Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

HHID00073468

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsa-miR-3653-3p RINT1
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0018073 60561
Organism Homo sapiens Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - ILFS3//RINT-1

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR RINT1
chr7:105182639(+) A-I      intronic
chr7:105181740(+) A-I      intronic
chr7:105181725(+) A-I      intronic
chr7:105182173(+) A-I      ncRNA
chr7:105181722(+) A-I      intronic
chr7:105181436(+) A-I      intronic
chr7:105181429(+) A-I      intronic
chr7:105181364(+) A-I      intronic
chr7:105180917(+) A-I      intronic
chr7:105180866(+) A-I      intronic
chr7:105199018(+) A-I      intronic
chr7:105199802(+) A-I      intronic
chr7:105199829(+) A-I      intronic
chr7:105199845(+) A-I      intronic
chr7:105200082(+) A-I      intronic
chr7:105201285(+) A-I      intronic
chr7:105201737(+) A-I      intronic
chr7:105201765(+) A-I      intronic
chr7:105201815(+) A-I      intronic
chr7:105202192(+) A-I      intronic
chr7:105202229(+) A-I      intronic
chr7:105202230(+) A-I      intronic
chr7:105202231(+) A-I      intronic
chr7:105203091(+) A-I      intronic
chr7:105203099(+) A-I      intronic
chr7:105182033(+) A-I      intronic
chr7:105181387(+) A-I      intronic
chr7:105203207(+) A-I      intronic
chr7:105203299(+) A-I      intronic
chr7:105181359(+) A-I      intronic
chr7:105181074(+) A-I      intronic
chr7:105181011(+) A-I      intronic
chr7:105180889(+) A-I      intronic
chr7:105180668(+) A-I      intronic
chr7:105180600(+) A-I      intronic
chr7:105182072(+) A-I      ncRNA
chr7:105182073(+) A-I      ncRNA
chr7:105198662(+) A-I      intronic
chr7:105182058(+) A-I      ncRNA
chr7:105182211(+) A-I      ncRNA
chr7:105180545(+) A-I      intronic
chr7:105182036(+) A-I      intronic
chr7:105179925(+) A-I      intronic
chr7:105178093(+) A-I      intronic
chr7:105181409(+) A-I      intronic
chr7:105181758(+) A-I      intronic
chr7:105181764(+) A-I      intronic
chr7:105181951(+) A-I      intronic
chr7:105178652(+) A-I      intronic
chr7:105178601(+) A-I      intronic
chr7:105178718(+) A-I      intronic
chr7:105182045(+) A-I      intronic
chr7:105178569(+) A-I      intronic
chr7:105182723(+) A-I      intronic
chr7:105182727(+) A-I      intronic
chr7:105183461(+) A-I      intronic
chr7:105183468(+) A-I      intronic
chr7:105183522(+) A-I      intronic
chr7:105183539(+) A-I      intronic
chr7:105184283(+) A-I      intronic
chr7:105184350(+) A-I      intronic
chr7:105184359(+) A-I      intronic
chr7:105184360(+) A-I      intronic
chr7:105184432(+) A-I      intronic
chr7:105184436(+) A-I      intronic
chr7:105184937(+) A-I      intronic
chr7:105184951(+) A-I      intronic
chr7:105184968(+) A-I      intronic
chr7:105185011(+) A-I      intronic
chr7:105185015(+) A-I      intronic
chr7:105185071(+) A-I      intronic
chr7:105178557(+) A-I      intronic
chr7:105185082(+) A-I      intronic
chr7:105185091(+) A-I      intronic
chr7:105178544(+) A-I      intronic
chr7:105178539(+) A-I      intronic
chr7:105178490(+) A-I      intronic
chr7:105178485(+) A-I      intronic
chr7:105178483(+) A-I      intronic
chr7:105178204(+) A-I      intronic
chr7:105178172(+) A-I      intronic
chr7:105178156(+) A-I      intronic
chr7:105178091(+) A-I      intronic
chr7:105178038(+) A-I      intronic
chr7:105177739(+) A-I      intronic
chr7:105177707(+) A-I      intronic
chr7:105177677(+) A-I      intronic
chr7:105177658(+) A-I      intronic
chr7:105177634(+) A-I      intronic
chr7:105177633(+) A-I      intronic
chr7:105176798(+) A-I      intronic
chr7:105178712(+) A-I      intronic
chr7:105182667(+) A-I      intronic
chr7:105185747(+) A-I      intronic
chr7:105186114(+) A-I      intronic
chr7:105186178(+) A-I      intronic
chr7:105186368(+) A-I      intronic
chr7:105186392(+) A-I      intronic
chr7:105186423(+) A-I      intronic
chr7:105187119(+) A-I      intronic
chr7:105187156(+) A-I      intronic
chr7:105187194(+) A-I      intronic
chr7:105187272(+) A-I      intronic
chr7:105192361(+) A-I      intronic
chr7:105194134(+) A-I      intronic
chr7:105194415(+) A-I      intronic
chr7:105196294(+) A-I      intronic
chr7:105196316(+) A-I      intronic
chr7:105198547(+) A-I      intronic
chr7:105198552(+) A-I      intronic
chr7:105198650(+) A-I      intronic
chr7:105198667(+) A-I      intronic
chr7:105182063(+) A-I      ncRNA
chr7:105182081(+) A-I      ncRNA
chr7:105182087(+) A-I      ncRNA
chr7:105182129(+) A-I      ncRNA
chr7:105182138(+) A-I      ncRNA
chr7:105181559(+) A-I      intronic
chr7:105181806(+) A-I      intronic
chr7:105193812(+) A-I      intronic
chr7:105177851(+) A-I      intronic
chr7:105182175(+) A-I      ncRNA
chr7:105181388(+) A-I      intronic
chr7:105196736(+) A-I      intronic
chr7:105182212(+) A-I      ncRNA
chr7:105178623(+) A-I      intronic
chr7:105201713(+) A-I      intronic
chr7:105182178(+) A-I      ncRNA
chr7:105182076(+) A-I      ncRNA
chr7:105180848(+) A-I      intronic
chr7:105185788(+) A-I      intronic
chr7:105201828(+) A-I      intronic
chr7:105200116(+) A-I      intronic
chr7:105181410(+) A-I      intronic
chr7:105201348(+) A-I      intronic
chr7:105201297(+) A-I      intronic
chr7:105180666(+) A-I      intronic
chr7:105192372(+) A-I      intronic
chr7:105178208(+) A-I      intronic
chr7:105177839(+) A-I      intronic
chr7:105180089(+) A-I      intronic
chr7:105181496(+) A-I      intronic
chr7:105177869(+) A-I      intronic
chr7:105184282(+) A-I      intronic
chr7:105186073(+) A-I      intronic
chr7:105178459(+) A-I      intronic
chr7:105178162(+) A-I      intronic
chr7:105200057(+) A-I      intronic
chr7:105199151(+) A-I      intronic
chr7:105181509(+) A-I      intronic
chr7:105182047(+) A-I      intronic
chr7:105202057(+) A-I      intronic
chr7:105182016(+) A-I      intronic
chr7:105201333(+) A-I      intronic
chr7:105177678(+) A-I      intronic
chr7:105199173(+) A-I      intronic
chr7:105202883(+) A-I      intronic
chr7:105178649(+) A-I      intronic
chr7:105180790(+) A-I      intronic
chr7:105201939(+) A-I      intronic
chr7:105192258(+) A-I      intronic
chr7:105184479(+) A-I      intronic
chr7:105183544(+) A-I      intronic
chr7:105182645(+) A-I      intronic
chr7:105181845(+) A-I      intronic
chr7:105205223(+) A-I      intronic
chr7:105180631(+) A-I      intronic
chr7:105181389(+) A-I      intronic
chr7:105178027(+) A-I      intronic
chr7:105199211(+) A-I      intronic
chr7:105193221(+) A-I      intronic
chr7:105177682(+) A-I      intronic
chr7:105182630(+) A-I      intronic
chr7:105201268(+) A-I      intronic
chr7:105182711(+) A-I      intronic
chr7:105201191(+) A-I      intronic
chr7:105187065(+) A-I      intronic
chr7:105203920(+) A-I      intronic
chr7:105181640(+) A-I      intronic
chr7:105201895(+) A-I      intronic
chr7:105182661(+) A-I      intronic
chr7:105178265(+) A-I      intronic
chr7:105198621(+) A-I      intronic
chr7:105178267(+) A-I      intronic
chr7:105203912(+) A-I      intronic
chr7:105180595(+) A-I      intronic
chr7:105181858(+) A-I      intronic
chr7:105205291(+) A-I      intronic
chr7:105199055(+) A-I      intronic
chr7:105177723(+) A-I      intronic
chr7:105177751(+) A-I      intronic
chr7:105203888(+) A-I      intronic
chr7:105201403(+) A-I      intronic
chr7:105181106(+) A-I      intronic
chr7:105181608(+) A-I      intronic
chr7:105180028(+) A-I      intronic
chr7:105201199(+) A-I      intronic
chr7:105177671(+) A-I      intronic
chr7:105187161(+) A-I      intronic
chr7:105181045(+) A-I      intronic
chr7:105178706(+) A-I      intronic
chr7:105201773(+) A-I      intronic
chr7:105180626(+) A-I      intronic
chr7:105177756(+) A-I      intronic
chr7:105205286(+) A-I      intronic
chr7:105178067(+) A-I      intronic
chr7:105178140(+) A-I      intronic
chr7:105186380(+) A-I      intronic
chr7:105177760(+) A-I      intronic
chr7:105204715(+) A-I      intronic
chr7:105205329(+) A-I      intronic
chr7:105178579(+) A-I      intronic
chr7:105180883(+) A-I      intronic
chr7:105181445(+) A-I      intronic
chr7:105196631(+) A-I      intronic
chr7:105181741(+) A-I      intronic
chr7:105178268(+) A-I      intronic
chr7:105181054(+) A-I      intronic
chr7:105184459(+) A-I      intronic
chr7:105181385(+) A-I      intronic
chr7:105176106(+) A-I      intronic
chr7:105180779(+) A-I      intronic
chr7:105198576(+) A-I      intronic
chr7:105187203(+) A-I      intronic
chr7:105202801(+) A-I      intronic
chr7:105180918(+) A-I      intronic
chr7:105178699(+) A-I      intronic
chr7:105181969(+) A-I      intronic
chr7:105180858(+) A-I      intronic
chr7:105180029(+) A-I      intronic
chr7:105178266(+) A-I      intronic
chr7:105180721(+) A-I      intronic
chr7:105181042(+) A-I      intronic
chr7:105182731(+) A-I      intronic
chr7:105192394(+) A-I      intronic
chr7:105182702(+) A-I      intronic
chr7:105204795(+) A-I      intronic
chr7:105201383(+) A-I      intronic
chr7:105180774(+) A-I      intronic
chr7:105182008(+) A-I      intronic
chr7:105180850(+) A-I      intronic
chr7:105201918(+) A-I      intronic
chr7:105178044(+) A-I      intronic
chr7:105180035(+) A-I      intronic
chr7:105178057(+) A-I      intronic
chr7:105187135(+) A-I      intronic
chr7:105187162(+) A-I      intronic
chr7:105181467(+) A-I      intronic
chr7:105201854(+) A-I      intronic
chr7:105183471(+) A-I      intronic
chr7:105178112(+) A-I      intronic
chr7:105198561(+) A-I      intronic
chr7:105178228(+) A-I      intronic
chr7:105181119(+) A-I      intronic
chr7:105196389(+) A-I      intronic
chr7:105178585(+) A-I      intronic
chr7:105182655(+) A-I      intronic
chr7:105182594(+) A-I      intronic
chr7:105180929(+) A-I      intronic
chr7:105182671(+) A-I      intronic
chr7:105186477(+) A-I      intronic
chr7:105181546(+) A-I      intronic
chr7:105185156(+) A-I      intronic
chr7:105177816(+) A-I      intronic
chr7:105181476(+) A-I      intronic
chr7:105199225(+) A-I      intronic
chr7:105201896(+) A-I      intronic
chr7:105180656(+) A-I      intronic
chr7:105203270(+) A-I      intronic
chr7:105185808(+) A-I      intronic
chr7:105186416(+) A-I      intronic
chr7:105181425(+) A-I      intronic
chr7:105186112(+) A-I      intronic
chr7:105203918(+) A-I      intronic
chr7:105182013(+) A-I      intronic
chr7:105178700(+) A-I      intronic
chr7:105196653(+) A-I      intronic
chr7:105180644(+) A-I      intronic
chr7:105204053(+) A-I      intronic
chr7:105203869(+) A-I      intronic
chr7:105184522(+) A-I      intronic
chr7:105181686(+) A-I      intronic
chr7:105186390(+) A-I      intronic
chr7:105177681(+) A-I      intronic
chr7:105185772(+) A-I      intronic
chr7:105181516(+) A-I      intronic
chr7:105204031(+) A-I      intronic
chr7:105186283(+) A-I      intronic
chr7:105181348(+) A-I      intronic
chr7:105187066(+) A-I      intronic
chr7:105185875(+) A-I      intronic
chr7:105187111(+) A-I      intronic
chr7:105201307(+) A-I      intronic
chr7:105178136(+) A-I      intronic
chr7:105178495(+) A-I      intronic
chr7:105186299(+) A-I      intronic
chr7:105186354(+) A-I      intronic
chr7:105177695(+) A-I      intronic
chr7:105178015(+) A-I      intronic
chr7:105180027(+) A-I      intronic
chr7:105181767(+) A-I      intronic
chr7:105181333(+) A-I      intronic
chr7:105181019(+) A-I      intronic
chr7:105178650(+) A-I      intronic
chr7:105181860(+) A-I      intronic
chr7:105184426(+) A-I      intronic
chr7:105201261(+) A-I      intronic
chr7:105181034(+) A-I      intronic
chr7:105177785(+) A-I      intronic
chr7:105180741(+) A-I      intronic
chr7:105180627(+) A-I      intronic
chr7:105202109(+) A-I      intronic
chr7:105182707(+) A-I      intronic
chr7:105187134(+) A-I      intronic
chr7:105182116(+) A-I      ncRNA
chr7:105182208(+) A-I      ncRNA
chr7:105178189(+) A-I      intronic
chr7:105182100(+) A-I      ncRNA
chr7:105182102(+) A-I      ncRNA
chr7:105182067(+) A-I      ncRNA
chr7:105199242(+) A-I      intronic
chr7:105182112(+) A-I      ncRNA
chr7:105181524(+) A-I      intronic
chr7:105182103(+) A-I      ncRNA
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED RINT1
chr7:105181423(+) A-I intron -    15545495
chr7:105181425(+) A-I intron -    15545495
chr7:105181445(+) A-I intron -    15258596   //15545495
chr7:105181467(+) A-I intron -    15258596
chr7:105181496(+) A-I intron -    15258596   //15545495
chr7:105181528(+) A-I intron -    15258596
chr7:105180627(+) A-I intron -    21960545   //22327324
chr7:105181858(+) A-I intron -    22327324
chr7:105182594(+) A-I intron -    21960545
chr7:105182661(+) A-I intron -    21960545
chr7:105182702(+) A-I intron -    21960545
chr7:105177671(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177681(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177682(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177751(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177756(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177806(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177816(+) A-G intron -    22484847
chr7:105177839(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178015(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178027(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178136(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178163(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178189(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178266(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178267(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178579(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178585(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178623(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178699(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178700(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178701(+) A-G intron -    22484847
chr7:105178706(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180626(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180627(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180631(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180644(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180666(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180721(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180741(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180779(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180848(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180850(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180858(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180883(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180892(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180929(+) A-G intron -    22484847
chr7:105180977(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181034(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181333(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181348(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181385(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181388(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181389(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181410(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181423(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181425(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181445(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181467(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181470(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181476(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181496(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181516(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181524(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181528(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181608(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181749(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181845(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181858(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181860(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181969(+) A-G intron -    22484847
chr7:105181970(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182008(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182047(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182070(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182076(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182092(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182102(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182116(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182645(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182661(+) A-G intron -    22484847
chr7:105182731(+) A-G intron -    22484847
chr7:105183471(+) A-G intron -    22484847
chr7:105184282(+) A-G intron -    22484847
chr7:105184943(+) A-G intron -    22484847
chr7:105185070(+) T-C intron -    22484847
chr7:105185776(+) A-G intron -    22484847
chr7:105185834(+) A-G intron -    22484847
chr7:105185842(+) A-G intron -    22484847
chr7:105185875(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186073(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186076(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186283(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186299(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186354(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186380(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186390(+) A-G intron -    22484847
chr7:105186416(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187065(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187066(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187111(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187134(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187135(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187160(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187161(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187162(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187203(+) A-G intron -    22484847
chr7:105187255(+) A-G intron -    22484847
chr7:105192257(+) A-G intron -    22484847
chr7:105192258(+) A-G intron -    22484847
chr7:105192394(+) A-G intron -    22484847
chr7:105192404(+) A-G intron -    22484847
chr7:105193812(+) A-G intron -    22484847
chr7:105196653(+) A-G intron -    22484847
chr7:105199055(+) A-G intron -    22484847
chr7:105199151(+) A-G intron -    22484847
chr7:105199719(+) A-G intron -    22484847
chr7:105201261(+) A-G intron -    22484847
chr7:105201268(+) A-G intron -    22484847
chr7:105201713(+) A-G intron -    22484847
chr7:105201773(+) A-G intron -    22484847
chr7:105201789(+) A-G intron -    22484847
chr7:105201828(+) A-G intron -    22484847
chr7:105202057(+) A-G intron -    22484847
chr7:105202109(+) A-G intron -    22484847
chr7:105202801(+) A-G intron -    22484847
chr7:105203869(+) A-G intron -    22484847
chr7:105203918(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase RINT1
chr7:105172619-105172620(+) m6A 5'UTR       24981863
chr7:105172628-105172629(+) m6A 5'UTR       24981863
chr7:105172708-105172709(+) m6A 5'UTR       24981863
chr7:105172745-105172746(+) m6A 5'UTR       -
chr7:105187491-105187492(+) Y 3'UTR//CDS       26075521
chr7:105187745-105187746(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863
chr7:105187768-105187769(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863
chr7:105187775-105187776(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863
chr7:105207945-105207946(+) m6A 3'UTR       27773535
chr7:105207951-105207952(+) m6A 3'UTR       27773535
chr7:105207963-105207964(+) m6A 3'UTR       27773535
chr7:105207972-105207973(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate hsa-miR-3653-3p
Exosome Plasma     23663360
Mitochondrion Cell line (HEK-293)     22984580
RINT1
Chromatin K562 cells     -
Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Exosome Blood     -
Nucleolus K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsa-miR-3653-3p
Interactor2: RINT1

Evidence Support:


Weak-Evidence PAR-CLIP
Support Database ViRBase

References:


PMID 22291592 Target region 3'UTR
Source ViRBase Interactor1 expression None
Tissue or cell line EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells Interactor2 expression None
Description We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.

Starting a new search, please wait ...