693803(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693804(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693809(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693827(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693830(+) A-G intron -    22484847
chr2:242693833(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696011(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696017(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696036(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696037(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696040(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696102(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696120(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696146(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696184(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696198(+) A-G intron -    22484847
chr2:242696199(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697187(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697211(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697227(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697243(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697253(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697254(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697289(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697315(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697331(+) A-G intron -    22484847
chr2:242697918(+) A-G intron -    22484847
chr2:242698068(+) A-G intron -    22484847
chr2:242698070(+) A-G intron -    22484847
chr2:242698289(+) A-G intron -    22484847
chr2:242698328(+) A-G intron -    22484847
chr2:242700680(+) A-G intron -    22484847
chr2:242700682(+) A-G intron -    22484847
chr2:242700807(+) A-G intron -    22484847
chr2:242700899(+) A-G intron -    22484847
chr2:242701586(+) A-G intron -    22484847
chr2:242703180(+) C-T intron -    22484847
chr2:242703207(+) A-G intron -    22484847
chr2:242703280(+) A-C intron -    22484847
chr2:242703358(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase D2HGDH
chr2:242674762-242674763(+) m6A CDS//exon//intron       -
chr2:242674835-242674836(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863
chr2:242674880-242674881(+) m6A CDS//exon//intron       24981863
chr2:242674910-242674911(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863
chr2:242675364-242675365(+) m6A exon//intron       24284625//25456834//24981863
chr2:242684206-242684207(+) Cm 3'UTR//CDS//intron       -
chr2:242688598-242688599(+) m6A 3'UTR//intron       -
chr2:242694500-242694501(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       -
chr2:242707334-242707335(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//25456834//24981863//22608085
chr2:242707486-242707487(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085
chr2:242707507-242707508(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085
chr2:242707528-242707529(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863
chr2:242707630-242707631(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//25456834
chr2:242707840-242707841(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//25456834//24981863
chr2:242707874-242707875(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//25456834//24981863//22608085
chr2:242707962-242707963(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//25456834//24981863//22608085
chr2:242708012-242708013(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//25456834//24981863//22608085
chr2:242708099-242708100(+) m6A 3'UTR//exon       -

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate hsa_circ_0002248
Exosome Blood     -
D2HGDH
Chromatin K562 cells     -
Cytosol HCC cell line (HepG2)     -
Exosome Blood     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     -
Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsa_circ_0002248
Interactor2: D2HGDH

Evidence Support:


Weak-Evidence Illumina sequencing
Support Database ViRBase

References:


PMID 32223537 Target region None
Source ViRBase Interactor1 expression None
Tissue or cell line Calu-3 cells Interactor2 expression None
Description The mRNA-circRNA pairs with strong positive correlations were defined as those having r >0.7 and cP <0.05.

Starting a new search, please wait ...