Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

HHID00095707

  Virus:  

Human immunodeficiency virus (HIV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol LNC_004293 MATR3
miRBase
Accession/Entrez ID		 LNC_004293 9782
Organism Homo sapiens Homo sapiens
Category lncRNA mRNA
Alias - ALS21//MPD2//VCPDM

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR MATR3
chr5:138613686(+) A-I      intronic
chr5:138631613(+) A-I      intronic
chr5:138620208(+) A-I      intronic
chr5:138613680(+) A-I      intronic
chr5:138660146(+) A-I      intronic
chr5:138659521(+) A-I      intronic
chr5:138659489(+) A-I      intronic
chr5:138637126(+) A-I      intronic
chr5:138637134(+) A-I      intronic
chr5:138637174(+) A-I      intronic
chr5:138637175(+) A-I      intronic
chr5:138637183(+) A-I      intronic
chr5:138637193(+) A-I      intronic
chr5:138637207(+) A-I      intronic
chr5:138637287(+) A-I      intronic
chr5:138637291(+) A-I      intronic
chr5:138637293(+) A-I      intronic
chr5:138637872(+) A-I      intronic
chr5:138637927(+) A-I      intronic
chr5:138638895(+) A-I      intronic
chr5:138640078(+) A-I      intronic
chr5:138640095(+) A-I      intronic
chr5:138654246(+) A-I      intronic
chr5:138640091(+) A-I      intronic
chr5:138639312(+) A-I      intronic
chr5:138664682(+) A-I      intronic
chr5:138656506(+) A-I      intronic
chr5:138611410(+) A-I      intronic
chr5:138612852(+) A-I      intronic
chr5:138635798(+) A-I      intronic
chr5:138613696(+) A-I      intronic
chr5:138613772(+) A-I      intronic
chr5:138613837(+) A-I      intronic
chr5:138613867(+) A-I      intronic
chr5:138620041(+) A-I      intronic
chr5:138620047(+) A-I      intronic
chr5:138634065(+) A-I      intronic
chr5:138656554(+) A-I      intronic
chr5:138656987(+) A-I      intronic
chr5:138664681(+) A-I      intronic
chr5:138664678(+) A-I      intronic
chr5:138664628(+) A-I      intronic
chr5:138664609(+) A-I      intronic
chr5:138639212(+) A-I      intronic
chr5:138664606(+) A-I      intronic
chr5:138664530(+) A-I      intronic
chr5:138664495(+) A-I      intronic
chr5:138655742(+) A-I      intronic
chr5:138655743(+) A-I      intronic
chr5:138655904(+) A-I      intronic
chr5:138639271(+) A-I      intronic
chr5:138635875(+) A-I      intronic
chr5:138635865(+) A-I      intronic
chr5:138664476(+) A-I      intronic
chr5:138634050(+) A-I      intronic
chr5:138634045(+) A-I      intronic
chr5:138654319(+) A-I      intronic
chr5:138655308(+) A-I      intronic
chr5:138639284(+) A-I      intronic
chr5:138632707(+) A-I      intronic
chr5:138656500(+) A-I      intronic
chr5:138637925(+) A-I      intronic
chr5:138664532(+) A-I      intronic
chr5:138664531(+) A-I      intronic
chr5:138660170(+) A-I      intronic
chr5:138635895(+) A-I      intronic
chr5:138657029(+) A-I      intronic
chr5:138637064(+) A-I      intronic
chr5:138634078(+) A-I      intronic
chr5:138634108(+) A-I      intronic
chr5:138634109(+) A-I      intronic
chr5:138664462(+) A-I      intronic
chr5:138664441(+) A-I      intronic
chr5:138664413(+) A-I      intronic
chr5:138657442(+) A-I      intronic
chr5:138654229(+) A-I      intronic
chr5:138626729(+) A-I      intronic
chr5:138627308(+) A-I      intronic
chr5:138631617(+) A-I      intronic
chr5:138635874(+) A-I      intronic
chr5:138638932(+) A-I      intronic
chr5:138663813(+) A-I      intronic
chr5:138663752(+) A-I      intronic
chr5:138663615(+) A-I      intronic
chr5:138663595(+) A-I      intronic
chr5:138623257(+) A-I      intronic
chr5:138663357(+) A-I      intronic
chr5:138663252(+) A-I      intronic
chr5:138663175(+) A-I      intronic
chr5:138660202(+) A-I      intronic
chr5:138660167(+) A-I      intronic
chr5:138659530(+) A-I      intronic
chr5:138659422(+) A-I      intronic
chr5:138657288(+) A-I      intronic
chr5:138637073(+) A-I      intronic
chr5:138637072(+) A-I      intronic
chr5:138637070(+) A-I      intronic
chr5:138637023(+) A-I      intronic
chr5:138636751(+) A-I      intronic
chr5:138636572(+) A-I      intronic
chr5:138636559(+) A-I      intronic
chr5:138636558(+) A-I      intronic
chr5:138636009(+) A-I      intronic
chr5:138635999(+) A-I      intronic
chr5:138635982(+) A-I      intronic
chr5:138635980(+) A-I      intronic
chr5:138635975(+) A-I      intronic
chr5:138635866(+) A-I      intronic
chr5:138635836(+) A-I      intronic
chr5:138635820(+) A-I      intronic
chr5:138635326(+) A-I      intronic
chr5:138635295(+) A-I      intronic
chr5:138635288(+) A-I      intronic
chr5:138635279(+) A-I      intronic
chr5:138635181(+) A-I      intronic
chr5:138635107(+) A-I      intronic
chr5:138635091(+) A-I      intronic
chr5:138632755(+) A-I      intronic
chr5:138610362(+) A-I      intronic
chr5:138610801(+) A-I      intronic
chr5:138610804(+) A-I      intronic
chr5:138610938(+) A-I      intronic
chr5:138610946(+) A-I      intronic
chr5:138610947(+) A-I      intronic
chr5:138611388(+) A-I      intronic
chr5:138632751(+) A-I      intronic
chr5:138631652(+) A-I      intronic
chr5:138631599(+) A-I      intronic
chr5:138627860(+) A-I      intronic
chr5:138626764(+) A-I      intronic
chr5:138625908(+) A-I      intronic
chr5:138625054(+) A-I      intronic
chr5:138624361(+) A-I      intronic
chr5:138623201(+) A-I      intronic
chr5:138623146(+) A-I      intronic
chr5:138623143(+) A-I      intronic
chr5:138622454(+) A-I      intronic
chr5:138622439(+) A-I      intronic
chr5:138620247(+) A-I      intronic
chr5:138655312(+) A-I      intronic
chr5:138663757(+) A-I      intronic
chr5:138626728(+) A-I      intronic
chr5:138657051(+) A-I      intronic
chr5:138637048(+) A-I      intronic
chr5:138639302(+) A-I      intronic
chr5:138660052(+) A-I      intronic
chr5:138657016(+) A-I      intronic
chr5:138656668(+) A-I      intronic
chr5:138639978(+) A-I      intronic
chr5:138652411(+) A-I      intronic
chr5:138662166(+) A-I      intronic
chr5:138610893(+) A-I      intronic
chr5:138635876(+) A-I      intronic
chr5:138659431(+) A-I      intronic
chr5:138638956(+) A-I      intronic
chr5:138610960(+) A-I      intronic
chr5:138660235(+) A-I      intronic
chr5:138634114(+) A-I      intronic
chr5:138639276(+) A-I      intronic
chr5:138636714(+) A-I      intronic
chr5:138659341(+) A-I      intronic
chr5:138639352(+) A-I      intronic
chr5:138664444(+) A-I      intronic
chr5:138620177(+) A-I      intronic
chr5:138655303(+) A-I      intronic
chr5:138637245(+) A-I      intronic
chr5:138639188(+) A-I      intronic
chr5:138612889(+) A-I      intronic
chr5:138612954(+) A-I      intronic
chr5:138639281(+) A-I      intronic
chr5:138663290(+) A-I      intronic
chr5:138620209(+) A-I      intronic
chr5:138637244(+) A-I      intronic
chr5:138621304(+) A-I      intronic
chr5:138637817(+) A-I      intronic
chr5:138636687(+) A-I      intronic
chr5:138613672(+) A-I      intronic
chr5:138640014(+) A-I      intronic
chr5:138622113(+) A-I      intronic
chr5:138639943(+) A-I      intronic
chr5:138634005(+) A-I      intronic
chr5:138613775(+) A-I      intronic
chr5:138655810(+) A-I      intronic
chr5:138657003(+) A-I      intronic
chr5:138620225(+) A-I      intronic
chr5:138662267(+) A-I      intronic
chr5:138660257(+) A-I      intronic
chr5:138638930(+) A-I      intronic
chr5:138610546(+) A-I      intronic
chr5:138624638(+) A-I      intronic
chr5:138636677(+) A-I      intronic
chr5:138663690(+) A-I      intronic
chr5:138636726(+) A-I      intronic
chr5:138640068(+) A-I      intronic
chr5:138613641(+) A-I      intronic
chr5:138659462(+) A-I      intronic
chr5:138612846(+) A-I      intronic
chr5:138635868(+) A-I      intronic
chr5:138632730(+) A-I      intronic
chr5:138612972(+) A-I      intronic
chr5:138637837(+) A-I      intronic
chr5:138639969(+) A-I      intronic
chr5:138657352(+) A-I      intronic
chr5:138639273(+) A-I      intronic
chr5:138622496(+) A-I      intronic
chr5:138616997(+) A-I      intronic
chr5:138657281(+) A-I      intronic
chr5:138655282(+) A-I      intronic
chr5:138659424(+) A-I      intronic
chr5:138613767(+) A-I      intronic
chr5:138635260(+) A-I      intronic
chr5:138638865(+) A-I      intronic
chr5:138655412(+) A-I      intronic
chr5:138620307(+) A-I      intronic
chr5:138635799(+) A-I      intronic
chr5:138656951(+) A-I      intronic
chr5:138626750(+) A-I      intronic
chr5:138610437(+) A-I      intronic
chr5:138655376(+) A-I      intronic
chr5:138623719(+) A-I      intronic
chr5:138657243(+) A-I      intronic
chr5:138660245(+) A-I      intronic
chr5:138662290(+) A-I      intronic
chr5:138625029(+) A-I      intronic
chr5:138622134(+) A-I      intronic
chr5:138627780(+) A-I      intronic
chr5:138632709(+) A-I      intronic
chr5:138636003(+) A-I      intronic
chr5:138610723(+) A-I      intronic
chr5:138632609(+) A-I      intronic
chr5:138637062(+) A-I      intronic
chr5:138640110(+) A-I      intronic
chr5:138624653(+) A-I      intronic
chr5:138636564(+) A-I      intronic
chr5:138657217(+) A-I      intronic
chr5:138610550(+) A-I      intronic
chr5:138622278(+) A-I      intronic
chr5:138664466(+) A-I      intronic
chr5:138659421(+) A-I      intronic
chr5:138635334(+) A-I      intronic
chr5:138638870(+) A-I      intronic
chr5:138632617(+) A-I      intronic
chr5:138620231(+) A-I      intronic
chr5:138664547(+) A-I      intronic
chr5:138655421(+) A-I      intronic
chr5:138613823(+) A-I      intronic
chr5:138623709(+) A-I      intronic
chr5:138659525(+) A-I      intronic
chr5:138636642(+) A-I      intronic
chr5:138659469(+) A-I      intronic
chr5:138612952(+) A-I      intronic
chr5:138613748(+) A-I      intronic
chr5:138656964(+) A-I      intronic
chr5:138636756(+) A-I      intronic
chr5:138620135(+) A-I      intronic
chr5:138626392(+) A-I      intronic
chr5:138659529(+) A-I      intronic
chr5:138666592(+) A-I      3'UTR
chr5:138666645(+) A-I      3'UTR
chr5:138656889(+) A-I      intronic
chr5:138635837(+) A-I      intronic
chr5:138636772(+) A-I      intronic
chr5:138635792(+) A-I      intronic
chr5:138626339(+) A-I      intronic
chr5:138664435(+) A-I      intronic
chr5:138613733(+) A-I      intronic
chr5:138639957(+) A-I      intronic
chr5:138638957(+) A-I      intronic
chr5:138663167(+) A-I      intronic
chr5:138662307(+) A-I      intronic
chr5:138655275(+) A-I      intronic
chr5:138635927(+) A-I      intronic
chr5:138613824(+) A-I      intronic
chr5:138657039(+) A-I      intronic
chr5:138664573(+) A-I      intronic
chr5:138663210(+) A-I      intronic
chr5:138623860(+) A-I      intronic
chr5:138625972(+) A-I      intronic
chr5:138610534(+) A-I      intronic
chr5:138655359(+) A-I      intronic
chr5:138636632(+) A-I      intronic
chr5:138639261(+) A-I      intronic
chr5:138639359(+) A-I      intronic
chr5:138635227(+) A-I      intronic
chr5:138627357(+) A-I      intronic
chr5:138632711(+) A-I      intronic
chr5:138623258(+) A-I      intronic
chr5:138624673(+) A-I      intronic
chr5:138662214(+) A-I      intronic
chr5:138652396(+) A-I      intronic
chr5:138638920(+) A-I      intronic
chr5:138660166(+) A-I      intronic
chr5:138664436(+) A-I      intronic
chr5:138637886(+) A-I      intronic
chr5:138638971(+) A-I      intronic
chr5:138640134(+) A-I      intronic
chr5:138657319(+) A-I      intronic
chr5:138635269(+) A-I      intronic
chr5:138660137(+) A-I      intronic
chr5:138610448(+) A-I      intronic
chr5:138659333(+) A-I      intronic
chr5:138636713(+) A-I      intronic
chr5:138640000(+) A-I      intronic
chr5:138628828(+) A-I      intronic
chr5:138628891(+) A-I      intronic
chr5:138636693(+) A-I      intronic
chr5:138623842(+) A-I      intronic
chr5:138620218(+) A-I      intronic
chr5:138655851(+) A-I      intronic
chr5:138636738(+) A-I      intronic
chr5:138631606(+) A-I      intronic
chr5:138616981(+) A-I      intronic
chr5:138635948(+) A-I      intronic
chr5:138620141(+) A-I      intronic
chr5:138660109(+) A-I      intronic
chr5:138631592(+) A-I      intronic
chr5:138657314(+) A-I      intronic
chr5:138635804(+) A-I      intronic
chr5:138656920(+) A-I      intronic
chr5:138637040(+) A-I      intronic
chr5:138610686(+) A-I      intronic
chr5:138632714(+) A-I      intronic
chr5:138663215(+) A-I      intronic
chr5:138613663(+) A-I      intronic
chr5:138635134(+) A-I      intronic
chr5:138660163(+) A-I      intronic
chr5:138657316(+) A-I      intronic
chr5:138657117(+) A-I      intronic
chr5:138659432(+) A-I      intronic
chr5:138612953(+) A-I      intronic
chr5:138664614(+) A-I      intronic
chr5:138640042(+) A-I      intronic
chr5:138623638(+) A-I      intronic
chr5:138659569(+) A-I      intronic
chr5:138639340(+) A-I      intronic
chr5:138613860(+) A-I      intronic
chr5:138634105(+) A-I      intronic
chr5:138610371(+) A-I      intronic
chr5:138625048(+) A-I      intronic
chr5:138632734(+) A-I      intronic
chr5:138655411(+) A-I      intronic
chr5:138664515(+) A-I      intronic
chr5:138626098(+) A-I      intronic
chr5:138617276(+) A-I      intronic
chr5:138637219(+) A-I      intronic
chr5:138620168(+) A-I      intronic
chr5:138640049(+) A-I      intronic
chr5:138659515(+) A-I      intronic
chr5:138656501(+) A-I      intronic
chr5:138622343(+) A-I      intronic
chr5:138622279(+) A-I      intronic
chr5:138664471(+) A-I      intronic
chr5:138639938(+) A-I      intronic
chr5:138640121(+) A-I      intronic
chr5:138656916(+) A-I      intronic
chr5:138657344(+) A-I      intronic
chr5:138610685(+) A-I      intronic
chr5:138663247(+) A-I      intronic
chr5:138663738(+) A-I      intronic
chr5:138612934(+) A-I      intronic
chr5:138640069(+) A-I      intronic
chr5:138623784(+) A-I      intronic
chr5:138612968(+) A-I      intronic
chr5:138620224(+) A-I      intronic
chr5:138635296(+) A-I      intronic
chr5:138660244(+) A-I      intronic
chr5:138660209(+) A-I      intronic
chr5:138628821(+) A-I      intronic
chr5:138657322(+) A-I      intronic
chr5:138626741(+) A-I      intronic
chr5:138657239(+) A-I      intronic
chr5:138657240(+) A-I      intronic
chr5:138636704(+) A-I      intronic
chr5:138635904(+) A-I      intronic
chr5:138664649(+) A-I      intronic
chr5:138635225(+) A-I      intronic
chr5:138613737(+) A-I      intronic
chr5:138657321(+) A-I      intronic
chr5:138636033(+) A-I      intronic
chr5:138636525(+) A-I      intronic
chr5:138632779(+) A-I      intronic
chr5:138656241(+) A-I      intronic
chr5:138640104(+) A-I      intronic
chr5:138663620(+) A-I      intronic
chr5:138664574(+) A-I      intronic
chr5:138637890(+) A-I      intronic
chr5:138634203(+) A-I      intronic
chr5:138640013(+) A-I      intronic
chr5:138640029(+) A-I      intronic
chr5:138657044(+) A-I      intronic
chr5:138640114(+) A-I      intronic
chr5:138635887(+) A-I      intronic
chr5:138664516(+) A-I      intronic
chr5:138664505(+) A-I      intronic
chr5:138663732(+) A-I      intronic
chr5:138613645(+) A-I      intronic
chr5:138664481(+) A-I      intronic
chr5:138660119(+) A-I      intronic
chr5:138610415(+) A-I      intronic
chr5:138664548(+) A-I      intronic
chr5:138632792(+) A-I      intronic
chr5:138635899(+) A-I      intronic
chr5:138660180(+) A-I      intronic
chr5:138635217(+) A-I      intronic
chr5:138663191(+) A-I      intronic
chr5:138632710(+) A-I      intronic
chr5:138613704(+) A-I      intronic
chr5:138632772(+) A-I      intronic
chr5:138635934(+) A-I      intronic
chr5:138622387(+) A-I      intronic
chr5:138663310(+) A-I      intronic
chr5:138613912(+) A-I      intronic
chr5:138620176(+) A-I      intronic
chr5:138638952(+) A-I      intronic
chr5:138639247(+) A-I      intronic
chr5:138660145(+) A-I      intronic
chr5:138660057(+) A-I      intronic
chr5:138657216(+) A-I      intronic
chr5:138637818(+) A-I      intronic
chr5:138659425(+) A-I      intronic
chr5:138623828(+) A-I      intronic
chr5:138613723(+) A-I      intronic
chr5:138660160(+) A-I      intronic
chr5:138623852(+) A-I      intronic
chr5:138623735(+) A-I      intronic
chr5:138664422(+) A-I      intronic
chr5:138656566(+) A-I      intronic
chr5:138663296(+) A-I      intronic
chr5:138664615(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED MATR3
chr5:138620135(+) A-I intron -    15258596
chr5:138627733(+) A-I intron -    15258596
chr5:138627734(+) A-I intron -    15258596
chr5:138627735(+) A-I intron -    15258596
chr5:138620177(+) A-I intron -    22327324
chr5:138620183(+) A-I intron -    22327324
chr5:138620225(+) A-I intron -    22327324
chr5:138620229(+) A-I intron -    22327324
chr5:138639281(+) A-I intron -    22327324
chr5:138631589(+) A-I intron -    21960545
chr5:138631654(+) A-I intron -    21960545
chr5:138632711(+) A-I intron -    21960545
chr5:138632714(+) A-I intron -    21960545
chr5:138636379(+) A-I intron -    21960545
chr5:138640069(+) A-I intron -    21960545
chr5:138664547(+) A-I intron -    21960545
chr5:138620176(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620177(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620183(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620209(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620217(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620218(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620224(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620225(+) A-G intron -    22484847
chr5:138620229(+) A-G intron -    22484847
chr5:138622100(+) A-G intron -    22484847
chr5:138622101(+) A-G intron -    22484847
chr5:138622278(+) A-G intron -    22484847
chr5:138622279(+) A-G intron -    22484847
chr5:138623258(+) A-G intron -    22484847
chr5:138623638(+) A-G intron -    22484847
chr5:138623709(+) A-G intron -    22484847
chr5:138623718(+) A-G intron -    22484847
chr5:138623719(+) A-G intron -    22484847
chr5:138623784(+) A-G intron -    22484847
chr5:138625022(+) A-G intron -    22484847
chr5:138626392(+) A-G intron -    22484847
chr5:138626728(+) A-G intron -    22484847
chr5:138626741(+) A-G intron -    22484847
chr5:138627733(+) A-G intron -    22484847
chr5:138627734(+) A-G intron -    22484847
chr5:138627735(+) A-G intron -    22484847
chr5:138628489(+) A-G intron -    22484847
chr5:138628511(+) A-G intron -    22484847
chr5:138628828(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632710(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632711(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632745(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632772(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632782(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632792(+) A-G intron -    22484847
chr5:138632805(+) A-G intron -    22484847
chr5:138634114(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635227(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635269(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635280(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635296(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635837(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635868(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635911(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635933(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635934(+) A-G intron -    22484847
chr5:138635943(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636004(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636564(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636632(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636687(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636693(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636704(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636714(+) A-G intron -    22484847
chr5:138636772(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637062(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637138(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637148(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637190(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637198(+) T-C intron -    22484847
chr5:138637212(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637219(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637832(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637835(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637841(+) G-A intron -    22484847
chr5:138637886(+) A-G intron -    22484847
chr5:138637890(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638865(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638870(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638877(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638920(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638930(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638952(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638956(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638971(+) A-G intron -    22484847
chr5:138638974(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639031(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639247(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639261(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639276(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639281(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639352(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639957(+) A-G intron -    22484847
chr5:138639969(+) A-G intron -    22484847
chr5:138640014(+) A-G intron -    22484847
chr5:138640068(+) A-G intron -    22484847
chr5:138640069(+) A-G intron -    22484847
chr5:138640104(+) A-G intron -    22484847
chr5:138640114(+) A-G intron -    22484847
chr5:138646492(+) C-T intron -    22484847
chr5:138648386(+) A-G intron -    22484847
chr5:138649728(+) T-C intron -    22484847
chr5:138653879(+) G-A intron -    22484847
chr5:138655275(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655281(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655282(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655312(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655373(+) T-C intron -    22484847
chr5:138655411(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655412(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655421(+) A-G intron -    22484847
chr5:138655900(+) A-G intron -    22484847
chr5:138656887(+) A-G intron -    22484847
chr5:138656916(+) A-G intron -    22484847
chr5:138656931(+) T-C intron -    22484847
chr5:138656961(+) T-C intron -    22484847
chr5:138656964(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657016(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657044(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657239(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657240(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657243(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657316(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657319(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657321(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657322(+) A-G intron -    22484847
chr5:138657329(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659333(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659372(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659462(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659512(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659515(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659525(+) A-G intron -    22484847
chr5:138659529(+) A-G intron -    22484847
chr5:138660052(+) A-G intron -    22484847
chr5:138660056(+) A-G intron -    22484847
chr5:138660057(+) A-G intron -    22484847
chr5:138660083(+) A-G intron -    22484847
chr5:138660160(+) A-G intron -    22484847
chr5:138660166(+) A-G intron -    22484847
chr5:138662128(+) A-T intron -    22484847
chr5:138662214(+) A-G intron -    22484847
chr5:138662267(+) A-G intron -    22484847
chr5:138662290(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663167(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663191(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663215(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663221(+) T-C intron -    22484847
chr5:138663250(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663290(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663296(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663310(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663576(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663620(+) A-G intron -    22484847
chr5:138663651(+) A-G intron -    22484847
chr5:138664422(+) A-G intron -    22484847
chr5:138664435(+) A-G intron -    22484847
chr5:138664515(+) A-G intron -    22484847
chr5:138664516(+) A-G intron -    22484847
chr5:138664547(+) A-G intron -    22484847
chr5:138666518(+) A-G intron -    22484847
chr5:138666637(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase MATR3
chr5:138609840-138609841(+) m6A 5'UTR       -
chr5:138610108-138610109(+) m6A intron       -
chr5:138611967-138611968(+) Tm intron       -
chr5:138614643-138614644(+) Gm intron       -
chr5:138634383-138634384(+) Am intron       -
chr5:138638019-138638020(+) Tm intron       -
chr5:138643420-138643421(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138643465-138643466(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085
chr5:138643475-138643476(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085
chr5:138643495-138643496(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085
chr5:138643551-138643552(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22608085
chr5:138643818-138643819(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085
chr5:138643942-138643943(+) m6A CDS//exon//intron       26404942//22575960//22608085
chr5:138643952-138643953(+) m6A CDS//exon//intron       26404942//22575960
chr5:138645739-138645740(+) m6A exon//intron       26404942
chr5:138645750-138645751(+) m6A exon//intron       26404942
chr5:138651506-138651507(+) m6A exon//intron       -
chr5:138655077-138655078(+) Tm CDS//exon//intron       -
chr5:138657604-138657605(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535
chr5:138657705-138657706(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535
chr5:138658158-138658159(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535
chr5:138658341-138658342(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138658359-138658360(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138658381-138658382(+) Am CDS//exon//intron       -
chr5:138658385-138658386(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138658420-138658421(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:138658437-138658438(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:138658448-138658449(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//27371828//22575960//22608085
chr5:138658542-138658543(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138658589-138658590(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661052-138661053(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661061-138661062(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661132-138661133(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661145-138661146(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661153-138661154(+) Am CDS//exon       -
chr5:138661198-138661199(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661205-138661206(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661285-138661286(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085
chr5:138661325-138661326(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960
chr5:138661857-138661858(+) m6A CDS//exon//intron       24981863
chr5:138665306-138665307(+) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:138665348-138665349(+) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:138665979-138665980(+) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr5:138666083-138666084(+) m6A 3'UTR//exon       27773535

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate MATR3
Chromatin K562 cells     -
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Membrane K562 cells     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus Colon cancer cells     24393600
Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: LNC_004293
Interactor2: MATR3

Evidence Support:


Weak-Evidence RNA-Seq
Support Database ViRBase

References:


PMID 32341894 Target region None
Source ViRBase Interactor1 expression None
Tissue or cell line CD4 T cells Interactor2 expression None
Description Based on previous DE analysis, 1109 DE lncRNAs targeting DE mRNAs were identified In all correlations (Table S6).

Starting a new search, please wait ...