Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00074119

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-3681-5p:  MIMAT0018108          APOBEC3F:  NM_001006666     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-3681-5p	APOBEC3F
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0018108	200316
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	A3F//ARP8//BK150C2.4.MRNA//KA6

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-3681-5p	rs1040681310 chr2:12199152    C/T rs1045647749 chr2:12199156    G/C rs1448564652 chr2:12199149    G/A rs773395905 chr2:12199142    G/A rs944609352 chr2:12199145    T/C

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	APOBEC3F	chr22:39439971(+) A-I      intronic chr22:39449436(+) A-I      3'UTR chr22:39449435(+) A-I      3'UTR chr22:39439939(+) A-I      intronic chr22:39444601(+) A-I      intronic chr22:39447088(+) A-I      intronic chr22:39447091(+) A-I      intronic chr22:39439866(+) A-I      intronic chr22:39447515(+) A-I      intronic chr22:39439951(+) A-I      intronic chr22:39447163(+) A-I      intronic chr22:39447462(+) A-I      intronic chr22:39447099(+) A-I      intronic chr22:39449515(+) A-I      3'UTR chr22:39449489(+) A-I      3'UTR chr22:39449455(+) A-I      3'UTR chr22:39449437(+) A-I      3'UTR chr22:39444588(+) A-I      intronic chr22:39439942(+) A-I      intronic chr22:39439872(+) A-I      intronic chr22:39447483(+) A-I      intronic chr22:39447487(+) A-I      intronic chr22:39439873(+) A-I      intronic chr22:39439880(+) A-I      intronic chr22:39439879(+) A-I      intronic chr22:39439878(+) A-I      intronic chr22:39439875(+) A-I      intronic chr22:39447454(+) A-I      intronic chr22:39442697(+) A-I      intronic chr22:39442747(+) A-I      intronic chr22:39447507(+) A-I      intronic chr22:39439489(+) A-I      intronic chr22:39439498(+) A-I      intronic chr22:39439576(+) A-I      intronic chr22:39439577(+) A-I      intronic chr22:39439589(+) A-I      intronic chr22:39439848(+) A-I      intronic chr22:39439869(+) A-I      intronic chr22:39445846(+) A-I      intronic chr22:39439877(+) A-I      intronic chr22:39439962(+) A-I      intronic chr22:39439982(+) A-I      intronic chr22:39440000(+) A-I      intronic chr22:39442763(+) A-I      intronic chr22:39440037(+) A-I      intronic chr22:39442769(+) A-I      intronic chr22:39442777(+) A-I      intronic chr22:39444593(+) A-I      intronic chr22:39444609(+) A-I      intronic chr22:39439495(+) A-I      intronic chr22:39447904(+) A-I      intronic chr22:39444627(+) A-I      intronic chr22:39444630(+) A-I      intronic chr22:39444635(+) A-I      intronic chr22:39444640(+) A-I      intronic chr22:39444662(+) A-I      intronic chr22:39444737(+) A-I      intronic chr22:39444740(+) A-I      intronic chr22:39444861(+) A-I      intronic chr22:39444905(+) A-I      intronic chr22:39444931(+) A-I      intronic chr22:39444934(+) A-I      intronic chr22:39444935(+) A-I      intronic chr22:39444955(+) A-I      intronic chr22:39445736(+) A-I      intronic chr22:39445761(+) A-I      intronic chr22:39445779(+) A-I      intronic chr22:39447930(+) A-I      intronic chr22:39445857(+) A-I      intronic chr22:39445905(+) A-I      intronic chr22:39446994(+) A-I      intronic chr22:39447090(+) A-I      intronic chr22:39447131(+) A-I      intronic chr22:39447229(+) A-I      intronic chr22:39451486(+) A-I      3'UTR chr22:39449031(+) A-I      3'UTR chr22:39449272(+) A-I      3'UTR chr22:39449381(+) A-I      3'UTR chr22:39450349(+) A-I      3'UTR chr22:39451555(+) A-I      3'UTR chr22:39449404(+) A-I      3'UTR chr22:39449135(+) A-I      3'UTR chr22:39449253(+) A-I      3'UTR chr22:39449449(+) A-I      3'UTR chr22:39449463(+) A-I      3'UTR chr22:39449127(+) A-I      3'UTR chr22:39449565(+) A-I      3'UTR chr22:39449585(+) A-I      3'UTR chr22:39451477(+) A-I      3'UTR chr22:39451473(+) A-I      3'UTR chr22:39450038(+) A-I      3'UTR chr22:39451393(+) A-I      3'UTR chr22:39450097(+) A-I      3'UTR chr22:39450362(+) A-I      3'UTR chr22:39450354(+) A-I      3'UTR chr22:39444553(+) A-I      intronic chr22:39439435(+) A-I      intronic chr22:39447001(+) A-I      intronic chr22:39444701(+) A-I      intronic chr22:39442679(+) A-I      intronic chr22:39439841(+) A-I      intronic chr22:39445937(+) A-I      intronic chr22:39442804(+) A-I      intronic chr22:39447288(+) A-I      intronic chr22:39444502(+) A-I      intronic chr22:39447701(+) A-I      intronic chr22:39439445(+) A-I      intronic chr22:39442786(+) A-I      intronic chr22:39439909(+) A-I      intronic chr22:39444738(+) A-I      intronic chr22:39447080(+) A-I      intronic chr22:39445877(+) A-I      intronic chr22:39442787(+) A-I      intronic chr22:39445805(+) A-I      intronic chr22:39445943(+) A-I      intronic chr22:39447310(+) A-I      intronic chr22:39449599(+) A-I      3'UTR chr22:39449408(+) A-I      3'UTR chr22:39449472(+) A-I      3'UTR chr22:39449467(+) A-I      3'UTR chr22:39451474(+) A-I      3'UTR chr22:39450214(+) A-I      3'UTR chr22:39449017(+) A-I      3'UTR chr22:39450118(+) A-I      3'UTR chr22:39449072(+) A-I      3'UTR chr22:39449391(+) A-I      3'UTR chr22:39449471(+) A-I      3'UTR chr22:39451207(+) A-I      3'UTR chr22:39449470(+) A-I      3'UTR chr22:39449523(+) A-I      3'UTR chr22:39451454(+) A-I      3'UTR chr22:39449011(+) A-I      3'UTR chr22:39449499(+) A-I      3'UTR chr22:39451158(+) A-I      3'UTR chr22:39450316(+) A-I      3'UTR chr22:39449509(+) A-I      3'UTR chr22:39450300(+) A-I      3'UTR chr22:39450301(+) A-I      3'UTR chr22:39449210(+) A-I      3'UTR chr22:39449464(+) A-I      3'UTR chr22:39451311(+) A-I      3'UTR chr22:39451178(+) A-I      3'UTR chr22:39450074(+) A-I      3'UTR chr22:39449262(+) A-I      3'UTR chr22:39449443(+) A-I      3'UTR chr22:39449469(+) A-I      3'UTR chr22:39449386(+) A-I      3'UTR chr22:39450337(+) A-I      3'UTR chr22:39449092(+) A-I      3'UTR chr22:39449066(+) A-I      3'UTR chr22:39449048(+) A-I      3'UTR chr22:39449121(+) A-I      3'UTR chr22:39449261(+) A-I      3'UTR chr22:39451219(+) A-I      3'UTR chr22:39450363(+) A-I      3'UTR chr22:39449407(+) A-I      3'UTR chr22:39449091(+) A-I      3'UTR chr22:39449465(+) A-I      3'UTR chr22:39450366(+) A-I      3'UTR chr22:39449356(+) A-I      3'UTR chr22:39449235(+) A-I      3'UTR chr22:39444862(+) A-I      intronic chr22:39439975(+) A-I      intronic chr22:39447092(+) A-I      intronic chr22:39439504(+) A-I      intronic chr22:39444665(+) A-I      intronic chr22:39439455(+) A-I      intronic chr22:39445976(+) A-I      intronic chr22:39447089(+) A-I      intronic chr22:39440021(+) A-I      intronic chr22:39439769(+) A-I      intronic chr22:39439380(+) A-I      intronic chr22:39439386(+) A-I      intronic chr22:39444870(+) A-I      intronic chr22:39445866(+) A-I      intronic chr22:39444744(+) A-I      intronic chr22:39446989(+) A-I      intronic chr22:39439839(+) A-I      intronic chr22:39444691(+) A-I      intronic chr22:39439517(+) A-I      intronic chr22:39447773(+) A-I      intronic chr22:39445844(+) A-I      intronic chr22:39447812(+) A-I      intronic chr22:39439423(+) A-I      intronic chr22:39439987(+) A-I      intronic chr22:39445888(+) A-I      intronic chr22:39445982(+) A-I      intronic chr22:39444492(+) A-I      intronic chr22:39442709(+) A-I      intronic chr22:39439804(+) A-I      intronic chr22:39439899(+) A-I      intronic chr22:39440013(+) A-I      intronic chr22:39442801(+) A-I      intronic chr22:39444697(+) A-I      intronic chr22:39445870(+) A-I      intronic chr22:39439838(+) A-I      intronic chr22:39442725(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	APOBEC3F	chr22:39442748(+) A-I intron -    22327324 chr22:39442761(+) A-I intron -    22327324 chr22:39444744(+) A-I intron -    22327324 chr22:39445844(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449092(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr22:39449121(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449354(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449499(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449505(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449523(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449540(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449548(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449575(+) A-I intron -    22327324 chr22:39450301(+) A-I intron -    22327324 chr22:39449121(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39449235(+) A-G intron -    21725310 chr22:39449354(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39450300(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39451207(+) A-G intron -    21725310 chr22:39439517(+) A-G intron -    22484847 chr22:39439909(+) A-G intron -    22484847 chr22:39439987(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442709(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442722(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442725(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442726(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442748(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442761(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442801(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442804(+) A-G intron -    22484847 chr22:39442814(+) T-G intron -    22484847 chr22:39444559(+) A-G intron -    22484847 chr22:39444665(+) A-G intron -    22484847 chr22:39444697(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445785(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445805(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445844(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445976(+) A-G intron -    22484847 chr22:39445982(+) A-G intron -    22484847 chr22:39447095(+) A-G intron -    22484847 chr22:39447499(+) G-C intron -    22484847 chr22:39447812(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449048(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449072(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449091(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449092(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449118(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449210(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449261(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449262(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449356(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449407(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449457(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449465(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449467(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449468(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449469(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449470(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449471(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449472(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449493(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449499(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449509(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449540(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449548(+) A-G intron -    22484847 chr22:39449575(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450074(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450098(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450147(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450301(+) A-G intron -    22484847 chr22:39450316(+) A-G intron -    22484847 chr22:39451311(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	APOBEC3F	chr22:39440308-39440309(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440322-39440323(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440383-39440384(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440395-39440396(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39440408-39440409(+) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39441264-39441265(+) m6A exon//intron       25456834 chr22:39441365-39441366(+) m6A exon//intron       25456834 chr22:39448645-39448646(+) m6A CDS       24981863 chr22:39448671-39448672(+) m6A CDS       24981863 chr22:39448928-39448929(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449036-39449037(+) m6A 3'UTR       24981863 chr22:39449319-39449320(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449686-39449687(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449703-39449704(+) m6A 3'UTR       - chr22:39449761-39449762(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr22:39449822-39449823(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr22:39449848-39449849(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr22:39449868-39449869(+) m6A 3'UTR       25456834

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-3681-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	APOBEC3F	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Exosome Blood     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-3681-5p
Interactor2: APOBEC3F

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	CDS
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.