Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00092609

  Virus:  

Influenza A virus (A/swine/Guangxi/3861/2011(H1N1))

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6743

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-6821-5p:  MIMAT0027542          APOBEC3F:  NM_001006666     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-6821-5p	APOBEC3F
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0027542	200316
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	A3F//ARP8//BK150C2.4.MRNA//KA6

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-6821-5p	rs145509761 chr22:49962881    A/C rs200639371 chr22:49962876    G/A rs547561980 chr22:49962880    G/A rs547561980 chr22:49962880    G/C rs752489243 chr22:49962874    T/TCCAC rs760508730 chr22:49962879    C/G rs760508730 chr22:49962879    C/T rs761757255 chr22:49962885    G/C rs765096620 chr22:49962888    G/A rs926809294 chr22:49962884    C/T rs376408360 chr22:49962870    G/A rs376408360 chr22:49962870    G/C rs749323042 chr22:49962869    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	APOBEC3F	chr22:39439971(+) A-I      intronic chr22:39449436(+) A-I      3'UTR chr22:39449435(+) A-I      3'UTR chr22:39439939(+) A-I      intronic chr22:39444601(+) A-I      intronic chr22:39447088(+) A-I      intronic chr22:39447091(+) A-I      intronic chr22:39439866(+) A-I      intronic chr22:39447515(+) A-I      intronic chr22:39439951(+) A-I      intronic chr22:39447163(+) A-I      intronic chr22:39447462(+) A-I      intronic chr22:39447099(+) A-I      intronic chr22:39449515(+) A-I      3'UTR chr22:39449489(+) A-I      3'UTR chr22:39449455(+) A-I      3'UTR chr22:39449437(+) A-I      3'UTR chr22:39444588(+) A-I      intronic chr22:39439942(+) A-I      intronic chr22:39439872(+) A-I      intronic chr22:39447483(+) A-I      intronic chr22:39447487(+) A-I      intronic chr22:39439873(+) A-I      intronic chr22:39439880(+) A-I      intronic chr22:39439879(+) A-I      intronic chr22:39439878(+) A-I      intronic chr22:39439875(+) A-I      intronic chr22:39447454(+) A-I      intronic chr22:39442697(+) A-I      intronic chr22:39442747(+) A-I      intronic chr22:39447507(+) A-I      intronic chr22:39439489(+) A-I      intronic chr22:39439498(+) A-I      intronic chr22:39439576(+) A-I      intronic chr22:39439577(+) A-I      intronic chr22:39439589(+) A-I      intronic chr22:39439848(+) A-I      intronic chr22:39439869(+) A-I      intronic chr22:39445846(+) A-I      intronic chr22:39439877(+) A-I      intronic chr22:39439962(+) A-I      intronic chr22:39439982(+) A-I      intronic chr22:39440000(+) A-I      intronic chr22:39442763(+) A-I      intronic chr22:39440037(+) A-I      intronic chr22:39442769(+) A-I      intronic chr22:39442777(+) A-I      intronic chr22:39444593(+) A-I      intronic chr22:39444609(+) A-I      intronic chr22:39439495(+) A-I      intronic chr22:39447904(+) A-I      intronic chr22:39444627(+) A-I      intronic chr22:39444630(+) A-I      intronic chr22:39444635(+) A-I      intronic chr22:39444640(+) A-I      intronic chr22:39444662(+) A-I      intronic chr22:39444737(+) A-I      intronic chr22:39444740(+) A-I      intronic chr22:39444861(+) A-I      intronic chr22:39444905(+) A-I      intronic chr22:39444931(+) A-I      intronic chr22:39444934(+) A-I      intronic chr22:39444935(+) A-I      intronic chr22:39444955(+) A-I      intronic chr22:39445736(+) A-I      intronic chr22:39445761(+) A-I      intronic chr22:39445779(+) A-I      intronic chr22:39447930(+) A-I      intronic chr22:39445857(+) A-I      intronic chr22:39445905(+) A-I      intronic chr22:39446994(+) A-I      intronic chr22:39447090(+) A-I      intronic chr22:39447131(+) A-I      intronic chr22:39447229(+) A-I      intronic chr22:39451486(+) A-I      3'UTR chr22:39449031(+) A-I      3'UTR chr22:39449272(+) A-I      3'UTR chr22:39449381(+) A-I      3'UTR chr22:39450349(+) A-I      3'UTR chr22:39451555(+) A-I      3'UTR chr22:39449404(+) A-I      3'UTR chr22:39449135(+) A-I      3'UTR chr22:39449253(+) A-I      3'UTR chr22:39449449(+) A-I      3'UTR chr22:39449463(+) A-I      3'UTR chr22:39449127(+) A-I      3'UTR chr22:39449565(+) A-I      3'UTR chr22:39449585(+) A-I      3'UTR chr22:39451477(+) A-I      3'UTR chr22:39451473(+) A-I      3'UTR chr22:39450038(+) A-I      3'UTR chr22:39451393(+) A-I      3'UTR chr22:39450097(+) A-I      3'UTR chr22:39450362(+) A-I      3'UTR chr22:39450354(+) A-I      3'UTR chr22:39444553(+) A-I      intronic chr22:39439435(+) A-I      intronic chr22:39447001(+) A-I      intronic chr22:39444701(+) A-I      intronic chr22:39442679(+) A-I      intronic chr22:39439841(+) A-I      intronic chr22:39445937(+) A-I      intronic chr22:39442804(+) A-I      intronic chr22:39447288(+) A-I      intronic chr22:39444502(+) A-I      intronic chr22:39447701(+) A-I      intronic chr22:39439445(+) A-I      intronic chr22:39442786(+) A-I      intronic chr22:39439909(+) A-I      intronic chr22:39444738(+) A-I      intronic chr22:39447080(+) A-I      intronic chr22:39445877(+) A-I      intronic chr22:39442787(+) A-I      intronic chr22:39445805(+) A-I      intronic chr22:39445943(+) A-I      intronic chr22:39447310(+) A-I      intronic chr22:39449599(+) A-I      3'UTR chr22:39449408(+) A-I      3'UTR chr22:39449472(+) A-I      3'UTR chr22:39449467(+) A-I      3'UTR chr22:39451474(+) A-I      3'UTR chr22:39450214(+) A-I      3'UTR chr22:39449017(+) A-I      3'UTR chr22:39450118(+) A-I      3'UTR chr22:39449072(+) A-I      3'UTR chr22:39449391(+) A-I      3'UTR chr22:39449471(+) A-I      3'UTR chr22:39451207(+) A-I      3'UTR chr22:39449470(+) A-I      3'UTR chr22:39449523(+) A-I      3'UTR chr22:39451454(+) A-I      3'UTR chr22:39449011(+) A-I      3'UTR chr22:39449499(+) A-I      3'UTR chr22:39451158(+) A-I      3'UTR chr22:39450316(+) A-I      3'UTR chr22:39449509(+) A-I      3'UTR chr22:39450300(+) A-I      3'UTR chr22:39450301(+) A-I      3'UTR chr22:39449210(+) A-I      3'UTR chr22:39449464(+) A-I      3'UTR chr22:39451311(+) A-I      3'UTR chr22:39451178(+) A-I      3'UTR chr22:39450074(+) A-I      3'UTR chr22:39449262(+) A-I      3'UTR chr22:39449443(+) A-I      3'UTR chr22:39449469(+) A-I      3'UTR chr22:39449386(+) A-I      3'UTR chr22:39450337(+) A-I      3'UTR chr22:39449092(+) A-I      3'UTR chr22:39449066(+) A-I      3'UTR chr22:39449048(+) A-I      3'UTR chr22:39449121(+) A-I      3'UTR chr22:39449261(+) A-I      3'UTR chr22:39451219(+) A-I      3'UTR chr22:39450363(+) A-I      3'UTR chr22:39449407(+) A-I      3'UTR chr22:39449091(+) A-I      3'UTR chr22:39449465(+) A-I      3'UTR chr22:39450366(+) A-I      3'UTR chr22:39449356(+) A-I      3'UTR chr22:39449235(+) A-I      3'UTR chr22:39444862(+) A-I      intronic chr22:39439975(+) A-I      intronic chr22:39447092(+) A-I      intronic chr22:39439504(+) A-I      intronic chr22:39444665(+) A-I      intronic chr22:39439455(+) A-I      intronic chr22:39445976(+) A-I      intronic chr22:39447089(+) A-I      intronic chr22:39440021(+) A-I      intronic chr22:39439769(+) A-I      intronic chr22:39439380(+) A-I      intronic chr22:39439386(+) A-I      intronic chr22:39444870(+) A-I      intronic chr22:39445866(+) A-I      intronic chr22:39444744(+) A-I      intronic chr22:39446989(+) A-I      intronic chr22:39439839(+) A-I      intronic chr22:39444691(+) A-I      intronic chr22:39439517(+) A-I      intronic chr22:39447773(+) A-I      intronic chr22:39445844(+) A-I      intronic chr22:39447812(+) A-I      intronic chr22:39439423(+) A-I      intronic chr22:39439987(+) A-I      intronic chr22:39445888(+) A-I      intronic chr22:39445982(+) A-I      intronic chr22:39444492(+) A-I      intronic chr22:39442709(+) A-I      intronic chr22:39439804(+) A-I      intronic chr22:39439899(+) A-I      intronic chr22:39440013(+) A-I      intronic chr22:39442801(+) A-I      intronic chr22:39444697(+) A-I      intronic chr22:39445870(+) A-I      intronic chr22:39439838(+) A-I      intronic chr22:39442725(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	APOBEC3F	chr22:39442748(+) A-I intron -    22327324 chr22:39442761(+) A-I intron -    22327324 chr22:39444744(+) A-I intron -    22327324 chr22:39445844(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449092(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr22:39449121(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449354(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449499(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449505(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449523(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449540(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449548(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449575(+) A-I intron -    22327324 chr22:39450301(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449121(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39449235(+) A-G intron -    21725310 chr22:39449354(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39450300(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39451207(+) A-G intron -    21725310 chr22:39439517(+) A-G intron -    22484847 chr22:39439909(+) A-G intron -    22484847 chr22:39439987(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442709(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442722(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442725(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442726(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442748(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442761(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442801(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442804(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442814(+) T-G intron -    22484847 chr22:39444559(+) A-G intron -    22484847 chr22:39444665(+) A-G intron -    22484847 chr22:39444697(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445785(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445805(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445844(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445976(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445982(+) A-G intron -    22484847 chr22:39447095(+) A-G intron -    22484847 chr22:39447499(+) G-C intron -    22484847 chr22:39447812(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449048(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449072(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449091(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449092(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449118(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449210(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449261(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449262(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449356(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449407(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449457(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449465(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449467(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449468(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449469(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449470(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449471(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449472(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449493(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449499(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449509(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449540(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449548(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449575(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450074(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450098(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450147(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450301(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450316(+) A-G intron -    22484847 chr22:39451311(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	APOBEC3F	chr22:39440308-39440309(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440322-39440323(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440383-39440384(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440395-39440396(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440408-39440409(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39441264-39441265(+) m6A exon//intron       25456834 chr22:39441365-39441366(+) m6A exon//intron       25456834 chr22:39448645-39448646(+) m6A CDS       24981863 chr22:39448671-39448672(+) m6A CDS       24981863 chr22:39448928-39448929(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449036-39449037(+) m6A 3'UTR       24981863 chr22:39449319-39449320(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449686-39449687(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449703-39449704(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449761-39449762(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr22:39449822-39449823(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr22:39449848-39449849(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr22:39449868-39449869(+) m6A 3'UTR       25456834

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-6821-5p	Exosome Pooled sera     27278097 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	APOBEC3F	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Exosome Blood     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-6821-5p
Interactor2: APOBEC3F

Evidence Support:

Weak-Evidence	MiRNA microarray//RNA-Seq
Prediction-Evidence	microRNA.org//PITA//Targetscan
Support Database	ViRBase

References:

PMID	30605755	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	Downregulation
Tissue or cell line	A549 cells	Interactor2 expression	Upregulation
Description	B. Relationships between miRNAs and inversely correlated mRNAs involved in the host defense to virus. Green and red represent downregulated and upregulated genes, while triangles and circles represent miRNAs and target gene mRNAs, respectively.