Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | hsa-miR-198 | CCNT1 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0000228 | 904 |
Organism | Homo sapiens | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | CCNT//CYCT1//HIVE1 |
Resource | Symbol | SNP ID | SNP Position | Ref/Alt | |||||||||||||||
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miRNASNP-v3 | hsa-miR-198 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | CCNT1 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DARNED | CCNT1 |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | CCNT1 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RNALocate | hsa-miR-198 |
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CCNT1 |
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Interactor1: hsa-miR-198 | Interactor2: CCNT1 |
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Strong-Evidence | Dual luciferase reporter assay//RT-PCR//Western blot | |
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Weak-Evidence | Microarray | |
Prediction-Evidence | MicroInspector//RNAHybrid | |
Support Database | ViRBase |
[1]PMID | 19148268 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | 293T cells//BOSC cells//Hela cells//MM6 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | We identified a microRNA (miRNA) named miR-198 that represses the expression of Cyclin T1 in monocytes. miRNAs block expression of proteins by binding to messenger RNAs and preventing their translation by ribosomes. |
[2]PMID | 22936931 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | 293T cells//BOSC cells//Hela cells//MM6 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Another is hsa-miR-198 targeting CCNT1 (Kaul et al., 2009), a key component in the Tat-mediated transcription of the virus, when suppressed can impair HIV-1 replication (Imai et al., 2009). |
[3]PMID | 23043098 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | 293T cells//BOSC cells//Hela cells//MM6 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | For instance, Sung and Rice (43) found that miR-198 targets the cyclin T1 mRNA, which encodes a HIV-1 Tat cofactor, to confer differences in permissiveness between monocytes and macrophages to HIV infection. They also found that, in different cellular contexts, other miRNAs regulate cyclin T1 (e.g. miR-27b, miR-29b, miR-223, and miR-150), potentially explaining expression differences of HIV in resting versus activated T cells (44). |
[4]PMID | 21569500 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | Upregulation |
Tissue or cell line | 293T cells//BOSC cells//Hela cells//MM6 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Tat RNA silencing suppressor activity contributes to perturbation of lymphocyte miRNA by HIV-1. On the other hand, the level of hsa-miR-198, which targets cyclin T1 [The following popper user interface control may not be accessible. Tab to the next button to revert the control to an accessible version.Destroy user interface control62], is upregulated by all three HIV-1NL4-3 strains tested in this study. Cyclin T1 also acts as a cofactor for Tat transcriptional trans-activation, and upregulation of hsa-miR-198 could reduce cyclin T1 levels. |