Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00076057

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-101-2-5p:  MIMAT0037312          RARS2:  NR_146753     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-101-2-5p	RARS2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0037312	57038
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ArgRS//DALRD2//PCH6//PRO1992//RARSL

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-101-2-5p	rs1189997653 chr9:4850323    C/G rs1411860402 chr9:4850328    G/C rs1472339708 chr9:4850325    G/A rs374692878 chr9:4850308    T/C rs752365347 chr9:4850320    G/C rs758036961 chr9:4850324    C/T rs777507775 chr9:4850326    A/G rs570832031 chr9:4850310    G/A rs570832031 chr9:4850310    G/T rs766953168 chr9:4850309    C/T rs779213487 chr9:4850315    T/C rs894878476 chr9:4850314    A/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RARS2	chr6:88235404(-) A-I      intronic chr6:88246110(-) A-I      intronic chr6:88235378(-) A-I      intronic chr6:88246111(-) A-I      intronic chr6:88253188(-) A-I      intronic chr6:88274343(-) A-I      NonSyn:His->Arg chr6:88253197(-) A-I      intronic chr6:88264303(-) A-I      intronic chr6:88277562(-) A-I      intronic chr6:88235433(-) A-I      intronic chr6:88235435(-) A-I      intronic chr6:88235436(-) A-I      intronic chr6:88239689(-) A-I      intronic chr6:88246098(-) A-I      intronic chr6:88236571(-) A-I      intronic chr6:88236577(-) A-I      intronic chr6:88236772(-) A-I      intronic chr6:88236778(-) A-I      intronic chr6:88236824(-) A-I      intronic chr6:88236859(-) A-I      intronic chr6:88236879(-) A-I      intronic chr6:88236905(-) A-I      intronic chr6:88236927(-) A-I      intronic chr6:88236940(-) A-I      intronic chr6:88251321(-) A-I      intronic chr6:88245571(-) A-I      intronic chr6:88245598(-) A-I      intronic chr6:88245628(-) A-I      intronic chr6:88245676(-) A-I      intronic chr6:88246125(-) A-I      intronic chr6:88246293(-) A-I      intronic chr6:88246317(-) A-I      intronic chr6:88248358(-) A-I      intronic chr6:88248398(-) A-I      intronic chr6:88250928(-) A-I      intronic chr6:88251023(-) A-I      intronic chr6:88251113(-) A-I      intronic chr6:88251119(-) A-I      intronic chr6:88251122(-) A-I      intronic chr6:88251183(-) A-I      intronic chr6:88289625(-) A-I      intronic chr6:88288578(-) A-I      intronic chr6:88287194(-) A-I      intronic chr6:88287190(-) A-I      intronic chr6:88287166(-) A-I      intronic chr6:88287074(-) A-I      intronic chr6:88287066(-) A-I      intronic chr6:88287048(-) A-I      intronic chr6:88286986(-) A-I      intronic chr6:88285682(-) A-I      intronic chr6:88278185(-) A-I      intronic chr6:88278024(-) A-I      intronic chr6:88277959(-) A-I      intronic chr6:88277661(-) A-I      intronic chr6:88277657(-) A-I      intronic chr6:88293105(-) A-I      intronic chr6:88289654(-) A-I      intronic chr6:88231827(-) A-I      intronic chr6:88231836(-) A-I      intronic chr6:88293091(-) A-I      intronic chr6:88277650(-) A-I      intronic chr6:88277638(-) A-I      intronic chr6:88276442(-) A-I      intronic chr6:88276341(-) A-I      intronic chr6:88276333(-) A-I      intronic chr6:88274724(-) A-I      intronic chr6:88274382(-) A-I      intronic chr6:88264607(-) A-I      intronic chr6:88264396(-) A-I      intronic chr6:88264323(-) A-I      intronic chr6:88231885(-) A-I      intronic chr6:88231891(-) A-I      intronic chr6:88232462(-) A-I      intronic chr6:88232574(-) A-I      intronic chr6:88232577(-) A-I      intronic chr6:88257879(-) A-I      intronic chr6:88257853(-) A-I      intronic chr6:88255075(-) A-I      intronic chr6:88255018(-) A-I      intronic chr6:88254996(-) A-I      intronic chr6:88254969(-) A-I      intronic chr6:88254950(-) A-I      intronic chr6:88236945(-) A-I      intronic chr6:88253283(-) A-I      intronic chr6:88253171(-) A-I      intronic chr6:88253168(-) A-I      intronic chr6:88253143(-) A-I      intronic chr6:88253130(-) A-I      intronic chr6:88236474(-) A-I      intronic chr6:88293158(-) A-I      intronic chr6:88236491(-) A-I      intronic chr6:88251434(-) A-I      intronic chr6:88293224(-) A-I      intronic chr6:88257852(-) A-I      intronic chr6:88293225(-) A-I      intronic chr6:88232623(-) A-I      intronic chr6:88235273(-) A-I      intronic chr6:88235297(-) A-I      intronic chr6:88235395(-) A-I      intronic chr6:88236071(-) A-I      intronic chr6:88293238(-) A-I      intronic chr6:88289643(-) A-I      intronic chr6:88289630(-) A-I      intronic chr6:88289628(-) A-I      intronic chr6:88253142(-) A-I      intronic chr6:88257411(-) A-I      intronic chr6:88251141(-) A-I      intronic chr6:88236939(-) A-I      intronic chr6:88248657(-) A-I      intronic chr6:88264339(-) A-I      intronic chr6:88277587(-) A-I      intronic chr6:88251460(-) A-I      intronic chr6:88226740(-) A-I      intronic chr6:88235438(-) A-I      intronic chr6:88236148(-) A-I      intronic chr6:88264253(-) A-I      intronic chr6:88245675(-) A-I      intronic chr6:88271791(-) A-I      intronic chr6:88235545(-) A-I      intronic chr6:88264427(-) A-I      intronic chr6:88248397(-) A-I      intronic chr6:88236233(-) A-I      intronic chr6:88235536(-) A-I      intronic chr6:88251006(-) A-I      intronic chr6:88251433(-) A-I      intronic chr6:88248676(-) A-I      intronic chr6:88277627(-) A-I      intronic chr6:88245629(-) A-I      intronic chr6:88245599(-) A-I      intronic chr6:88232397(-) A-I      intronic chr6:88248412(-) A-I      intronic chr6:88253194(-) A-I      intronic chr6:88251094(-) A-I      intronic chr6:88289583(-) A-I      intronic chr6:88271847(-) A-I      intronic chr6:88231865(-) A-I      intronic chr6:88278037(-) A-I      intronic chr6:88245566(-) A-I      intronic chr6:88293260(-) A-I      intronic chr6:88266165(-) A-I      intronic chr6:88258811(-) A-I      intronic chr6:88278094(-) A-I      intronic chr6:88257496(-) A-I      intronic chr6:88245551(-) A-I      intronic chr6:88264399(-) A-I      intronic chr6:88264722(-) A-I      intronic chr6:88257546(-) A-I      intronic chr6:88278118(-) A-I      intronic chr6:88235492(-) A-I      intronic chr6:88251033(-) A-I      intronic chr6:88251173(-) A-I      intronic chr6:88251339(-) A-I      intronic chr6:88246308(-) A-I      intronic chr6:88257885(-) A-I      intronic chr6:88257521(-) A-I      intronic chr6:88236165(-) A-I      intronic chr6:88253155(-) A-I      intronic chr6:88278109(-) A-I      intronic chr6:88277761(-) A-I      intronic chr6:88254930(-) A-I      intronic chr6:88258714(-) A-I      intronic chr6:88264463(-) A-I      intronic chr6:88278096(-) A-I      intronic chr6:88264562(-) A-I      intronic chr6:88236861(-) A-I      intronic chr6:88277586(-) A-I      intronic chr6:88251320(-) A-I      intronic chr6:88236964(-) A-I      intronic chr6:88236159(-) A-I      intronic chr6:88293231(-) A-I      intronic chr6:88250973(-) A-I      intronic chr6:88248336(-) A-I      intronic chr6:88232526(-) A-I      intronic chr6:88251055(-) A-I      intronic chr6:88246255(-) A-I      intronic chr6:88264710(-) A-I      intronic chr6:88251014(-) A-I      intronic chr6:88277762(-) A-I      intronic chr6:88236078(-) A-I      intronic chr6:88271758(-) A-I      intronic chr6:88237033(-) A-I      intronic chr6:88250925(-) A-I      intronic chr6:88257898(-) A-I      intronic chr6:88255068(-) A-I      intronic chr6:88232545(-) A-I      intronic chr6:88245533(-) A-I      intronic chr6:88289521(-) A-I      intronic chr6:88254913(-) A-I      intronic chr6:88236228(-) A-I      intronic chr6:88257454(-) A-I      intronic chr6:88257463(-) A-I      intronic chr6:88254940(-) A-I      intronic chr6:88235444(-) A-I      intronic chr6:88298368(-) A-I      intronic chr6:88236527(-) A-I      intronic chr6:88280413(-) A-I      intronic chr6:88251059(-) A-I      intronic chr6:88269176(-) A-I      intronic chr6:88257482(-) A-I      intronic chr6:88245649(-) A-I      intronic chr6:88257531(-) A-I      intronic chr6:88264398(-) A-I      intronic chr6:88287757(-) A-I      intronic chr6:88254977(-) A-I      intronic chr6:88236864(-) A-I      intronic chr6:88251479(-) A-I      intronic chr6:88274121(-) A-I      intronic chr6:88236568(-) A-I      intronic chr6:88254912(-) A-I      intronic chr6:88236944(-) A-I      intronic chr6:88245569(-) A-I      intronic chr6:88248507(-) A-I      intronic chr6:88278123(-) A-I      intronic chr6:88236951(-) A-I      intronic chr6:88270567(-) A-I      intronic chr6:88274772(-) A-I      intronic chr6:88251459(-) A-I      intronic chr6:88235464(-) A-I      intronic chr6:88235429(-) A-I      intronic chr6:88235405(-) A-I      intronic chr6:88236051(-) A-I      intronic chr6:88270396(-) A-I      intronic chr6:88289512(-) A-I      intronic chr6:88257455(-) A-I      intronic chr6:88236461(-) A-I      intronic chr6:88276562(-) A-I      intronic chr6:88264444(-) A-I      intronic chr6:88248352(-) A-I      intronic chr6:88276660(-) A-I      intronic chr6:88232583(-) A-I      intronic chr6:88278191(-) A-I      intronic chr6:88231972(-) A-I      intronic chr6:88232412(-) A-I      intronic chr6:88259041(-) A-I      intronic chr6:88246233(-) A-I      intronic chr6:88246173(-) A-I      intronic chr6:88285646(-) A-I      intronic chr6:88232426(-) A-I      intronic chr6:88269277(-) A-I      intronic chr6:88257495(-) A-I      intronic chr6:88290236(-) A-I      intronic chr6:88277628(-) A-I      intronic chr6:88236174(-) A-I      intronic chr6:88236029(-) A-I      intronic chr6:88254847(-) A-I      intronic chr6:88266503(-) A-I      intronic chr6:88235989(-) A-I      intronic chr6:88236517(-) A-I      intronic chr6:88276315(-) A-I      intronic chr6:88257591(-) A-I      intronic chr6:88277601(-) A-I      intronic chr6:88254966(-) A-I      intronic chr6:88251114(-) A-I      intronic chr6:88269333(-) A-I      intronic chr6:88248670(-) A-I      intronic chr6:88266175(-) A-I      intronic chr6:88264342(-) A-I      intronic chr6:88236494(-) A-I      intronic chr6:88277525(-) A-I      intronic chr6:88226791(-) A-I      intronic chr6:88280491(-) A-I      intronic chr6:88236785(-) A-I      intronic chr6:88278106(-) A-I      intronic chr6:88236068(-) A-I      intronic chr6:88274304(-) A-I      NonSyn:Lys->Arg chr6:88274318(-) A-I      Syn:Pro->Pro

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RARS2	chr6:88264253(-) A-I intron -    22327324 chr6:88269646(-) A-G intron -    22484847 chr6:88271969(-) A-G intron -    22484847 chr6:88271975(-) A-G intron -    22484847 chr6:88272060(-) A-G intron -    22484847 chr6:88272070(-) A-G intron -    22484847 chr6:88272072(-) A-G intron -    22484847 chr6:88272078(-) A-G intron -    22484847 chr6:88283163(-) A-G intron -    22484847 chr6:88231865(-) A-G intron -    22484847 chr6:88231972(-) A-G intron -    22484847 chr6:88232474(-) G-C intron -    22484847 chr6:88232527(-) A-G intron -    22484847 chr6:88232617(-) A-G intron -    22484847 chr6:88235342(-) A-G intron -    22484847 chr6:88235464(-) A-G intron -    22484847 chr6:88235545(-) A-G intron -    22484847 chr6:88235989(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236078(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236165(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236174(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236228(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236232(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236233(-) A-T intron -    22484847 chr6:88236245(-) G-T intron -    22484847 chr6:88236246(-) T-G intron -    22484847 chr6:88236568(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236861(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236864(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236870(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236939(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236944(-) A-G intron -    22484847 chr6:88236951(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245533(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245551(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245566(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245569(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245599(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245629(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245649(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245667(-) A-G intron -    22484847 chr6:88245675(-) A-G intron -    22484847 chr6:88246109(-) A-G intron -    22484847 chr6:88246173(-) A-G intron -    22484847 chr6:88246231(-) A-G intron -    22484847 chr6:88246233(-) A-G intron -    22484847 chr6:88246255(-) A-G intron -    22484847 chr6:88246308(-) A-G intron -    22484847 chr6:88248404(-) A-G intron -    22484847 chr6:88248412(-) A-G intron -    22484847 chr6:88248657(-) A-G intron -    22484847 chr6:88250994(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251006(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251014(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251033(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251055(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251059(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251094(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251114(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251141(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251146(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251173(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251320(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251339(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251430(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251433(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251459(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251460(-) A-G intron -    22484847 chr6:88251479(-) A-G intron -    22484847 chr6:88254981(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257454(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257455(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257521(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257647(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257877(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257885(-) A-G intron -    22484847 chr6:88257939(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264253(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264295(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264313(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264342(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264398(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264399(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264465(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264631(-) A-G intron -    22484847 chr6:88264722(-) A-G intron -    22484847 chr6:88269176(-) A-G intron -    22484847 chr6:88270396(-) A-G intron -    22484847 chr6:88271847(-) A-G intron -    22484847 chr6:88274404(-) A-G intron -    22484847 chr6:88274655(-) T-A intron -    22484847 chr6:88277525(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277627(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277628(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277660(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277691(-) T-C intron -    22484847 chr6:88277761(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277762(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277956(-) A-G intron -    22484847 chr6:88277968(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278037(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278094(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278096(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278106(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278118(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278123(-) A-G intron -    22484847 chr6:88278191(-) A-G intron -    22484847 chr6:88285646(-) A-G intron -    22484847 chr6:88290440(-) G-A intron -    22484847 chr6:88293231(-) A-G intron -    22484847 chr6:88293260(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RARS2	chr6:88228325-88228326(-) m6A exon//intron       27773535 chr6:88228389-88228390(-) m6A CDS//exon       27773535 chr6:88228579-88228580(-) m6A CDS//exon       27773535 chr6:88240579-88240580(-) m6A CDS       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	RARS2	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm K562 cells     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-101-2-5p
Interactor2: RARS2

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.